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Updated Species Distribution Models for Marine Invasive Species Hotspot Identification
Monitoring data from DFO invasive species monitoring programs, along with occurrence information from online databases and the scientific literature, have been paired with high resolution environmental data and oceanographic models in species distribution models that predict present-day and project future distributions of 24 non-indigenous species (NIS) on North America`s east coast, and 31 NIS on its west coast. Future distributions were predicted for 2100, under Representative Concentration Pathway 8.5 from the Intergovernmental Panel on Climate Change’s fifth Assessment Report. Present-day and future richness of these species (i.e., hotspots) have been estimated by summing the occurrence probabilities of NIS. This data set includes the present-day and year 2100 species distribution modeling results for each species, and the estimated species richness.Cite this data as: Lyons DA., Lowen JB, Therriault TW., Brickman D., Guo L., Moore AM., Peña MA., Wang Z., DiBacco C. Data of: Updated species distribution models for marine invasive species hotspot identification. Published: November 2023. Coastal Ecosystems Science Division, Fisheries and Oceans Canada, Dartmouth, N.S. https://open.canada.ca/data/en/dataset/1439dcb3-82a6-40fd-a9a4-8f045b20ff5b
Characteristics of Environmental Data Layers for Use in Species Distribution Modelling in the Maritimes Region
Species distribution models (SDMs) are tools that combine species observations of occurrence, abundance, or biomass with environmental variables to predict the distribution of a species in unsampled locations. To produce accurate predictions of occurrence, abundance or biomass distribution, a wide range of physical and/or biological variables is desirable. Such data is often collected over limited or irregular spatial scales, and require the application of geospatial techniques to produce continuous environmental surfaces that can be used for modelling at all spatial scales. Here we provide a review of 102 environmental data layers that were compiled for the entire spatial extent of Fisheries and Oceans Canada’s (DFO) Maritimes Region. Variables were obtained from a broad range of physical and biological data sources and spatially interpolated using geostatistical methods. For each variable we document the underlying data distribution, provide relevant diagnostics of the interpolation models and an assessment of model performance, and present the final standard error and interpolation surfaces. These layers have been archived in a common (raster) format at the Bedford Institute of Oceanography to facilitate future use. Based on the diagnostic summaries in this report, a subset of these variables has subsequently been used in species distribution models to predict the distribution of deep-water corals, sponges, and other significant benthic taxa in the Maritimes Region.Cite this data as: Beazley, Lindsay; Guijarro, Javier, Lirette; Camille; Wang, Zeliang; Kenchington, Ellen (2020). Characteristics of Environmental Data Layers for Use in Species Distribution Modelling in the Maritimes Region. Published July 2023. Ocean Ecosystems Science Division, Fisheries and Oceans Canada, Dartmouth, N.S. https://open.canada.ca/data/en/dataset/34a917cb-a0e3-403c-91c7-af3dc20628b1
American shad breeding areas in the fluvial section and Estuary of St. Lawrence
Layer that includes the known information on the american shad breeding areas in the St. Lawrence River and Estuary according to a literature review of documents produced between 1976 and 1997.Additional InformationAmerican shad's breeding areas were produced according to a literature review of the following documents:Blais, J.-P. et V. Legendre. 1976. La ouananiche, Salmo salar, du lac Tremblant, Québec. Québec, Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Direction régionale de Montréal, Rapp. tech. 06-11, 116 p.Boulet, M., J. Leclerc et P. Dumont. 1995. Programme triennal d'étude sur le suceur cuivré. Québec, Ministère de l'Environnement et de la Faune, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal, Rapp. d'étape, 61 p.Boulet, M., Y. Chagnon et J. Leclerc. 1996. Recherche et caractérisation des aires de fraye des suceurs cuivré et ballot au bief d'aval du barrage de Saint-Ours (rivière Richelieu) en 1992. Québec, Ministère de l'Environnement et de la Faune, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Longueuil, Rapp. trav. 06-38, xi + 37 p.Dumont, P. et R. Fortin. 1977. Relations entre les niveaux d'eau printaniers et la reproduction du Grand Brochet du Haut-Richelieu et de la baie Missisquoi. Université du Québec à Montréal, Département des sciences biologiques, pour le Bureau international Champlain Richelieu, Comité d'impact sur l'environnement, x + 108 p.Dumont, P. et S. Desjardins. 1989. Lettre adressée à M. André Poulin du Département de géographie, Université de Sherbrooke, au sujet de la faune et les habitats de la portion aval de la rivière aux Brochets. Québec, Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Direction régionale de Montréal. Dumont, P., J. Leclerc et L. Bouthillier. 1989a. Données d'inventaire, baie Brazeau, rivière des Outaouais, été 1989. Québec, Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal. [Données non publiées].Environnement Illimité inc. 1994. Centrale Les Cèdres - Nouvel aménagement. Avant-projet phase 2, études environnementales. Description du milieu biologique. Volumes 1 et 2. Rapport préparé pour la Vice-Présidence Environnement Hydro-Québec, Service production, réfection et localisation, 241 p. + annexes.Fournier, P. et L.-M. Soyez. 1988. Étude de l'utilisation faunique printanière du marais de Rosemère. Québec, Ministre du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal, 13 p.Gagnon, M., Y. Ménard et J.-F. La Rue. 1993. Caractérisation et évaluation des habitats du poisson dans la zone de transition saline du Saint-Laurent. Rapp. tech. can. sci. halieut. aquat. 1920: viii + 104 p.Gendron, M. 1986. Rivière-des-Prairies. Aménagement d'un haut-fond, printemps 1986. Groupe de recherche SEEEQ ltée pour la Direction Environnement d'Hydro-Québec, 103 p.Gendron, M. 1987. Rivière-des-Prairies. Suivi de l'aménagement d'un haut-fond, printemps 1987. Le Groupe de recherche SEEEQ ltée pour la Direction Environnement d'Hydro-Québec, 60 p.Gendron, M. 1988. Rivière-des-Prairies. Suivi de l'aménagement du haut-fond, synthèse 1982-1988. Le Groupe de recherche SEEEQ ltée pour le Service de recherche en environnement et santé publique, Vice-Présidence Environnement, Hydro-Québec, 95 p.Guay, G. et M. Couillard. 1985. Étude de l'utilisation printannière et autonmale des rapides de Lachine par les poissons. Environnement Illimité inc. pour le Secrétariat Archipel, 167 pages + annexes.Laramée, P. 1983. La vie printanière dans les rapides de Lachine : Reproduction des poissons. Éco-Recherches inc. pour Vice-Présidence Environnement Hydro-Québec et le Secrétariat Archipel, 30 p. + 7 annexes. Leclerc, J. 1983. La montaison de l'Alose savoureuse dans la rivière des Mille Iles en 1983. Rapport réalisé par Bio-Conseil inc. pour le compte du Service des études hydrauliques et écologiques, Ministère de l'Environnement du Québec, 45 p.Letendre, M., B. Dumas et M. Beaudoin. 1990. Inventaire de la rivière des Prairies, au niveau de l'île de Pierre. Québec, Ministère du Loisir de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal. [Travaux en cours].Provost, J., L. Verret et P. Dumont. 1984. L'Alose savoureuse au Québec : synthèse des connaissances biologiques et perspectives d'aménagement d'habitats. Canada, Ministère des Pêches et Océans, Direction de la recherche sur les pêches, Laboratoire de Québec, Rapport manuscrit canadien des sciences halieutiques et aquatiques no 1793, xi + 114 p.Thérrien, J., H. Marquis, G Shooner et P. Bérubé.1991. Caractérisation des habitats recherchés pour la fraie des principales espèces de poisson du fleuve Saint-Laurent (Cornwall à Montmagny). Étude réalisée pas le Groupe Environnement Shooner inc. Pour le compte du Ministère des Pêches et des Océans du Canada. 16 p.
Species distribution models and occurrence data for marine invasive species hotspot identification
Since 2005, Fisheries and Oceans Canada has been collecting monitoring data for aquatic invasive species (e.g. https://open.canada.ca/data/en/dataset/8d87f574-0661-40a0-822f-e9eabc35780d, https://open.canada.ca/data/en/dataset/503a957e-7d6b-11e9-aef3-f48c505b2a29, https://open.canada.ca/data/en/dataset/8661edcf-f525-4758-a051-cb3fc8c74423). This monitoring data, as well additional occurrence information from online databases and the scientific literature, have been paired with high resolution environmental data and oceanographic models in species distribution models that predict the present-day and future potential distributions of 12 moderate to high risk invasive species on Canada’s east and west coasts. Future distributions were predicted for 2075, under Representative Concentration Pathway 8.5 from the Intergovernmental Panel on Climate Change’s fifth Assessment Report. Present-day and future richness of these species (i.e., hotspots) has also been estimated by summing their occurrence probabilities. This data set includes the occurrence locations of each species, the present-day and future species distribution modeling results for each species, and the estimated species richness. This research has been published in the scientific literature(Lyons et al. 2020).Lyons DA, Lowen JB, Therriault TW, Brickman D, Guo L, Moore AM, Peña MA, Wang Z, DiBacco C. (In Press) Identifying Marine Invasion Hotspots Using Stacked Species Distribution Models. Biological InvasionsCite this data as: Lyons DA., Lowen JB, Therriault TW., Brickman D., Guo L., Moore AM., Peña MA., Wang Z., DiBacco C. Data of: Species distribution models and occurrence data for marine invasive species hotspot identification. Published: November 2020. Coastal Ecosystems Science Division, Fisheries and Oceans Canada, Dartmouth, N.S. https://open.canada.ca/data/en/dataset/1bbd5131-8b34-4245-b999-3b4c4259d74f
Species Distribution Modelling of Corals and Sponges in the Maritimes Region for Use in the Identification of Significant Benthic Areas
Effective fisheries and habitat management processes require knowledge of the distribution of areas of high ecological or biological significance. On the Scotian Shelf and Slope, a number of benthic ecologically or biologically significant areas consisting of habitat-forming species such as sponges and deep-water corals have been identified. However, knowledge of their spatial distribution is largely based on targeted surveys that are limited in their spatial extent. We used a species distribution modelling approach called random forest (RF) to predict the probability of occurrence and biomass of sponges, sea pens, and large and small gorgonian corals across the entire spatial extent of Fisheries and Oceans Canada’s (DFO) Maritimes Region. We also modelled the rare sponge Vazella pourtalesi, which forms the largest known aggregation of its kind on the Scotian Shelf. We utilized a number of data sources including DFO multispecies trawl catch data and in situ benthic imagery observations. Most models had excellent predictive capacity with cross-validated Area Under the Receiver Operating Characteristic Curve (AUC) values ranging from 0.760 to 0.977. Areas of suitable habitat were identified for each taxon and were contrasted against their known distribution and when applicable, the location of closure areas designated for their protection. Generalized additive models (GAMs) were developed to predict the biomass distribution of each taxonomic group and serve as a comparison to the RF models. The RF and GAM models provided comparable results, although GAMs provided superior predictions of biomass along the continental slope for some taxonomic groups. In the absence of data observations, the results of this study could be used to identify the potential distribution of sensitive benthic taxa for use in fisheries and habitat management applications. These results could also be used to refine significant concentrations of these taxa as identified through the kernel density analyses.Cite this data as: Beazley, Lindsay; Kenchington, Ellen; Murillo-Perez, Javier; Lirette, Camille; Guijarro-Sabaniel, Javier; McMillan, Andrew; Knudby, Anders (2019). Species Distribution Modelling of Corals and Sponges in the Maritimes Region for Use in the Identification of Significant Benthic Areas. Published July 2023. Ocean Ecosystems Science Division, Fisheries and Oceans Canada, Dartmouth, N.S. https://open.canada.ca/data/en/dataset/356e92f3-5bf3-4810-98b1-3e10cd7742aa
Lake sturgeon breeding, feeding and concentration areas in the fluvial section and Estuary of St. Lawrence
Layer that includes the known information on lake sturgeon breeding, feeding and concentration areas in the St. Lawrence River and Estuary according to a literature review of documents produced between 1976 and 2002.Additional InformationLake sturgeon's breeding, feeding and concentration areas were produced according to a literature review of the following documents:Blais, J.-P. et V. Legendre. 1976. La ouananiche, Salmo salar, du lac Tremblant, Québec. Québec, Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Direction régionale de Montréal, Rapp. tech. 06-11, 116 p.Bouthillier, L., P. Dumont et G. Roy. 1993. Répertoire des habitats du poisson de la région de Montréal, Québec. Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche du Québec, Direction régionale de Montréal. ii + 6 p. + fiches d'habitats + 18 cartes d'habitats à l'échelle 1:50 000 + bibliographie 15 p.Desjardins, S. et P. Dumont. 1990. Avis du ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche au sujet de l'acceptabilité environnementale du projet Soligaz. Québec, Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Direction régionale de Montréal.Dimension Environnement SNC. 1990. Évaluation de l'abondance de l'Esturgeon jaune (Acipenser fulvescens) dans la baie du Cap St-Michel. Rapport complémentaire présenté au ministère de l'Environnement du Québec dans le cadre de l'étude d'impact sur l'environnement du projet Soligaz, Montréal, 24 p.Dumont, P. et R. Fortin. 1977. Relations entre les niveaux d'eau printaniers et la reproduction du Grand Brochet du Haut-Richelieu et de la baie Missisquoi. Université du Québec à Montréal, Département des sciences biologiques, pour le Bureau international Champlain Richelieu, Comité d'impact sur l'environnement, x + 108 p.Dumont, P., J. Leclerc et L. Bouthillier. 1989b. Données d'inventaire, marais Fraser, lac Saint-François, Cazaville. Été 1989. Québec, Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménage¬ment et de l'exploitation de la faune, Montréal. [Données non publiées].Dumont, P., J. Leclerc et Y. Chagnon. 1990. Pêche électrique sur la rivière Yamaska le 18 avril 1990. Québec, Ministère du Loisir de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal. [Données non publiées].Enquête auprès des pêcheurs et agents du MEF et du MPO. 1995.Fournier, P. et L.-M. Soyez. 1988. Étude de l'utilisation faunique printanière du marais de Rosemère. Québec, Ministre du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal, 13 p.Gendron, M. 1986. Rivière-des-Prairies. Aménagement d'un haut-fond, printemps 1986. Groupe de recherche SEEEQ ltée pour la Direction Environnement d'Hydro-Québec, 103 p.Gendron, M. 1987. Rivière-des-Prairies. Suivi de l'aménagement d'un haut-fond, printemps 1987. Le Groupe de recherche SEEEQ ltée pour la Direction Environnement d'Hydro-Québec, 60 p.Gendron, M. 1988. Rivière-des-Prairies. Suivi de l'aménagement du haut-fond, synthèse 1982-1988. Le Groupe de recherche SEEEQ ltée pour le Service de recherche en environnement et santé publique, Vice-Présidence Environnement, Hydro-Québec, 95 p.LaHaye, M. et R. Fortin. 1990. Caractérisation de l'habitat de fraie et de l'habitat des juvéniles de l'Esturgeon jaune (Acipenser fulvescens) dans la région de Montréal. Rapport de recherche préparé pour le Département des sciences biologiques de l'Université du Québec à Montréal, 81 p. + annexes.Letendre, M., B. Dumas et M. Beaudoin. 1990. Inventaire de la rivière des Prairies, au niveau de l'île de Pierre. Québec, Ministère du Loisir de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal. [Travaux en cours].Société de la Faune et des Parcs du Québec. 2000. Atlas des habitats critiques connus ou d'intérêt particulier pour les poissons du fleuve Saint-Laurent entre le port de Montréal et l'Île aux Coudres. Direction du développement de la faune.Therrien, J., Marquis, H., Shooner, G. et Bérubé, P. 1991. Caractérisation des habitats recherchés pour la fraie des principales espèces de poisson du fleuve Saint-Laurent (Cornwall à Montmagny). Études réalisées par le Groupe Environnement Shooner inc. Pour le compte des ministères des Pêches et des Océans et de l'Environnement du Canada. 16 pages. Un atlas accompagne ce document.Tremblay, S. 1996. Caractérisation de la pêcherie commerciale à l'esturgeon noir (Acipenser oxyrinchus) dans le secteur de Montmagny en 1994. Ministère de l'Environnement et de la Faune, Direction de la faune et des habitats. Rapport technique. 27 p.Trencia, G. 2002. Communication personnelle avec Guy Trencia, Faune et Parcs Québec.
Seaweed medium to high density areas in the Chaleur Bay, the Estuary and the Gulf of St. Lawrence
Production of a layer that includes the known information on seaweed medium to high density areas in the Chaleur Bay, the Estuary and the Gulf of St. Lawrence according to a literature review of documents produced between 1995 and 1999.Additional InformationSeaweed density areas were produced according to a literature review of the following documents:Mariculture de Percé inc. 1995. Essai d'augmentation de la biomasse du homard "Récifs artificiels", Rapport no 95, Programme d'essai et d'expérimentation halieutiques et aquicoles.Lemieux, C. 1995. Acquisition de connaissances des habitats côtiers dans la région de Rimouski (1995). Rapport du Groupe-Conseil GENIVAR présenté au Ministère des Pêches et des Océans du Canada, Division de la Gestion de l’Habitat du Poisson, 52 pages + 2 annexes.Belzile, L., Lalumière, R., Cloutier, O. et J.F. Martel. 1997. Inventaire des laminaires dans la Baie des Chaleurs entre Miguasha et Bonaventure. Rapport conjoint Groupe-conseil Génivar inc. et Regroupement des pêcheurs professionnels du sud de la Gaspésie pour le compte de Pêches et Océans Canada, Québec. 13 pagesVaillancourt, M.-A. et C. Lafontaine. 1999. Caractérisation de la Baie Mitis. Jardins de Métis et Pêches et Océans Canada. Grand-Métis. 185 p.Calderón, I. 1996. Caractérisation de la végétation et de la faune ichtyenne de la baie de Sept-Îles. Document réalisé par la Corporation de protection de l'environnement de Sept-Îles pour Pêches et Océans Canada. 26p. + 5 annexes.Calderón, I. 1996. Caractérisation des habitats du poisson de la baie de Sept-Îles - Phase II. Corporation de protection de l'environnement de Sept-Îles. 37 pages.
Rainbow smelt breeding and feeding areas in the Saguenay River, the fluvial section and Estuary of St. Lawrence
Layer that includes the known information on rainbow smelt breeding and feeding areas in the Saguenay River, the fluvial section and Estuary of St. Lawrence according to a literature review of documents produced between 1977 and 2000.Additional InformationRainbow smelt's breeding and feeding areas were produced according to a literature review of the following documents:Argus inc. (Les consultants en environnement). 1995b. Barachois de Malbaie: étude d'avant-projet de conservation et de mise en valeur. Rapport présenté au Club des ornithologues de la Gaspésie dans le cadre du programme Saint-Laurent Vision 2000. 71 p. + ann.Bouthillier, L., P. Dumont et G. Roy. 1993. Répertoire des habitats du poisson de la région de Montréal, Québec. Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche du Québec, Direction régionale de Montréal. ii + 6 p. + fiches d'habitats + 18 cartes d'habitats à l'échelle 1:50 000 + bibliographie 15 p.Dubé, J., M. Letendre, M. Beaudoin et B. Dumas. 1992. Marina l'Escale inc. Relevés sur l'habitat du poisson au printemps 1992. Lots 6-P, 7-P et littoral de la rivière Richelieu, Notre-Dame-du-Mont-Carmel, MRC du Haut-Richelieu. Québec, Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal, 13 p. + annexes.Dumont, P. et R. Fortin. 1977. Relations entre les niveaux d'eau printaniers et la reproduction du Grand Brochet du Haut-Richelieu et de la baie Missisquoi. Université du Québec à Montréal, Département des sciences biologiques, pour le Bureau international Champlain Richelieu, Comité d'impact sur l'environnement, x + 108 p.Dumont, P., J. Leclerc et Y. Chagnon. 1990. Pêche électrique sur la rivière Yamaska le 18 avril 1990. Québec, Ministère du Loisir de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal. [Données non publiées].Enquête auprès des agents des pêches du MPO. 1994.Fréchet, A., Dodson J.J., Powles, H. 1983. Les parasites de l'éperlan d'amérique (Osmerus mordax) anadrome du Québec et leur utilité comme étiquettes biologiques. Canadian journal of zoology no 61: 621-626.Gagnon, M., Y. Ménard et J.-F. La Rue. 1993. Caractérisation et évaluation des habitats du poisson dans la zone de transition saline du Saint-Laurent. Rapp. tech. can. sci. halieut. aquat. 1920: viii + 104 p.Jacquaz et coll. 1990. Étude biophysique de l'habitat du poisson de quatre barachois de la baie des Chaleurs.Lemieux, C. 1995. Acquisition de connaissances des habitats côtiers dans la région de Rimouski (1995). Rapport du Groupe-Conseil GENIVAR présenté au Ministère des Pêches et des Océans du Canada, Division de la Gestion de l’Habitat du Poisson, 52 pages + 2 annexes.Lemieux, C. et R. Lalumière. 1995. Acquisition de connaissances des habitats côtiers du barachois de Saint-Omer. Rap. du Groupe conseil Genivar inc. pour la DGHP, MPO, 44 pages + 3 ann.Lemieux, C. 1996. Acquisition de connaissances des habitats côtiers de l'Anse Saint-Jean et de la baie Sainte- Marguerite dans la région du Saguenay. Rap. du Groupe conseil Genivar inc. pour la DGHP, ministère des Pêches et Océans, 79 p. + annexes.Lesueur, C. 1995. Acquisition de connaissances du milieu côtier dans la batture de Saint-Fulgence. Rapport du Comité ZIP-Saguenay au ministère des Pêches et des Océans du Canada et au Ministère de l'Environnement et de la Faune. 38 p. + annexes.Lesueur, C. 1998. Acquisition de connaissances sur les poissons migrateurs et dulcicoles du Saguenay. Rapport du projet triennal : résultats obtenus de 1995 à 1998. Rapport du Comité ZIP-Saguenay au ministère des Pêches et des Océans Canada, au ministère de l'Environnement et de la Faune et à Patrimoine Canada. 74 p. + annexe.Letendre, M., B. Dumas et M. Beaudoin. 1990. Inventaire de la rivière des Prairies, au niveau de l'île de Pierre. Québec, Ministère du Loisir de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal. [Travaux en cours].Logimer. 1985. Développement d'un programme de conservation et de reconstitution des habitats lagunaires gaspésiens. Rapport présenté à Pêches et Océans Canada, section Habitat du poisson. 306 p. et annexes.Naturam Environnement. 1997. Acquisition de connaissances et mise en valeur des habitats du poisson du complexe Baie Verte/Baie Laval, phase 3 : rapport final. Document réalisé par la Corporation de développpement de la Baie Verte avec l'aide du MPO dans le cadre du Plan d'action pour l'habitat du poisson.Pageau, G. et R. Tanguay. 1977. Frayères, sites propices à la reproduction, et sites de concentration de jeunes poissons d'intérêt sportif et commercial dans le fleuve Saint-Laurent. Rapport soumis au Comité d'étude sur le fleuve Saint-Laurent par le Ministère du Tourisme, de la Chasse et de la Pêche, Rapp. tech. 3, 436 p.Pesca. 1997. Étude de conservation et de mise en valeur de la Pointe Verte, Maria. Rapport préliminaire présenté au ministère des Pêches et des Océans. 86p.Société de la Faune et des Parcs du Québec. 2000. Atlas des habitats critiques connus ou d'intérêt particulier pour les poissons du fleuve Saint-Laurent entre le port de Montréal et l'Île aux Coudres. Direction du développement de la faune.
Spatial estimates of Blue Shark, Salmon Shark, Pacific Sleeper Shark and Bluntnose Sixgill Shark presence in British Columbia
Description:Spatial information on ecologically important species is needed to support marine spatial planning initiatives in British Columbia’s (BC) marine environment. For data deficient taxa, such as shark species, species distribution models that integrate presence-absence data from different sources can be used to predict their coastwide distributions. Here we provide spatial estimates of the distribution of Blue Shark (Prionace glauca), Salmon Shark (Lamna ditropis), Pacific Sleeper Shark (Somniosus pacificus) and Bluntnose Sixgill Shark (Hexanchus griseus). These estimates were generated using spatial generalized linear mixed effects models and are based on data from two scientific surveys and the commercial hook and line, midwater trawl and bottom trawl fisheries. For each species, we provide predicted probability of occurrence and prediction uncertainty at a 3 km resolution for the British Columbia coast, and parameter estimates for model covariates (depth, slope, year, data source). Results show variable predicted distributions across species, with Blue Shark and Pacific Sleeper Shark showing higher probability of presence along the continental slope, while Salmon Shark show low probability of occurrence coastwide and Bluntnose Sixgill Shark show the highest probability of occurrence in the Strait of Georgia. The results from this study can support ongoing marine spatial planning initiatives in the BC and support the conservation and management of these important species.Methods:Data Sources The species distribution models (SDMs) are based on data from two fishery independent scientific surveys and from the commercial hook and line fishery, which are all conducted within Canadian Pacific waters. The scientific surveys include the Fisheries and Oceans Canada (DFO) hard bottom longline surveys and the International Pacific Halibut Commission (IPHC) fishery-independent setline survey. The study area is bound by the outer convex hull of these three data sources. Other DFO research surveys, such as the groundfish synoptic bottom trawl surveys, midwater trawl surveys and sablefish trap surveys were investigated as potential data sources, but were found to have insufficient presence observations for the species of interest to warrant their inclusion in the analysis. For more information on the details of the source data please refer to Proudfoot et al. 2024.Modelling Approach and Comparison For each species, we fit a suite of generalized linear mixed effects models (GLMMs) using the sdmTMB package (Anderson et al. 2022). For each species, we fit four models, each with a different set of fixed effects/environmental predictors. Additionally, we compared the predictive power of four models for each species, with each model having a different combination of environmental predictors (i.e., slope, depth, slope + depth, none). A summary of the candidate models is provided in Table 2 of Proudfoot et al. 2024. For each species, we selected the model with the highest predictive accuracy (assessed using the predicted log likelihood based on the cross-validation) as the best fit.Spatial Species Distribution Predictions We made predictions of species occurrence using the selected model and a 3 km resolution spatial prediction grid. Our predictions were made for the entire BC coast, and species distribution predictions were made using models fit to the full dataset, as opposed to models fit using cross-validation. We made predictions with year set to 2014 (the approximate midpoint of the dataset) and type set to IPHC (the dataset with the most even spatial distribution of data points).Uncertainties:Because limited survey and commercial catch data exists for deep areas off the continental shelf, predictions in these areas are likely more uncertain than predictions on the shelf. To illustrate this, uncertainty (standard deviation derived from the 500 simulated values from the joint precision matrix of selected models) was mapped across the full study area for each species. Additionally, because these models are based on data that likely do not span the full spatiotemporal extent of the species’ habitat (i.e., mid depths, surface waters, and data across all seasons may not be captured), these results illustrate a snapshot of occurrence but do not account for more complex migration and movement patterns undertaken by these species.
Potential haul-out sites for the harbor seal and gray seal in the Estuary and Gulf of St. Lawrence
Layer that includes the known information on potential haul-out sites for the harbour seal and gray seal in the Estuary and Gulf of St. Lawrence according to a literature review of documents produced between 1978 and 2000.Additional InformationPotential haul-out sites for the harbor seal and gray seal were produced according to a literature review of the following documents:Andersen, A. et M. Gagnon. 1980. Les ressources halieutiques de l'estuaire du Saint-Laurent. Rapp. can. ind. sci. halieut. aquat., 119: iv + 56 p.Argus Groupe-Conseil inc. 1992. Synthèse et analyse des connaissances relatives aux ressources naturelles du Saguenay et de l'estuaire maritime du Saint-Laurent. Parc marin du Saguenay. Service canadien des parcs, région du Québec.Biorex. 1995. Cartographie des ressources halieutiques et de leurs habitats dans l'estuaire moyen du Saint-Laurent. Rapport au ministère des Pêches et des Océans, Région du Québec, Division de la gestion de l'habitat du poisson. 36 p. + annexes. Biorex. 1996. Base de données géoréférencées sur les ressources halieutiques et leurs habitats : estuaire maritime du Saint-Laurent et fjord du Saguenay. Rapport au ministère des Pêches et des Océans, Région du Québec, Division de la gestion de l'habitat du poisson. Volume 1 : 38 p. + annexes et Volume 2 : 34 p. + annexes.Chevrier, V. 1994. Cartographie des habitats du poisson aux Îles-de-la-Madeleine. Rapport technique no. 1. Réalisé en collaboration avec le M.P.O., Attention Frag'Îles et la M.R.C. des Îles-de-la-Madeleine. 24 p. + 1 ann. + 36 cartes.Comité de la zone d'intervention prioritaire (ZIP) de la Côte-Nord du golfe. 1999. Inventaire des habitats côtiers et marins sensibles de la Basse-Cote-Nord : Rapport final, présenté à Pêches et Océans Canada par le Comité ZIP Côte-Nord du Golfe. 126 p.Comité de protection de la santé et de l'environnement de Gaspé inc. (C.P.S.E.G.). 1996.Communication personnelle par Carol Fournier, MPO. 1999. Communications personnelles par Gosselin, J-F-. 1996. Desaulniers, J. 1989. Étude des populations de pinnipèdes de l'Archipel-de-Mingan et relation entre l'activité de chasse au phoque et la sécurité publique 1987 à 1989. Parcs Canada. Région du Québec. Service de la conservation des ressources naturelles.Enquêtes auprès des pêcheurs. 1995.Lavigne, P.-J. 1978. La chasse estivale du phoque dans le Saint-Laurent. Rapport non publié. 65 p. Pêches et Océans Canada, Région du Québec.Lesage, Véronique. 2000. Communication personnel.Lesage, V., M. O. Hammill, and K.M. Kovacs. 1995. Harbour seal (Phoca vitulina) and Grey seal (Halichoerus grypus) abundance in the St. Lawrence estuary. Can. Manuscr. Rep. Fish. Aquat. Sci. 2307: iii + 19 p.Naturam Environnement inc. 1996. Caractérisation physique et biologique de l'habitat du poisson du secteur de Pointe-aux-Outardes. Realisé pour le compte de la Corporation du Parc régional de Pointe-aux-Outardes. 196 p.
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