Compendium de rapports fournissant des informations sur les animaux et les plantes aquatiques et terrestres, les sols, les eaux de surface, les eaux souterraines, ainsi que les fichiers de données et les cartes qui les accompagnent** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

Les écodomaines sont des zones à grande uniformité climatique, définies au niveau mondial** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

Les lignes de biobandage de la zone côtière sont une représentation linéaire des différents types de biotes (flore et faune) et de leur distribution, ou de leur absence, présents dans l'unité côtière.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

ENV - Environnement et conservation (environnement) Ressources environnementales, protection et conservation. Par exemple, des ressources décrivant la pollution, le stockage et le traitement des déchets, l'évaluation de l'impact environnemental, les risques environnementaux et les réserves naturelles.)** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

Cet ensemble de donnees sert a etablir l'importance ou l'etat des categories de terres humides et de certaines autres caracteristiques du patrimoine naturel. Il sert egalement a etablir des objectifs pour les parcs provinciaux de la categorie « nature sauvage », a preparer les rapports sur l'etat des forets et a etudier les regimes de perturbation naturelle.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie. Les valeurs françaises pour le titre et la description du jeu de données proviennent de la province de l’Ontario alors que celles des mots-clés et des noms des ressources sont le résultat d'une traduction automatique (Amazon Translate) **

Pepin et ses collaborateurs (2014) ont affirmé que trois échelles spatiales imbriquées ont été désignées comme pertinentes aux fins de l’élaboration de résumés et de plans de gestion d’écosystèmes : l’échelle des biorégions, l’échelle des unités de production écosystémique (UPE) et l’échelle des écorégions. Une biorégion est composée d’une ou de plusieurs UPE, et une UPE consiste en une combinaison d’écorégions, qui représentent des éléments ayant des caractéristiques physiques et biologiques différentes, selon les critères d’analyse appliqués. Pepin et ses collaborateurs (2014) ont fait état de la consolidation des données et des analyses de la structure des écorégions pour les zones du plateau continental qui s’étendent de la mer du Labrador au golfe médio-atlantique et ont formulé des recommandations sur la désignation des UPE dans la zone visée par la Convention de l’OPANO. Les résultats de deux analyses en classification automatique à k moyennes (une avec des contraintes géographiques et l’autre sans contrainte) et les connaissances d’experts (y compris l’emplacement des écorégions, les connaissances sur la répartition des principales ressources marines et des grands stocks de poissons, et la proximité géographique aux fins de la désignation et de la délimitation des unités de gestion potentielles) ont guidé l’évaluation du groupe de travail sur la science et l’évaluation des écosystèmes de l’OPANO (Organisation des pêches de l’Atlantique Nord-Ouest). Le consensus final des discussions a permis de désigner huit (8) UPE principales qui pourraient être proposées comme unités de gestion (des isobathes de 50 mètres, où les données des navires de recherche étaient disponibles, vers le large jusqu’aux isobathes de 1 500 mètres); ces unités sont les suivantes : le Plateau du Labrador (sous zones de l’OPANO 2GH), le Plateau nord-est de Terre Neuve (sous-zones 2J3K), les Grands Bancs (sous zones 3LNO), le Bonnet Flamand (sous zone 3M), le Plate-forme Néo-Écossais (sous zones 4VnsWX), le Banc de Georges (portions des sous zones 5Ze et 5Zw), le Golfe du Maine (sous zone 5Y et portion de la sous zone 5Ze) et L’Anse Médio-Atlantique (portion de la sous zone 5Zw et des sous zones 6ABC). Le Plateau sud de Terre Neuve (sous-zone 3Ps) n’a pas été inclus dans l’analyse originale, car les données du relevé d’automne n’étaient pas disponibles. Cette zone a cependant été ajoutée ultérieurement à titre d’UPE, car une analyse supplémentaire de la structure et des tendances des communautés de poissons réalisée à l’aide des données du relevé du printemps a révélé que cette zone est fortement influencée par les UPE avoisinantes (NAFO 2015)Les unités de gestion potentielles proposées correspondent aux UPE qui désignent les principales zones des biorégions qui comportent un réseau trophique ou un système de production raisonnablement bien défini. Le groupe de travail a souligné que la solution consensuelle constitue un compromis dont le but est de définir les unités de gestion en fonction des limites des sous zones existantes de l’OPANO qui sont appropriées aux fins de l’établissement d’estimations pour l’écosystème et la production halieutique. Références : NAFO. 2015. Report of the 8th Meeting of the NAFO Scientific Council (SC) Working Group on Ecosystem Science and Assessment (WGESA). 17-26 November 2015, Dartmouth, Canada. NAFO SCS Doc. 15/19.Pepin, P., Higdon, J., Koen-Alonso, M., Fogarty, M., and N. Ollerhead. 2014. Application of ecoregion analysis to the identification of Ecosystem Production Units (EPUs) in the NAFO Convention Area. NAFO SCR Doc. 14/069.

Symbolisation et publication de l'ensemble de données de caractéristiques ISO BiologicEcologic. 5 septembre 2017.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

Le rorqual bleu (Balaenopterus musculus) est un cétacé qui se déplace sur de grandes distances et qui se retrouve dans tous les océans du monde, occupant des habitats côtiers autant que hauturiers. Dans l’Atlantique Nord, nous en savons peu sur la distribution et la structure génétique du rorqual bleu, et l’appartenance des animaux trouvés dans les eaux de l’Islande, des Açores, du nord-ouest de l’Afrique et du Nord-Ouest Atlantique à une seule et même population demeure incertaine. Dans le nord-ouest Atlantique, les mouvements saisonniers des rorquals bleus et leur utilisation de l’habitat, incluant l’emplacement des aires d’hivernage et de reproduction sont peu connus.Le comportement des animaux surveillés à distance peut être déduit d'une série chronologique de données de localisation. En effet, les animaux ont tendance à démontrer une stochasticité dans leurs trajectoires de déplacement en raison de la variation spatiale des caractéristiques environnementales, telles que la topographie ou la densité des proies (Curio 1976; Gardner et al.1989; Turchin 1991; Wiens et al.1993). On s'attend à ce que les prédateurs réduisent la vitesse de déplacement et / ou augmentent la fréquence de virage et l'angle de braquage lorsqu'une ressource appropriée, par exemple, une parcelle de nourriture, est rencontrée (Turchin 1991), également connue sous le nom d'aire restreinte de recherche (ARS). En revanche, les animaux en transit ou en déplacement ont tendance à se déplacer à des vitesses plus rapides et plus régulières, avec des angles de braquage peu fréquents et plus petits (Kareiva et Odell 1987; Turchin 1998).En se basant sur la télémétrie satellite afin de suivre les déplacements saisonniers de rorquals bleus de l'est du Canada en 2002 et de 2010 à 2015, il a été possible d'estimer les trajectoires et les endroits où un comportement d'ARS de rorqual bleu a été déduit sur des intervalles de quatre heures.Pour évaluer les mouvements et le comportement des rorquals bleues, un modèle d'espace d'état de commutation bayésien (switching statespace model - SSSM) a été appliqué aux données télémétriques dérivées d'Argos (Jonsen et al. 2005 ; Jonsen et al. 2013). Un SSSM estime essentiellement la localisation des animaux à des intervalles de temps fixes, les paramètres de mouvement et les modes de comportement.Deux sources importantes d'incertitude peuvent être mesurées séparément : l'erreur d'estimation résultant d'observations inexactes (erreur de localisation Argos) et la variabilité du processus liée à la stochasticité du processus de mouvement (estimation du mode de comportement) (Jonsen et al. 2003 ; Patterson et al. 2008).Les points visibles sur la terre proviennent des erreurs dans le calcul de la position géographique par Argos. Ils ont volontairement été laissés tels quels pour évaluer la performance du modèle qui a été en mesure de nettoyer quelques positions, mais pas l’ensemble.Lesage, V., Gavrilchuk, K., Andrews, R.D., and Sears, R. 2016. Wintering areas, fall movements and foraging sites of blue whales satellite-tracked in the Western North Atlantic. Secr. can. de consult. sci. du MPO. Doc. de rech. 2016/078. v + 38 p. [Disponible en anglais seulement]

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a