Un projet exploratoire sur la diversité taxonomique et génétique de décapodes échantillonnés en 2022 dans trois sous-régions océaniques (Pacifique Nord-Est, Arctique canadien et Atlantique Nord-Ouest) a été réalisé par le groupe de travail sur l'Arctique au sein de la collaboration canado-américaine sur les pêches et le climat entre Pêches et Océans Canada (MPO) et le National Marine Fisheries Service (NMFS) de la National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA). Ce cadre de collaboration vise à mettre en commun les données canadiennes et américaines afin d'étudier les effets du changement climatique à grande échelle sur la biodiversité marine. Au début de l'été 2022, un protocole d'échantillonnage illustrant une sélection des décapodes ciblés a été fourni aux collaborateurs du MPO et de la NOAA. Les genres ciblés ont été collectés dans le cadre de 10 programmes de recherche au total, dans trois sous-régions océaniques et quatre régions marines. Les échantillons du Pacifique Nord-Est ont été collectés dans la mer de Béring au cours de l'étude de l'écosystème de la mer de Béring septentrionale et du chalutage de surface, et de l'étude du chalutage de fond du plateau continental de la mer de Béring orientale et septentrionale sur les poissons de fond et la faune invertébrée, à bord du F/V Northwest Explorer, du F/V Alaska Knight et du F/V Vesteraalen. Dans l'ouest de l'Arctique canadien (principalement dans la mer de Beaufort et le golfe d'Amundsen), les spécimens ont été collectés au cours de l'étude du MPO sur l'évaluation de l'écosystème marin de la mer de Beaufort (CBS-MEA) à bord du F/V Frosti. Dans l'est de l'Arctique canadien (principalement dans la baie de Baffin et le détroit de Davis), les spécimens ont été recueillis lors du relevé de l'approche fondée sur les connaissances et les écosystèmes dans la baie de Baffin (KEBABB) du MPO à bord du NGCC Amundsen et du relevé de la sous-zone 0B de l'Organisation des pêches de l'Atlantique Nord (OPANO) à bord du R/V Tarajoq. Dans l'estuaire et le golfe du Saint-Laurent (EGSL), des spécimens ont été recueillis lors de relevés côtiers (relevés sur le buccin, le concombre de mer, le crabe des neiges et les pétoncles) à bord du NGCC Leim et au large lors du relevé écosystémique à bord du NGCC Teleost. Les décapodes ont été collectés à partir de divers engins d'échantillonnage (chalut à perche benthique, chalut à panneaux modifié Atlantic Western IIA, chalut Bacalao, chalut à crevettes, drague à pétoncles de type Digby ou drague à concombres de mer modifiée) et identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible et photographiés, dans la mesure du possible. Tous les spécimens ont été congelés en mer (n = 995). Au laboratoire, les identifications ont été validées ou affinées à l'aide des photos et des spécimens congelés. L'ADN de 87 spécimens a été extrait et une section du gène COI a été amplifiée afin d'être séquencée à l'aide de la méthode Sanger. Les séquences ont été comparées aux données existantes à l'aide de l'outil BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) dans la base de données des nucléotides du National Center for Bio-technology Information (NCBI-nt, y compris la base de données GenBank) afin de comparer les noms scientifiques, le cas échéant.L'ensemble de données actuel comprend 391 occurrences d'espèces de décapodes. L'ADN a été extrait d'un sous-groupe de 87 spécimens (gène COI). Les séquences sont accessibles publiquement sur la plateforme BOLD sous le code de projet DDAO (voir le document de soutien « citations_references.csv » pour plus d'informations).Les données sont présentées en format Darwin Core et sont séparées en trois fichiers :Le fichier " Activité_décapodes_DDAO_decapods_event_fr" contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d'activité hiérarchique.Le fichier " Occurrence_décapodes_DDAO_decapods_fr" contient les occurrences taxonomiques.Le fichier "ADN_décapodes_DDAO_decapods_DNA_fr" contient les données ADN associées.Pour de plus amples détails, veuillez vous référer au rapport technique disponible dans le document de soutien intitulé « citations_references.csv ». LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Compendium de rapports fournissant des informations sur les animaux et les plantes aquatiques et terrestres, les sols, les eaux de surface, les eaux souterraines, ainsi que les fichiers de données et les cartes qui les accompagnent** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

Découvertes historiques de Adelges abietis

Découvertes historiques de Pristiphora erichsonii

Découvertes historiques de Operophtera brumata

Découvertes historiques de Coleophora laricella

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

Découvertes historiques de Coleophora serratella

Symbolisation et publication de l'ensemble de données de caractéristiques ISO BiologicEcologic. 5 septembre 2017.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

Découvertes historiques de Pristiphora geniculata