La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

La maraîche (Lamna nasus) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique qui est observée dans les pêches commerciales et récréatives. De 2005 à 2021, des étiquettes satellites d’archivage détachables (PSAT) ont été appliquées sur des maraîches afin de recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). Des déploiements ont été effectués au Canada et dans les îles Féroé à bord de navires commerciaux et de plaisance, ainsi que de navires affrétés à des fins scientifiques, généralement en été et en automne, mais aussi parfois l’hiver lorsque la pêche commerciale de la maraîche était active au Canada. Divers modèles d’étiquettes ont été déployés : PAT 4 (n = 1), Mk10 (n = 41) et Minipat (n = 15), et 51 des 57 étiquettes ont émis des données. Un individu a été recapturé et l’étiquette physique a été retournée. Les maraîches marquées avaient une longueur à la fourche (courbée) de 76 à 249 cm; 42 étaient des femelles, 15 étaient des mâles. Le temps avant la recapture variait de 4 à 356 jours et 14 étiquettes sont demeurées attachées pendant toute la durée prévue. Les données brutes transmises par les étiquettes après le déploiement ont été traitées au moyen du logiciel de Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers sommaires, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, de l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour les données de référence sur la température de la surface de la mer (TSM), et de l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour les données bathymétriques de référence. Les estimations de position selon la méthode de vraisemblance maximale sont disponibles en format .csv et .kmz, et les profils de profondeur et de température sont également présentés en format .csv. Les autres données de sortie des étiquettes ainsi que les métadonnées relatives aux déploiements peuvent être obtenues sur demande en écrivant à warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.

L'otarie de Steller (Eumetopias jubatus) est la plus grande espèce d'otarie, les mâles pouvant peser jusqu'à 1 100 kg et les femelles jusqu'à 350 kg. . Au Canada, le Steller peut être repéré le long de la côte rocheuse de la Colombie-Britannique. Ces mammifères marins très mobiles voyagent généralement seuls ou en petits groupes, mais ils se rassemblent en grand nombre dans les roqueries et les charpentes traditionnelles pendant la saison d'accouplement et de mise bas. Les femelles vivent généralement plus longtemps (jusqu'à 30 ans) que les mâles (généralement jusqu'à 20 ans). . La population était gravement appauvrie au Canada, mais après sa protection en 1970, la taille de la population adulte a plus que doublé.Les tendances concernant l'abondance des otaries de Steller en Colombie-Britannique ont été évaluées à partir d'une série de relevés aériens standardisés menés à l'échelle de la province pendant la saison de reproduction (du 27 juin au 6 juillet) entre 1971 et 2021. Des relevés ponctuels supplémentaires ont été effectués à l'automne, en hiver et au printemps afin d'évaluer la répartition des otaries en dehors de la saison de reproduction. Le relevé ciblait des roqueries et des sites de transport occupés par le passé, et les zones avoisinantes ont été surveillées pour détecter les changements potentiels dans l'aire de répartition.Ces deux ensembles de données contiennent des dénombrements qui ont été recueillis à partir d'observations d'individus entre 1971 et 2021. Le fichier de données actualisé issu du relevé sur la saison de reproduction regroupe et complète deux ensembles de données antérieurs : l'un couvrant la période de 1971 à 2013, et l'autre portant sur la partie estivale des enquêtes de 2016/2017. Les dénombrements des données en dehors de la saison de reproduction se limitaient auparavant à la période automne-hiver des relevé de 2016/2017, les données actualisées couvrent désormais l'intégralité de la période d'étude à ce jour.

Le requin blanc (Carcharodon carcharias) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique qui est observée dans les pêches commerciales et récréatives. Depuis 2016, des étiquettes satellites d’archivage détachables (PSAT) de Wildlife Computers ont été appliquées sur des requins blancs afin de recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). Des déploiements ont été effectués au Canada et aux États-Unis (Cape Cod et Caroline du Sud) à bord de navires affrétés à des fins scientifiques, généralement en été. Les modèles d’étiquettes déployés étaient les suivants : Mk10 (N=1) et Minipat (N=29), et 22 des 27 étiquettes ont émis des données, dont 3 sont toujours en fonction. Un requin est retourné au site de marquage un an plus tard, et l’étiquette physique a été récupérée. Une autre étiquette a été récupérée cinq ans après le déploiement. La longueur totale (courbée) estimée des requins blancs marqués variait de 259 cm à 459 cm; 15 étaient des femelles, 13 étaient des mâles et 2 étaient de sexe inconnu. Le temps avant la recapture variait de 48 à 377 jours et, jusqu’à maintenant, seulement trois étiquettes sont demeurées attachées au requin pendant la durée prévue. Le marquage de requins blancs fait partie d’une étude en cours et les données seront mises à jour ici lorsqu’elles seront disponibles. Les données brutes transmises par les étiquettes après le déploiement ont été traitées au moyen du logiciel de Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers sommaires, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, de l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour les données de référence sur la température de la surface de la mer (TSM), et de l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour les données bathymétriques de référence. Les estimations de position selon la méthode de vraisemblance maximale sont disponibles en format .csv et .kmz, et les profils de profondeur et de température sont également présentés en format .csv. Les autres données de sortie des étiquettes ainsi que les métadonnées relatives aux déploiements peuvent être obtenues sur demande en écrivant à warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.

Le requin-pèlerin (Cetorhinus maximus) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique, qui est le plus souvent observée en train de se « prélasser » à la surface de l’eau et qui est parfois capturée comme prise accessoire dans les pêches commerciales. En septembre 2008, une étiquette satellite d’archivage détachable (PSAT Mk10) de Wildlife Computers a été appliquée sur un requin-pèlerin femelle à bord d’un navire commercial afin de recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). L’individu avait une longueur totale (courbée) de 610 cm. L’étiquette s’est détachée à la date prévue 125 jours après le déploiement. Les données brutes transmises par la PSAT après le déploiement ont été traitées au moyen du logiciel de Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers sommaires, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, de l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour les données de référence sur la température de la surface de la mer (TSM), et de l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour les données bathymétriques de référence. Les estimations de position selon la méthode de vraisemblance maximale sont disponibles en format .csv et .kmz, et les profils de profondeur et de température sont également présentés en format .csv. Les autres données de sortie des étiquettes ainsi que les métadonnées relatives au déploiement peuvent être obtenues sur demande en écrivant à : warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.

Découvertes historiques de Coleophora serratella

Découvertes historiques de Operophtera brumata

Le rorqual bleu (Balaenopterus musculus) est un cétacé qui se déplace sur de grandes distances et qui se retrouve dans tous les océans du monde, occupant des habitats côtiers autant que hauturiers. Dans l’Atlantique Nord, nous en savons peu sur la distribution et la structure génétique du rorqual bleu, et l’appartenance des animaux trouvés dans les eaux de l’Islande, des Açores, du nord-ouest de l’Afrique et du Nord-Ouest Atlantique à une seule et même population demeure incertaine. Dans le nord-ouest Atlantique, les mouvements saisonniers des rorquals bleus et leur utilisation de l’habitat, incluant l’emplacement des aires d’hivernage et de reproduction sont peu connus.Le comportement des animaux surveillés à distance peut être déduit d'une série chronologique de données de localisation. En effet, les animaux ont tendance à démontrer une stochasticité dans leurs trajectoires de déplacement en raison de la variation spatiale des caractéristiques environnementales, telles que la topographie ou la densité des proies (Curio 1976; Gardner et al.1989; Turchin 1991; Wiens et al.1993). On s'attend à ce que les prédateurs réduisent la vitesse de déplacement et / ou augmentent la fréquence de virage et l'angle de braquage lorsqu'une ressource appropriée, par exemple, une parcelle de nourriture, est rencontrée (Turchin 1991), également connue sous le nom d'aire restreinte de recherche (ARS). En revanche, les animaux en transit ou en déplacement ont tendance à se déplacer à des vitesses plus rapides et plus régulières, avec des angles de braquage peu fréquents et plus petits (Kareiva et Odell 1987; Turchin 1998).En se basant sur la télémétrie satellite afin de suivre les déplacements saisonniers de rorquals bleus de l'est du Canada en 2002 et de 2010 à 2015, il a été possible d'estimer les trajectoires et les endroits où un comportement d'ARS de rorqual bleu a été déduit sur des intervalles de quatre heures.Pour évaluer les mouvements et le comportement des rorquals bleues, un modèle d'espace d'état de commutation bayésien (switching statespace model - SSSM) a été appliqué aux données télémétriques dérivées d'Argos (Jonsen et al. 2005 ; Jonsen et al. 2013). Un SSSM estime essentiellement la localisation des animaux à des intervalles de temps fixes, les paramètres de mouvement et les modes de comportement.Deux sources importantes d'incertitude peuvent être mesurées séparément : l'erreur d'estimation résultant d'observations inexactes (erreur de localisation Argos) et la variabilité du processus liée à la stochasticité du processus de mouvement (estimation du mode de comportement) (Jonsen et al. 2003 ; Patterson et al. 2008).Les points visibles sur la terre proviennent des erreurs dans le calcul de la position géographique par Argos. Ils ont volontairement été laissés tels quels pour évaluer la performance du modèle qui a été en mesure de nettoyer quelques positions, mais pas l’ensemble.Lesage, V., Gavrilchuk, K., Andrews, R.D., and Sears, R. 2016. Wintering areas, fall movements and foraging sites of blue whales satellite-tracked in the Western North Atlantic. Secr. can. de consult. sci. du MPO. Doc. de rech. 2016/078. v + 38 p. [Disponible en anglais seulement]

OBJECTIF :Le but de ce travail était de déterminer (1) comment la génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal de la merluche blanche (Urophycis tenuis), et (2) si la variation de la communauté microbienne fournit des informations complémentaires sur la structure de la population de cette espèce dans l'est du Canada.DESCRIPTION :L’intégration du microbiote associé à l’hôte aux approches génomiques offre un cadre prometteur pour mieux comprendre les multiples dimensions biologiques qui façonnent la structure des populations chez les poissons marins. Une compréhension claire de la structure et de la dynamique des populations biologiques est essentielle pour des décisions éclairées en matière de gestion des pêches et de conservation ; toutefois, bien que les approches génomiques aient considérablement amélioré notre capacité à délimiter les populations biologiques, elles n’offrent qu’une représentation partielle de la structure biologique, car les patrons de différenciation reflètent à la fois la divergence historique et les conditions écologiques contemporaines. Le microbiote associé à l’hôte peut influencer les processus écologiques à l’échelle des populations en apportant une variation fonctionnelle et potentiellement héréditaire qui façonne le phénotype et le fitness de l’hôte.Dans cette étude, nous avons combiné le génotypage par séquençage et le séquençage des amplicons du gène de l’ARNr 16S afin d’examiner comment la structure génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal et d’évaluer si la variation des communautés microbiennes fournit des informations complémentaires sur la structure des populations chez la merluche blanche (Urophycis tenuis) dans l’est du Canada. Les analyses génomiques ont permis d’identifier deux populations présentant un chevauchement spatial plus important que celui rapporté précédemment. La partition de la variation a révélé que la génétique de l’hôte expliquait une fraction négligeable de la variation du microbiote comparativement aux facteurs environnementaux et à la taille des poissons, ce qui suggère une influence des changements ontogénétiques dans l’utilisation de l’habitat et des ressources sur la composition du microbiote intestinal. Plusieurs taxons présentaient une abondance différentielle entre les catégories de taille des poissons, utilisées comme indicateur du régime alimentaire, notamment des taxons ayant un potentiel de dégradation de la chitine, tels que Photobacterium et Lachnospirales, lesquels étaient enrichis chez les individus de plus petite taille, connus pour consommer un régime dominé par les crustacés. Ensemble, ces résultats indiquent que la composition du microbiote intestinal chez la merluche blanche reflète principalement des processus écologiques et d’histoire de vie plutôt que la structure génétique des populations de l’hôte. PARAMÈTRES COLLECTÉS :Des paramètres environnementaux ont également été collectés à la plupart des sites d'échantillonnage, y compris la profondeur, température de l'eau, le niveau d'oxygène et la salinité.DÉTAILS DE L'ÉCHANTILLON PHYSIQUE :Des échantillons de nageoires ont été collectés pour caractériser les génotypes des poissons. Des échantillons d'intestin (rectum) ont été collectés pour étudier le microbiome intestinal des poissons.MÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :En 2022 et 2023, les merluches blanches ont été échantillonnées lors des relevés annuels écosystémiques au chalut de fond du ministère des Pêches et des Océans Canada (MPO).LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Données modélisées montrant la distribution probable des baleines grises. Le CRIMS est un ancien ensemble de données sur les ressources côtières de la Colombie-Britannique qui a été acquis de manière systématique et synoptique à partir de 1979 et qui a été mis à jour par intermittence au fil des ans. L'information sur les ressources a été collectée dans neuf zones d'étude par le biais d'un comité provincial des normes d'information sur les ressources évalué par des pairs, composé d'agents des pêches du MPO, des Premières nations et d'autres experts en la matière. Il n'est actuellement pas prévu de mettre à jour ces anciennes données.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **