Un projet exploratoire sur la diversité taxonomique et génétique de décapodes échantillonnés en 2022 dans trois sous-régions océaniques (Pacifique Nord-Est, Arctique canadien et Atlantique Nord-Ouest) a été réalisé par le groupe de travail sur l'Arctique au sein de la collaboration canado-américaine sur les pêches et le climat entre Pêches et Océans Canada (MPO) et le National Marine Fisheries Service (NMFS) de la National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA). Ce cadre de collaboration vise à mettre en commun les données canadiennes et américaines afin d'étudier les effets du changement climatique à grande échelle sur la biodiversité marine. Au début de l'été 2022, un protocole d'échantillonnage illustrant une sélection des décapodes ciblés a été fourni aux collaborateurs du MPO et de la NOAA. Les genres ciblés ont été collectés dans le cadre de 10 programmes de recherche au total, dans trois sous-régions océaniques et quatre régions marines. Les échantillons du Pacifique Nord-Est ont été collectés dans la mer de Béring au cours de l'étude de l'écosystème de la mer de Béring septentrionale et du chalutage de surface, et de l'étude du chalutage de fond du plateau continental de la mer de Béring orientale et septentrionale sur les poissons de fond et la faune invertébrée, à bord du F/V Northwest Explorer, du F/V Alaska Knight et du F/V Vesteraalen. Dans l'ouest de l'Arctique canadien (principalement dans la mer de Beaufort et le golfe d'Amundsen), les spécimens ont été collectés au cours de l'étude du MPO sur l'évaluation de l'écosystème marin de la mer de Beaufort (CBS-MEA) à bord du F/V Frosti. Dans l'est de l'Arctique canadien (principalement dans la baie de Baffin et le détroit de Davis), les spécimens ont été recueillis lors du relevé de l'approche fondée sur les connaissances et les écosystèmes dans la baie de Baffin (KEBABB) du MPO à bord du NGCC Amundsen et du relevé de la sous-zone 0B de l'Organisation des pêches de l'Atlantique Nord (OPANO) à bord du R/V Tarajoq. Dans l'estuaire et le golfe du Saint-Laurent (EGSL), des spécimens ont été recueillis lors de relevés côtiers (relevés sur le buccin, le concombre de mer, le crabe des neiges et les pétoncles) à bord du NGCC Leim et au large lors du relevé écosystémique à bord du NGCC Teleost. Les décapodes ont été collectés à partir de divers engins d'échantillonnage (chalut à perche benthique, chalut à panneaux modifié Atlantic Western IIA, chalut Bacalao, chalut à crevettes, drague à pétoncles de type Digby ou drague à concombres de mer modifiée) et identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible et photographiés, dans la mesure du possible. Tous les spécimens ont été congelés en mer (n = 995). Au laboratoire, les identifications ont été validées ou affinées à l'aide des photos et des spécimens congelés. L'ADN de 87 spécimens a été extrait et une section du gène COI a été amplifiée afin d'être séquencée à l'aide de la méthode Sanger. Les séquences ont été comparées aux données existantes à l'aide de l'outil BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) dans la base de données des nucléotides du National Center for Bio-technology Information (NCBI-nt, y compris la base de données GenBank) afin de comparer les noms scientifiques, le cas échéant.L'ensemble de données actuel comprend 391 occurrences d'espèces de décapodes. L'ADN a été extrait d'un sous-groupe de 87 spécimens (gène COI). Les séquences sont accessibles publiquement sur la plateforme BOLD sous le code de projet DDAO (voir le document de soutien « citations_references.csv » pour plus d'informations).Les données sont présentées en format Darwin Core et sont séparées en trois fichiers :Le fichier " Activité_décapodes_DDAO_decapods_event_fr" contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d'activité hiérarchique.Le fichier " Occurrence_décapodes_DDAO_decapods_fr" contient les occurrences taxonomiques.Le fichier "ADN_décapodes_DDAO_decapods_DNA_fr" contient les données ADN associées.Pour de plus amples détails, veuillez vous référer au rapport technique disponible dans le document de soutien intitulé « citations_references.csv ». LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Les moyennes mensuelles de la température issus du modèle de l’Atlantique Nord de l’Institut océanographique de Bedford (BNAM) ont été établies sur la période de 1990 à 2015 afin de créer des climatologies moyenne mensuelles pour le Nord-ouest de l’océan Atlantique, ce qui peut être considéré comme une représentation de l’état climatologique du Nord-ouest d l’océan Atlantique. Le modèle BNAM est un modèle de résolution des tourbillons, et un modèle couplé glace-océan de l’Atlantique Nord construit sur le modèle NEMO développé à l’Institut océanographique de Bedford (IOB) pour appuyer les programmes de surveillance du MPO. Les données disponibles ici sont des données climatologiques mensuelles pour huit profondeurs sélectionnées (la surface, 110 m, 156 m, 222 m, 318 m, 541 m, 1062 m, le fond), en résolution spatiale de 1/12 degré. Les données pour chaque mois de 1990 à aujourd’hui pour l’ensemble du domaine du modèle (8°-75 °N de latitude et 100 °O-30 °E de longitude) et les diverses profondeurs sont disponibles sur demande.Le résultat a posteriori du modèle 1990-2017 est comparé aux données d’observation du dériveur de surface et de l’altimétrie des satellites. Le modèle démontre une bonne habileté à simuler les courants de surface, les événements de convection hivernale dans la mer du Labrador et la circulation méridienne de retournement de l'Atlantique observée à 26,5°N et 41°N. Les résultats du modèle ont été utilisés pour interpréter les changements dans le courant du Labrador et les événements de réchauffement observés sur la plate-forme.Lorsque vous utilisez des données, veuillez citer ce qui suit : Wang, Z., Lu, Y., Greenan, B., Brickman, D., and DeTracey, B., 2018. BNAM: An eddy resolving North Atlantic Ocean model to support ocean monitoring. Can. Tech. Rep. Hydrogr. Ocean. Sci. 327: vii + 18p

Pêches et Océans Canada a initié, en 2018, le Programme multidisciplinaire arctique (PMA) – Glace séculaire, la première étude écosystémique de la région peu étudiée de Tuvaijuittuq, où la glace multiannuelle est présente dans l’océan arctique. Le Programme PMA-Glace séculaire utilise une approche concertée pour intégrer les composantes physique, biochimique et écologique de l’écosystème connecté glace de mer-océan, et de sa réponse aux forçages climatiques et océaniques. Ce programme procure une base de référence de connaissances écologique pour Tuvaijuittuq et, en particulier, pour son écosystème unique de glace pluri-annuelle. La base de données procure des données de référence sur la composition en acides gras et la signature isotopique des communautés de glace dans la glace pluri-annuelle et annuelle dans Tuvaijuittuq. Les données ont été récoltées au cours de la campagne du printemps 2018 du programme PMA-Glace séculaire, au large de la Station des Forces Canadiennes (SFC) Alert, en mer de Lincoln.

Les coraux d'eau froide sont communs dans les eaux au large de l'est du Canada. Malgré cela, peu de registres de séquences d’ADN de spécimens collectés dans la région sont disponibles dans GenBank, et toutes les espèces enregistrées dans la région ne disposent pas de données de séquence, quelle que soit leur origine géographique. Cela peut limiter l’utilisation de techniques comme l’ADN environnemental pour détecter et identifier les coraux. Notre objectif était de séquencer et de publier des séquences pour deux marqueurs de code-barres ADN pour les octocoraux : CO1 et MutS. Nous avons séquencé et déposé 36 séquences dans GenBank à partir de 19 spécimens représentant trois espèces de plume de mer (Octocorallia : Pennatuloidea) : Distichoptilum gracile, Pennatula aculeata et Protoptilum carpenteri. L'identification de tous les spécimens a été confirmée par B. M. Neves (MPO-TNL) avant la soumission. Des spécimens et des tissus d'ADN ont été donnés au Musée canadien de la nature, où ils sont actuellement conservés. Cette publication représente la première partie d'une série de soumissions à GenBank par notre laboratoireLes spécimens ont été collectés dans l’Atlantique nord-ouest et proviennent de profondeurs comprises entre 200 et 1924 mètres. Les spécimens ont été collectés dans le cadre de relevés au chalut multi-espèces menés par des navires de recherche ou de relevés effectués par des véhicules télécommandés (ROV ROPOS). L'ADN a été isolé et purifié à l'aide du kit QIAgen DNeasy Blood and Tissue, avec une incubation initiale d'une nuit avec la protéinase K. Deux régions de code-barres couramment utilisées pour les octocoraux ont été amplifiées à l'aide d'amorces décrites précédemment : 1) COII8068F (McFadden et al., 2004) et COIOCTR (France et Hoover, 2002) pour le gène CO1, et 2) ND42599F (France et Hoover, 2002) et mut3458R (Sánchez et al., 2003) pour le gène MutS. Les amplifications ont été réalisées en utilisant 12.5 µl de Green DreamTaq Master Mix (Thermo Fisher Scientific), 1 µl d'ADN matrice, 0.5 µl de chaque amorce sens et antisens à 10 µM, 0.5 µl d'amorce antisens à 10 µM et 10.5 µl d'eau. Le thermocyclage a été effectué comme suit : 3 minutes de dénaturation initiale à 95 °C, suivis de 40 cycles à 95 °C pendant 30 s, 30 s à une température de hybridation de 48 °C, puis 65 s à une température d'élongation de 72 °C, et un allongement final à 72 °C pendant 4 min. Les produits de PCR ont été purifiés à l'aide de l’Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter) et envoyés au Centre for Applied Genomics, Toronto, Canada pour le séquençage Sanger. Les séquences ont été visualisées et alignées à l’aide de Geneious Prime 2022.0.2. Les séquences obtenues ont été déposées dans GenBank sous les numéros d'accès OQ569768-OQ569784 et OQ420359-OQ420377.Ce projet a été financé par Pêches et Océans Canada dans le cadre d'une subvention pour le renforcement des capacités régionales (2020-2021) et du Programme des objectifs de conservation marine (MCT) (2021-2024), région de Terre-Neuve-et-Labrador.

Compendium de rapports fournissant des informations sur les animaux et les plantes aquatiques et terrestres, les sols, les eaux de surface, les eaux souterraines, ainsi que les fichiers de données et les cartes qui les accompagnent** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

Pêches et Océans Canada (MPO) réalise annuellement un relevé scientifique multidisciplinaire avec un chalut de fond dans l’estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent pendant l’été depuis 1984. Au fil des années, ce relevé a été effectué à bord de quatre navires: le NM Lady Hammond (1984-1990), le NGCC Alfred Needler (1990-2005), le NGCC Teleost (2004-2021) et le NGCC Cabot (2022-en cours). Il est important de noter que les objectifs, les méthodes employées et l'identification des espèces lors de ces relevés se sont améliorés au fil du temps en fonction des demandes et des mandats du MPO. Les données ne sont donc pas directement comparables entre ces relevés. Les spécificités des missions réalisées à bord du NM Lady Hammond sont décrites ci-dessous.Objectifs:1. Évaluer l'abondance et la condition des populations de poissons de fond2. Évaluer les conditions environnementales3. Inventorier la biodiversité4. Monitorer l'écosystème pélagique5. Récolter des échantillons pour divers projets de rechercheDescription du relevéLe relevé couvre le nord du golfe du Saint-Laurent, soit les divisions 4R, 4S et la partie septentrionale de la division 4T de l’Organisation des Pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO). Ce relevé suit un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié et l’engin de pêche utilisé sur le NM Lady Hammond est un chalut de fond Western IIA. La durée de chalutage pour un trait standard de pêche est de 30 minutes, calculée à partir du contact du chalut avec le fond. La vitesse de chalutage est fixée à 3.5 nœuds.DonnéesÀ chacun des traits de pêche, la capture est triée et pesée par taxon et les individus sont dénombrés et des données biologiques sont récoltées sur un sous-échantillon. Pour les poissons, les crabes et les encornets, la taille et le poids sont colligés par individu. De plus, pour certaines espèces, le sexe, la maturité des gonades et les poids de certains organes (estomac, foie, gonades) sont aussi évalués. Les rayons mous de la nageoire anale sont dénombrés pour les sébastes et des otolithes sont récoltés pour le sébaste et la morue. Les invertébrés sont pesés et dénombrés par taxon (pas de mesure individuelle).Les données biologiques sont divisées en 4 fichiers : Un fichier « Métadonnées » contenant les informations des traits, un fichier « Captures » contenant les prises par trait pour les taxons de poisson, un fichier « Carbio » contenant les mesures morphométriques par individus et un fichier « Fréquences Longueur » pour les fréquences de longueur des poissons. Il est important de noter qu'il s'agit des données brutes. Seuls les traits considéré réussis sont conservés. Dans chacun des traits toutes les espèces sont conservées sauf quelques exceptions. Veuillez contacter l'équipe de la gestion de données pour de plus amples informations (gddaiss-dmsaisb@dfo-mpo.gc.ca).

Données biologiques de base pour tous les poissons pris au cours de l’expédition de 2012 du BSMFP. Comprend l’identification, le poids, la longueur (totale, à la fourche et standard), le poids du foie, le poids des gonades, le sexe et le niveau de maturité.

Le Programme d'ichtyopathologie mené à la Station biologique du Pacifique, à Nanaimo, étudie la santé des animaux aquatiques depuis le début des années 1970. À l'aide de méthodes de diagnostic traditionnelles, le Programme aide les clients internes et externes à fournir des conseils sur la gestion de la santé des animaux aquatiques et des données cliniques à ce chapitre.Cet ensemble de données contient des renseignements sur les diagnostics de poissons provenant du Programme de mise en valeur des salmonidés, de la recherche, du public et des demandes d’introduction ou de transfert. Les données contenues dans cette base de données comprennent les pathogènes découverts dans les cas soumis dans l'ensemble de la Région du Pacifique.La base de données sur la santé du poisson sera diffusée conformément aux recommandations en matière de diffusion publique énoncées à la recommandation vingt-deux, formulée dans le volume trois du rapport final (octobre 2012) soumis par la Commission d'enquête Cohen sur le déclin des populations de saumon rouge du fleuve Fraser.

Cette étude visait à caractériser le banc de laminaires de la Batture-aux-Alouettes, une source de nourriture de prédilection pour l’oursin vert (Strongylocentrotus droebachiensis). L’oursin vert est pêché commercialement au Québec et l’effort de pêche est concentré sur la Batture-aux-Alouettes près de Tadoussac, à l’embouchure du fjord du Saguenay. L’étude a été effectuée en deux phases distinctes en 2018 et en 2019. L’objectif principal de cette étude était de déterminer l’abondance et la biomasse du banc de laminaires de la Batture-aux-Alouettes. La première phase, réalisé selon un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié, a été effectuée du 21 au 24 août 2018. L’échantillonnage de deux quadrats de 50 x 50 cm, séparés par une distance d’environ 30 m, a été effectué à onze sites lors de douze plongées dans la section est de la Batture-aux-Alouettes pour récolter des laminaires en vue d’estimer leur biomasse et d’évaluer la richesse spécifique des macroalgues. À la deuxième phase, un total de 429 stations ont d’abord été échantillonnés entre le 15 et le 18 juillet 2019 avec un système de caméra déposé comportant deux quadrats de 50 x 50 cm. La présence ou l’absence de laminaires, le pourcentage de recouvrement de macroalgues et le type de substrat ont été évalués pour chaque photo. Suite à cette analyse photographique sous-marine, 129 de ces stations ont été identifiées comme ayant une présence de laminaires et 88 de ces stations possédaient une présence d’autres espèces d’algues. Afin d’assurer une représentation égale des différentes strates de profondeur, les stations ayant des laminaires ont été divisées en trois catégories de profondeur : peu profonde (-1,7 m à 0 m), moyenne (0 m à 2 m) et profonde (2 m à 5 m). Les plongées se sont déroulées du 13 au 15 août 2019, à dix de ces stations selon un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié, en prenant soin d’assurer une répartition spatiale équilibrée ainsi qu’une répartition égale des différentes strates de profondeur (quatre dans la zone peu profonde, trois dans la moyenne et deux dans la profonde). L’échantillonnage du quadrat de 50 x 50 cm en plongée a eu lieu à trois distances différentes espacées de 5 m à partir d’un transect, soit à la marque de 3 m (_3m), 8 m (_8m) et 13 m (_13m). S’il y avait peu ou pas de laminaires dans le quadrat, l’échantillonnage du quadrat pouvait être répété pour un maximum de quatre quadrats par distance pour une superficie totale de 1 m². Deux quadrats supplémentaires ont été effectués (_x) à deux stations. Une évaluation de la biomasse a également été faite via un échantillonnage de type « emporte-pièce » (_CC). Les plongeurs prenaient le même quadrat de 50 x 50 cm et le plaçait sur une parcelle choisie (c.-à-d. : non aléatoire) avec 100 % de couverture de laminaires.Les trois fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont reliés par la clé «IDactivité» . Le fichier «information_activité» comprend les informations génériques de l'activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «information_supplémentaire_activité_et_occurrence» comprend notamment la taille de l'échantillon, le protocole et l’effort d’échantillonnage. Le fichier «occurrence_taxon» comprend la taxonomie des espèces observées, identifiées à l’espèce ou au niveau taxonomique le plus bas possible. Pour obtenir l’évaluation de l’abondance et de la biomasse du banc de laminaires de la Batture-aux-Alouettes, communiquez avec Rénald Belley (renald.belley@dfo-mpo.gc.ca).Pour les contrôles de qualité, les organismes ont été identifiés sur le terrain à l’aide du guide suivant : Chabot, Robert et Anne Rossignol. 2003. Algues et faune du littoral du Saint-Laurent maritime : Guide d'identification. Institut des Sciences de la mer de Rimouski, Rimouski ; Pêches et Océans Canada (Institut Maurice-Lamontagne), Mont-Joli. 113 pages. La taxonomie a été vérifiée sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues et à l’aide des bibliothèques R obistools et worrms. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ «IDnomScientifique» du fichier d'occurrence. Tous les lieux d'échantillonnage ont été validé spatialement. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.