This dataset contains observations of species occurrences from seafloor imagery collected by the autonomous underwater vehicle (AUV) during the 2012 Expedition to Cobb Seamount. The National Oceanographic and Atmospheric Administration-operated SeaBED-class AUV which collected photographic images from 4 transects ranging from 436 m to 1154 m in depth.

This dataset contains observations of species occurrences from seafloor imagery collected by the remotely operated underwater vehicle (ROV) during the 2012 Expedition to Cobb Seamount. The ROV operated by Fisheries and Oceans Canada was a customized Deep Ocean Engineering Phantom HD2+2 which collected photographic images from 12 transects ranging from 35 m to 211 m in depth.

We evaluated an autonomous environmental DNA sampler produced by Dartmouth Ocean Technologies Inc (Dartmouth, Canada) compared to time-at-sample filtration in the laboratory to determine the performance of moored samplers for monitoring in the marine world. We deployed three autonomous samplers from DOT in the Bedford Basin (Canada) over a nine-week period in summer/fall 2023. The samplers filtered seawater in situ at programmed interviews over this time period, and we collected contemporaneous samples with a standard vacuum pump during each sampling period. Both eDNA sample types captured similar fish diversity, including typical diversity for the Northwest Atlantic. The invertebrate community detected using the COI marker was different between each sample type, likely due to differences in filter pore size. We found biofouling on the moored samplers was minimal over the study period, even in a high-traffic area such as the Bedford Basin, likely due to the relatively short experimental period, and copper screening covering in the inlet and outlet valves of the instruments. Overall, our results show promise to deploy autonomous eDNA samplers in marine conservation areas to contribute to monitoring in the temperate ocean, but further testing over longer periods of time is needed to determine if DNA remains well-preserved in the autonomous samplers at ambient ocean temperatures.Cite this data as: Jeffery, N.W., Van Wyngaarden, M., and Stanley, R.R.E. Evaluating an Autonomous eDNA Sampler for Marine Environmental Monitoring: Short- and Long-Term Applications. Published: December 2024. Coastal Ecosystems Science Division, Maritimes Region, Fisheries and Oceans Canada, Dartmouth NS.

Appropriately responding to a marine pollution event, especially hydrocarbon spills, often requires detailed knowledge of local habitat and environmental features. Access to high resolution habitat profiles can support effective spill response plans, informing discussions on protection priorities or expediated remediation. However, marine habitat composition data for a given area is often lacking due to the high cost and effort of conducting such surveys across the vast shorelines of Canada. The purpose of this study was to develop methodologies for conducting rapid and affordable habitat compositions in the marine environment via drone aerial photography; an emerging technology for conducting high resolution surveys. We used the Musquash Marine Protected Area (MPA; Musquash, NB, Canada) as a model system as it contains a diverse range of habitat types, is a region of conservation concern in Atlantic Canada, and is in close proximity to oil and gas handling facilities and vessel traffic. The MPA consists of a tidal river that outflows into the Bay of Fundy. Using Geographic Information System (GIS) software, we subdivided the MPA into several transects (N =61) that were used to generate flight plans for a Remotely Piloted Aircraft System (RPAS; DJI Mavic 3 Enterprise, DJI ). The RPAS was flown (6 m s-1) at an altitude of 100m (Above ground level) taking images with side (70%) and front (80%) overlap. Resulting images were then compiled as an orthomosaic map using Pix4Dmatic software. These data will be used to inform marine spill response planning in the region, to support marine planning and conservation, and Marine Protected Area (MPA) monitoring efforts as well as develop further methodological approaches for conducting RPAS-based habitat surveys in other coastal systems within Atlantic Canada. Cite this data as: Lawrence MJ, Coates PJ, Matheson K, Hamer A. Characterisation of intertidal habitat types in the Musquash Marine Protected Area using aerial drone photography. Published November 2025. Coastal Ecosystems Science Division, Fisheries and Oceans Canada, St. Andrews, N.B.

Layer that includes the known information on potential haul-out sites for the harbour seal and gray seal in the Estuary and Gulf of St. Lawrence according to a literature review of documents produced between 1978 and 2000.Additional InformationPotential haul-out sites for the harbor seal and gray seal were produced according to a literature review of the following documents:Andersen, A. et M. Gagnon. 1980. Les ressources halieutiques de l'estuaire du Saint-Laurent. Rapp. can. ind. sci. halieut. aquat., 119: iv + 56 p.Argus Groupe-Conseil inc. 1992. Synthèse et analyse des connaissances relatives aux ressources naturelles du Saguenay et de l'estuaire maritime du Saint-Laurent. Parc marin du Saguenay. Service canadien des parcs, région du Québec.Biorex. 1995. Cartographie des ressources halieutiques et de leurs habitats dans l'estuaire moyen du Saint-Laurent. Rapport au ministère des Pêches et des Océans, Région du Québec, Division de la gestion de l'habitat du poisson. 36 p. + annexes. Biorex. 1996. Base de données géoréférencées sur les ressources halieutiques et leurs habitats : estuaire maritime du Saint-Laurent et fjord du Saguenay. Rapport au ministère des Pêches et des Océans, Région du Québec, Division de la gestion de l'habitat du poisson. Volume 1 : 38 p. + annexes et Volume 2 : 34 p. + annexes.Chevrier, V. 1994. Cartographie des habitats du poisson aux Îles-de-la-Madeleine. Rapport technique no. 1. Réalisé en collaboration avec le M.P.O., Attention Frag'Îles et la M.R.C. des Îles-de-la-Madeleine. 24 p. + 1 ann. + 36 cartes.Comité de la zone d'intervention prioritaire (ZIP) de la Côte-Nord du golfe. 1999. Inventaire des habitats côtiers et marins sensibles de la Basse-Cote-Nord : Rapport final, présenté à Pêches et Océans Canada par le Comité ZIP Côte-Nord du Golfe. 126 p.Comité de protection de la santé et de l'environnement de Gaspé inc. (C.P.S.E.G.). 1996.Communication personnelle par Carol Fournier, MPO. 1999. Communications personnelles par Gosselin, J-F-. 1996. Desaulniers, J. 1989. Étude des populations de pinnipèdes de l'Archipel-de-Mingan et relation entre l'activité de chasse au phoque et la sécurité publique 1987 à 1989. Parcs Canada. Région du Québec. Service de la conservation des ressources naturelles.Enquêtes auprès des pêcheurs. 1995.Lavigne, P.-J. 1978. La chasse estivale du phoque dans le Saint-Laurent. Rapport non publié. 65 p. Pêches et Océans Canada, Région du Québec.Lesage, Véronique. 2000. Communication personnel.Lesage, V., M. O. Hammill, and K.M. Kovacs. 1995. Harbour seal (Phoca vitulina) and Grey seal (Halichoerus grypus) abundance in the St. Lawrence estuary. Can. Manuscr. Rep. Fish. Aquat. Sci. 2307: iii + 19 p.Naturam Environnement inc. 1996. Caractérisation physique et biologique de l'habitat du poisson du secteur de Pointe-aux-Outardes. Realisé pour le compte de la Corporation du Parc régional de Pointe-aux-Outardes. 196 p.

Marsh inventory in the Chaleur Bay, the Estuary and the Gulf of St. Lawrence according to a literature review of documents produced between 1985 and 2002.Additional InformationThe marsh inventory was produced according to a literature review of the following documents:Bolduc, F. et P. Kaltenback. 1995. Caractérisation de l'habitat du poisson du banc de Portneuf et avenues de mise en valeur. Rapport présenté par Pro Faune à la Corporation de développement touristique de Rivière-Portneuf. 13 pages et annexes.Comité ZIP Baie des Chaleurs, 2002. Données numériques acquises suite à la cartographie de milieux humides Baie des Chaleurs pour le comité ZIP (printemps 2002).Comité ZIP Côte-Nord du Golfe. 2001. Inventaire du potentiel côtier et marin de la Basse-Côte-Nord. Version préliminaire de rapport sous forme de CD-ROM, Sept-Îles, mars 2001.Kedney, G. et P. Kaltenback. 1996. Acquisition de connaissances et mise en valeur des habitats du banc de Portneuf. Document réalisé par la firme Pro Faune pour le Comité touristique de Rivière-Portneuf. 50 pages et 5 annexes.Labrecque, J., G. Lavoie et F. Boudreau. 1995. Les plantes susceptibles d'être désignées menacées ou vulnérables du barachois de la rivière Malbaie, Barachois-Ouest, Gaspésie. Gouvernement du Québec, ministère de l'Environnement et de la Faune, Direction de la conservation et du patrimoine écologique, Québec. 20 p.Lemieux, C. 1995. Acquisition de connaissances des habitats côtiers dans la région de Rimouski (1995). Rapport du Groupe-Conseil GENIVAR présenté au Ministère des Pêches et des Océans du Canada, Division de la Gestion de l’Habitat du Poisson, 52 pages + 2 annexes.Lemieux, C. 2001. Projet de projection et de mise en valeur de la baie au Chêne et d'habitats côtiers de la région de Pointe-à-la-Croix (Gaspésie). Rapport du Groupe conseil Génivar inc. Présenté au Comité ZIP Baie des Chaleurs et au ministère de l'Environnement du Québec, direction du patrimoine écologique et du développement durable. 76 p. + 8 annexes.Lemieux, C. et R. Lalumière. 1995. Acquisition de connaissances des habitats côtiers du barachois de Saint-Omer. Rap. du Groupe conseil Genivar inc. pour la DGHP, MPO, 44 pages + 3 ann.Les consultants en environnement Argus inc. 1995a. Caractérisation physico-chimique et biologique de l'habitat du poisson du barachois de Malbaie: automne 1994. Rapport présenté au Club des ornithologues de la Gaspésie dans le cadre du programme Saint-Laurent Vision 2000. 62 p. + ann.Les consultants en environnement Argus inc. 1995b. Barachois de Malbaie: étude d'avant-projet de conservation et de mise en valeur. Rapport présenté au Club des ornithologues de la Gaspésie dans le cadre du programme Saint-Laurent Vision 2000. 71 p. + ann.Les consultants en environnement Argus inc. 1995c. Étude biophysique complémentaire de conservation et mise en valeur de la baie des Capucins. Rapport présenté à la corporation de développement de Les Capucins. 48 p. + ann.Les consultants en environnement Argus inc. 1998. Perspectives d'aménagement et de restauration des marais à spartine du Québec. Rapport final. En collaboration avec le Service canadien de la Faune (Environnement Canada), Pêches et Océans Canada, le Ministère des Transports du Québec et Canards Illimités inc. 123 pages + annexes et index cartographique.Létourneau, G. et M. Jean. 1996. Cartographie des marais, marécages et herbiers aquatiques le long du Saint-Laurent par télédétection aéroportée. Environnement Canada – Région du Québec, Conservation de l’environnement, Centre Saint-Laurent, Montréal. 101 pagesLétourneau, Guy. 1991. Milieux humides, Base de données Létourneau 1991 (de Cornwall à Trois-Pistoles et les Îles-de-la-Madeleine.Logimer. 1985. Développement d'un programme de conservation et de reconstitution des habitats lagunaires gaspésiens. Rapport présenté à Pêches et Océans Canada, section Habitat du poisson. 306 p. et annexes.Procéan inc. 1996. Caractérisation du milieu physique et inventaire biologique du barachois de New Richmond : rapport final. Présenté à la Division de la gestion de l'habitat du poisson, Pêches et Océans Canada par Procéan inc.Vaillancourt, M.-A. et C. Lafontaine. 1999. Caractérisation de la Baie Mitis. Jardins de Métis et Pêches et Océans Canada. Grand-Métis. 185 p.

Mean fork length for returning adult Atlantic salmon (Salmo salar) that spent one or two years (1SW and 2SW, respectively) in the marine environment for 16 rivers throughout Eastern Canada spanning an 10° latitudinal gradient. These data were collected as part of monitoring programs for Atlantic salmon returns run by Fisheries and Oceans Canada (DFO). Data from at least eight populations, spanning all provinces in Atlantic Canada, over a 50-year period (1970-2021) will be included in this meta-analysis.These data, as well as mean fork length for returning adult Atlantic salmon from three rivers in Québec (1979-2021) collected as part of monitoring programs for Atlantic salmon returns run by the Ministère de l’Environnement, de la Lutte contre les changements climatiques, de la Faune et des Parcs, Government of Québec, are also available at: http://doi.org/10.17605/OSF.IO/78PWT.

PURPOSE:To quantify impacts of nutrient and sediment loading to plant and animal communities and the environmental conditions that support them in estuaries of the Southern Gulf of St. LawrenceDESCRIPTION:The MEQ monitoring program is being implemented in 35-40 estuaries in the southern Gulf of St. Lawrence (sGSL) to support the development of a MEQ measure (threshold) to promote efforts to address nutrient enrichment in estuaries. The two main indicators included in the monitoring program are dissolved oxygen and eelgrass coverage which are used to assess the trophic status of estuaries within the region. The two factors most important for impacting the trophic status of estuaries are nitrogen loading and water residence time, i.e., water circulation. If water residence time is long and/or nitrogen loading is high, nutrient impacts are likely. A peer-reviewed manuscript has demonstrated that these two factors are predictive of the dissolved oxygen regime in the upper estuary and that publication successfully used dissolved oxygen to ascribe trophic status to estuaries. In a companion paper it was also determined that nitrogen loading was negatively correlated with eelgrass coverage. These two papers form the basis of the MEQ monitoring program (see attached). NOTES ON QUALITY CONTROL:Dissolved oxygen loggers require calibration prior to deployment and are checked for drift after retrieval (though drift isn't anticipated given optical sensor technology). In the event that dissolved oxygen loggers weren't cleared at a frequency sufficient to prevent data errors from occurring these data are removed prior to analysis. Additionally, data must be scrubbed of erroneous measurements which are relatively rare and very apparent. An error code of -888.88 is the primary error for dissolved oxygen loggers. Salinity probes rarely provide erroneous data and when they do it is typically the result of fouling.PHYSICAL SAMPLE DETAILS:Water is sampled bi-weekly to monthly using a Niskin water sampler at a depth of 0.5 m from the water surface, from May-November. Samples are processed in the laboratory in duplicate for chlorophyll a and seston within ~8 hours of being collected.SAMPLING METHODS:For each study estuary, dissolved oxygen is monitored continuously with optical dissolved oxygen loggers in the upper and mid-estuary. Tidal amplitude and salinity (NB and NS only) were also monitored at the upper estuary location only. Depth profiles for other water quality variables are taken at the bi-weekly or monthly scale as well as samples for seston (NB and NS only) and chlorophyll a (a proxy for phytoplankton). These parameters are monitored on a 3-year cycle except for two sites in PE and one site in NB and NS which are monitored annually: West and Wheatley, PE, Cocagne, NB and Pugwash, NS, respectively.Data is collected for eelgrass coverage by a collaborator between June-September, ideally during the same year we collect water quality data.Collaborators include the province of PEI’s Department of Environment, Water and Climate Change and the Southern Gulf of St. Lawrence Coalition on Sustainability.USE LIMITATION:To ensure scientific integrity and appropriate use of the data, we would encourage you to contact the data custodian.

PURPOSE:Provide presence/absence and abundance data for the non-indigenous and invasive European green crab (EGC) in selected southern Gulf of St. Lawrence (sGSL) estuaries along the Northumberland Strait coast of New-Brunswick and eastern Prince-Edward-Island.DESCRIPTION:Temporal monitoring during ice-free seasons of European green crab abundance is completed in response to previous regional population declines in the Maritime provinces. Note that where presence is not indicated on the map does not mean absence - this survey is limited to a few sites.Traps that did not fish correctly were not included in the dataset. Examples of defective traps include: an open trap, an open bait container, a trap filled with algae and falling into the open position, a trap that has not been fished for over 48 hours, an overturned trap, or a trap that has been significantly moved or otherwise tampered with.Population estimates are not derived from this data. PARAMETERS COLLECTED:1) EGC count, size measurement, sex, and catch weight2) Counts of bycatch species. Categories reported in this dataset are finfish (cunner, striped bass, mummichog, winter flounder, smooth flounder, sculpin, tomcod, American eel, banded killifish, flounder, unknown bony fish), Atlantic rock crab, American lobster, and other (lion's mane jellyfish, moon jellyfish, other crabs, moon snail). Other smaller species were often in the trap but were not included as bycatch in this dataset as they can easily escape the mesh size and would not consistently be trapped. 3) Environmental data: water depth at trap setting, sediment type, vegetation types noted, salinity, water temperature, dissolved oxygen (not included), specific conductance (not included), conductivity (not included), weather, cloud cover (not included), tide state and direction (upon fishing).NOTES ON QUALITY CONTROL:Data entry of morphological parameters randomly verified for accuracy.Weights are not reported for PEI sites due to inconsistencies with types of weighing scales and measurement protocols.PHYSICAL SAMPLE DETAILS:Whole European green crab specimensSAMPLING METHODS:Baited trapping with Fukui traps. Bait was in a bait can or bag. Types of bait included herring (predominant type used), as well as other species when herring were not available (gaspereau, canned fish [tuna, kippers, snack sardines], mackerel, tilapia, and perch).USE LIMITATION:To ensure scientific integrity and appropriate use of the data, we would encourage you to contact the data custodian.

Layer that includes the known information on rainbow smelt breeding and feeding areas in the Saguenay River, the fluvial section and Estuary of St. Lawrence according to a literature review of documents produced between 1977 and 2000.Additional InformationRainbow smelt's breeding and feeding areas were produced according to a literature review of the following documents:Argus inc. (Les consultants en environnement). 1995b. Barachois de Malbaie: étude d'avant-projet de conservation et de mise en valeur. Rapport présenté au Club des ornithologues de la Gaspésie dans le cadre du programme Saint-Laurent Vision 2000. 71 p. + ann.Bouthillier, L., P. Dumont et G. Roy. 1993. Répertoire des habitats du poisson de la région de Montréal, Québec. Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche du Québec, Direction régionale de Montréal. ii + 6 p. + fiches d'habitats + 18 cartes d'habitats à l'échelle 1:50 000 + bibliographie 15 p.Dubé, J., M. Letendre, M. Beaudoin et B. Dumas. 1992. Marina l'Escale inc. Relevés sur l'habitat du poisson au printemps 1992. Lots 6-P, 7-P et littoral de la rivière Richelieu, Notre-Dame-du-Mont-Carmel, MRC du Haut-Richelieu. Québec, Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal, 13 p. + annexes.Dumont, P. et R. Fortin. 1977. Relations entre les niveaux d'eau printaniers et la reproduction du Grand Brochet du Haut-Richelieu et de la baie Missisquoi. Université du Québec à Montréal, Département des sciences biologiques, pour le Bureau international Champlain Richelieu, Comité d'impact sur l'environnement, x + 108 p.Dumont, P., J. Leclerc et Y. Chagnon. 1990. Pêche électrique sur la rivière Yamaska le 18 avril 1990. Québec, Ministère du Loisir de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal. [Données non publiées].Enquête auprès des agents des pêches du MPO. 1994.Fréchet, A., Dodson J.J., Powles, H. 1983. Les parasites de l'éperlan d'amérique (Osmerus mordax) anadrome du Québec et leur utilité comme étiquettes biologiques. Canadian journal of zoology no 61: 621-626.Gagnon, M., Y. Ménard et J.-F. La Rue. 1993. Caractérisation et évaluation des habitats du poisson dans la zone de transition saline du Saint-Laurent. Rapp. tech. can. sci. halieut. aquat. 1920: viii + 104 p.Jacquaz et coll. 1990. Étude biophysique de l'habitat du poisson de quatre barachois de la baie des Chaleurs.Lemieux, C. 1995. Acquisition de connaissances des habitats côtiers dans la région de Rimouski (1995). Rapport du Groupe-Conseil GENIVAR présenté au Ministère des Pêches et des Océans du Canada, Division de la Gestion de l’Habitat du Poisson, 52 pages + 2 annexes.Lemieux, C. et R. Lalumière. 1995. Acquisition de connaissances des habitats côtiers du barachois de Saint-Omer. Rap. du Groupe conseil Genivar inc. pour la DGHP, MPO, 44 pages + 3 ann.Lemieux, C. 1996. Acquisition de connaissances des habitats côtiers de l'Anse Saint-Jean et de la baie Sainte- Marguerite dans la région du Saguenay. Rap. du Groupe conseil Genivar inc. pour la DGHP, ministère des Pêches et Océans, 79 p. + annexes.Lesueur, C. 1995. Acquisition de connaissances du milieu côtier dans la batture de Saint-Fulgence. Rapport du Comité ZIP-Saguenay au ministère des Pêches et des Océans du Canada et au Ministère de l'Environnement et de la Faune. 38 p. + annexes.Lesueur, C. 1998. Acquisition de connaissances sur les poissons migrateurs et dulcicoles du Saguenay. Rapport du projet triennal : résultats obtenus de 1995 à 1998. Rapport du Comité ZIP-Saguenay au ministère des Pêches et des Océans Canada, au ministère de l'Environnement et de la Faune et à Patrimoine Canada. 74 p. + annexe.Letendre, M., B. Dumas et M. Beaudoin. 1990. Inventaire de la rivière des Prairies, au niveau de l'île de Pierre. Québec, Ministère du Loisir de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal. [Travaux en cours].Logimer. 1985. Développement d'un programme de conservation et de reconstitution des habitats lagunaires gaspésiens. Rapport présenté à Pêches et Océans Canada, section Habitat du poisson. 306 p. et annexes.Naturam Environnement. 1997. Acquisition de connaissances et mise en valeur des habitats du poisson du complexe Baie Verte/Baie Laval, phase 3 : rapport final. Document réalisé par la Corporation de développpement de la Baie Verte avec l'aide du MPO dans le cadre du Plan d'action pour l'habitat du poisson.Pageau, G. et R. Tanguay. 1977. Frayères, sites propices à la reproduction, et sites de concentration de jeunes poissons d'intérêt sportif et commercial dans le fleuve Saint-Laurent. Rapport soumis au Comité d'étude sur le fleuve Saint-Laurent par le Ministère du Tourisme, de la Chasse et de la Pêche, Rapp. tech. 3, 436 p.Pesca. 1997. Étude de conservation et de mise en valeur de la Pointe Verte, Maria. Rapport préliminaire présenté au ministère des Pêches et des Océans. 86p.Société de la Faune et des Parcs du Québec. 2000. Atlas des habitats critiques connus ou d'intérêt particulier pour les poissons du fleuve Saint-Laurent entre le port de Montréal et l'Île aux Coudres. Direction du développement de la faune.