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Espèces prioritaires pour les espèces en péril
Cet ensemble de données présente les aires de répartition géographiques canadiens des espèces prioritaires déterminées dans l’Approche pancanadienne pour la transformation de la conservation des espèces en péril au Canada (l’« Approche pancanadienne »). Ces espèces comprennent le Caribou de la toundra (y compris le Caribou de Dolphin-et-Union); le Tétras des armoises; le Caribou de Peary; le Bison des bois; le Caribou des bois, population boréale (« Caribou boréal »); le Caribou des bois, Population des montagnes du Sud (« Caribou des montagnes du Sud »). Les espèces prioritaires ont été sélectionnées selon plusieurs critères et considérations, en collaboration avec des partenaires fédéraux, provinciaux et territoriaux. Ces critères incluent notamment le rôle écologique sur une échelle régionale et nationale, leur cote de conservation et la possibilité d’obtenir des résultats en matière de conservation, leur valeur sociale et culturelle (en particulier pour les peuples autochtones) et les occasions de leadership et de partenariat qu’elles présentent. L’obtention de résultats en matière de conservation pour les espèces prioritaires ciblées peut avoir des avantages communs importants pour d’autres espèces en péril, et les espèces sauvages en général. Pour de plus amples renseignements sur l’Approche pancanadienne et les espèces prioritaires, consultez le site Web suivant : https://www.canada.ca/fr/services/environnement/faune-flore-especes/especes-peril/approche-pancanadienne.html#toc2.Cet ensemble de données comprend : 1) la répartition du Caribou boréale (voir https://registre-especes.canada.ca/index-fr.html#/consultations/2253); 2) les populations locales du Caribou des montagnes du Sud (voir https://registre-especes.canada.ca/index-fr.html#/consultations/1309); 3) la répartition du Tétras des armoises (voir https://registre-especes.canada.ca/index-fr.html#/consultations/1458); 4) les populations locales du Caribou de Peary (voir https://registre-especes.canada.ca/index-fr.html#/consultations/3657); 5) la répartition du Caribou de la toundra (voir https://www.maps.geomatics.gov.nt.ca/Html5Viewer/index.html?viewer=NWT_SHV anglais seulement); 6) la répartition du Caribou de la toundra, Population de Dolphin-et-Union (voir https://www.maps.geomatics.gov.nt.ca/Html5Viewer/index.html?viewer=NWT_SHV anglais seulement); 7) la répartition du Bison des bois (voir https://registre-especes.canada.ca/index-fr.html#/consultations/2914).
Sentinelle - Espèces exotiques envahissantes
Cette thématique présente les observations des espèces exotiques envahissantes (EEE)transmises et validées à l'aide de l'outil Sentinelle, un système de détection des EEE.Une espèce exotique envahissante est un végétal, un animal ou un micro-organisme (virus,bactérie ou champignon) qui est introduit hors de son aire de répartition naturelle. Sonétablissement ou sa propagation peuvent constituer une menace pour l’environnement,l’économie ou la société. Les espèces répertoriées sont des espèces de la faune et de la florepréoccupantes (ou potentiellement préoccupantes) pour la biodiversité du Québec. Ellescomprennent des EEE présentes au Québec et des EEE non répertoriées au Québec àsurveiller.
Paramètres de la diversité communautaire et de la biomasse du poisson démersal (de fond) dans les biorégions des plateaux Nord et Sud
DescriptionPour préserver la biodiversité marine, il faut comprendre l’influence conjointe des changements environnementaux constants et des pressions exercées par la pêche. Pour relever ce défi, il faut mener des analyses et une surveillance rigoureuses de la biodiversité qui tiennent compte des facteurs de changement potentiels. Ici, nous nous demandons comment la biodiversité des poissons démersaux dans les eaux canadiennes du Pacifique a changé depuis 2003 et évaluons dans quelle mesure ces changements peuvent être expliqués par les changements environnementaux et la pêche commerciale. À l’aide d’un modèle spatiotemporel multispécifique fondé sur les données indépendantes des pêches, nous constatons que la densité des espèces (nombre d’espèces par zone) et la biomasse communautaire ont augmenté durant cette période. Les changements environnementaux survenus durant cette période ont été associés aux fluctuations temporelles de la biomasse des espèces et de la communauté en général. Toutefois, les changements environnementaux étaient moins associés aux changements dans la présence des espèces. Par conséquent, les augmentations estimées de la densité des espèces ne seront probablement pas attribuables aux changements environnementaux. Nos résultats correspondent plutôt au rétablissement continu de la communauté des poissons démersaux attribuable à une réduction de l’intensité de la pêche commerciale par rapport aux niveaux historiques. Ces résultats donnent des renseignements clés sur les facteurs du changement de la biodiversité qui peuvent éclairer la gestion axée sur les écosystèmes.Les couches montrées représentent trois paramètres communautaires : 1) la densité des espèces (c.-à-d. richesse spécifique), 2) la diversité de Hill-Shannon et 3) la biomasse communautaire. Toutes les couches sont fournies à une résolution de 3 km dans le domaine d’étude pour la période s’échelonnant de 2003 à 2019. Pour chaque paramètre, nous présentons des couches pour trois statistiques sommaires, soit 1) la valeur moyenne de chaque cellule de grille sur la plage temporelle, 2) la probabilité que la cellule de grille soit un point chaud pour ce paramètre et 3) le coefficient de variation temporel (c.-à-d. écart-type/moyenne) pour toutes les années.Méthodes :L’analyse qui a produit ces couches est présentée dans Thompson et al., 2022. L’analyse s’appuie sur les données des relevés synoptiques au chalut de fond des poissons démersaux dans le bassin Reine-Charlotte, le détroit d’Hécate, la côte ouest de l’île de Vancouver et la côte ouest d’Haida Gwaii. Ces relevés ont été effectués de 2003 à 2019. Les espèces de poissons cartilagineux et osseux capturées indiquées dans les relevés des poissons de fond du MPO qui étaient présentes dans au moins 15 % de tous les chaluts de la plage de profondeurs dans laquelle elles étaient capturées ont été incluses. Cette plage de profondeurs était définie comme comprenant 95 % de tous les chaluts dans lesquels ces espèces étaient présentes. L’ensemble de données final utilisé dans notre analyse comprenait 57 espèces (tableau S1 du rapport).La dynamique spatiotemporelle de la communauté des poissons démersaux a été modélisée à l’aide du cadre et du progiciel de modélisation hiérarchique des communautés d’espèces (HMSC) (Tikhonov et al., 2021) dans R. Ce cadre utilise l’inférence bayésienne pour rajuster un modèle mixte hiérarchique généralisé multivariable. Nous avons modélisé la dynamique communautaire au moyen d’un modèle à obstacles qui comprend deux sous-modèles : un modèle présence-absence et un modèle de biomasse conditionnel à la présence. Notre liste de covariables environnementales comprenait la profondeur du fond, l’indice de position bathymétrique (BPI), la vitesse moyenne des marées estivales, la turbidité du substrat, la roccosité du substrat, la question à savoir si le chalut se trouvait à l’intérieur ou à l’extérieur de l’empreinte de chalutage fondée sur l’écosystème, et la région du relevé, l’écart de température moyen près du fond en été, l’écart de l’oxygène dissous moyen près du fond en été, les vitesses moyennes du courant entre les rives et le long de la rive près du fond océanique en été, la production primaire intégrée moyenne à la profondeur en été et l’effort de pêche commerciale à l’échelle locale.Des couches sont présentées pour trois paramètres relatifs aux communautés. Tous les paramètres doivent être interprétés comme représentant la valeur à laquelle on s’attendrait dans la prise d’un trait moyen dans les relevés synoptiques au chalut de fond des poissons démersaux effectués dans une cellule de grille de 3 km donnée. La densité des espèces (parfois appelée richesse spécifique) doit être interprétée étant comme le nombre des 57 espèces qui seraient prises dans un chalut. La diversité de Hill-Shannon est une mesure de la diversité qui accorde une plus grande importance aux communautés où la biomasse est répartie également entre les espèces. La biomasse communautaire est la biomasse totale des 57 espèces qui devrait être capturée par kilomètre carré dans un trait moyen. Sources de données :Les données de recherche ont été fournies par l’Unité des données sur le poisson de fond de la direction des sciences du Pacifique pour les relevés de recherche de la base de données GFBio entre 2003 et 2019 qui ont été effectués dans quatre régions: le bassin Reine-Charlotte, le détroit d'Hécate, la côte ouest de l’île de Vancouver et la côte ouest d’Haida Gwaii. Notre analyse exclut les espèces qui sont rarement prises dans les chaluts de recherche; nos estimations n’incluraient donc pas l’occurrence ou la biomasse de ces espèces rares.Les données sur la pêche commerciale ont été consultées au moyen d’un script R du MPO détaillé à https://github.com/pbs-assess/gfdata. L’effort local de pêche commerciale a été calculé à partir de ces données.Les couches de substrat ont été obtenues à partir d’un modèle de substrat (Gregr et al., 2021).Les couches océanographiques (température au fond, oxygène dissous, vitesses de marée et de circulation, production primaire) ont été obtenues à partir d’une simulation rétrospective du modèle de la marge continentale de la Colombie-Britannique (Peña et al., 2019).Incertitudes :Il est possible que les espèces qui ne sont pas bien échantillonnées par les relevés au chalut ne soient pas estimées avec exactitude par notre modèle. Le modèle ne comprenait pas d’effets aléatoires spatiotemporels, ce qui sous-estime probablement la variabilité spatiotemporelle dans la région. Il importe également de souligner l’incertitude des covariables et du modèle. Les estimations des points chauds donnent une mesure de l’incertitude/la certitude du modèle.
Présence (ou absence) et abondance des espèces d’écosystèmes marins vulnérables Boltenia ovifera etModiolus modiolus dans la partie inférieure de la baie de Fundy, d’après des images fixes à haute résolution
Un dérivé du relevé des espèces benthiques du MPO pour le Programme stratégique de recherche et d’avis fondés sur l’écosystème (PSRAFE) [numéro du dossier des données ouvertes : e736c0f0-b19e-4842-903d-28bfc756d48a], ce relevé benthique financé par le Réseau canadien pour la santé des océans (CHONeII) porte sur la présence (ou l’absence) et l’abondance de deux espèces biogènes formant des habitats que l’on considère comme vulnérables aux perturbations dans un sous-ensemble de 50 transects de caméra dérivante dans la zone d’importance écologique et biologique (ZIEB) « Passage Head Harbour, archipel West Isles et Les Passages » dans la baie de Fundy, au Nouveau-Brunswick, au Canada (~113 km2). On a dérivé les données sur la présence (ou l’absence) et l’abondance de la patate de mer (Boltenia ovifera) et de modiole (Modiolus modiolus) de l’utilisation d’images fixes de 36,1 mégapixels à haute résolution d’un appareil Nikon D800 (n=2576, voir le lien vers le dossier original pour des renseignements plus détaillés sur le relevé) afin qu’on les utilise dans la modélisation de la répartition des espèces. On a estimé le champ de vision (CDV) des images à l’aide d’un poids de déclenchement de 10 cm de large pour l’échelle, et normalisé entre les images en utilisant l’estimation moyenne du CDV (0,75 x 0,5 m) dans un sous-ensemble de 200 images. On a ensuite converti les dénombrements des espèces en estimations d’abondance (nombre d’individus par mètre carré) en divisant les dénombrements par 0,375 m2. On a observé Boltenia ovifera à des densités atteignant 456 ind./m2, tandis que la densité de Modiolus modiolus a atteint un maximum de 240 ind./m2.Citer ces données comme: Mireault C.A., Lawton P., Devillers R. and Teed L. Présence (ou absence) et abondance des espèces d’écosystèmes marins vulnérables Boltenia ovifera etModiolus modiolus dans la partie inférieure de la baie de Fundy, d’après des images fixes à haute résolution. Publié en Septembre 2023. Division de la science des écosystèmes côtiers, Pêches et Océans Canada, St. Andrews, (N-B). https://open.canada.ca/data/en/dataset/152ae3f1-d2b9-43d9-a7b4-d769d9e9fc41
Occurrence d’éponges et descriptions des espèces et habitats associés tirées des relevés en plongée sous-marine effectués de 2021 et 2022 à l’intérieur du site d’intérêt des îles de la côte Est, en Nouvelle-Écosse
Financé dans le cadre du Programme des objectifs de conservation marine du MPO en partenariat avec le Huntsman Marine Science Centre (HMSC), ce relevé benthique d’images et d’échantillons tiré des plongées sous-marines effectuées durant les étés 2021 et 2022 documente l’occurrence d’éponges sur 42 sites de plongée à l’intérieur du site d’intérêt des îles de la côte Est (SI ~2 089 km2) au large de la côte atlantique de la Nouvelle-Écosse, au Canada. La qualité de l’eau, les occurrences d’espèces et leur nombre, les caractéristiques des habitats, de la pente et du substrat ont été catalogués à partir des registres des plongeurs, d’images de caméras, des notes accompagnant les spécimens et de données bathymétriques à haute résolution. Un total de 54 plongées à des profondeurs comprises entre 11 et 33 m (sous le niveau de la mer) qui ont permis de recueillir jusqu’à 147 images fixes, une heure de vidéo et 17 échantillons par site, ont donné lieu à 220 observations pour 27 taxons d’éponges différents. Cela incluait trois nouvelles espèces pour le Canada (Hymedesmia stellifera, Plocamionida arndti, Hymedesmia jecusculum) et une extension de l’aire de répartition d’une espèce nouvelle pour la science (Crellomima mehqisinpekonuta) qui a été récemment décrite dans la baie de Fundy. Quatre espèces qui pourraient sembler nouvelles pour la science (Halichondria sp., Hymedesmia sp., Protosuberires sp., et Sphaerotylus sp.) ont été répertoriées. On a découvert que les éponges occupent une diversité de micro-habitats, dont plusieurs se trouvent à proximité les uns des autres. Un total de huit classes d’habitat distinctes ont été définies, en fonction des abondances variables et de la diversité des éponges et des espèces benthiques associées. Ces habitats sont probablement largement répartis parmi les nombreuses caractéristiques complexes des fonds marins submergés à l’intérieur de ce SI. Les spécimens recueillis ont été conservés et sont entreposés au Centre de référence Atlantique (CRA) à St. Andrew’s, au Nouveau-Brunswick.Citer ces données comme: Goodwin, C., Cooper, J.A., Lawton, P., Teed, L.L. 2025. Sponge occurrence and associated species and habitat descriptions derived from the 2021 and 2022 SCUBA diving surveys in the Eastern Shore Islands Area of Interest, Nova Scotia. Version 1.4. Fisheries and Oceans Canada. Occurrence dataset. https://ipt.iobis.org/obiscanada/resource?r=eastern_shore_islands_sponge_survey_2021_2022&v=1.4
Botrylloïde violet (Botrylloides violaceus) - Programme sur les espèces aquatiques envahissantes – Région de Terre-Neuve-et-Labrador
EAE formant des biosalissures à T.-N.-L. Le Programme national de surveillance des biosalissures marines de Pêches et Océans Canada (MPO) effectue des relevés annuels sur le terrain pour surveiller l’introduction, l’établissement, la propagation, la richesse des espèces et l’abondance relative des espèces indigènes et non indigènes dans la région de Terre-Neuve-et-Labrador (T.-N.-L.) depuis 2006. Les protocoles de surveillance normalisés employés par les régions de T.-N.-L., des Maritimes, du Golfe et du Québec du MPO comprennent des plaques collectrices de biosalissures déployées de mai à octobre à des sites géoréférencés intertidaux et subtidaux peu profonds, y compris des quais publics et privés, des marinas publiques et privées et des clubs nautiques. Initialement (de 2006 à 2017), les collecteurs consistaient en trois plaques en PVC de 10 cm sur 10 cm déployées en réseau vertical et espacées d’environ 40 cm, la plaque la moins profonde étant suspendue à au moins 1 m sous la surface pour échantillonner les espèces subtidales et intertidales peu profondes (McKenzie et al. 2016a). Trois réseaux répétés ont été déployés à au moins 5 m de distance par site. Depuis 2018, les réseaux de collecteurs ont été modifiés pour améliorer la répétition statistique, y compris 10 collecteurs individuels déployés par site à 1 m de profondeur et à au moins 5 m de distance (comme ci-dessus) de mai à octobre. Depuis 2006, sept organismes envahissants formant des biosalissures ont été détectés dans les ports, les marinas et les zones côtières de Terre-Neuve-et-Labrador.Doit être cité comme suit : Programme de surveillance des espèces aquatiques envahissantes visant les biosalissures marines de la région de Terre-Neuve-et-Labrador du MPO. Publié en mars 2024. Écologie côtière et d’eau douce, Centre des pêches de l’Atlantique nord-ouest, Pêches et Océans Canada, St. John’s, Terre-Neuve-et-Labrador.Référence :TuniciersBotrylloïde violet (Botrylloides violaceus) 2007 Le botrylloïde violet a été détecté pour la première fois dans les eaux de T.-N.-L. en 2007 à Belleoram, dans la baie Fortune, sur des structures de quai et des navires (McKenzie et al. 2016b). Les individus de ce tunicier forment des colonies de formes irrégulières, normalement d’une seule couleur (orange, violette, jaune ou crème). On le retrouve actuellement en colonies relativement petites dans quatre ports de T.-N.-L. : la baie Placentia (1), la baie Fortune (1), la baie de la Conception (1) et la côte ouest de T.-N.-L. (2). Les données fournies ici indiquent les détections de cette EAE dans les zones côtières de T.-N.-L.De 2018 à 2022, le Programme sur les données environnementales côtières de référence a fourni un soutien supplémentaire pour l’amélioration des efforts d’échantillonnage dans la baie Placentia.
Présence ou Absence D’espèces Benthiques Dans La Partie Inférieure de La Baie de Fundy D’après Une Vidéo à Haute Résolution et des Images Fixes
Financé dans le cadre du Programme stratégique de recherche et d'avis fondés sur l'écosystème (PSRAFE) du MPO, ce relevé benthique couvre plusieurs zones de fond marin adjacentes à l’île Deer et à l’île Campobello, aux îles Wolves et à Grand Manan (Nouveau-Brunswick) sur une période d’étude de deux ans (2016-2017). Cent cinquante transects ont fait l'objet d'un relevé par caméra qu'on laissait dériver dans la région d’étude, dont la superficie est d’environ 91 km2, en recueillant une vidéo continue à haute définition et une vidéo périodique d’une résolution de 4K (fournie par une caméra Blackmagic Production Camera 4K pointée vers le bas et équipée de torches vidéo). Un appareil photographique numérique Nikon D800 de 36,1 mégapixels (équipé d’une lampe stroboscopique de studio) a pris des images du fond marin à des intervalles d’environ 30 s sur une période maximale de 25 minutes de relevé en dérive. L’appareil photographique était déclenché lorsqu’il était descendu moins de 1 m du fond marin, ce qui relâchait la tension sur un poids de déclencheur suspendu sous le châssis. On suivait l’emplacement de l'appareil photographique à l’aide d’un système de positionnement acoustique de base ultra-court (émetteur-récepteur TrackLink 1500HA avec transpondeur 1505B installé sur le châssis de la caméra). La présence et l’absence d’espèces, l’abondance et le type de fond ont été consignés manuellement à l’aide du logiciel PhotoQuad v1.4. Un sous-ensemble d’images fixes numériques dans lequel le poids de déclencheur de 10 cm de diamètre était entièrement visible a permis de déterminer un champ de vision moyen de 0,7 x 0,5 m. Trente-huit espèces clés et courantes ont été décrites à l’aide d’identificateurs taxonomiques explicites, et d’autres espèces ont été enregistrées dans des catégories générales plus vastes (p. ex. cnidaires non identifiés). L’identification a été effectuée au niveau taxonomique le plus bas possible. Le type de fond principal a été défini en fonction de la taille de grain ayant la plus grande couverture en pourcentage pour chaque intervalle image/vidéo. Les limites de taille de grain ont été déterminées selon l’échelle de Wentworth.Citer ces données comme:Lawton P. Présence ou Absence D’espèces Benthiques Dans La Partie Inférieure de La Baie de Fundy D’après Une Vidéo à Haute Résolution et des Images Fixes. Publié en Mai 2022. Division de la science des écosystèmes côtiers, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É).
Développement d’une approche de caractérisation des espèces côtières à l’aide d’ADN environnemental (ADNe) en utilisant le marqueur MiFish (12S)
La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a
Développement d’une approche de caractérisation des espèces côtières à l’aide d’ADN environnemental (ADNe) en utilisant le marqueur COI
La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b
Évaluation nationale des risques liés aux espèces aquatiques envahissantes (EAE) pour les moules zébrées et quagga
La moule zébrée (Dreissena polymorpha) et la moule quagga (Dreissena rostriformis bugensis) ont une longue histoire d’invasion dans les écosystèmes d’eau douce d’Europe et d’Amérique du Nord et ont des impacts écologiques et économiques significatifs. Une évaluation des risques écologiques liés à ces deux espèces envahissantes pour les écosystèmes d'eau douce du Canada a été complétée en avril 2022, dans le but de fournir des conseils scientifiques pour éclairer les décisions et les mesures de gestion. Celles-ci comprennent la détection précoce, les plans d’interventions et/ou les mesures réglementaires et politiques visant à atténuer la propagation potentielle et le risque que posent la moule zébrée et quagga pour les écosystèmes d'eau douce canadiens (MPO 2023). Le potentiel d'introduction (pression de propagules et connectivité), le potentiel d'établissement (habitats propices, y compris un modèle basé sur le calcium et Maximum Entropy (MaxEnt)), le potentiel d'invasion et les impacts écologiques ont été utilisés pour calculer le risque écologique pour les moules zébrées et les moules quagga au Canada. Cette évaluation n'a pas évalué le risque pour les plans d’eau individuels, mais a été réalisée à une résolution de 9 260 m x 9 260 m. Ces cartes à haute résolution sont fournies ici. Des cartes du risque écologique au niveau des sous-aires de drainage sont également fournies. Pêches et Océans Canada n'est pas responsable des omissions ou des erreurs qui peuvent être contenues dans ce jeu de données et ne peut être tenu responsable de toute perte, financière ou autre, due à l'utilisation de ces données. Veuillez indiquer Wilcox et collab. 2024 comme source de données dans les cartes, rapports ou articles imprimés ou publiés sur papier ou sur l'internet.
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