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Développement d’une approche de caractérisation des espèces côtières à l’aide d’ADN environnemental (ADNe) en utilisant le marqueur COI
La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b
Initiative Pole to Pole du MBON : Biodiversité des rivage rocailleux dans le havre Musquash, baie Passamaquoddy et de la baie Mispec
L’initiative Pole to Pole du Marine Biodiversity Observation Network (MBON P2P) a pour but d’élaborer un cadre pour la collecte, l’utilisation et le partage de données sur la biodiversité marine d’une manière coordonnée et normalisée, en s’appuyant sur l’infrastructure existante gérée par le Système mondial d’observation de l’océan (SMOO; COI-UNESCO), le Réseau d’observation de la biodiversité du Groupe des observations de la Terre (GEO BON) et le Système d’information biogéographique des océans (OBIS). L’initiative Pole to Pole du MBON vise à devenir une ressource essentielle pour la prise de décision et la gestion des ressources vivantes dans les pays des Amériques en ce qui concerne les exigences en matière de rapports, et ce, dans le cadre de la Plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques (IPBES), des objectifs d’Aichi sur la Convention sur la diversité biologique (CDB) et des objectifs du Programme de développement durable à l’horizon 2030.Cette collecte correspond aux espèces que l’on a observées sur des rivages rocailleux du havre Musquash, baie Passamaquoddy et de la baie Mispec, au Nouveau-Brunswick, au Canada, en utilisant le protocole d’échantillonnage de MBON P2P pour les plages de sable, avec le financement du Programme sur les données environnementales côtières de référence du gouvernement du Canada.La présente publication doit être citée comme suit : Reinhart B, Cooper A, Nason R, Jonah L (2025). MBON POLE TO POLE: ROCKY SHORE BIODIVERSITY OF MUSQUASH HARBOUR, PASSAMAQUODDY BAY AND MISPEC BAY. Version 1.7. Caribbean OBIS Node. Samplingevent dataset. https://ipt.iobis.org/mbon/resource?r=rockyshoresbayoffundynb&v=1.7
Initiative Pole to Pole du MBON : Biodiversité des plages de sable dans du sud-ouest du Nouveau-Brunswick, Canada
L’initiative Pole to Pole du Marine Biodiversity Observation Network (MBON P2P) a pour but d’élaborer un cadre pour la collecte, l’utilisation et le partage de données sur la biodiversité marine d’une manière coordonnée et normalisée, en s’appuyant sur l’infrastructure existante gérée par le Système mondial d’observation de l’océan (SMOO; COI-UNESCO), le Réseau d’observation de la biodiversité du Groupe des observations de la Terre (GEO BON) et le Système d’information biogéographique des océans (OBIS). L’initiative Pole to Pole du MBON vise à devenir une ressource essentielle pour la prise de décision et la gestion des ressources vivantes dans les pays des Amériques en ce qui concerne les exigences en matière de rapports, et ce, dans le cadre de la Plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques (IPBES), des objectifs d’Aichi sur la Convention sur la diversité biologique (CDB) et des objectifs du Programme de développement durable à l’horizon 2030.Cette collecte correspond aux espèces que l’on a observées sur les plages de sable du havre Musquash, la baie Mispec et de Plage de New River au Nouveau-Brunswick, au Canada, en utilisant le protocole d’échantillonnage de MBON P2P pour les plages de sable, avec le financement du Programme sur les données environnementales côtières de référence du gouvernement du Canada.La présente publication doit être citée comme suit : Reinhart B, Jonah L (2025). MBON POLE TO POLE: SANDY BEACH BIODIVERSITY OF SOUTHWEST NEW BRUNSWICK, CANADA. Version 1.7. Caribbean OBIS Node. Samplingevent dataset. https://ipt.iobis.org/mbon/resource?r=sandybeachesbayoffundynb&v=1.7
Unités de conservation, sites et état du saumon coho (Oncorhynchus kisutch)
Unités de conservation (UC) : Une UC s'entend d'un groupe de saumon sauvage suffisamment isolé des autres groupes pour que, s'il venait à disparaître, il soit très peu probable qu'il puisse se rétablir naturellement dans un délai acceptable, p. ex. la durée de vie d'un être humain ou un nombre précis de générations de saumon.Holtby et Ciruna (2007) ont fourni un cadre pour l’aggrégat des cinq espèces de saumon (genre Oncorhynchus) trouvées sur la côte canadienne du Pacifique dans les unités de conservation propres aux espèces en fonction de trois principales caractéristiques : écotypologie, cycle biologique et génétique. La première étape de la description des unités de conservation repose uniquement sur l’écologie. Les écotypologies utilisées dans ce cadre incluent une caractérisation combinée d’environnements marins d’eau douce et d’eaux à proximité du littoral, dits « zone adaptative conjointe ». Dans la deuxième étape, nous utilisons le cycle biologique, la génétique moléculaire et d’autres caractérisations écologiques pour regrouper ou séparer les unités de la première étape en unités de conservation sous leur forme finale. Il en résulte des unités de conservation qui sont décrites au moyen de l’application commune des trois axes. Il est important de souligner que les unités de conservation se distinguent des autres agrégats du saumon du Pacifique, telles que les unités désignables (UD) en vertu de la Loi sur les espèces en péril ou les zones de gestion.Sites de dénombrement des unités de conservation :Les données d’énumération de reproducteurs de saumons dans la région du Pacifique sont stockées et gérées dans le nouveau système de données sur les remontes de saumon (NuSDRS). Le terme « remontes » est utilisé pour faire référence au groupe de saumons matures qui ont échappé des diverses sources d’exploitation et sont retournés à l’eau douce pour frayer et se reproduire. Ces données sont assignées à un « site de dénombrement », qui peut être un cours d’eau complet avec un terminal portuaire, un affluent d’un plus grand cours d’eau ou une portée définie dans un cours d’eau qui peut englober ou non la population en entier, mais représente un indice de l’abondance de cette population. État des unités de conservation :Les unités de conservation forment l’unité de base pour l’évaluation en vertu de la politique canadienne pour la conservation de la politique concernant le saumon sauvage (PSS) (MPO 2005). L’état biologique d’une unité de conservation est évalué à partir d’un nombre de paramètres (Holt et al. 2009; Holt 2009), qui indiquent une zone d’état de la PSP. Rouge (mauvais état), ambre (état marginal) ou vert (état sain). Une étape finale comprend tous les paramètres et les renseignements sur l’état dans un état intégré final pour chaque unité de conservation, ainsi qu’un commentaire d’expert pour appuyer la détermination de l’état final (p. e.x., MPO 2012; MPO 2016). Ces renseignements servent d’intrants pour les processus de gestion des pêches afin d’aider à prioriser les activités d’évaluation et les mesures de gestion.Remarque : Les limites des UC ont été examinées en 2020-2021 et ont été mises à jour de l’échelle 1:50 000 à l’échelle 1:20 000 de l’Atlas des eaux douces de la Colombie Britannique. Les limites des UC ont été mises à jour pour la dernière fois en Mars 2023. Veuillez noter que les unités de conservation peuvent être examinées et faire l’objet de modifications sans préavis.Veuillez vous référer aux Demandes d'examen d'unités de conservation - Formulaire et résumé pour une liste des demandes d'examen d'unités de conservation qui sont en cours ou qui ont été finalisées.
OCI - Loi sur le pétrole et le gaz
Les décrets en conseil (OIC) sont des règlements ou des décrets législatifs relatifs à une loi existante et autorisés par celle-ci. Ce tableau indique les terres du Yukon qui ont été retirées de l'aliénation, généralement par décret territorial. Dans Corporate Spatial Warehouse (CSW), les données sont divisées en vues spatiales par la loi en vertu de laquelle les commandes sont autorisées. Les tableaux sont complets et incluent à la fois les commandes actives et expirées. Les vues spatiales n'affichent que les données actives.Dans ce tableau et ces vues spatiales, les règlements pris par décret (OCI) sont représentés spatialement afin de clarifier les terres du Yukon qui ont été retirées de l'aliénation. Les données spatiales sont visualisées conformément à la loi en vertu de laquelle la commande est autorisée. Toutes les commandes ne sont pas destinées à un retrait, différents niveaux de retrait sont courants et ne sont pas détaillés dans les attributs du SIG. Il est important de lire les documents de l'OCI pour plus de détails (https://legislation.yukon.ca/legislation/page_a.html).Distribué depuis [GeoYukon] (https://yukon.ca/geoyukon) par le [gouvernement du Yukon] (https://yukon.ca/maps). Découvrez d'autres données cartographiques numériques et des cartes interactives issues de la collection de données cartographiques numériques du Yukon.Pour plus d'informations : [geomatics.help@yukon.ca] (mailto : geomatics.help@yukon.ca)
Unités d'évaluations de la matrice graphique - Saint-Hyacinthe
Polygones d'unités d'évaluation de la matrice graphique.**Contexte de collecte** Processus de mise à jour en collaboration avec le service d'évaluation.**Méthode de collecte** Cartographie assistée par ordinateur.**Attributs*** `ID` (`integer`) : Identifiant* `ADM01A` (`varchar`) : Code de municipalité* `SI0318A` (`smalldatetime`) : Date d'inscription* `SI0317C` (`varchar`) : Immatriculation* `SI0528C` (`varchar`) : Unité de voisinage* `DATE_CREATION` (`smalldatetime`) : Créé le* `DATE_MODIFICATION` (`smalldatetime`) : Modifié le* `USER_MODIFICATION` (`varchar`) : Modifié par* `X_FIC_JOINT` (`varchar`) : Fichier joint* `ID_OLD` (`varchar`) : Acien identifiantPour plus d’informations, consultez la métadonnée sur le catalogue Isogeo (lien OpenCatalog).
OCI - Loi sur le Yukon
Les décrets en conseil (OIC) sont des règlements ou des décrets législatifs relatifs à une loi existante et autorisés par celle-ci. Ce tableau indique les terres du Yukon qui ont été retirées de l'aliénation, généralement par décret territorial. Dans Corporate Spatial Warehouse (CSW), les données sont divisées en vues spatiales par la loi en vertu de laquelle les commandes sont autorisées. Les tableaux sont complets et incluent à la fois les commandes actives et expirées. Les vues spatiales n'affichent que les données actives.Dans ce tableau et ces vues spatiales, les règlements pris par décret (OCI) sont représentés spatialement afin de clarifier les terres du Yukon qui ont été retirées de l'aliénation. Les données spatiales sont visualisées conformément à la loi en vertu de laquelle la commande est autorisée. Toutes les commandes ne sont pas destinées à un retrait, différents niveaux de retrait sont courants et ne sont pas détaillés dans les attributs du SIG. Il est important de lire les documents de l'OCI pour plus de détails (https://legislation.yukon.ca/legislation/page_a.html).Distribué depuis [GeoYukon] (https://yukon.ca/geoyukon) par le [gouvernement du Yukon] (https://yukon.ca/maps). Découvrez d'autres données cartographiques numériques et des cartes interactives issues de la collection de données cartographiques numériques du Yukon.Pour plus d'informations : [geomatics.help@yukon.ca] (mailto : geomatics.help@yukon.ca)
Unité de gestion de la faune
L'ensemble de données de l'Unité de gestion de la faune (WMU) comprend tous les polygones qui représentent les unités de gestion de la faune de l'Alberta. La WMU est une zone de faune gérée en vertu de la Wildlife Act, du règlement 143/79 de l'Alberta.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**
OCI - Loi sur la faune
Les décrets en conseil (OIC) sont des règlements ou des décrets législatifs relatifs à une loi existante et autorisés par celle-ci. Ce tableau indique les terres du Yukon qui ont été retirées de l'aliénation, généralement par décret territorial. Dans Corporate Spatial Warehouse (CSW), les données sont divisées en vues spatiales par la loi en vertu de laquelle les commandes sont autorisées. Les tableaux sont complets et incluent à la fois les commandes actives et expirées. Les vues spatiales n'affichent que les données actives.Dans ce tableau et ces vues spatiales, les règlements pris par décret (OCI) sont représentés spatialement afin de clarifier les terres du Yukon qui ont été retirées de l'aliénation. Les données spatiales sont visualisées conformément à la loi en vertu de laquelle la commande est autorisée. Toutes les commandes ne sont pas destinées à un retrait, différents niveaux de retrait sont courants et ne sont pas détaillés dans les attributs du SIG. Il est important de lire les documents de l'OCI pour plus de détails ([https://legislation.yukon.ca/legislation/page_a.html](https://legislation.yukon.ca:443/legislation/page_a.html)].Distribué depuis [GeoYukon] (https://yukon.ca/geoyukon) par le [gouvernement du Yukon] (https://yukon.ca/maps). Découvrez d'autres données cartographiques numériques et des cartes interactives issues de la collection de données cartographiques numériques du Yukon.Pour plus d'informations : [geomatics.help@yukon.ca] (mailto : geomatics.help@yukon.ca)
Point d'immatriculation de l'unité d'évaluation - Saint-Hyacinthe
Couche ponctuelle des points d'immatriculation (centroïdes) des unités d'évaluation de la matrice graphique.**Contexte de collecte** Mise à jour fournie par l'évaluateur ou le service de l'évaluation.**Méthode de collecte** Cartographie assistée par ordinateur.**Attributs*** `ID` (`integer`) : Identifiant* `ADM01A` (`varchar`) : Code de municipalité* `SI0317A` (`smalldatetime`) : Date d'inscription* `SI0317B` (`integer`) : Échelle de représentation* `SI0317C` (`varchar`) : Immatriculation* `SI0317D` (`varchar`) : Emplacement* `SI0102C` (`varchar`) : Section* `SI0103C` (`varchar`) : Division* `UNIT_V` (`varchar`) : Unité de voisinage* `NOTES` (`varchar`) : Notes* `DATE_CREATION` (`smalldatetime`) : Date de création* `DATE_MODIFICATION` (`smalldatetime`) : Date de modification* `USER_MODIFICATION` (`varchar`) : Modifié parPour plus d’informations, consultez la métadonnée sur le catalogue Isogeo (lien OpenCatalog).
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