Le Réseau canadien de biosurveillance aquatique (RCBA) est un programme de biosurveillance aquatique visant à évaluer la santé des écosystèmes d'eau douce au Canada. Les macroinvertébrés benthiques sont récoltés sur un site et leurs dénombrements sont utilisés comme indicateurs de la santé de ce plan d'eau. Le RCBA se base sur l'approche du réseau de réseaux qui favorise la collaboration interorganisationnelle et le partage de données afin de produire des rapports cohérents et comparables sur la qualité de l'eau douce et les conditions des écosystèmes aquatiques au Canada. Le programme est mis à jour par Environnement et Changement climatique Canada (ECCC) pour soutenir la récolte, l'évaluation, la production de rapports et la distribution d'information sur la surveillance biologique. Un ensemble de protocoles RCBA normalisés à l'échelle nationale est utilisé pour la collecte sur le terrain, les travaux de laboratoire et l'analyse des données de surveillance biologique. Un programme de formation est disponible pour la certification des participants aux protocoles normalisés. Il y a deux types de sites dans la base de données RCBA (référence et test). Les sites de référence représentent les habitats les plus proches de «l’état naturel» avant toute perturbation anthropique. Les données provenant des sites de référence servent à créer des modèles de référence que les partenaires du RCBA utilisent pour évaluer leurs sites test selon une approche connue sous le nom d'approche des conditions de référence (ACR). À l'aide des modèles d'ACR, les partenaires du RCBA jumellent leurs sites test à des groupes de sites de référence pour des habitats similaires et comparent les communautés de macroinvertébrés observées. L'importance des divergences entre les communautés de sites test et les communautés de sites de référence permet aux partenaires du RCBA d'estimer la gravité des impacts à ces endroits. Les échantillons RCBA ont été récoltés depuis 1987 et sont organisés dans la base de données par étude (projet partenaire). Chaque étude comporte des données sur les sites, les habitats et les invertébrés benthiques, et ceci dans les 11 principaux bassins hydrologiques (MDA) du Canada. Des liens vers des données complémentaires sur la qualité de l'eau sont fournis lorsqu'elles sont disponibles. Les visites peuvent être effectuées au même endroit au fil du temps, les visites récurrentes étant identifiées par un nom d'étude / un code de site identique avec des dates différentes. Toutes les données recueillies par le gouvernement fédéral sont disponibles sur Open Data, et de plus en plus de partenaires y ajoutent continuellement leurs données. Les fichiers csv sont mis à jour sur une base mensuelle. Contactez le responsable d'étude RCBA pour demander l'autorisation d'accéder aux données non libres.

Programmes qui effectuent une analyse en laboratoire des fluides corporels et des tissus afin de déterminer la présence d'irrégularités ou d'identifier des substances inconnues soumises pour analyse. La définition est protégée par le droit d'auteur par Information and Referral Federal of Los Angeles County, Inc. (https://211taxonomy.org/subscriptions/#agreement)** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

Les lignes de biobandage de la zone côtière sont une représentation linéaire des différents types de biotes (flore et faune) et de leur distribution, ou de leur absence, présents dans l'unité côtière.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

Les polygones de biobandage de la zone côtière sont une représentation spatiale des différents types de biotes (flore et faune) et de leur distribution, ou de leur absence, présents dans l'unité côtière.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

Le programme Géosciences marines pour la planification spatiale marine (GMPSM), mis en ½uvre par Ressources naturelles Canada (RNCan), est une initiative visant à offrir des produits géoscientifiques régionaux novateurs pour soutenir le ministère des Pêches et des Océans (MPO) dans ses efforts de planification spatiale marine. Le MPO a entrepris la création de stratégies de gestion des océans exhaustives afin d'élaborer des plans de gestion spatiale pour de vastes biorégions partout au Canada. À l'heure actuelle, le programme GMPSM concentre ses efforts sur deux biorégions importantes de l'Atlantique, soit les biorégions de la plateforme néo-écossaise et des plateformes de Terre-Neuve et du Labrador. En vue d'atteindre cet objectif, les travaux présentés dans le présent rapport sont axés sur l'assimilation et le maillage de nombreux ensembles de données bathymétriques disparates provenant de canaux fiables et faisant autorité. L'objectif de cette approche exhaustive de collecte de données est d'établir une grille bathymétrique harmonisée, avec une résolution spatiale uniforme, qui peut servir à la fois pour la modélisation océanographique et l'interprétation géologique. En rassemblant de l'information provenant de diverses sources, nous visons à créer une base complète et fiable qui permettra de prendre des décisions précises et éclairées dans le domaine de la planification spatiale marine, ainsi qu'à améliorer l'exactitude et la fiabilité des analyses et des simulations subséquentes.

Les polygones détaillés de la cartographie du bioterrain (TBT) (STE_TER_BIOTERRAIN_POLYS_SVW) contiennent des polygones TBT dotés d'attributs clés et d'attributs fusionnés (concaténés) dérivés des attributs standard du Resource Inventory Standards Committee (RISC). Cette couche est dérivée de la couche [STE_TEI_ATTRIBUTE_POLYS_SP] (https://catalogue.data.gov.bc.ca/dataset/f2cd2cc3-5f58-481c-bf3c-64934acb6fad) en filtrant sur l'attribut PROJECT_TYPE. Les types de projets incluent : TEM, TEMNSS, TEMPRE, TEMSEI, TEMSET, TEMTSM, TBS, TBT, TEMWHR, TEMSDM, TEMPRW et PEMTBT. Le TBT divise le paysage en unités à l'aide du système de classification du terrain de la Colombie-Britannique et de critères écologiques. Les attributs des polygones incluent (sans toutefois s'y limiter) les matériaux de surface, l'expression de la surface, les processus géomorphologiques, la classe de drainage et l'aspect. Les méthodes TBT comprennent l'interprétation manuelle de photos aériennes appuyée par une vérification sélective sur le terrain. La cartographie du bioterrain fait partie intégrante de la cartographie des écosystèmes et de ses produits dérivés. La couche TBT Detailed Polygon doit être utilisée conjointement avec [TER Project Boundaries] (https://catalogue.data.gov.bc.ca/dataset/ad2f6d1e-cb53-4308-9263-e8deb731b996) qui contient les limites (zones d'étude) et les attributs décrivant chaque projet (métadonnées au niveau du projet), ainsi que des liens vers les emplacements d'autres données associées au projet (par exemple, des rapports, des ensembles de données polygonaux, des fichiers graphiques, des légendes). Les polygones d'inventaire du TBT dotés d'attributs RISC complets sont accessibles via les [packages de distribution de données d'information sur les écosystèmes terrestres (TEI)] (https://catalogue.data.gov.bc.ca/dataset/8fd15e4e-e7b1-4566-81d1-1ff8947bfd46). **Version actuelle** : v12 (2026-06-22)** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

OBJECTIF :Le but de ce travail était de déterminer (1) comment la génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal de la merluche blanche (Urophycis tenuis), et (2) si la variation de la communauté microbienne fournit des informations complémentaires sur la structure de la population de cette espèce dans l'est du Canada.DESCRIPTION :L’intégration du microbiote associé à l’hôte aux approches génomiques offre un cadre prometteur pour mieux comprendre les multiples dimensions biologiques qui façonnent la structure des populations chez les poissons marins. Une compréhension claire de la structure et de la dynamique des populations biologiques est essentielle pour des décisions éclairées en matière de gestion des pêches et de conservation ; toutefois, bien que les approches génomiques aient considérablement amélioré notre capacité à délimiter les populations biologiques, elles n’offrent qu’une représentation partielle de la structure biologique, car les patrons de différenciation reflètent à la fois la divergence historique et les conditions écologiques contemporaines. Le microbiote associé à l’hôte peut influencer les processus écologiques à l’échelle des populations en apportant une variation fonctionnelle et potentiellement héréditaire qui façonne le phénotype et le fitness de l’hôte.Dans cette étude, nous avons combiné le génotypage par séquençage et le séquençage des amplicons du gène de l’ARNr 16S afin d’examiner comment la structure génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal et d’évaluer si la variation des communautés microbiennes fournit des informations complémentaires sur la structure des populations chez la merluche blanche (Urophycis tenuis) dans l’est du Canada. Les analyses génomiques ont permis d’identifier deux populations présentant un chevauchement spatial plus important que celui rapporté précédemment. La partition de la variation a révélé que la génétique de l’hôte expliquait une fraction négligeable de la variation du microbiote comparativement aux facteurs environnementaux et à la taille des poissons, ce qui suggère une influence des changements ontogénétiques dans l’utilisation de l’habitat et des ressources sur la composition du microbiote intestinal. Plusieurs taxons présentaient une abondance différentielle entre les catégories de taille des poissons, utilisées comme indicateur du régime alimentaire, notamment des taxons ayant un potentiel de dégradation de la chitine, tels que Photobacterium et Lachnospirales, lesquels étaient enrichis chez les individus de plus petite taille, connus pour consommer un régime dominé par les crustacés. Ensemble, ces résultats indiquent que la composition du microbiote intestinal chez la merluche blanche reflète principalement des processus écologiques et d’histoire de vie plutôt que la structure génétique des populations de l’hôte. PARAMÈTRES COLLECTÉS :Des paramètres environnementaux ont également été collectés à la plupart des sites d'échantillonnage, y compris la profondeur, température de l'eau, le niveau d'oxygène et la salinité.DÉTAILS DE L'ÉCHANTILLON PHYSIQUE :Des échantillons de nageoires ont été collectés pour caractériser les génotypes des poissons. Des échantillons d'intestin (rectum) ont été collectés pour étudier le microbiome intestinal des poissons.MÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :En 2022 et 2023, les merluches blanches ont été échantillonnées lors des relevés annuels écosystémiques au chalut de fond du ministère des Pêches et des Océans Canada (MPO).LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Symbolisation et publication de l'ensemble de données de caractéristiques ISO BiologicEcologic. 5 septembre 2017.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

Biomasse moyenne du zooplancton (g/m³) aux 46 stations, positionnées le long des sections, du Programme de Monitorage de la Zone Atlantique (PMZA) sous la responsabilité de la région du Québec. Les données de poids humide des dix dernières années ont été moyennées et présentées en 4 couches pour le relevé estival effectué en juin (2013-2022, 2020 non échantillonné) et 4 couches pour les données du relevé d'automne (2013-2022). Les 4 couches représentent le zooplancton total, le mésozooplancton, le macrozooplancton et les euphausides. Les fichiers attachés contiennent les biomasses par année: chaque station est liée à un fichier .png qui affiche les graphiques des données de zooplancton total et d'euphausides par année, et à un fichier .csv qui contient toutes les données (colonnes : Station, Date(UTC), Latitude, Longitude, Sounding(m), Depth_max/Profondeur_max(m), Depth_min/Profondeur_min(m), Mesozooplankton/Mésozooplancton(g/m³), Macrozooplankton/Macrozooplancton(g/m³), Zooplankton/Zooplancton(g/m³), Euphausiids/Euphausides(g/m³)).ObjectifLe Programme de Monitorage de la Zone Atlantique (PMZA) a été mis sur pied en 1998 dans le but d’augmenter la capacité du Ministère de Pêches et Océans Canada (MPO) de détecter, suivre et prévoir les changements de productivité et d’état du milieu marin.Le PMZA recueille des données à partir d’un réseau de stations constitué de sites de monitorage à fréquence élevée et de stations regroupées en sections dans chacune des régions du MPO suivantes : Québec, Golfe, Maritimes et Terre-Neuve. Le plan d’échantillonnage fournit l’information de base sur la variabilité naturelle des propriétés physiques, chimiques et biologiques du Plateau continental du nord-ouest de l'atlantique. L'échantillonnage le long des sections fournit de l’information géographique détaillée mais il est limité à une couverture saisonnière alors que les sites de monitorage situés dans un endroit stratégique et échantillonnés régulièrement fournissent de l’information plus détaillée sur les changements temporels dans les propriétés des écosystèmes.Dans la région du Québec, deux relevés (46 stations regroupées en sections) sont effectués chaque année, un en juin et l’autre à l’automne dans l’estuaire et le golfe du Saint-Laurent. Historiquement, 3 stations fixes ont été échantillonnées plus fréquemment dont la station Rimouski qui fait toujours partie du programme et qui est échantillonnée environ une fois par semaine en saison estivale et de façon occasionnelle en période hivernale.Des rapports annuels (physique, biologique et un Avis scientifique zonal) sont disponibles auprès du Secrétariat canadien de consultation scientifique (SCCS), (http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas-sccs/index-fra.htm).Devine, L., Scarratt, M., Plourde, S., Galbraith, P.S., Michaud, S., and Lehoux, C. 2017. Chemical and Biological Oceanographic Conditions in the Estuary and Gulf of St. Lawrence during 2015. DFO Can. Sci. Advis. Sec. Res. Doc. 2017/034. v + 48 pp. Information additionnelleLe zooplancton est échantillonné par trait vertical fond-surface avec un filet conique de 202 µm et préservé avec une solution de formol 4% tamponné selon le protocole d'échantillonnage du PMZA: Mitchell, M. R., Harrison, G., Pauley, K., Gagné, A., Maillet, G., and Strain, P. 2002. Atlantic Zonal Monitoring Program sampling protocol. Can. Tech. Rep. Hydrogr. Ocean Sci. 223: iv + 23 pp.