Depuis 1988, les gouvernements du Canada et du Québec travaillent de concert afin de conserver et de mettre en valeur le fleuve Saint-Laurent dans le cadre du Plan d’action Saint-Laurent (PASL). L’un des projets identifiés sous le thème de la conservation de la biodiversité est l’élaboration d’un plan intégré de conservation des milieux naturels et de la biodiversité du Saint-Laurent.L’identification des milieux naturels prioritaires pour la conservation de la biodiversité s’est imposée comme la première étape dans cet exercice de planification. Or, la planification de la conservation des milieux naturels nécessite d’avoir une image juste, fiable, précise et actuelle de la répartition spatiale des écosystèmes dans le territoire d’étude. De façon à produire un Atlas des territoires d’intérêt pour la conservation dans les Basses-terres du Saint-Laurent, la réalisation d’une cartographie actualisée de l’occupation du sol de ce vaste territoire a donc été entreprise.Ce projet a nécessité l’obtention d’informations fiables sur les milieux naturels des Basses-terres du Saint-Laurent. Bien que de nombreux et excellents produits cartographiques existent déjà pour délimiter différents types de milieux, ils recouvrent souvent des régions bien circonscrites et il était donc particulièrement important d’obtenir un produit homogène sur l’ensemble du territoire. Ceci permet du même coup d’obtenir les meilleures informations sur ses différentes composantes : Milieux agricoles, aquatiques, anthropiques, boisés, humides ainsi que les friches et les sols dénudés. La cartographie de l’occupation du sol des Basses-terres du Saint-Laurent est ainsi principalement basée sur un regroupement et une bonification des meilleurs produits existants pour chacune des thématiques. Ce projet a été réalisé en collaboration avec le MDDELCC dans le cadre du Plan d'Action Saint-Laurent (PASL).

Les données représentent une évaluation du risque pour la biodiversité dans la zone agricole de l'Alberta en 2002. Le risque lié à la biodiversité fait référence à la perte de diversité biologique ou à la diversité de la vie végétale et animale dans les paysages agricoles. Cette carte, créée dans ArcGIS, tente de montrer où la biodiversité pourrait être menacée, par exemple dans les zones comportant un habitat important qui coïncident avec des zones de plus grande activité économique agricole. On pense que la biodiversité influe sur la santé globale de l'environnement.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

Mis en œuvre dans le cadre du plan de surveillance de la zone de protection marine de l’estuaire de la Musquash, ce projet vise à établir une base de référence pour la biodiversité de l’endofaune dans cette zone. La collecte de données a débuté en 2010 et a permis d’obtenir des renseignements de surveillance sur la productivité, la biodiversité et les indicateurs d’habitat dans le havre Musquash. Une benne benthique Ponar de 1 500 centimètres cubes a été déployée à 30 stations choisies aléatoirement et réparties sur trois strates (chenal, zone intertidale et zone infratidale). Des échantillons devaient être recueillis jusqu’à trois fois par année afin de tenir compte des variations saisonnières et annuelles. Une fois prélevés, les échantillons étaient analysés pour déterminer les changements dans la granulométrie, la teneur en carbone (perte au feu), et l’abondance, la diversité et la biomasse des espèces.Citer ces données comme: Cooper, J.A., and Blanchard, M. Endofaune benthique de la Musquash. Publié en Septembre 2023. Division de la science des écosystèmes côtiers, Pêches et Océans Canada, St. Andrews, N-B.Pour de plus amples renseignements, veuillez consulter:Cooper, A., Abbott, M., Allard, K., Chang,, B., Courtenay, S., Doherty, P., Greenlaw, M., Ipsen, E., Koropatnick, T., Law, B., Losier, R., Martin, J., Methven, D., and Page, F. 2014. Musquash Estuary Marine Protected Area (MPA): Data Assessment. DFO Can. Sci. Advis. Sec. Res. Doc. 2014/001. v + 57 p. Cooper, J.A., Jones, O. and Blanchard, M. 2023. Review of Baseline Monitoring within the Musquash Estuary Marine Protected Area. DFO Can. Sci. Advis. Sec. Res. Doc. 2023/028. viii + 56 p.Oceans and Coastal Management Division (OCMD). 2015. Musquash Estuary Marine Protected Area Ecosystem Monitoring Plan (2014-2019). Can. Manuscr. Rep. Fish Aquat. Sci. 3077: v+17 pp.MPO. 2022. Examen de la surveillance de la zone de protection marine de l’estuaire de la Musquash en 2021. Secr. can. des avis sci. du MPO. Avis sci. 2022/016

Pêches et Océans Canada (MPO) a sélectionné le secteur de la péninsule de Manicouagan comme site d’intérêt pour l’établissement éventuel d’une Zone de Protection Marine (ZPM) en 1998. Dans cet optique, le MPO a procédé à des relevés permettant l’évaluation de la biodiversité benthique entre 2006 et 2008.Lors des différentes campagnes, plus d’une centaine de stations ont été échantillonnées au moyen de divers engins permettant de cibler les espèces épibenthiques et endobenthiques. Divers engins ont été utilisés lors des trois années d’échantillonnage, notamment une benne SM (Smith-McIntyre) d’une superficie de 0.1 m2 et hauteur de 20 cm, une benne de type IKU d’une superficie de 1,5 m2 et hauteur de 50 cm, une drague hydraulique mesurant 1,36 m de large et 0,66 m de hauteur avec une maille de filet de 2.3 cm. Comme la drague colmatait assez rapidement, des organismes de petites tailles étaient récoltés abondamment. En 2006 et 2007, une caméra installée sur un traineau tiré par un bateau le long de transects de longueur variable selon les campagnes d’ échantillonnage a récolté des images (3 008 x 2 000 pixels) aux 10 secondes, représentant une superficie du fond marin de 40 x 40 cm.Les données sont présentées en format Darwin Core dans le fichier “donnees_manicouagan_data”. Les données disponibles comprennent les identifications taxonomiques des échantillons (individus récoltés ou identifiés sur les images) ainsi que les métadonnées liées aux stations, notamment la date d’échantillonnage, la profondeur et les coordonnées géographiques. Noter que les profondeurs sont à titre indicatif seulement, la bathymétrie étant très abrupte dans ce secteur. De plus amples détails sur l’échantillonnage se trouvent dans le rapport suivant : Provencher, L et Nozères, C. 2011. Protocole de suivi des communautés benthiques de la zone de protection marine Manicouagan. Secr. can. de consult. sci. du MPO. Doc. de rech. 2011/051. iv +25 p. https://waves-vagues.dfo-mpo.gc.ca/library-bibliotheque/344357.pdf

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

Un relevé de recherche sur la mactre de Stimpson (Mactromeris polynyma) a été réalisé du 15 au 26 juin 2017 dans l'estuaire du Saint-Laurent sur le gisement de Forestville (zone de pêche 1A). L’objectif principal de ce relevé était d’étudier la répartition spatiale des tailles précommerciale (< 80 mm) et commerciale (≥ 80 mm) de la mactre de Stimpson ainsi que d’évaluer l’abondance et la diversité des espèces benthiques associées à l’habitat sableux de la mactre de Stimpson. Seules les données des espèces benthiques associées à l’habitat de la mactre de Stimpson sont présentées dans ce jeu de données.Les données ont été récoltées selon un plan d’échantillonnage systématique constitué de 77 stations, entre 7 et 45 m de profondeur. Les stations étaient espacées de 200 m entre elles et dispersées sur un total de 18 transects perpendiculaires à la bathymétrie. Les transects étaient parallèles et espacés de 500 m entre eux. Les spécimens ont été récoltés à l’aide d’une drague hydraulique de type « Nouvelle-Angleterre » d’une longueur totale de 2.29 mètres et une largeur totale de 1.68 mètre, dont 1.35 mètre, de largeur de couteau. La drague était doublée avec du Vexar™ de maillage de 19 millimètres afin de récolter les petits individus. Les traits ont été réalisés à une vitesse de 0.2-0.3 nœuds pour une durée de 2 à 3 minutes. Les positions début et fin ont été notées pour calculer la distance parcourue à chaque trait à l'aide de la bibliothèque geosphere de R. La distance moyenne des traits était d’environ 25 m. La superficie couverte à chaque trait était le produit de la largeur du couteau de la drague et de la distance.Les trois fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont reliés par la clé « IDactivité ». Le fichier «Information_activité» comprend les informations génériques de l'activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «information_supplémentaire_activité_et_occurrence» comprend notamment la taille de l'échantillon, le protocole et l’effort d’échantillonnage. Le fichier «occurrence_taxon» comprend la taxonomie des espèces observées, identifiées à l’espèce ou au niveau taxonomique le plus bas possible. Pour obtenir l’évaluation de l’abondance et de la biomasse, communiquez avec Virginie Roy (virginie.roy@dfo-mpo.gc.ca).Pour les contrôles de qualité, tous les noms taxonomiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ « IDnomScientifique » du fichier d'occurrence. Les cas spéciaux ont été notés dans le champ « commentairesIdentification » et certains spécimens sélectionnés ont été confirmés à l'aide de photos de terrain. Les contrôles de la qualité des données ont été effectués à l'aide des bibliothèques R obistools et worrms. Tous les emplacements d'échantillonnage ont été validés spatialement.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

L’initiative Pole to Pole du Marine Biodiversity Observation Network (MBON P2P) a pour but d’élaborer un cadre pour la collecte, l’utilisation et le partage de données sur la biodiversité marine d’une manière coordonnée et normalisée, en s’appuyant sur l’infrastructure existante gérée par le Système mondial d’observation de l’océan (SMOO; COI-UNESCO), le Réseau d’observation de la biodiversité du Groupe des observations de la Terre (GEO BON) et le Système d’information biogéographique des océans (OBIS). L’initiative Pole to Pole du MBON vise à devenir une ressource essentielle pour la prise de décision et la gestion des ressources vivantes dans les pays des Amériques en ce qui concerne les exigences en matière de rapports, et ce, dans le cadre de la Plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques (IPBES), des objectifs d’Aichi sur la Convention sur la diversité biologique (CDB) et des objectifs du Programme de développement durable à l’horizon 2030.Cette collecte correspond aux espèces que l’on a observées sur les plages de sable du havre Musquash, la baie Mispec et de Plage de New River au Nouveau-Brunswick, au Canada, en utilisant le protocole d’échantillonnage de MBON P2P pour les plages de sable, avec le financement du Programme sur les données environnementales côtières de référence du gouvernement du Canada.La présente publication doit être citée comme suit : Reinhart B, Jonah L (2025). MBON POLE TO POLE: SANDY BEACH BIODIVERSITY OF SOUTHWEST NEW BRUNSWICK, CANADA. Version 1.7. Caribbean OBIS Node. Samplingevent dataset. https://ipt.iobis.org/mbon/resource?r=sandybeachesbayoffundynb&v=1.7

Cette couche de données spatiales « actuelle » est accessible au public, contient les polygones de la zone de gestion non légale des vieux peuplements (OGMA) les plus récents et exclut toute information sensible. Ces données représentent des zones de forêts anciennes définies dans l'espace qui sont identifiées lors de la planification des unités paysagères ou d'un processus de planification opérationnelle. Les titulaires de licences forestières ne sont pas tenus de suivre les directives fournies par les OGMA non légaux lors de la préparation des PSF, et peuvent choisir de gérer les objectifs de biodiversité des anciennes pousses d'une autre manière. Les OGMA, en combinaison avec d'autres domaines où le développement forestier est empêché ou limité, sont utilisés pour atteindre les objectifs en matière de biodiversité. Veuillez consulter les informations supplémentaires et les commentaires relatifs à la description de l'objet ci-dessous.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

L’initiative Pole to Pole du Marine Biodiversity Observation Network (MBON P2P) a pour but d’élaborer un cadre pour la collecte, l’utilisation et le partage de données sur la biodiversité marine d’une manière coordonnée et normalisée, en s’appuyant sur l’infrastructure existante gérée par le Système mondial d’observation de l’océan (SMOO; COI-UNESCO), le Réseau d’observation de la biodiversité du Groupe des observations de la Terre (GEO BON) et le Système d’information biogéographique des océans (OBIS). L’initiative Pole to Pole du MBON vise à devenir une ressource essentielle pour la prise de décision et la gestion des ressources vivantes dans les pays des Amériques en ce qui concerne les exigences en matière de rapports, et ce, dans le cadre de la Plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques (IPBES), des objectifs d’Aichi sur la Convention sur la diversité biologique (CDB) et des objectifs du Programme de développement durable à l’horizon 2030.Cette collecte correspond aux espèces que l’on a observées sur des rivages rocailleux du havre Musquash, baie Passamaquoddy et de la baie Mispec, au Nouveau-Brunswick, au Canada, en utilisant le protocole d’échantillonnage de MBON P2P pour les plages de sable, avec le financement du Programme sur les données environnementales côtières de référence du gouvernement du Canada.La présente publication doit être citée comme suit : Reinhart B, Cooper A, Nason R, Jonah L (2025). MBON POLE TO POLE: ROCKY SHORE BIODIVERSITY OF MUSQUASH HARBOUR, PASSAMAQUODDY BAY AND MISPEC BAY. Version 1.7. Caribbean OBIS Node. Samplingevent dataset. https://ipt.iobis.org/mbon/resource?r=rockyshoresbayoffundynb&v=1.7