Les espèces aquatiques envahissantes représentent une menace économique et écologique pour les eaux côtières canadiennes. Afin de réagir à la situation, Pêches et Océans Canada (MPO) a établi des programmes de surveillance afin de détecter la présence des espèces aquatiques envahissantes comme le crabe vert dans les eaux canadiennes et de faire le suivi de leur propagation. Depuis, des pièges Fukui ont été installés chaque année à de nouveaux lieux de surveillance ainsi qu’à des lieux de suivi à long terme situés un peu partout sur la côte de la Colombie-Britannique.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

OBJECTIF :Fournir des données sur la présence/l'absence et l'abondance du crabe vert Européen (CVE) qui est non indigène et envahissant dans certains estuaires du sud du golfe du Saint-Laurent (sGSL), le long de la côte du détroit de Northumberland, au Nouveau-Brunswick, et à l'est de l'Île-du-Prince-Édouard.DESCRIPTION :Durant la période sans glace, une surveillance temporelle de l'abondance du crabe vert Européen est effectuée en réponse au déclin antérieur des populations régionales dans les provinces maritimes. Il est à noter que l'absence d'indication sur la carte ne signifie pas l'absence de présence - cette étude est limitée à quelques sites seulement.Les pièges qui n'ont pas fonctionné correctement n'ont pas été inclus dans l'ensemble de données. Parmi les exemples de pièges défectueux, on peut citer : un piège ouvert, un récipient à appât ouvert, un piège rempli d'algues et tombant en position ouverte, un piège non-pêché depuis plus de 48 heures, un piège renversé, ou encore un piège ayant été déplacé de manière significative ou altéré d'une autre manière. Les estimations de population ne sont pas dérivées de ces données. PARAMÈTRES COLLECTÉS :1) Nombre de CVE, mesure de la taille, sexe et poids de la prise2) Nombre d'individus des espèces capturées accidentellement (prises accessoires). Les catégories répertoriées dans cet ensemble de données sont les poissons à nageoires (cunner, bar rayé, choquemort, plie rouge, plie lisse, chaboisseau, poulamon atlantique, anguille d'Amérique, fondule barré, plie, poisson osseux non identifié), le crabe commun de l'Atlantique, le homard d'Amérique et autres (cyanée à crinière de lion, méduse lune, crabe, escargot de mer). D'autres espèces plus petites se trouvaient souvent dans le casier, mais n'ont pas été incluses comme prises accessoires dans cet ensemble de données, car elles peuvent facilement échapper à la taille des mailles et ne seraient pas systématiquement capturées. 3) Données environnementales : profondeur de l'eau au moment de la mise en place du piège, type de sédiments, types de végétation observés, salinité, température de l'eau, oxygène dissous (non inclus), conductance spécifique (non incluse), conductivité (non incluse), conditions météorologiques, couverture nuageuse (non incluse), état et direction de la marée (au moment de la pêche).NOTES SUR LE CONTRÔLE DE QUALITÉ :L'entrée de données morphologiques est vérifiée de façon alléatoire.Les poids ne sont pas indiqués pour les sites de l'Île-du-Prince-Édouard en raison d'incohérences au niveau des balances et des protocols de mesure.DÉTAILS DE L'ÉCHANTILLON PHYSIQUE :Spécimens de crabes verts Européen entiersMÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :Trappage avec appât utilisant des casiers/pièges Fukui. L'appât se trouvait dans une boîte ou un sac. Parmi les appâts figuraient le hareng le plus couramment utilisé), ainsi que d'autres espèces lorsque le hareng n'était pas disponible (le gaspereau, le poisson en conserve [thon, harengs fumés, sardines en conserve], le maquereau, le tilapia et la perchaude).LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Cet ensemble de données comprend des mesures de la taille des plants, de la couverture et de la biomasse de zostère recueillies dans des sites situés le long de la côte atlantique de la Nouvelle-Écosse, au Canada. Les sites couvraient un large spectre de conditions environnementales, et l’échantillonnage sur le terrain a été effectué de juillet à août 2022. Les plants, ainsi que le pourcentage de couverture et la densité des pousses, ont été échantillonnés à 10 stations d’échantillonnage réparties de façon aléatoire dans chaque herbier de zostère, à peu près à la même profondeur. Les stations se trouvaient à environ 10 m les unes des autres et à au moins 2 m de toute jonction entre la zostère et une zone dénudée de végétation. À chaque station d’échantillonnage, les feuilles de zostère présentes dans un quadrat de 0,5 m x 0,5 m étaient photographiées afin d’être analysées ultérieurement par ordinateur pour déterminer le pourcentage de couverture. Le nombre de pousses était ensuite compté dans un quadrat de 0,25 m x 0,25 m, et trois pousses étaient recueillies. La longueur, la largeur et le poids des pousses ont été mesurés en laboratoire. Ces données ont été utilisées pour déterminer la relation allométrique et la relation couverture-biomasse afin d’estimer la biomasse des herbiers de zostère de façon non destructive. Citer ces données comme: Wong, M.C., Thomson, J. A. Données sur la taille des plants (longueur, largeur), la couverture et la biomasse de zostère marine (Zostera marina) sur la côte atlantique de la Nouvelle-Écosse. Publié en Février 2025. Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É).Pour de plus amples renseignements, veuillez consulter: Thomson, J. A., Vercaemer, B., & Wong, M. C. (2025). Non-destructive biomass estimation for eelgrass (Zostera marina): Allometric and percent cover-biomass relationships vary with environmental conditions. Aquatic Botany, 198, 103853. https://doi.org/10.1016/j.aquabot.2024.103853

Ce fichier de données contient quatre cartes numérisées recréées à partir du rapport original intitulé « An Ecological Sketch of Some Fundy Fisheries » publié par le Conseil de conservation du Nouveau-Brunswick. Les cartes sélectionnées résument l’information obtenue des pêcheurs actifs et à la retraite, combinée à un relevé de l’information scientifique et historique. Elles illustrent les connaissances sur la fraie, la migration et les aires d’alevinage du hareng et d’autres pêches pour Grand Manan, la baie de Fundy et le golfe du Maine. Citer ces données comme: Coon, D. 1999. Croquis écologique de certaines pêches dans la baie de Fundy. Conseil de conservation du Nouveau-Brunswick, Fredericton, NB. 32 pp. Publié en Juin 2026.Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/d09eee14-4786-4787-a596-9ddec1ad9342

Découvertes historiques de Profenusa thomsoni

Découvertes historiques de Fenusa pumila

La reproduction sexuée est essentielle à la résilience des herbiers marins touchés par la dégradation de l'habitat ou les changements environnementaux, car des banques de semences robustes permettent à de nouvelles pousses de s'établir chaque année. Les stratégies de reproduction des herbiers marins s'étendent sur un continuum allant de strictement annuel à vivace, en fonction des conditions environnementales locales. Nous avons examiné la dynamique de reproduction des herbiers de Zostera marina sur six sites de la côte atlantique du Canada afin de caractériser la manière dont les stratégies du cycle de vie sont façonnées par le milieu environnant. Les sites ont été classés comme protégés contre les vagues et exposés aux vagues, où les sites protégés étaient chauds, peu profonds, avec peu de mouvement d'eau et des sédiments boueux, et les sites exposés étaient peu profonds ou profonds, avec de l'eau plus froide et des sédiments sableux. Alors que des stratégies de cycle biologique mixtes étaient évidentes à tous les sites, les herbiers de zostères protégés présentaient à la fois l'effort de reproduction sexuelle le plus élevé et le plus faible par rapport aux herbiers exposés. Ces herbiers subissaient régulièrement des contraintes thermiques, avec une plage de température plus élevée et des épisodes de fortes températures d’eau prolongés par rapport aux herbiers exposés. Le développement des pousses reproductrices était similaire dans tous les sites avec des degrés-jours de croissance comparables au début et à la fin de l'anthèse, mais la première date de floraison était plus précoce dans les sites protégés plus chauds par rapport aux sites exposés. Avec différentes densités de pousses reproductrices entre les sites, la production de graines, la rétention des graines et le recrutement des semis ont également fortement varié. Un seul site, situé dans une lagune chaude, peu profonde et protégée, contenait une population à cycle biologique mixte avec un effort de reproduction élevé (33,7 %), une banque de graines solide et un établissement de semis élevé. Cependant, une population principalement pérenne avec le plus faible effort de reproduction (0,5%) a été identifiée sur le site le plus chaud, ce qui suggère que les conditions ici ne pouvaient pas soutenir une reproduction sexuée élevée. La robustesse des banques de graines était fortement liée à la densité des pousses reproductrices, bien que le rôle de la rétention des graines, de la germination et de la survie des semis nécessite une étude plus approfondie. Notre étude donne un aperçu d'un aspect clé de la résilience des herbiers marins et suggère que les évaluations de la résilience devraient inclure la densité des pousses reproductrices pour éclairer la gestion et la protection des herbiers.Citer ces données comme suit : Vercaemer B. et Wong M. Écologie reproductive de Zostera marina L. (zostère marine) dans diverses conditions environnementales. Date de publication Mai 2022. Division de la science des écosystèmes côtiers, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/56cfea6f-aeca-47ed-94ab-c519d9e63c91

Cet ensemble de données comprend des mesures des caractéristiques de la zostère marine relatives à la structure, à la morphologie et à la physiologie des herbiers dans des sites le long de la côte atlantique de la Nouvelle-Écosse, au Canada. Les sites étudiés couvraient un large spectre de températures et de conditions de luminosité. L’échantillonnage a eu lieu en juillet et en août, en 2017, en 2021 et en 2022. Les plantes et la densité des herbiers ont été échantillonnées à 10 stations d’échantillonnage réparties de façon aléatoire dans chaque herbier, à peu près à la même profondeur. Les stations se trouvaient à environ 10 m les unes des autres et à au moins 2 m de la jonction entre un herbier et toute zone dénudée de végétation. On a utilisé des quadrats pour mesurer la densité des pousses végétatives et reproductives. Trois plantes provenant de chaque station d’échantillonnage ont été prélevées et traitées en laboratoire pour déterminer la longueur et la largeur de la feuille 3, le nombre de feuilles par pousse, la largeur du rhizome, la concentration en glucides hydrosolubles du rhizome et la teneur totale des feuilles en chlorophylle. Des mesures de température et de luminosité qui résument les conditions relatives à la température et à la lumière durant l’été sont comprises dans les données.Citer ces données comme: Wong, M.C., Dowd, M. Données sur les caractéristiques de la zostère marine (Zostera marina) de la côte atlantique de la Nouvelle-Écosse. Publié en Février 2025. Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É).Pour de plus amples renseignements, veuillez consulter: Wong, M.C., Dowd, M. Eelgrass (Zostera marina) Trait Variation Across Varying Temperature-Light Regimes. Estuaries and Coasts 48, 13 (2025). https://doi.org/10.1007/s12237-024-01439-3

Ce jeu de données de format shapefile a été conçu à partir des polygones extraits de la géodatabase Cartographie des écosystèmes côtiers du Québec maritime (2022, Laboratoire de dynamique et de gestion intégrée des zones côtières, Pêches et Océans Canada), décrit dans le paragraphe ci-après. Il est constitué des polygones comportant de la zostère marine et rassemble les attributs décrivant la couverture végétale, la composition des herbiers, le nom de l’écosystème, les données d’imagerie ayant permis la photo-interprétation et la présence ou non de données de terrain. Un numéro séquentiel unique associé à chaque polygone permet de retracer le polygone apparié de la géodatabase des écosystèmes côtiers pour connaître les valeurs d’attributs non détaillé dans le présent shapefile. La région d’étude comprend l’ensemble des littoraux estuariens et maritimes du Québec, à l’exception de certains secteurs dont la majeure partie de la Basse-Côte-Nord et de l’Île d’Anticosti, à l’exception des villages de Kegaska, la Romaine, Chevery, Blanc-Sablon et Port-Menier. Certaines îles au large des côtes de l’estuaire et du golfe font parties de la région couverte, telles que l’Île d’Orléans, l’Isle-aux-Coudres, l’Île Verte et l’Île Bonaventure.Le projet de Cartographie des écosystèmes côtiers du Québec maritime a été réalisée conjointement par le Laboratoire de dynamique et de gestion intégrée des zones côtières (LDGIZC) de l’Université du Québec à Rimouski dans le cadre du Projet Résilience côtière; et par l’équipe de Pêches et Océans Canada, dans le cadre de l’initiative Planification pour une Intervention Marine Intégrée (PIMI) du Plan de Protection des Océans (PPO). Dans le cadre de ce projet, une classification des écosystèmes côtiers a été réalisée sur plus de 4 200 km de corridor côtier, avec pour sujet les littoraux estuariens et maritimes du Québec situés entre la limite du haut-estran et l'infralittoral peu profond (environ 10m de profondeur). La méthode de cartographie développée s’appuie sur une segmentation et classification semi-automatisée et une photo-interprétation des écosystèmes côtiers, à partir de photographies multispectrales (RBVI) à très haute résolution (30 cm) acquises entre 2015 et 2020 par le MPO. La classification des entités surfaciques (polygones) s'appuie sur l'attribution de classes de valeurs pour les attributs biologiques et physiques à l'étude (par ex. étagement, substrats, type végétaux, couverture de la végétation, géosystème, etc.). Des photographies obliques héliportées et des données de terrain ont contribué à réduire l’incertitude associée au travail de photo-interprétation. L'UQAR et le MPO ont mené des campagnes d'échantillonnage terrain visant respectivement le médiolittoral (4 390 stations) puis la zone médiolittorale inférieure et infralittorale (2 959 stations), ce qui a permis de valider certains attributs identifiés par photo-interprétation et d'apporter une information détaillée sur la structure des communautés. La géodatabase de la Cartographie des écosystèmes côtiers est hébergée et diffusée par l'UQAR sur la plateforme cartographique SIGEC-Web: https://ldgizc.uqar.ca/Web/sigecwebCredits © MPO (2023, Pêches et Océans Canada)Provencher-Nolet, L., Paquette, L., Pitre, L.D., Grégoire, B. and Desjardins, C. 2024. Cartographie des macrophytes estuariens et marins du Québec. Rapp. Tech. Can. Sci. halieut. Aquat. 3617 : v + 99 p.Grégoire, B., Pitre, L.D., Provencher-Nolet, L., Paquette, L. and Desjardins, C. 2024. Distribution d’organismes marins de la zone côtière peu profonde du Québec recensés par imagerie sous-marine de 2017 à 2021. Rapp. tech. can. sci. halieut. aquat. 3616 : v + 78 p.Grégoire, B. 2022. Biodiversité du relevé côtier Planification pour une intervention environnementale intégrée dans l’estuaire et le golfe du Saint-Laurent (2017–2021). Observatoire global du Saint-Laurent. [Jeu de données]Jobin, A., Marquis, G., Provencher-Nolet, L., Gabaj Castrillo. M. J., Trubiano C., Drouet, M., Eustache-Létourneau, D., Drejza, S. Fraser, C. Marie, G. et P. Bernatchez (2021) Cartographie des écosystèmes côtiers du Québec maritime — Rapport méthodologique. Chaire de recherche en géoscience côtière, Laboratoire de dynamique et de gestion intégrée des zones côtières, Université du Québec à Rimouski. Rapport remis au ministère de l’Environnement et de la Lutte contre les changements climatiques, septembre 2021, 98 p.