Les phoques communs sont présents toute l’année autour de Terre-Neuve-et-Labrador (T. N. L.). Le premier relevé systématique des phoques communs a été réalisé le long du plateau continental de T. N. L. en juillet et août 2021 afin de compter les individus observés hors de l’eau et d’évaluer la répartition de l’espèce. Les phoques gris sont des résidents saisonniers de T.-N.-L.; ils sont principalement présents en été et en automne. Les phoques gris ont également été dénombrés, car les deux espèces peuvent partager des échoueries. Les relevés ont été effectués le long du littoral avec un hélicoptère Bell 429, et des photographies de phoques échoués ont été prises.Ces données comprennent le nombre de phoques communs, de phoques gris et de phoques d’espèce non identifiée qui ont été observés dans les échoueries pendant le relevé. Des nombres ajustés sont également fournis, qui attribuent les phoques dont l’espèce est inconnue à l’une des deux espèces en fonction du nombre de phoques communs et de phoques gris identifiés avec certitude chaque jour de relevé. La couverture du relevé (passages) est également indiquée.Veuillez citer ces données comme suit : Hamilton, C.D., Goulet, P.J., Stenson, G.B., et Lang, S.L.C. 2024. Données tirées de : Dénombrements des phoques communs (Phoca vitulina) et des phoques gris (Halichoerus grypus) d’après un relevé aérien réalisé sur la côte du plateau de Terre-Neuve et dans la baie Sandwich (Labrador) à l’été 2021. Ces données se trouvent dans :Hamilton, C.D., Goulet, P.J., Stenson, G.B., et Lang, S.L.C. 2023. Dénombrements et répartition spatiale des phoques communs (Phoca vitulina) et des phoques gris (Halichoerus grypus) d’après un relevé aérien réalisé sur la côte du plateau de Terre-Neuve et dans la baie Sandwich (Labrador) à l’été 2021. Rapport technique canadien des sciences halieutiques et aquatiques 3566 : v + 39 p. https://publications.gc.ca/site/fra/9.927831/publication.htmlMPO 20XX. Évaluation des stocks de phoque commun de l’Atlantique (Phoca vitulina vitulina) au Canada pour 2019 à 2021. Secr. can. des avis. sci. du MPO. Avis. sci. 2023/XXX.Lang, S.L.C., St-Pierre, A.P., Hamilton, C.D., Mosnier, A., Lidgard, D.C., Goulet, P., den Heyer, C.E., Bordeleau, X., Irani, A.I., et Hammill, M.O. 20XX. Évaluation de l’état de la population et prélèvement biologique potentiel (PBP) du phoque commun de l’Atlantique (Phoca vitulina vitulina) dans les eaux canadiennes. Secr. can. des avis. sci. du MPO. Doc. de rech. 2024

On trouve le phoque commun (Phoca vitulina) le long des côtes maritimes tempérées et arctiques de l'hémisphère Nord. On le trouve dans les eaux côtières de l'Atlantique Nord et du Pacifique, ainsi que dans celles de la mer Baltique et de la mer du Nord. Au Canada, on peut les trouver dans les eaux côtières de la Colombie-Britannique, du Nunavut, du Manitoba, de l'Ontario, du Québec, du Nouveau-Brunswick, de l'Île-du-Prince-Édouard, de la Nouvelle-Écosse et de Terre-Neuve-et-Labrador.Ce document présente une évaluation des tendances démographiques et de l’abondance du phoque commun en Colombie-Britannique qui est fondée sur des relevés aériens réalisés entre 1966 et 2019. La population semble maintenant s’être stabilisée. D’après les dénombrements effectués dans des zones témoins couvrant l’ensemble de la province, la tendance observée dans le détroit de Georgia semble être généralement représentative des populations de phoques communs dans toute la Colombie-Britannique. On a estimé que l’abondance totale des phoques communs en Colombie-Britannique en 2008 était de l’ordre de 105 000 (90 900 à 118 900, intervalle de confiance de 95 %). L'abondance totale a été réestimée en 2022 (estimation et CI en attendant l'achèvement du processus du SCAS). Les reconstitutions historiques indiquent que la population a été décimée par les prélèvements commerciaux qui ont eu lieu entre 1879 et 1914 et qu’elle s’est maintenue par la suite sous les niveaux naturels en raison de programmes de contrôle des prédateurs mis en place jusqu’au début des années 1960. Cette population déjà affaiblie n’a pu supporter la deuxième période de prélèvements commerciaux intenses survenus entre 1962 et 1968 a été gravement décimée. Toutefois, elle semble maintenant s’être complètement rétablie.

L’objectif initial de la création de ce jeu de données était l’étude des patrons de déplacements saisonniers des phoques communs (Phoca vitulina) de l’estuaire du Saint-Laurent et de l’île de Sable. Cette étude faisait partie d’un plus vaste programme qui étudiait le comportement alimentaire de l’espèce. Dix phoques communs ont été capturés à l’aide de filets maillants, de 1994 à 1998, dans trois sites dans l’estuaire du Saint-Laurent (Bic, n=1 individu; île Blanche, n=1; Métis-sur-Mer, n=5) et un site à l’île de Sable (n=3 individus). Les individus ont été équipés d’un appareil SLTDR (satellite-linked time-depth recorder, Type 3.10, Wildlife Computers) doté d’une balise Argos et posé sur la nuque. Chez la plupart des individus, le suivi télémétrique a débuté en septembre et s’est prolongé jusqu’au printemps suivant. Le jeu de données consiste en des séries de positions géographiques de dix phoques communs avec les dates et heures associées et les vitesses de déplacement calculées à partir des positions successives. Les données de positions ont seulement été filtrées sur la base de la classe de validité fournie par Argos, les positions de classe Z ont été éliminées.

Cette couche représente la distribution et l’abondance des Phoques communs (Phoca vitulinaconcolor) dans l'estuaire et le golfe du Saint-Laurent ainsi que dans la rivière Saguenay. La plupart des données proviennent de relevés aériens effectués à marée basse en juin et en août de 1994 à 1997, 2000 et 2001. Ces périodes correspondent respectivement à la mise bas et à la mue, périodes où les Phoques utilisent intensivement les échoueries. Les polygones de cette couche de données représentent la distribution et l’abondance moyenne du Phoque commun pour tous les inventaires aériens (tables 3 et 5, figures 3 et 5 de Robillard et al. 2005). Dans l'estuaire, les zones d'abondance élevée ont plus de 30 individus, les zones d'abondance moyenne ont entre 10 et 30 individus et les zones d'abondance faible ont moins de 10 individus. Dans le golfe, les zones d'abondance élevée ont plus de 50 individus et les zones d'abondance moyenne à faible ont moins de 50 individus. Des données non publiées de suivi du Phoque commun provenant conjointement de Parcs Canada et de la Sépaq ont aussi servi à identifier des zones d'échoueries importantes dans le secteur du fjord du Saguenay et de la batture de la Pointe-aux-Vaches , qui ont été catégorisée dans le présent jeu de données comme des zones abondance élevée.Ces données sont valables seulement pour la période estivale (sauf pour la batture de la Pointe-aux-Vaches identifiée comme principalement fréquentée en automne par Parcs Canada), car la distribution printanière et automnale du Phoque commun est peu connue. De plus, les données présentées dans l'estuaire et le golfe du Saint-Laurent sont un portrait de la situation en 2005, car il s'agit de la cartographie la plus à jour disponible pour cette espèce. La distribution du Phoque n’est pas uniforme entre les différentes aires de concentration identifiées, mais elle est semblable entre les mois de juin et d’août. Toutefois, les Phoques communs ont tendance à diminuer leur présence dans l’estuaire moyen et la Rive-Sud de l’estuaire en août au profit des colonies dans la rivière du Saguenay. Les classes d’abondance utilisées sont arbitraires, mais concordent avec les résultats d’utilisation des sites de la publication de Robillard et al. 2005.Sources de données :Parcs Canada. 2021. Communication personnelle. Données du suivi du phoque commun sur la batture de la Pointe-aux-Vaches.Parcs Canada et SÉPAQ. 2020. Données du suivi du phoque commun dans le fjord du Saguenay. Données non publiées.Robillard, A., V. Lesage, and M.O. Hammill. 2005. Distribution and abundance of harbour seals (Phoca vitulina concolor) and grey seals (Halichoerus grypus) in the Estuary and Gulf of St. Lawrence, 1994–2001. Can. Tech. Rep. Fish. Aquat. Sci. 2613: 152 pp.

Les données proviennent de relevés aériens effectués à marée basse en juin et août de 1994 à 1997, 2000 et 2001. Ces périodes correspondent respectivement à la mise bas et à la mue, périodes où les phoques utilisent intensivement les échoueries. Les polygones de cette couche de données représentent la distribution et l’abondance moyenne du Phoque gris pour tous les inventaires aériens (tables 4 et 6, figures 4 et 6 de Robillard et al. 2005). Dans l'estuaire, les zones d'abondance élevée ont plus de 25 individus, les zones d'abondance moyenne ont entre 5 et 25 individus et les zones d'abondance faible ont moins de 5 individus. Dans le golfe, les zones d'abondance élevées ont plus de 70 individus et les zones d'abondance moyenne à faible ont moins de 70 individus. Ces données sont valables seulement pour la période estivale, car les Phoques gris présents dans l’estuaire et le nord du golfe migrent dans le sud du golfe du Saint-Laurent à l'automne (Lavigueur et al. 1993). Ces individus passeront alors l’hiver à l’île de Sable, sur la banquise dans le détroit de Northumberland ou sur les îles avoisinantes (Lesage et Hammill 2001). En été, dans l’estuaire et le golfe du Saint-Laurent, sa distribution n’est pas uniforme entre les différentes aires de concentration identifiées, mais elle est semblable entre les mois de juin et d’août. Toutefois, il y a certaines zones où les phoques sont plus abondants en août qu’en juin. Les classes d’abondance utilisées sont arbitraires, mais concordent avec les résultats d’utilisation des sites de la publication de Robillard et al. (2005). De plus, les données représentées sont un portrait de la situation en 2005, car il s'agit de la cartographie la plus à jour qui soit disponible pour cette espèce.Sources de données et références:Lavigueur, L., Hammill, M.O. et S. Asselin. 1993. Distribution et biologie des phoques et autres mammifères marins dans la région du parc marin du Saguenay. Rapp. manus. can. sci. halieut. aquat. 2220: vi + 40.Lesage, V., and Hammill, M.O. 2001. The status of the grey seal, Halichoerus grypus, in the Northwest Atlantic. Can. Field-Nat. 115(4): 653-662.Robillard, A., V. Lesage, and M.O. Hammill. 2005. Distribution and abundance of harbour seals (Phoca vitulina concolor) and grey seals (Halichoerus grypus) in the Estuary and Gulf of St. Lawrence, 1994–2001. Can. Tech. Rep. Fish. Aquat. Sci. 2613: 152 pp.

Couche regroupant l’information connue des sites d'échouerie potentiels pour le phoque commun et le phoque gris dans l'estuaire et le golfe du Saint-Laurent selon une revue de littérature de documents réalisés entre 1978 et 2000.Information additionnelleLes sites d'échouerie potentiels pour le phoque commun et le phoque gris ont été colligés à partir d'une revue de littérature des documents suivants:Andersen, A. et M. Gagnon. 1980. Les ressources halieutiques de l'estuaire du Saint-Laurent. Rapp. can. ind. sci. halieut. aquat., 119: iv + 56 p.Argus Groupe-Conseil inc. 1992. Synthèse et analyse des connaissances relatives aux ressources naturelles du Saguenay et de l'estuaire maritime du Saint-Laurent. Parc marin du Saguenay. Service canadien des parcs, région du Québec.Biorex. 1995. Cartographie des ressources halieutiques et de leurs habitats dans l'estuaire moyen du Saint-Laurent. Rapport au ministère des Pêches et des Océans, Région du Québec, Division de la gestion de l'habitat du poisson. 36 p. + annexes. Biorex. 1996. Base de données géoréférencées sur les ressources halieutiques et leurs habitats : estuaire maritime du Saint-Laurent et fjord du Saguenay. Rapport au ministère des Pêches et des Océans, Région du Québec, Division de la gestion de l'habitat du poisson. Volume 1 : 38 p. + annexes et Volume 2 : 34 p. + annexes.Chevrier, V. 1994. Cartographie des habitats du poisson aux Îles-de-la-Madeleine. Rapport technique no. 1. Réalisé en collaboration avec le M.P.O., Attention Frag'Îles et la M.R.C. des Îles-de-la-Madeleine. 24 p. + 1 ann. + 36 cartes.Comité de la zone d'intervention prioritaire (ZIP) de la Côte-Nord du golfe. 1999. Inventaire des habitats côtiers et marins sensibles de la Basse-Cote-Nord : Rapport final, présenté à Pêches et Océans Canada par le Comité ZIP Côte-Nord du Golfe. 126 p.Comité de protection de la santé et de l'environnement de Gaspé inc. (C.P.S.E.G.). 1996.Communication personnelle par Carol Fournier, MPO. 1999. Communications personnelles par Gosselin, J-F-. 1996. Desaulniers, J. 1989. Étude des populations de pinnipèdes de l'Archipel-de-Mingan et relation entre l'activité de chasse au phoque et la sécurité publique 1987 à 1989. Parcs Canada. Région du Québec. Service de la conservation des ressources naturelles.Enquêtes auprès des pêcheurs. 1995.Lavigne, P.-J. 1978. La chasse estivale du phoque dans le Saint-Laurent. Rapport non publié. 65 p. Pêches et Océans Canada, Région du Québec.Lesage, Véronique. 2000. Communication personnelle.Lesage, V., M. O. Hammill, and K.M. Kovacs. 1995. Harbour seal (Phoca vitulina) and Grey seal (Halichoerus grypus) abundance in the St. Lawrence estuary. Can. Manuscr. Rep. Fish. Aquat. Sci. 2307: iii + 19 p.Naturam Environnement inc. 1996. Caractérisation physique et biologique de l'habitat du poisson du secteur de Pointe-aux-Outardes. Realisé pour le compte de la Corporation du Parc régional de Pointe-aux-Outardes. 196 p.

OBJECTIF :Il est essentiel de comprendre et de prévoir les changements dans l’aire de répartition des espèces pour assurer leur conservation dans le contexte du réchauffement climatique. La présente étude analyse les caractéristiques du cycle biologique de quatre espèces de phoques [le phoque annelé (Pusa hispida Schreber, 1775), le phoque barbu (Erignathus barbatus Pallas, 1811), le phoque du Groenland (Pagophilus groenlandicus Erxleben, 1777) et le phoque commun (Phoca vitulina Linnaeus, 1758)] dans l’Arctique canadien à l’aide de données sur les récoltes de subsistance des Inuits. Les phoques barbus sont les plus gros, suivis des phoques du Groenland, des phoques communs et des phoques annelés. Les profils saisonniers de la profondeur de la graisse montrent une variation minimale chez les phoques barbus, tandis que les phoques communs et annelés accumulent la graisse pendant les saisons d’eaux libres et l’utilisent pendant les saisons des glaces. Les phoques endémiques de l’Arctique (annelés et barbus) ont une plus grande longévité et une croissance corporelle déterminée, atteignant leur taille maximale à 5 ans, tandis que les phoques communs et les phoques du Groenland grandissent de manière indéterminée, atteignant leur maturité physique entre 10 et 15 ans. L’âge de maturation varie; les phoques annelés et communs sont plus sensibles aux fluctuations environnementales. La plupart des phoques barbus se reproduisent avec succès chaque année, alors que les phoques annelés présentent une plus grande variabilité dans leur succès de reproduction annuel. L’analyse des lipides isoprénoïdes dans les tissus hépatiques indique que les phoques annelés et les phoques barbus dépendent de la production d’algues glaciaires, tandis que les phoques du Groenland et les phoques communs dépendent de la production de phytoplanctons en eaux libres. Les phoques barbus semblent être plus spécialisés et pourraient faire face à moins de concurrence, tandis que les phoques du Groenland peuvent mieux s’adapter aux changements d’habitat. Même si on prévoit que l’aire de répartition se déplacera vers des latitudes plus hautes, on observe des compromis chez toutes les espèces, ce qui complique les prévisions pour l’environnement arctique en évolution. DESCRIPTION :Cet ensemble contient des données rapportées par Steven H. Ferguson, Jeff W. Higdon, Brent G. Young, Stephen D. Petersen, Cody G. Carlyle, Ellen V. Lea, Caroline C. Sauvé, Doreen Kohlbach, Aaron T. Fisk, Gregory W. Thiemann, Katie R. N. Florko, Derek C. G. Muir, Charmain D. Hamilton, Magali Houde, Enooyaq Sudlovenick et David J. Yurkowski. 2024. Une analyse comparative des caractéristiques du cycle biologique et des stratégies adaptatives des espèces de phoques arctiques et subarctiques – qui remportera le défi des changements climatiques? Revue canadienne de zoologie 2024-0093.R1L’ensemble de données comprend l’espèce, le lieu, la date de récolte, le sexe, l’âge, la longueur standard, la circonférence, la profondeur de la graisse, la taille des testicules, le rang dans la portée, l’état de grossesse, les corps jaunes (n), les corps blancs (n) et les follicules (n). Il comprend des données historiques brutes, non filtrées et non traitées, fournies par les pêcheurs, qui n’ont pas été examinées pour exclure les valeurs aberrantes. Certaines données ont été converties de pouces en centimètres. Les utilisateurs doivent filtrer les données pour leur utilisation particulière.Ces données doivent être citées comme suit : Steven H. Ferguson, Jeff W. Higdon, Brent G. Young, Stephen D. Petersen, Cody G. Carlyle, Ellen V. Lea, Caroline C. Sauvé, Doreen Kohlbach, Aaron T. Fisk, Gregory W. Thiemann, Katie R. N. Florko, Derek C. G. Muir, Charmain D. Hamilton, Magali Houde, Enooyaq Sudlovenick et David J. Yurkowski. 2024. Division de la recherche aquatique dans l’Arctique, Pêches et Océans Canada, Winnipeg (Manitoba). https://open.canada.ca/data/en/dataset/ea9ff038-8b16-11ef-8cce-55cc7f028297.

Les coraux d'eau froide sont communs dans les eaux au large de l'est du Canada. Malgré cela, peu de registres de séquences d’ADN de spécimens collectés dans la région sont disponibles dans GenBank, et toutes les espèces enregistrées dans la région ne disposent pas de données de séquence, quelle que soit leur origine géographique. Cela peut limiter l’utilisation de techniques comme l’ADN environnemental pour détecter et identifier les coraux. Notre objectif était de séquencer et de publier des séquences pour deux marqueurs de code-barres ADN pour les octocoraux : CO1 et MutS. Nous avons séquencé et déposé 36 séquences dans GenBank à partir de 19 spécimens représentant trois espèces de plume de mer (Octocorallia : Pennatuloidea) : Distichoptilum gracile, Pennatula aculeata et Protoptilum carpenteri. L'identification de tous les spécimens a été confirmée par B. M. Neves (MPO-TNL) avant la soumission. Des spécimens et des tissus d'ADN ont été donnés au Musée canadien de la nature, où ils sont actuellement conservés. Cette publication représente la première partie d'une série de soumissions à GenBank par notre laboratoireLes spécimens ont été collectés dans l’Atlantique nord-ouest et proviennent de profondeurs comprises entre 200 et 1924 mètres. Les spécimens ont été collectés dans le cadre de relevés au chalut multi-espèces menés par des navires de recherche ou de relevés effectués par des véhicules télécommandés (ROV ROPOS). L'ADN a été isolé et purifié à l'aide du kit QIAgen DNeasy Blood and Tissue, avec une incubation initiale d'une nuit avec la protéinase K. Deux régions de code-barres couramment utilisées pour les octocoraux ont été amplifiées à l'aide d'amorces décrites précédemment : 1) COII8068F (McFadden et al., 2004) et COIOCTR (France et Hoover, 2002) pour le gène CO1, et 2) ND42599F (France et Hoover, 2002) et mut3458R (Sánchez et al., 2003) pour le gène MutS. Les amplifications ont été réalisées en utilisant 12.5 µl de Green DreamTaq Master Mix (Thermo Fisher Scientific), 1 µl d'ADN matrice, 0.5 µl de chaque amorce sens et antisens à 10 µM, 0.5 µl d'amorce antisens à 10 µM et 10.5 µl d'eau. Le thermocyclage a été effectué comme suit : 3 minutes de dénaturation initiale à 95 °C, suivis de 40 cycles à 95 °C pendant 30 s, 30 s à une température de hybridation de 48 °C, puis 65 s à une température d'élongation de 72 °C, et un allongement final à 72 °C pendant 4 min. Les produits de PCR ont été purifiés à l'aide de l’Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter) et envoyés au Centre for Applied Genomics, Toronto, Canada pour le séquençage Sanger. Les séquences ont été visualisées et alignées à l’aide de Geneious Prime 2022.0.2. Les séquences obtenues ont été déposées dans GenBank sous les numéros d'accès OQ569768-OQ569784 et OQ420359-OQ420377.Ce projet a été financé par Pêches et Océans Canada dans le cadre d'une subvention pour le renforcement des capacités régionales (2020-2021) et du Programme des objectifs de conservation marine (MCT) (2021-2024), région de Terre-Neuve-et-Labrador.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a