Pêches et Océans Canada a initié, en 2018, le Programme multidisciplinaire arctique (PMA) – Glace séculaire, la première étude écosystémique de la région peu étudiée de la mer de Lincoln au sein de la Zone de protection marine de Tuvaijuittuq, où la glace pluriannuelle persiste dans l’océan arctique. Le Programme PMA-Glace séculaire utilise une approche concertée pour intégrer les composantes physique, biochimique et écologique de l’écosystème connecté glace de mer-océan, et sa réponse aux forçages climatiques et océaniques. Ce programme établit une base de référence de connaissances écologiques pour Tuvaijuittuq et, en particulier, pour son écosystème unique de glace pluriannuelle. La base de données procure des données de référence sur l’abondance des bactéries et virus dans la glace pluriannuelle et annuelle, ainsi que les eaux de surface de la mer de Lincoln, au sein de Tuvaijuittuq. Les données ont été récoltées au cours de la campagne du printemps 2018 du programme PMA-Glace séculaire, au large de la Station des Forces Canadiennes (SFC) Alert.

Ce dossier contient des renseignements sur les échantillons prélevés et les paramètres prévus pour l’analyse de carottes de sédiments prélevées dans le cadre de ce projet, notamment les bactéries, la chimie, les isotopes stables, les acides gras ou la méiofaune.

Il n’existe pas de données empiriques à l’échelle de la baie sur la manière dont l’aquaculture des bivalves modifie la composition du plancton et, par conséquent, le fonctionnement écologique et les niveaux trophiques supérieurs. Les variations temporelles, inter et intrabaie des pressions hydrodynamiques, environnementales et aquacoles limitent l’efficacité de la surveillance du plancton visant à détecter les changements à l’échelle de la baie et éclairer les interactions de l’écosystème aquacole. Ici, nous avons utilisé la cytométrie en flux pour étudier les variations spatio-temporelles de la composition des bactéries et du phytoplancton (< 20 µm) dans quatre échancrures d’aquaculture de bivalves. Nous avons observé une plus forte abondance de bactéries et de phytoplancton dans les échancrures peu profondes où l’eau douce et les nutriments étaient plus abondants. L’appauvrissement des éléments nutritifs peut avoir mené à la dominance des cellules de picophytoplankton, qui ont montré une forte variation à l’intérieur de la baie en fonction de l’influence fluviale par rapport à celle de l’eau douce et de la disponibilité des éléments nutritifs. Bien que les forçages environnementaux semblent être un facteur important des tendances spatio-temporelles, les résultats ont montré que l’aquaculture de bivalves peut réduire l’abondance du phytoplancton à proximité des zones de concession et favoriser la croissance bactérienne. Nous discutons des séquences des effets de l’aquaculture, comme le broutage, les processus de couplage benthique-pélagique et le cycle biogéochimique microbien. Les conclusions fournissent des indications sur les considérations optimales d’échantillonnage utilisant la cytométrie en flux dans les sites d’aquaculture en fonction de la géomorphologie et de l’hydrodynamique des échancrures.Citer ces données comme: Sharpe H, Lacoursière-Roussel A, Barrell J (2024). Monitoring bay-scale bivalve aquaculture ecosystem interactions using flow cytometry. Version 1.2. Fisheries and Oceans Canada. Samplingevent dataset. https://ipt.iobis.org/obiscanada/resource?r=monitoring_bay-scale_bivalve_aquaculture_ecosystem_interactions_using_flow_cytometry&v=1.2

Les cyanobactéries (également appelées algues bleu-vert) sont des bactéries photosynthétiques courantes qui vivent dans les eaux de surface. Dans des conditions favorables, telles que l'eau chaude et une teneur élevée en nutriments, ces bactéries peuvent former des « proliférations » nuisibles. La présence de fleurs dans les eaux utilisées à des fins récréatives entraîne une esthétique désagréable et l'exposition à certaines proliférations productrices de toxines peut présenter des risques potentiels pour la santé. Le contact avec les fleurs peut provoquer des éruptions cutanées et des irritations, des démangeaisons oculaires et des otites. L'inhalation d'eau peut provoquer des réactions de type allergique, un écoulement nasal ou des maux de gorge. L'ingestion de toxines peut provoquer divers symptômes (par exemple, des effets hépatotoxiques ou neurotoxiques, voire la mort). Les recherches menées au cours des 25 dernières années, les récents efforts de surveillance et le renforcement de l'éducation du public sur le sujet ont permis de sensibiliser davantage le public. En 2009, le ministère de la Santé de l'Alberta et les Services de santé de l'Alberta ont commencé à surveiller la prolifération de cyanobactéries sur les plages récréatives très fréquentées. En 2019, les exploitants de plages ont repris le rôle d'échantillonnage des services de santé de l'Alberta dans le cadre du protocole Alberta Safe Beach. L'eau est collectée dans les eaux peu profondes adjacentes aux plages et soumise à des laboratoires pour analyse des indicateurs de prolifération de cyanobactéries. Ces données, associées à une inspection visuelle, sont utilisées pour caractériser les proliférations potentielles de cyanobactéries et émettre des avis d'utilisation des eaux à des fins récréatives lorsque des cyanobactéries sont détectées dans un plan d'eau à des niveaux susceptibles de nuire à la santé humaine. Les données présentées ci-dessous sont organisées en deux fichiers contenant des données complémentaires et des indicateurs clés de prolifération de cyanobactéries, ainsi que des dénombrements d'espèces individuelles de cyanobactéries, respectivement. Chaque rangée représente un échantillon d'eau prélevé sur une plage de l'Alberta. Dans les données sur les espèces de cyanobactéries, chaque échantillon d'eau sera associé à de nombreuses lignes de données. Chaque colonne représente un élément d'information sur cet échantillon d'eau (par exemple, des indicateurs clés et des informations complémentaires) qui est utilisé pour caractériser les proliférations de cyanobactéries. Les données de l'année en cours (2025) doivent être considérées comme préliminaires et peuvent être modifiées au fur et à mesure des étapes supplémentaires de contrôle et d'assurance qualité. Cet ensemble de données est mis à jour tous les mois entre juin et septembre de chaque année. Pour plus d'informations sur ces indicateurs, veuillez consulter les descriptions des colonnes « Considérations relatives à l'utilisation » associées à cet ensemble de données.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

OBJECTIF :Le but de ce travail était de déterminer (1) comment la génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal de la merluche blanche (Urophycis tenuis), et (2) si la variation de la communauté microbienne fournit des informations complémentaires sur la structure de la population de cette espèce dans l'est du Canada.DESCRIPTION :L’intégration du microbiote associé à l’hôte aux approches génomiques offre un cadre prometteur pour mieux comprendre les multiples dimensions biologiques qui façonnent la structure des populations chez les poissons marins. Une compréhension claire de la structure et de la dynamique des populations biologiques est essentielle pour des décisions éclairées en matière de gestion des pêches et de conservation ; toutefois, bien que les approches génomiques aient considérablement amélioré notre capacité à délimiter les populations biologiques, elles n’offrent qu’une représentation partielle de la structure biologique, car les patrons de différenciation reflètent à la fois la divergence historique et les conditions écologiques contemporaines. Le microbiote associé à l’hôte peut influencer les processus écologiques à l’échelle des populations en apportant une variation fonctionnelle et potentiellement héréditaire qui façonne le phénotype et le fitness de l’hôte.Dans cette étude, nous avons combiné le génotypage par séquençage et le séquençage des amplicons du gène de l’ARNr 16S afin d’examiner comment la structure génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal et d’évaluer si la variation des communautés microbiennes fournit des informations complémentaires sur la structure des populations chez la merluche blanche (Urophycis tenuis) dans l’est du Canada. Les analyses génomiques ont permis d’identifier deux populations présentant un chevauchement spatial plus important que celui rapporté précédemment. La partition de la variation a révélé que la génétique de l’hôte expliquait une fraction négligeable de la variation du microbiote comparativement aux facteurs environnementaux et à la taille des poissons, ce qui suggère une influence des changements ontogénétiques dans l’utilisation de l’habitat et des ressources sur la composition du microbiote intestinal. Plusieurs taxons présentaient une abondance différentielle entre les catégories de taille des poissons, utilisées comme indicateur du régime alimentaire, notamment des taxons ayant un potentiel de dégradation de la chitine, tels que Photobacterium et Lachnospirales, lesquels étaient enrichis chez les individus de plus petite taille, connus pour consommer un régime dominé par les crustacés. Ensemble, ces résultats indiquent que la composition du microbiote intestinal chez la merluche blanche reflète principalement des processus écologiques et d’histoire de vie plutôt que la structure génétique des populations de l’hôte. PARAMÈTRES COLLECTÉS :Des paramètres environnementaux ont également été collectés à la plupart des sites d'échantillonnage, y compris la profondeur, température de l'eau, le niveau d'oxygène et la salinité.DÉTAILS DE L'ÉCHANTILLON PHYSIQUE :Des échantillons de nageoires ont été collectés pour caractériser les génotypes des poissons. Des échantillons d'intestin (rectum) ont été collectés pour étudier le microbiome intestinal des poissons.MÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :En 2022 et 2023, les merluches blanches ont été échantillonnées lors des relevés annuels écosystémiques au chalut de fond du ministère des Pêches et des Océans Canada (MPO).LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Découvertes historiques de Coleophora serratella

Découvertes historiques de Fenusa pumila

Ce nouvel ensemble de donnees puise ses donnees du Waste Management Information System (systeme d'information sur la gestion des dechets), une base de donnees MS Access dont se sert le MRN pour faire le suivi des sites de gestion des dechets. Lorsque cela s'averait possible, on a associe certaines donnees de cet ensemble aux donnees spatiales sur les lieux d'elimination des dechets. Les donnees sur les types de lieux d'elimination des dechets recueillies par le ministere des Richesses naturelles portent notamment sur les types de lieux ci-dessous. * Lieux de compostage * Lieux d'elimination des dechets dangereux * Lieux d'elimination des ordures menageres * Lieux d'elimination des dechets industriels * Lits de sechage de boues de fosses septiques * Champs d'epuration * Lieux d'elimination des eaux d'egout * Champs d'epandage * Stations de transfert Ce produit necessite l'utilisation de logiciels du SIG. *[MRN]: ministère des Richesses naturelles *[SIG]: système d’information géographique *[MS]: Microsoft** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie. Les valeurs françaises pour le titre et la description du jeu de données proviennent de la province de l’Ontario alors que celles des mots-clés et des noms des ressources sont le résultat d'une traduction automatique (Amazon Translate) **

Découvertes historiques de Coleophora laricella

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b