Application Web indiquant l’emplacement des entreprises manitobaines qui offrent des services d’entreposage et de distribution des aliments et des bioproduits.Cette application Web indique l’emplacement géographique des entreprises manitobaines qui offrent des services d’entreposage et de distribution des aliments et des bioproduits. La présente liste n’est pas exhaustive et ne constitue pas une recommandation de services. Pour obtenir de plus amples renseignements, consultez le site Web d’Agriculture Manitoba . Cette application utilise la couche d’éléments des services d’entreposage et de distribution des aliments et des bioproduits et la carte des services d’entreposage et de distribution des aliments et des bioproduits du Manitoba.

Application Web illustrant l’emplacement des entreprises de produits agro-industriels du Manitoba qui fournissent des bioproduits ou des services connexes.Cette application montre la localisation géographique des entreprises de produits agro-industriels du Manitoba qui proposent des bioproduits ou des services connexes. La présente liste n’est pas exhaustive et ne constitue pas une recommandation de services. Pour obtenir de plus amples renseignements, consultez le site Web d’ Agriculture Manitoba. Écrivez à Agriculture Manitoba à mbagrifood@gov.mb.ca si vous souhaitez que votre entreprise figure sur la liste.   Cette application utilise la couche de caractéristiques des données de l’outil de recherche debioproduits et de services connexes  ainsi que la carte de recherche de bioproduitset de services connexes .

Application Web indiquant l'emplacement des entreprises de produits agricoles du Manitoba qui offrent des bioproduits et/ou des services.Cette application indique les emplacements géographiques des entreprises de produits agricoles du Manitoba qui offrent des bioproduits et/ou des services. Cette liste n'est pas exhaustive et ne constitue pas une approbation des services. Pour en savoir plus, consultez le site du ministère de l'Agriculture du Manitoba. Contactez le ministère de l'Agriculture du Manitoba à l'adresse mbagrifood@gov.mb.ca pour que votre entreprise soit ajoutée à la liste. Cette application utilise la couche de fonctionnalités Bioproduct and Service Finder Data et la carte Bioproduct and Service Finder.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

Pepin et ses collaborateurs (2014) ont affirmé que trois échelles spatiales imbriquées ont été désignées comme pertinentes aux fins de l’élaboration de résumés et de plans de gestion d’écosystèmes : l’échelle des biorégions, l’échelle des unités de production écosystémique (UPE) et l’échelle des écorégions. Une biorégion est composée d’une ou de plusieurs UPE, et une UPE consiste en une combinaison d’écorégions, qui représentent des éléments ayant des caractéristiques physiques et biologiques différentes, selon les critères d’analyse appliqués. Pepin et ses collaborateurs (2014) ont fait état de la consolidation des données et des analyses de la structure des écorégions pour les zones du plateau continental qui s’étendent de la mer du Labrador au golfe médio-atlantique et ont formulé des recommandations sur la désignation des UPE dans la zone visée par la Convention de l’OPANO. Les résultats de deux analyses en classification automatique à k moyennes (une avec des contraintes géographiques et l’autre sans contrainte) et les connaissances d’experts (y compris l’emplacement des écorégions, les connaissances sur la répartition des principales ressources marines et des grands stocks de poissons, et la proximité géographique aux fins de la désignation et de la délimitation des unités de gestion potentielles) ont guidé l’évaluation du groupe de travail sur la science et l’évaluation des écosystèmes de l’OPANO (Organisation des pêches de l’Atlantique Nord-Ouest). Le consensus final des discussions a permis de désigner huit (8) UPE principales qui pourraient être proposées comme unités de gestion (des isobathes de 50 mètres, où les données des navires de recherche étaient disponibles, vers le large jusqu’aux isobathes de 1 500 mètres); ces unités sont les suivantes : le Plateau du Labrador (sous zones de l’OPANO 2GH), le Plateau nord-est de Terre Neuve (sous-zones 2J3K), les Grands Bancs (sous zones 3LNO), le Bonnet Flamand (sous zone 3M), le Plate-forme Néo-Écossais (sous zones 4VnsWX), le Banc de Georges (portions des sous zones 5Ze et 5Zw), le Golfe du Maine (sous zone 5Y et portion de la sous zone 5Ze) et L’Anse Médio-Atlantique (portion de la sous zone 5Zw et des sous zones 6ABC). Le Plateau sud de Terre Neuve (sous-zone 3Ps) n’a pas été inclus dans l’analyse originale, car les données du relevé d’automne n’étaient pas disponibles. Cette zone a cependant été ajoutée ultérieurement à titre d’UPE, car une analyse supplémentaire de la structure et des tendances des communautés de poissons réalisée à l’aide des données du relevé du printemps a révélé que cette zone est fortement influencée par les UPE avoisinantes (NAFO 2015)Les unités de gestion potentielles proposées correspondent aux UPE qui désignent les principales zones des biorégions qui comportent un réseau trophique ou un système de production raisonnablement bien défini. Le groupe de travail a souligné que la solution consensuelle constitue un compromis dont le but est de définir les unités de gestion en fonction des limites des sous zones existantes de l’OPANO qui sont appropriées aux fins de l’établissement d’estimations pour l’écosystème et la production halieutique. Références : NAFO. 2015. Report of the 8th Meeting of the NAFO Scientific Council (SC) Working Group on Ecosystem Science and Assessment (WGESA). 17-26 November 2015, Dartmouth, Canada. NAFO SCS Doc. 15/19.Pepin, P., Higdon, J., Koen-Alonso, M., Fogarty, M., and N. Ollerhead. 2014. Application of ecoregion analysis to the identification of Ecosystem Production Units (EPUs) in the NAFO Convention Area. NAFO SCR Doc. 14/069.

OBJECTIF :Le but de ce travail était de déterminer (1) comment la génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal de la merluche blanche (Urophycis tenuis), et (2) si la variation de la communauté microbienne fournit des informations complémentaires sur la structure de la population de cette espèce dans l'est du Canada.DESCRIPTION :L’intégration du microbiote associé à l’hôte aux approches génomiques offre un cadre prometteur pour mieux comprendre les multiples dimensions biologiques qui façonnent la structure des populations chez les poissons marins. Une compréhension claire de la structure et de la dynamique des populations biologiques est essentielle pour des décisions éclairées en matière de gestion des pêches et de conservation ; toutefois, bien que les approches génomiques aient considérablement amélioré notre capacité à délimiter les populations biologiques, elles n’offrent qu’une représentation partielle de la structure biologique, car les patrons de différenciation reflètent à la fois la divergence historique et les conditions écologiques contemporaines. Le microbiote associé à l’hôte peut influencer les processus écologiques à l’échelle des populations en apportant une variation fonctionnelle et potentiellement héréditaire qui façonne le phénotype et le fitness de l’hôte.Dans cette étude, nous avons combiné le génotypage par séquençage et le séquençage des amplicons du gène de l’ARNr 16S afin d’examiner comment la structure génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal et d’évaluer si la variation des communautés microbiennes fournit des informations complémentaires sur la structure des populations chez la merluche blanche (Urophycis tenuis) dans l’est du Canada. Les analyses génomiques ont permis d’identifier deux populations présentant un chevauchement spatial plus important que celui rapporté précédemment. La partition de la variation a révélé que la génétique de l’hôte expliquait une fraction négligeable de la variation du microbiote comparativement aux facteurs environnementaux et à la taille des poissons, ce qui suggère une influence des changements ontogénétiques dans l’utilisation de l’habitat et des ressources sur la composition du microbiote intestinal. Plusieurs taxons présentaient une abondance différentielle entre les catégories de taille des poissons, utilisées comme indicateur du régime alimentaire, notamment des taxons ayant un potentiel de dégradation de la chitine, tels que Photobacterium et Lachnospirales, lesquels étaient enrichis chez les individus de plus petite taille, connus pour consommer un régime dominé par les crustacés. Ensemble, ces résultats indiquent que la composition du microbiote intestinal chez la merluche blanche reflète principalement des processus écologiques et d’histoire de vie plutôt que la structure génétique des populations de l’hôte. PARAMÈTRES COLLECTÉS :Des paramètres environnementaux ont également été collectés à la plupart des sites d'échantillonnage, y compris la profondeur, température de l'eau, le niveau d'oxygène et la salinité.DÉTAILS DE L'ÉCHANTILLON PHYSIQUE :Des échantillons de nageoires ont été collectés pour caractériser les génotypes des poissons. Des échantillons d'intestin (rectum) ont été collectés pour étudier le microbiome intestinal des poissons.MÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :En 2022 et 2023, les merluches blanches ont été échantillonnées lors des relevés annuels écosystémiques au chalut de fond du ministère des Pêches et des Océans Canada (MPO).LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Cette étude visait à caractériser le banc de laminaires de la Batture-aux-Alouettes, une source de nourriture de prédilection pour l’oursin vert (Strongylocentrotus droebachiensis). L’oursin vert est pêché commercialement au Québec et l’effort de pêche est concentré sur la Batture-aux-Alouettes près de Tadoussac, à l’embouchure du fjord du Saguenay. L’étude a été effectuée en deux phases distinctes en 2018 et en 2019. L’objectif principal de cette étude était de déterminer l’abondance et la biomasse du banc de laminaires de la Batture-aux-Alouettes. La première phase, réalisé selon un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié, a été effectuée du 21 au 24 août 2018. L’échantillonnage de deux quadrats de 50 x 50 cm, séparés par une distance d’environ 30 m, a été effectué à onze sites lors de douze plongées dans la section est de la Batture-aux-Alouettes pour récolter des laminaires en vue d’estimer leur biomasse et d’évaluer la richesse spécifique des macroalgues. À la deuxième phase, un total de 429 stations ont d’abord été échantillonnés entre le 15 et le 18 juillet 2019 avec un système de caméra déposé comportant deux quadrats de 50 x 50 cm. La présence ou l’absence de laminaires, le pourcentage de recouvrement de macroalgues et le type de substrat ont été évalués pour chaque photo. Suite à cette analyse photographique sous-marine, 129 de ces stations ont été identifiées comme ayant une présence de laminaires et 88 de ces stations possédaient une présence d’autres espèces d’algues. Afin d’assurer une représentation égale des différentes strates de profondeur, les stations ayant des laminaires ont été divisées en trois catégories de profondeur : peu profonde (-1,7 m à 0 m), moyenne (0 m à 2 m) et profonde (2 m à 5 m). Les plongées se sont déroulées du 13 au 15 août 2019, à dix de ces stations selon un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié, en prenant soin d’assurer une répartition spatiale équilibrée ainsi qu’une répartition égale des différentes strates de profondeur (quatre dans la zone peu profonde, trois dans la moyenne et deux dans la profonde). L’échantillonnage du quadrat de 50 x 50 cm en plongée a eu lieu à trois distances différentes espacées de 5 m à partir d’un transect, soit à la marque de 3 m (_3m), 8 m (_8m) et 13 m (_13m). S’il y avait peu ou pas de laminaires dans le quadrat, l’échantillonnage du quadrat pouvait être répété pour un maximum de quatre quadrats par distance pour une superficie totale de 1 m². Deux quadrats supplémentaires ont été effectués (_x) à deux stations. Une évaluation de la biomasse a également été faite via un échantillonnage de type « emporte-pièce » (_CC). Les plongeurs prenaient le même quadrat de 50 x 50 cm et le plaçait sur une parcelle choisie (c.-à-d. : non aléatoire) avec 100 % de couverture de laminaires.Les trois fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont reliés par la clé «IDactivité» . Le fichier «information_activité» comprend les informations génériques de l'activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «information_supplémentaire_activité_et_occurrence» comprend notamment la taille de l'échantillon, le protocole et l’effort d’échantillonnage. Le fichier «occurrence_taxon» comprend la taxonomie des espèces observées, identifiées à l’espèce ou au niveau taxonomique le plus bas possible. Pour obtenir l’évaluation de l’abondance et de la biomasse du banc de laminaires de la Batture-aux-Alouettes, communiquez avec Rénald Belley (renald.belley@dfo-mpo.gc.ca).Pour les contrôles de qualité, les organismes ont été identifiés sur le terrain à l’aide du guide suivant : Chabot, Robert et Anne Rossignol. 2003. Algues et faune du littoral du Saint-Laurent maritime : Guide d'identification. Institut des Sciences de la mer de Rimouski, Rimouski ; Pêches et Océans Canada (Institut Maurice-Lamontagne), Mont-Joli. 113 pages. La taxonomie a été vérifiée sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues et à l’aide des bibliothèques R obistools et worrms. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ «IDnomScientifique» du fichier d'occurrence. Tous les lieux d'échantillonnage ont été validé spatialement. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.

Le Réseau canadien de biosurveillance aquatique (RCBA) est un programme de biosurveillance aquatique visant à évaluer la santé des écosystèmes d'eau douce au Canada. Les macroinvertébrés benthiques sont récoltés sur un site et leurs dénombrements sont utilisés comme indicateurs de la santé de ce plan d'eau. Le RCBA se base sur l'approche du réseau de réseaux qui favorise la collaboration interorganisationnelle et le partage de données afin de produire des rapports cohérents et comparables sur la qualité de l'eau douce et les conditions des écosystèmes aquatiques au Canada. Le programme est mis à jour par Environnement et Changement climatique Canada (ECCC) pour soutenir la récolte, l'évaluation, la production de rapports et la distribution d'information sur la surveillance biologique. Un ensemble de protocoles RCBA normalisés à l'échelle nationale est utilisé pour la collecte sur le terrain, les travaux de laboratoire et l'analyse des données de surveillance biologique. Un programme de formation est disponible pour la certification des participants aux protocoles normalisés. Il y a deux types de sites dans la base de données RCBA (référence et test). Les sites de référence représentent les habitats les plus proches de «l’état naturel» avant toute perturbation anthropique. Les données provenant des sites de référence servent à créer des modèles de référence que les partenaires du RCBA utilisent pour évaluer leurs sites test selon une approche connue sous le nom d'approche des conditions de référence (ACR). À l'aide des modèles d'ACR, les partenaires du RCBA jumellent leurs sites test à des groupes de sites de référence pour des habitats similaires et comparent les communautés de macroinvertébrés observées. L'importance des divergences entre les communautés de sites test et les communautés de sites de référence permet aux partenaires du RCBA d'estimer la gravité des impacts à ces endroits. Les échantillons RCBA ont été récoltés depuis 1987 et sont organisés dans la base de données par étude (projet partenaire). Chaque étude comporte des données sur les sites, les habitats et les invertébrés benthiques, et ceci dans les 11 principaux bassins hydrologiques (MDA) du Canada. Des liens vers des données complémentaires sur la qualité de l'eau sont fournis lorsqu'elles sont disponibles. Les visites peuvent être effectuées au même endroit au fil du temps, les visites récurrentes étant identifiées par un nom d'étude / un code de site identique avec des dates différentes. Toutes les données recueillies par le gouvernement fédéral sont disponibles sur Open Data, et de plus en plus de partenaires y ajoutent continuellement leurs données. Les fichiers csv sont mis à jour sur une base mensuelle. Contactez le responsable d'étude RCBA pour demander l'autorisation d'accéder aux données non libres.

Découvertes historiques de Coleophora laricella

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

Les monts sous-marins ont été désignés comme des zones d’importance écologique et biologique (ZIEB) en raison de leur océanographie et de leur écologie uniques; ils servent fréquemment de sites de pêche, ainsi que d’habitat pour un certain nombre d’espèces dont la conservation est préoccupante. Des monts sous-marins isolés et des complexes de monts sous-marins sont répartis dans les eaux extracôtières du Pacifique canadien, bien que seulement certains d'entre eux portent un nom. Nous avons utilisé plusieurs bases de données spatiales et des modèles prédictifs préexistants pour cartographier tous les monts sous-marins nommés dans la zone économique exclusive (ZEE) du Canada, tous ceux où la pêche est pratiquée par le Canada dans les eaux internationales, et tous les monts sous-marins sans nom prédits (modélisés) dans la ZEE. Ces données visent à éclairer les initiatives de planification marine en Colombie-Britannique en fournissant des données scientifiques collaboratives et évaluées par des pairs à des échelles pertinentes pour une analyse de la côte de la Colombie-Britannique.