Cette thématique regroupe les aires de drainage des stations de divers suivis en cours d’eau (physicochimique et bactériologique, organismes benthiques, diatomées, pesticides, etc.) réalisés par le ministère de l’Environnement, de la Lutte contre les changements climatiques, de la Faune et des Parcs (MELCCFP) ainsi que les bassins versants de lacs incluant la majorité des lacs du Réseau de suivi volontaire des lacs (RSVL).L’aire de drainage et le bassin versant représentent le territoire dont les eaux se déversent vers la station d’échantillonnage ou vers l’exutoire du lac. Les limites sont générées à l’aide d’un système d’information géographique (SIG) à partir des cartes topographiques, de modèles numériques d’élévation et de modèles d’écoulement, et des limites de bassins versants produites par la Direction principale de l’expertise hydrique (DPEH).L’aire de drainage et le bassin versant servent à calculer la superficie drainée en amont de la station d’échantillonnage ou du lac, à caractériser le territoire drainé (par exemple, pour déterminer l’utilisation du territoire) et à répondre à des besoins spécifiques de cartographie. Les tables liées fournissent également des compilations de l’utilisation du territoire selon trois classifications permettant de contextualiser les différents suivis réalisés aux stations. À noter que l’utilisation du territoire hors Québec des aires de drainage et des bassins versants transfrontaliers est non calculée et que les pourcentages de chaque catégorie correspondent à la superficie québécoise seulement.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

EAE formant des biosalissures à T.-N.-L. Le Programme national de surveillance des biosalissures marines de Pêches et Océans Canada (MPO) effectue des relevés annuels sur le terrain pour surveiller l’introduction, l’établissement, la propagation, la richesse des espèces et l’abondance relative des espèces indigènes et non indigènes dans la région de Terre-Neuve-et-Labrador (T.-N.-L.) depuis 2006. Les protocoles de surveillance normalisés employés par les régions de T.-N.-L., des Maritimes, du Golfe et du Québec du MPO comprennent des plaques collectrices de biosalissures déployées de mai à octobre à des sites géoréférencés intertidaux et subtidaux peu profonds, y compris des quais publics et privés, des marinas publiques et privées et des clubs nautiques. Initialement (de 2006 à 2017), les collecteurs consistaient en trois plaques en PVC de 10 cm sur 10 cm déployées en réseau vertical et espacées d’environ 40 cm, la plaque la moins profonde étant suspendue à au moins 1 m sous la surface pour échantillonner les espèces subtidales et intertidales peu profondes (McKenzie et al. 2016a). Trois réseaux répétés ont été déployés à au moins 5 m de distance par site. Depuis 2018, les réseaux de collecteurs ont été modifiés pour améliorer la répétition statistique, y compris 10 collecteurs individuels déployés par site à 1 m de profondeur et à au moins 5 m de distance (comme ci-dessus) de mai à octobre. Depuis 2006, sept organismes envahissants formant des biosalissures ont été détectés dans les ports, les marinas et les zones côtières de Terre-Neuve-et-Labrador.Doit être cité comme suit : Programme de surveillance des espèces aquatiques envahissantes visant les biosalissures marines de la région de Terre-Neuve-et-Labrador du MPO. Publié en mars 2024. Écologie côtière et d’eau douce, Centre des pêches de l’Atlantique nord-ouest, Pêches et Océans Canada, St. John’s, Terre-Neuve-et-Labrador.Référence :TuniciersAscidie jaune (Ciona intestinalis) 2012L’ascidie jaune est une espèce envahissante solitaire à impact élevé qui a été détectée pour la première fois par le MPO en 2012 sur la péninsule de Burin, à Ship Cove et Little Bay, dans la baie Placentia. Diverses mesures d’atténuation (McKenzie et al. 2016b) ont permis de confiner ce tunicier envahissant dans une petite zone pendant six ans dans la baie Placentia. L’ascidie jaune, dont une population établie a été détectée pour la première fois dans la baie Fortune en 2019, est de plus en plus souvent signalée le long de la côte sud de Terre-Neuve. Les données fournies ici indiquent les détections de cette EAE dans les zones côtières de T.-N.-L.De 2018 à 2022, le Programme sur les données environnementales côtières de référence a fourni un soutien supplémentaire pour l’amélioration des efforts d’échantillonnage dans la baie Placentia.

Une série chronologique de la fluorescence de la chlorophylle a été recueilli en différents emplacements autour de la côte de l'île de Vancouver, en Colombie-Britannique (C.-B.), au Canada, afin de surveiller les concentrations de phytoplancton. Un fluorimètre Wetlabs ECO a été déployé à des intervalles de temps de quelques mois selon un calendrier en fonction de la saison et de la disponibilité du capteur. L'instrument est suspendu par une chaîne fixée sur le côté de la bouée ou à un quai, selon l'emplacement, et prenait des mesures de la chlorophylle en utilisant une émission de fluorescence à 695 nm. L'instrument mesurait également la turbidité en détectant la lumière dispersée à 700 nm. Les unités étaient munies de batteries internes et permettaient le stockage des données; elles étaient programmées pour prendre un groupe de cinq mesures toutes les 30 minutes. Un tampon de nettoyage en cuivre couvrait la fenêtre d'échantillonnage entre les groupes de mesure afin de réduire les salissures marines. À moins d'indication contraire, toutes les heures sont exprimés en temps universel coordonné (UTC).

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

Ces ensembles de données fournissent des informations relatives aux estimations de crevettes et de prises accessoires associées au chalutage à panneaux et au casier (novembre 2000) et au chalutage à perche (février 2001) dans le détroit de Simoom. Les ensembles de données ont été compilés et mis en forme par Meagan Mak.Résumé du rapport :Dans Ie cadre d'un projet d'étude des modifications physiques probables des écosystèmes marins imputables à la pêche des crevettes au chalut et au casier, on a recueilli des données sur les prises de poissons et de crevettes, les prises accessoires, ainsi que Ie poids, la proportion relative des sexes, l'emplacement des ceufs et les dommages collateraux à plusieurs espèces de Pandalides et d'Eualidés. On a aussi évalué les dommages causés en particulier à la crevette à front rayé (Pandalus hypsinotusy , soit au rostre, à la carapace, à I'abdomen et à l'éventail caudal, capturée au chalut à perche, au chalut à panneaux et au casier. Sont aussi inc1uses dans Ie présent document des données recueillies dans Ie cadre d'une étude préliminaire réalisée dans Ie chenal Northumberland en juin 2000 et d'un échantillonnage plus exhaustif effectué dans Ie détroit de Simoom en novembre 2000 et en février 2001.

Une analyse documentaire, mettant l'accent sur la toxicologie et les études écologiques des produits des sables bitumineux (p. ex., bitume dilué), des diluants, des agents de traitement des déversements et du pétrole brut dans le nord-est du Pacifique, a été préparée dans le cadre du Programme de sécurité de classe mondiale pour les navires-citernes. Seulement 14 des 763 références analysées portaient sur le bitume dilué ou d'autres pétroles bruts, ce qui indique la nécessité d'une recherche plus poussée au sujet des effets de ces produits sur le milieu marin. La recherche sur les diluants semble indiquer que les périodes d'évaporation et de dispersion de ces composantes sont relativement courtes; par contre leurs hauts niveaux de toxicité pourraient représenter une menace pour le biote marin. Les études historiques indiquent que les anciennes formulations d'agents dispersants avaient des répercussions écologiques potentielles; il est donc nécessaire d'évaluer pleinement les nouvelles formulations pour déterminer leurs répercussions possibles. Le non-respect des normes de toxicologie est encore fréquent, ce qui nuit aux analyses de sensibilité des espèces. Selon la documentation d'Exxon Valdez, les répercussions pour un type de pétrole donné peuvent varier grandement; il est donc important de recueillir des données de base et des renseignements sur l'état du rétablissement et de déterminer les paramètres écologiques pertinents.

Découvertes historiques de Coleophora laricella

On a cree des zones afin de gerer les risques de propagation des agents pathogenes du poisson. Ce produit necessite l'utilisation de logiciels du SIG. *[SIG]: système d’information géographique** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie. Les valeurs françaises pour le titre et la description du jeu de données proviennent de la province de l’Ontario alors que celles des mots-clés et des noms des ressources sont le résultat d'une traduction automatique (Amazon Translate) **

OBJECTIF :Le but de ce travail était de déterminer (1) comment la génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal de la merluche blanche (Urophycis tenuis), et (2) si la variation de la communauté microbienne fournit des informations complémentaires sur la structure de la population de cette espèce dans l'est du Canada.DESCRIPTION :L’intégration du microbiote associé à l’hôte aux approches génomiques offre un cadre prometteur pour mieux comprendre les multiples dimensions biologiques qui façonnent la structure des populations chez les poissons marins. Une compréhension claire de la structure et de la dynamique des populations biologiques est essentielle pour des décisions éclairées en matière de gestion des pêches et de conservation ; toutefois, bien que les approches génomiques aient considérablement amélioré notre capacité à délimiter les populations biologiques, elles n’offrent qu’une représentation partielle de la structure biologique, car les patrons de différenciation reflètent à la fois la divergence historique et les conditions écologiques contemporaines. Le microbiote associé à l’hôte peut influencer les processus écologiques à l’échelle des populations en apportant une variation fonctionnelle et potentiellement héréditaire qui façonne le phénotype et le fitness de l’hôte.Dans cette étude, nous avons combiné le génotypage par séquençage et le séquençage des amplicons du gène de l’ARNr 16S afin d’examiner comment la structure génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal et d’évaluer si la variation des communautés microbiennes fournit des informations complémentaires sur la structure des populations chez la merluche blanche (Urophycis tenuis) dans l’est du Canada. Les analyses génomiques ont permis d’identifier deux populations présentant un chevauchement spatial plus important que celui rapporté précédemment. La partition de la variation a révélé que la génétique de l’hôte expliquait une fraction négligeable de la variation du microbiote comparativement aux facteurs environnementaux et à la taille des poissons, ce qui suggère une influence des changements ontogénétiques dans l’utilisation de l’habitat et des ressources sur la composition du microbiote intestinal. Plusieurs taxons présentaient une abondance différentielle entre les catégories de taille des poissons, utilisées comme indicateur du régime alimentaire, notamment des taxons ayant un potentiel de dégradation de la chitine, tels que Photobacterium et Lachnospirales, lesquels étaient enrichis chez les individus de plus petite taille, connus pour consommer un régime dominé par les crustacés. Ensemble, ces résultats indiquent que la composition du microbiote intestinal chez la merluche blanche reflète principalement des processus écologiques et d’histoire de vie plutôt que la structure génétique des populations de l’hôte. PARAMÈTRES COLLECTÉS :Des paramètres environnementaux ont également été collectés à la plupart des sites d'échantillonnage, y compris la profondeur, température de l'eau, le niveau d'oxygène et la salinité.DÉTAILS DE L'ÉCHANTILLON PHYSIQUE :Des échantillons de nageoires ont été collectés pour caractériser les génotypes des poissons. Des échantillons d'intestin (rectum) ont été collectés pour étudier le microbiome intestinal des poissons.MÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :En 2022 et 2023, les merluches blanches ont été échantillonnées lors des relevés annuels écosystémiques au chalut de fond du ministère des Pêches et des Océans Canada (MPO).LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.