Cette étude visait à caractériser le banc de laminaires de la Batture-aux-Alouettes, une source de nourriture de prédilection pour l’oursin vert (Strongylocentrotus droebachiensis). L’oursin vert est pêché commercialement au Québec et l’effort de pêche est concentré sur la Batture-aux-Alouettes près de Tadoussac, à l’embouchure du fjord du Saguenay. L’étude a été effectuée en deux phases distinctes en 2018 et en 2019. L’objectif principal de cette étude était de déterminer l’abondance et la biomasse du banc de laminaires de la Batture-aux-Alouettes. La première phase, réalisé selon un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié, a été effectuée du 21 au 24 août 2018. L’échantillonnage de deux quadrats de 50 x 50 cm, séparés par une distance d’environ 30 m, a été effectué à onze sites lors de douze plongées dans la section est de la Batture-aux-Alouettes pour récolter des laminaires en vue d’estimer leur biomasse et d’évaluer la richesse spécifique des macroalgues. À la deuxième phase, un total de 429 stations ont d’abord été échantillonnés entre le 15 et le 18 juillet 2019 avec un système de caméra déposé comportant deux quadrats de 50 x 50 cm. La présence ou l’absence de laminaires, le pourcentage de recouvrement de macroalgues et le type de substrat ont été évalués pour chaque photo. Suite à cette analyse photographique sous-marine, 129 de ces stations ont été identifiées comme ayant une présence de laminaires et 88 de ces stations possédaient une présence d’autres espèces d’algues. Afin d’assurer une représentation égale des différentes strates de profondeur, les stations ayant des laminaires ont été divisées en trois catégories de profondeur : peu profonde (-1,7 m à 0 m), moyenne (0 m à 2 m) et profonde (2 m à 5 m). Les plongées se sont déroulées du 13 au 15 août 2019, à dix de ces stations selon un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié, en prenant soin d’assurer une répartition spatiale équilibrée ainsi qu’une répartition égale des différentes strates de profondeur (quatre dans la zone peu profonde, trois dans la moyenne et deux dans la profonde). L’échantillonnage du quadrat de 50 x 50 cm en plongée a eu lieu à trois distances différentes espacées de 5 m à partir d’un transect, soit à la marque de 3 m (_3m), 8 m (_8m) et 13 m (_13m). S’il y avait peu ou pas de laminaires dans le quadrat, l’échantillonnage du quadrat pouvait être répété pour un maximum de quatre quadrats par distance pour une superficie totale de 1 m². Deux quadrats supplémentaires ont été effectués (_x) à deux stations. Une évaluation de la biomasse a également été faite via un échantillonnage de type « emporte-pièce » (_CC). Les plongeurs prenaient le même quadrat de 50 x 50 cm et le plaçait sur une parcelle choisie (c.-à-d. : non aléatoire) avec 100 % de couverture de laminaires.Les trois fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont reliés par la clé «IDactivité» . Le fichier «information_activité» comprend les informations génériques de l'activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «information_supplémentaire_activité_et_occurrence» comprend notamment la taille de l'échantillon, le protocole et l’effort d’échantillonnage. Le fichier «occurrence_taxon» comprend la taxonomie des espèces observées, identifiées à l’espèce ou au niveau taxonomique le plus bas possible. Pour obtenir l’évaluation de l’abondance et de la biomasse du banc de laminaires de la Batture-aux-Alouettes, communiquez avec Rénald Belley (renald.belley@dfo-mpo.gc.ca).Pour les contrôles de qualité, les organismes ont été identifiés sur le terrain à l’aide du guide suivant : Chabot, Robert et Anne Rossignol. 2003. Algues et faune du littoral du Saint-Laurent maritime : Guide d'identification. Institut des Sciences de la mer de Rimouski, Rimouski ; Pêches et Océans Canada (Institut Maurice-Lamontagne), Mont-Joli. 113 pages. La taxonomie a été vérifiée sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues et à l’aide des bibliothèques R obistools et worrms. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ «IDnomScientifique» du fichier d'occurrence. Tous les lieux d'échantillonnage ont été validé spatialement. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.

La base de données ODI (Ocean Data Inventory) est un inventaire de toutes les données de séries chronologiques océanographiques conservées par la Division des sciences océanologiques de l'Institut océanographique de Bedford. Les données archivées incluent quelque 5800 séries chronologiques recueillies à l'aide de Doppler acoustiques et de courantomètres, 4500 séries chronologiques de lectures de la température côtière recueillies au moyen de thermographes et d'un petit nombre (200) de marégraphes. Bon nombre des courantomètres comportent aussi des sondes de température et de salinité. La zone pour laquelle nous possédons des données est grossièrement définie comme l'Atlantique nord et l'Arctique, de 30° à 82° de latitude nord, bien qu'il existe aussi une certaine quantité de données pour d'autres parties du monde. La période couverte est de 1960 à ce jour. La base de données est mise à jour régulièrement.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

OBJECTIF :Relevé horaire des températures de l’eau dans le bassin versant de la Margaree.DESCRIPTION :Le ministère des Pêches et des Océans (MPO) déploie depuis le printemps 1993 des équipements de surveillance de la température de l'eau dans le bassin versant de la rivière Margaree. La couverture a changé au fil du temps et il existe peu de documentation sur les équipements utilisés. Ces dernières années, les données ont été recueillies à l'aide de VEMCO. LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Il s’agit de produits dérivés de la température du fond de l’océan dans la zone de protection marine (ZPM) du banc de Sainte-Anne, basés sur les résultats de deux modèles numériques : 1) Pseudo-analyse du Système de prévision côtier océan-glace pour la côte Est du Canada (SPCOG-E v2.0.0) à une résolution de 1/36° élaborée et mise en œuvre opérationnellement à Environnement et Changement climatique Canada, couvrant la période de 2016 à 2023 et combinant la recherche et les essais opérationnels de ce système (https://eccc-msc.github.io/open-data/msc-data/nwp_ciops/readme_ciops_fr/); 2) Le Global Ocean Physics Reanalysis (GLORYS12v1) est un produit de réanalyse des données à capacité assimilative avec une résolution de 1/12°. Il a été créé par Mercator Ocean International et mis en œuvre par le CMEMS; il couvre la période de 1993 à 2023 (https://doi.org/10.48670/moi-00021). Les données quotidiennes sur la température du fond de l’océan présentées ici sont calculées comme des moyennes quotidiennes dans la zone. Les données sur la température du fond de l’océan issues des modèles accessibles ici sont validées par rapport aux observations sur place tirées des données ouvertes (https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/910b8e22-2fd1-4ba1-8db6-d16763c7a625). Ces produits peuvent être utilisés pour en savoir plus sur les changements de la température du fond de l’océan dans la ZPM au cours des 8 et 30 dernières années.Citer ces données comme: Casey, M., Hu, X, Tao, J., and Shen, H. Variations de la température du fond de l’océan au banc de Sainte-Anne, d’après les modèles SPCOG Est et GLORYS12.Publié en Août 2024. Secteur des sciences des écosystèmes et des océans, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Darmouth, (N-É) https://open.canada.ca/data/en/dataset/019f9138-6e3c-4f0e-997e-879e1ec2c42d

Les unités thermiques de croissance (UTC) sont calculées quotidiennement à l’aide des températures maximale et minimale afin de tenir compte de la réaction négative d’une culture à des températures plus élevées.Voici la formule utilisée pour calculer la valeur de l’UTC pour une journée : (1,8 × [température minimale - 4,4] + 3,33 × [température maximale - 10] - 0,084 × [température maximale - 10]²) ÷ 2,0Les valeurs d’UTC s’accumulent uniquement durant la saison de croissance, du 1er avril au 31 octobre.

Les missions « estivales » ont lieu en juin, en juillet et en août. Elles ciblent le plateau néo-écossais et la baie de Fundy (c.-à-d. 4VWX et 5Yb; leur portée a récemment été élargie pour inclure le chenal Laurentien et le banc de Georges [5Zc]). Parmi les données recueillies figurent les prises totales en nombre et en poids par espèce. Les données sur les fréquences de longueurs sont disponibles pour la plupart des espèces, et celles sur l’âge, le sexe, la maturité et le poids le sont pour un sous-ensemble d’individus. D’autres données telles que le matériel permettant de déterminer l’âge, le matériel génétique et le contenu stomacal sont souvent recueillies, mais elles sont stockées ailleurs.Les croisières "d'été" ont lieu en mai, juin, juillet et août et qui se concentrent sur le plateau néo-écossais et la baie de Fundy (c.-à-d. les divisions 4VWX).Citer ces données comme suit: Clark, D., Emberley, J. Données de: ENQUÊTE D' ÉTÉ SUR LES NAVIRES DE RECHERCHE DANS LES MARITIMES. Date de publication: Janvier 2021. Division de l’écologie des population, Pêches et Océans Canada, Dartmouth (Nouvelle-Écosse). https://open.canada.ca/data/en/dataset/1366e1f1-e2c8-4905-89ae-e10f1be0a164

Les moyennes mensuelles de la température issus du modèle de l’Atlantique Nord de l’Institut océanographique de Bedford (BNAM) ont été établies sur la période de 1990 à 2015 afin de créer des climatologies moyenne mensuelles pour le Nord-ouest de l’océan Atlantique, ce qui peut être considéré comme une représentation de l’état climatologique du Nord-ouest d l’océan Atlantique. Le modèle BNAM est un modèle de résolution des tourbillons, et un modèle couplé glace-océan de l’Atlantique Nord construit sur le modèle NEMO développé à l’Institut océanographique de Bedford (IOB) pour appuyer les programmes de surveillance du MPO. Les données disponibles ici sont des données climatologiques mensuelles pour huit profondeurs sélectionnées (la surface, 110 m, 156 m, 222 m, 318 m, 541 m, 1062 m, le fond), en résolution spatiale de 1/12 degré. Les données pour chaque mois de 1990 à aujourd’hui pour l’ensemble du domaine du modèle (8°-75 °N de latitude et 100 °O-30 °E de longitude) et les diverses profondeurs sont disponibles sur demande.Le résultat a posteriori du modèle 1990-2017 est comparé aux données d’observation du dériveur de surface et de l’altimétrie des satellites. Le modèle démontre une bonne habileté à simuler les courants de surface, les événements de convection hivernale dans la mer du Labrador et la circulation méridienne de retournement de l'Atlantique observée à 26,5°N et 41°N. Les résultats du modèle ont été utilisés pour interpréter les changements dans le courant du Labrador et les événements de réchauffement observés sur la plate-forme.Lorsque vous utilisez des données, veuillez citer ce qui suit : Wang, Z., Lu, Y., Greenan, B., Brickman, D., and DeTracey, B., 2018. BNAM: An eddy resolving North Atlantic Ocean model to support ocean monitoring. Can. Tech. Rep. Hydrogr. Ocean. Sci. 327: vii + 18p

OBJECTIF:Ces données ont été mises à jour à la suite d’un processus d’avis scientifique régional du Secrétariat canadien des avis scientifiques (SCAS). Les publications associées se retrouvent dans la section citation ci-dessous ou encore seront publiées, lorsque disponibles, sur le calendrier des avis scientifiques de Pêches et Océans Canada (MPO).Déterminer l’état du stock de morue franche du sud du golfe du Saint-Laurent. DESCRIPTION:Les estimations annuelles de la biomasse du stock reproducteur de la morue franche du sud du golfe du Saint-Laurent ont été obtenues à l’aide d’un modèle statistique de captures-à-l’âge dans le cadre de l’évaluation des stocks jusqu’en 2023.Les estimations annuelles présentées proviennent de simulations Markov Chain Monte Carlo (MCMC). Les estimations médianes annuelles sont fournies, ainsi que les estimations de l’incertitude (2,5e, 25e, 75e et 97,5e centiles). Les valeurs sont en milliers de tonnes de biomasse du stock reproducteur. LIMITATION DE L'UTILISATION:Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a