Découvertes historiques de Profenusa thomsoni

Découvertes historiques de Lymantria dispar

Découvertes historiques de Fenusa pumila

Découvertes historiques de Operophtera brumata

Découvertes historiques de Coleophora laricella

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

Depuis 1985, des relevés de recherche sur les pétoncles — principalement le pétoncle géant (Placopecten magellanicus) et, dans une moindre mesure, le pétoncle d’Islande (Chlamys islandica) — sont menés par Pêches et Océans Canada (MPO) annuellement ou aux deux ans aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20A). L’objectif principal de ce relevé de recherche est d’évaluer l’état des stocks de pétoncle géant.L'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs autour de 25 à 35 m. Les stations d’échantillonnage sont sélectionnées aléatoirement à partir d’une grille de station fixe prédéterminée. Ensuite, l’échantillonnage est fait le long de transects correspondant à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d’étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle de type Digby doublé (maille de 20 mm), remorquée sur une distance d’environ 500 m sur le fond marin.Cette publication comprend trois fichiers : le fichier biometriePetoncle_20, qui contient des données biométriques détaillées (espèce, taille, poids et sexe) de 1998 à 2024 ; le fichier taillePetoncle_20, qui fournit la taille des individus échantillonnés de 2009 à 2024 ; et le fichier traitPetoncle_20, qui contient les abondances et densités par trait de 2009 à 2024. Les données sur l'abondance et la densité par trait pour la période 1998-2008 sont disponibles sur demande.Ce jeu de données est mis à jour annuellement ou aux deux ans, dès que les données sont disponibles. Un nettoyage des données aberrantes a été effectué. Toutefois, certaines colonnes présentent des données manquantes — utilisez donc ces données avec prudence. Pour toute question, veuillez contacter DFO.DataManagementSAISB-GestionDonneesDAISS.MPO@dfo-mpo.gc.ca ou l'auteur.Pour certaines périodes temporelles, les espèces associées font l’objet d’une identification et d’un décompte semi-quantitatif directement sur la table de tri et les résultats sont présentés dans les publications suivantes : - https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/6529a4b0-f863-4568-ac71-1fa26cf68679- https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/71732ad5-5c70-4dbf-916d-a94e1380c53b

Découvertes historiques de Pristiphora erichsonii

Un relevé de recherche sur les pétoncles (principalement le pétoncle géant Placopecten magellanicus, mais aussi le pétoncle d’Islande Chlamys islandica) effectué à l'aide d'une drague a été réalisé par le MPO (Pêches et Océans Canada) tous les 1 ou 2 ans depuis 1992 aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20). L'objectif principal de ce relevé de recherche était d'évaluer les stocks de pétoncle géant. Un autre objectif était de documenter les taxons dans la capture associée à l'habitat de pétoncle selon un plan d'échantillonnage aléatoire fixe. Les occurrences par espèce (ou taxon) sont présentées par station. La validité taxonomique et géographique des données a été vérifiée et le registre mondial des espèces marines a servi d'autorité taxonomique pour nommer tous les taxons enregistrés lors du relevé. Les invertébrés épibenthiques (principalement des mollusques, échinodermes et crustacés) ainsi que des poissons démersaux ont été identifiés à partir des captures de la drague. Les données courantes à partir de 2021 sont présentées dans la publication suivante : https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/6529a4b0-f863-4568-ac71-1fa26cf68679L'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs de 10 à 38 m, généralement autour de 25 à 35 m. Un tir aléatoire des stations d’échantillonnage est réalisé à partir d’une grille de station fixe. L'échantillonnage est fait le long de transects à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d'étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle Digby doublée (maille de 20 mm) sur approximativement 500 m le long du fond marin. Les quatre paniers de la drague sont examinés pour tous les pétoncles. Ensuite, un panier (le premier du côté tribord) est trié et examiné pour les espèces associées. La plupart des spécimens sont comptés par taxon. La présence ou l’abondance relative des organismes trop petits et nombreux, ou coloniaux, est notée. Des cas particuliers sont parfois conservés pour l'analyse taxonomique, par exemple, les ascidies (pour surveiller les espèces envahissantes) et les éponges (pour documenter de nouvelles espèces).

Ce jeu de données cartographique représente une mise à jour géomorphologique de l’emprise des cinq plans d'eau intérieurs qui forment le refuge marin des lagunes des Îles de la Madeleine. Il a été produit par Pêches et Océans Canada (MPO) dans le cadre des travaux de caractérisation du refuge marin.Les données utilisées proviennent de la version du 15 août 2022 de la base de données géospatiales des écosystèmes côtiers (BDG) du Québec maritime, élaborée à partir de plusieurs sources dont des images satellitaires et aéroportées de 2019 (Jobin et al. 2021; Provencher-Nolet et al. 2024). Les limites des plans d’eau ont été définies selon la pleine mer supérieure de grande marée, ce qui représente l’extension maximale de l’eau lors des marées les plus hautes.Le produit final est un fichier shapefile polygonal représentant les cinq plans d'eau intérieurs du refuge marin ainsi que les zones terrestres de l’archipel. Les données sont projetées en NAD83 / MTM zone 4.Pour plus d’information sur la méthode utilisée pour générer cette couche à partir des données de la BDG, consulter Grégoire et al. (2026). La méthode employée pour la création des données géospatiales sources est décrite dans Jobin et al. (2021) et Provencher-Nolet et al. (2024).