Ces données spatiales indiquent les zones d’amélioration utilisées par les aménagistes forestiers et les associations de génétique forestière pour gérer l’actif génétique forestier provincial. Les données précisent : * les limites des zones d’amélioration; * les essences principales ou ciblées dans chacune des zones. Les essences sont associées à des programmes d’amélioration, à des vergers à graines et à des installations d’essai de progéniture (test de descendance) donnés.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie. Les valeurs françaises pour le titre et la description du jeu de données proviennent de la province de l’Ontario alors que celles des mots-clés et des noms des ressources sont le résultat d'une traduction automatique (Amazon Translate) **

Une planification efficace de la conservation repose sur la compréhension de la connectivité entre les populations, qui peut être documentée par des données génomiques. Ceci est particulièrement important pour les espèces sessiles comme la modiole (Modiolus modiolus), une espèce essentielle à la formation de certains habitats qui constitue une priorité en matière de conservation au Canada atlantique. Cependant, peu d’informations génomiques sont disponibles pour décrire les tendances en matière de connectivité de la modiole. Nous avons utilisé plus de 8 000 polymorphismes mononucléotidiques dérivés du séquençage de l’ADN associé aux sites de restriction et un ensemble de 8 microsatellites pour examiner la connectivité génomique entre les populations de modioles dans la baie de Fundy, le long du plateau néo-écossais et dans l’Atlantique Nord-Ouest, jusqu’à Terre-Neuve. Malgré les différences phénotypiques entre les lieux d’échantillonnage, nous avons constaté un manque général de diversité génétique et de structure démographique chez les modioles dans l’Atlantique Nord-Ouest. Tous les sites échantillonnés présentaient une faible hétérozygosité, un très faible FST, des coefficients de consanguinité élevés et un écart par rapport à l’équilibre Hardy-Weinberg, ce qui met en évidence la diversité génétique généralement faible pour tous les paramètres mesurés. L’analyse des composantes principales, l’analyse du métissage, les calculs par paires du FST et l’analyse des loci aberrants (pouvant faire l’objet d’une sélection) n’ont révélé aucun groupe génomique indépendant dans les données, et une analyse de la variation moléculaire a montré que moins de 1 % de la variation observée dans l’ensemble de données sur les SNP était constatée entre les sites d’échantillonnage. Nos résultats suggèrent que la connectivité est élevée entre les populations de modioles de l’Atlantique Nord-Ouest, ce qui, conjugué à des tailles de population réelles importantes, a entraîné une divergence génomique minimale dans la région. Ces résultats peuvent éclairer les considérations relatives à la conception de mesures de conservation dans la baie de Fundy et favoriser une meilleure intégration dans l’ensemble du réseau régional de conservation.Citer ces données comme: an Wyngaarden, Mallory et al. (2024).Similarité génétique répandue entre les populations de modioles (Modiolus modiolus) de l’Atlantique Nord-Ouest. Publié en Mai 2025. Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É).

Un projet exploratoire sur la diversité taxonomique et génétique de décapodes échantillonnés en 2022 dans trois sous-régions océaniques (Pacifique Nord-Est, Arctique canadien et Atlantique Nord-Ouest) a été réalisé par le groupe de travail sur l'Arctique au sein de la collaboration canado-américaine sur les pêches et le climat entre Pêches et Océans Canada (MPO) et le National Marine Fisheries Service (NMFS) de la National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA). Ce cadre de collaboration vise à mettre en commun les données canadiennes et américaines afin d'étudier les effets du changement climatique à grande échelle sur la biodiversité marine. Au début de l'été 2022, un protocole d'échantillonnage illustrant une sélection des décapodes ciblés a été fourni aux collaborateurs du MPO et de la NOAA. Les genres ciblés ont été collectés dans le cadre de 10 programmes de recherche au total, dans trois sous-régions océaniques et quatre régions marines. Les échantillons du Pacifique Nord-Est ont été collectés dans la mer de Béring au cours de l'étude de l'écosystème de la mer de Béring septentrionale et du chalutage de surface, et de l'étude du chalutage de fond du plateau continental de la mer de Béring orientale et septentrionale sur les poissons de fond et la faune invertébrée, à bord du F/V Northwest Explorer, du F/V Alaska Knight et du F/V Vesteraalen. Dans l'ouest de l'Arctique canadien (principalement dans la mer de Beaufort et le golfe d'Amundsen), les spécimens ont été collectés au cours de l'étude du MPO sur l'évaluation de l'écosystème marin de la mer de Beaufort (CBS-MEA) à bord du F/V Frosti. Dans l'est de l'Arctique canadien (principalement dans la baie de Baffin et le détroit de Davis), les spécimens ont été recueillis lors du relevé de l'approche fondée sur les connaissances et les écosystèmes dans la baie de Baffin (KEBABB) du MPO à bord du NGCC Amundsen et du relevé de la sous-zone 0B de l'Organisation des pêches de l'Atlantique Nord (OPANO) à bord du R/V Tarajoq. Dans l'estuaire et le golfe du Saint-Laurent (EGSL), des spécimens ont été recueillis lors de relevés côtiers (relevés sur le buccin, le concombre de mer, le crabe des neiges et les pétoncles) à bord du NGCC Leim et au large lors du relevé écosystémique à bord du NGCC Teleost. Les décapodes ont été collectés à partir de divers engins d'échantillonnage (chalut à perche benthique, chalut à panneaux modifié Atlantic Western IIA, chalut Bacalao, chalut à crevettes, drague à pétoncles de type Digby ou drague à concombres de mer modifiée) et identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible et photographiés, dans la mesure du possible. Tous les spécimens ont été congelés en mer (n = 995). Au laboratoire, les identifications ont été validées ou affinées à l'aide des photos et des spécimens congelés. L'ADN de 87 spécimens a été extrait et une section du gène COI a été amplifiée afin d'être séquencée à l'aide de la méthode Sanger. Les séquences ont été comparées aux données existantes à l'aide de l'outil BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) dans la base de données des nucléotides du National Center for Bio-technology Information (NCBI-nt, y compris la base de données GenBank) afin de comparer les noms scientifiques, le cas échéant.L'ensemble de données actuel comprend 391 occurrences d'espèces de décapodes. L'ADN a été extrait d'un sous-groupe de 87 spécimens (gène COI). Les séquences sont accessibles publiquement sur la plateforme BOLD sous le code de projet DDAO (voir le document de soutien « citations_references.csv » pour plus d'informations).Les données sont présentées en format Darwin Core et sont séparées en trois fichiers :Le fichier " Activité_décapodes_DDAO_decapods_event_fr" contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d'activité hiérarchique.Le fichier " Occurrence_décapodes_DDAO_decapods_fr" contient les occurrences taxonomiques.Le fichier "ADN_décapodes_DDAO_decapods_DNA_fr" contient les données ADN associées.Pour de plus amples détails, veuillez vous référer au rapport technique disponible dans le document de soutien intitulé « citations_references.csv ». LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Le déclin mondial des populations d’herbiers marins a suscité de nouveaux appels à leur conservation en tant qu’importants fournisseurs d’habitats biogéniques et d’alimentation, de stabilisation des rives et de stockage du carbone. La zostère (Zostera marina) occupe la plus grande aire de répartition géographique parmi les espèces d’herbiers marins, et couvre un vaste éventail, proportionnellement, de conditions environnementales. Au Canada, les zostères sont considérées comme un seul phylogroupe malgré leur présence dans trois océans et dans une gamme de températures océaniques et de gradients de salinité. Les recherches antérieures se sont concentrées sur l’application d’un nombre relativement restreint de marqueurs pour révéler la structure des populations de zostères, tandis qu’une approche génomique complète est justifiée pour étudier la structure cryptique parmi les populations habitant différents bassins océaniques et conditions environnementales localisées. Nous avons utilisé une approche groupée pour un nouveau séquençage du génome entier afin de caractériser la structure de la population, le flux génétique et les associations environnementales de 23 populations de zostères allant du nord-est des États-Unis à l’Atlantique, aux régions subarctiques et au Pacifique canadien. Nous avons identifié plus de 500 000 SNP qui, lorsqu’ils ont été cartographiés à l’aide d’un ensemble de génomes chromosomiques, ont révélé six grands clades de zostères dans la zone d’étude, où la différence FST par paire variait de 0 chez les populations voisines à 0,54 chez celles des côtes du Pacifique et de l’Atlantique. La diversité génétique était la plus élevée dans le Pacifique et la plus faible dans le subarctique, ce qui correspond à la colonisation des océans Arctique et Atlantique à partir du Pacifique il y a moins de 300 000 ans. À l’aide d’analyses de la redondance et de deux scénarios de projection des changements climatiques, nous avons constaté, grâce aux prévisions de la compensation génomique, que les populations subarctiques sont plus vulnérables que d’autres aux changements climatiques. Dans le cadre de la planification de la conservation au Canada, on devrait veiller à ce que les populations représentatives de chaque clade identifié soient incluses dans un réseau national, afin que la diversité génétique latente soit protégée et que le flux génétique soit maintenu. Les populations du Nord, en particulier, peuvent avoir besoin de mesures d’atténuation supplémentaires étant donné leur plus grande vulnérabilité potentielle à un climat en évolution rapide.Citer ces données comme: Jeffery, Nicholas et al. (2024). Données de: Variation de la vulnérabilité génomique aux changements climatiques dans les populations de zostères marines (Zostera marina) des milieux tempérés. [Ensemble de données]. https://doi.org/10.5061/dryad.xpnvx0kp2

OBJECTIF :Le but de ce travail était de déterminer (1) comment la génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal de la merluche blanche (Urophycis tenuis), et (2) si la variation de la communauté microbienne fournit des informations complémentaires sur la structure de la population de cette espèce dans l'est du Canada.DESCRIPTION :L’intégration du microbiote associé à l’hôte aux approches génomiques offre un cadre prometteur pour mieux comprendre les multiples dimensions biologiques qui façonnent la structure des populations chez les poissons marins. Une compréhension claire de la structure et de la dynamique des populations biologiques est essentielle pour des décisions éclairées en matière de gestion des pêches et de conservation ; toutefois, bien que les approches génomiques aient considérablement amélioré notre capacité à délimiter les populations biologiques, elles n’offrent qu’une représentation partielle de la structure biologique, car les patrons de différenciation reflètent à la fois la divergence historique et les conditions écologiques contemporaines. Le microbiote associé à l’hôte peut influencer les processus écologiques à l’échelle des populations en apportant une variation fonctionnelle et potentiellement héréditaire qui façonne le phénotype et le fitness de l’hôte.Dans cette étude, nous avons combiné le génotypage par séquençage et le séquençage des amplicons du gène de l’ARNr 16S afin d’examiner comment la structure génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal et d’évaluer si la variation des communautés microbiennes fournit des informations complémentaires sur la structure des populations chez la merluche blanche (Urophycis tenuis) dans l’est du Canada. Les analyses génomiques ont permis d’identifier deux populations présentant un chevauchement spatial plus important que celui rapporté précédemment. La partition de la variation a révélé que la génétique de l’hôte expliquait une fraction négligeable de la variation du microbiote comparativement aux facteurs environnementaux et à la taille des poissons, ce qui suggère une influence des changements ontogénétiques dans l’utilisation de l’habitat et des ressources sur la composition du microbiote intestinal. Plusieurs taxons présentaient une abondance différentielle entre les catégories de taille des poissons, utilisées comme indicateur du régime alimentaire, notamment des taxons ayant un potentiel de dégradation de la chitine, tels que Photobacterium et Lachnospirales, lesquels étaient enrichis chez les individus de plus petite taille, connus pour consommer un régime dominé par les crustacés. Ensemble, ces résultats indiquent que la composition du microbiote intestinal chez la merluche blanche reflète principalement des processus écologiques et d’histoire de vie plutôt que la structure génétique des populations de l’hôte. PARAMÈTRES COLLECTÉS :Des paramètres environnementaux ont également été collectés à la plupart des sites d'échantillonnage, y compris la profondeur, température de l'eau, le niveau d'oxygène et la salinité.DÉTAILS DE L'ÉCHANTILLON PHYSIQUE :Des échantillons de nageoires ont été collectés pour caractériser les génotypes des poissons. Des échantillons d'intestin (rectum) ont été collectés pour étudier le microbiome intestinal des poissons.MÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :En 2022 et 2023, les merluches blanches ont été échantillonnées lors des relevés annuels écosystémiques au chalut de fond du ministère des Pêches et des Océans Canada (MPO).LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

L’ensemble de données est constitué de cartes détaillant les limites des unités désignables à des fins de conservation, telles que définies par le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada (COSEPAC), pour les espèces de saumon du Pacifique en Colombie-Britannique et au Yukon. Les unités désignables représentent des régions géographiques qui soutiennent des groupes d’individus ayant un patrimoine génétique unique qui en fait des unités distinctes et importantes sur le plan de l’évolution de l’espèce taxinomique. Dans ce contexte, « importante » signifie que l’unité est importante pour le patrimoine évolutif de l’espèce dans son ensemble et qu’il est peu probable qu’elle puisse être remplacée par la dispersion naturelle si elle venait à disparaître.

Les missions « automnales » ont lieu principalement en octobre et en novembre, mais des séries de relevés réalisés de septembre à décembre se trouvent également dans les données. Parmi les données recueillies figurent les prises totales en nombre et en poids par espèce. Les données sur les fréquences de longueurs sont disponibles pour la plupart des espèces, et celles sur l’âge, le sexe, la maturité et le poids le sont pour un sous-ensemble d’individus. D’autres données telles que le matériel permettant de déterminer l’âge, le matériel génétique et le contenu stomacal sont souvent recueillies, mais elles sont stockées ailleurs.Les croisières "d'automne" ont lieu en septembre, octobre, novembre et décembre.Citer ces données comme suit: Clark, D., Emberley, J. Données de: Enquête D'automne Sur Le Navires De Recherche Dans Les Maritimes. Date de publication: Janvier 2021. Division de l’écologie des population, Pêches et Océans Canada, Dartmouth (Nouvelle-Écosse). https://open.canada.ca/data/en/dataset/5f82b379-c1e5-4a02-b825-f34fc645a529

Les missions « 4VSW », concentrées dans la moitié est du plateau néo-écossais, ont lieu principalement en mars, mais des séries de relevés réalisés en février et en avril figurent également dans les données. Ces missions recourent à un système de stratification unique visant à optimiser les estimations de l’abondance de la morue. Parmi les données recueillies figurent les prises totales en nombre et en poids par espèce. Les données sur les fréquences de longueurs sont disponibles pour la plupart des espèces, et celles sur l’âge, le sexe, la maturité et le poids le sont pour un sous-ensemble d’individus. D’autres données telles que le matériel permettant de déterminer l’âge, le matériel génétique et le contenu stomacal sont souvent recueillies, mais elles sont stockées ailleurs.Citer ces données comme suit: Clark, D., Emberley, J. Données de: Relevé Par Navire De Recherche Dans 4VSW Dans Les Maritimes. Date de publication: Janvier 2021. Division de l’écologie des population, Pêches et Océans Canada, Dartmouth (Nouvelle-Écosse). https://open.canada.ca/data/en/dataset/a851ce30-e216-4d7d-a29c-05631eef140e

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

Ensemble du réseau routier de la Ville de Rouyn-Noranda. Seules les voiespubliques ayant un odonyme sont incluses.