Le requin-pèlerin (Cetorhinus maximus) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique, qui est le plus souvent observée en train de se « prélasser » à la surface de l’eau et qui est parfois capturée comme prise accessoire dans les pêches commerciales. En septembre 2008, une étiquette satellite d’archivage détachable (PSAT Mk10) de Wildlife Computers a été appliquée sur un requin-pèlerin femelle à bord d’un navire commercial afin de recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). L’individu avait une longueur totale (courbée) de 610 cm. L’étiquette s’est détachée à la date prévue 125 jours après le déploiement. Les données brutes transmises par la PSAT après le déploiement ont été traitées au moyen du logiciel de Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers sommaires, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, de l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour les données de référence sur la température de la surface de la mer (TSM), et de l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour les données bathymétriques de référence. Les estimations de position selon la méthode de vraisemblance maximale sont disponibles en format .csv et .kmz, et les profils de profondeur et de température sont également présentés en format .csv. Les autres données de sortie des étiquettes ainsi que les métadonnées relatives au déploiement peuvent être obtenues sur demande en écrivant à : warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.

Le requin-taupe bleu (Isurus oxyrinchus) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique qui est observée dans les pêches commerciales et récréatives. De 2011 à 2013, des étiquettes satellites d’archivage détachables (PSAT) de Wildlife Computers ont été appliquées sur des requins-taupes bleus afin de recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). Des déploiements ont été effectués au Canada à bord de navires commerciaux, généralement en été et en automne, de juillet à octobre. Deux types de modèles d’étiquettes ont été déployés : Mk10 (N = 28) et Minipat (N = 9), et 28 des 37 étiquettes ont émis des données (une femelle a été recapturée). Les requins-taupes bleus marqués avaient une longueur à la fourche (courbée) de 80 cm à 229 cm; 13 étaient des femelles, 17 étaient des mâles et 7 étaient de sexe inconnu. Le temps avant la recapture variait de 0 à 185 jours et 6 étiquettes sont demeurées attachées pendant toute la durée prévue. Les données brutes transmises par les PSAT après le déploiement ont été traitées au moyen du logiciel de Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers sommaires, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, de l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour les données de référence sur la température de la surface de la mer (TSM), et de l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour les données bathymétriques de référence. Les estimations de position selon la méthode de vraisemblance maximale sont disponibles en format .csv et .kmz, et les profils de profondeur et de température sont également présentés en format .csv. Les autres données de sortie des étiquettes ainsi que les métadonnées relatives aux déploiements peuvent être obtenues sur demande en écrivant à warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.

La maraîche (Lamna nasus) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique qui est observée dans les pêches commerciales et récréatives. De 2005 à 2021, des étiquettes satellites d’archivage détachables (PSAT) ont été appliquées sur des maraîches afin de recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). Des déploiements ont été effectués au Canada et dans les îles Féroé à bord de navires commerciaux et de plaisance, ainsi que de navires affrétés à des fins scientifiques, généralement en été et en automne, mais aussi parfois l’hiver lorsque la pêche commerciale de la maraîche était active au Canada. Divers modèles d’étiquettes ont été déployés : PAT 4 (n = 1), Mk10 (n = 41) et Minipat (n = 15), et 51 des 57 étiquettes ont émis des données. Un individu a été recapturé et l’étiquette physique a été retournée. Les maraîches marquées avaient une longueur à la fourche (courbée) de 76 à 249 cm; 42 étaient des femelles, 15 étaient des mâles. Le temps avant la recapture variait de 4 à 356 jours et 14 étiquettes sont demeurées attachées pendant toute la durée prévue. Les données brutes transmises par les étiquettes après le déploiement ont été traitées au moyen du logiciel de Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers sommaires, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, de l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour les données de référence sur la température de la surface de la mer (TSM), et de l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour les données bathymétriques de référence. Les estimations de position selon la méthode de vraisemblance maximale sont disponibles en format .csv et .kmz, et les profils de profondeur et de température sont également présentés en format .csv. Les autres données de sortie des étiquettes ainsi que les métadonnées relatives aux déploiements peuvent être obtenues sur demande en écrivant à warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.

« Le requin blanc (Carcharodon carcharias) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique que l’on rencontre dans les pêches commerciales et récréatives. Des étiquettes d’archivage satellite (PSAT) de Wildlife Computers ont été appliquées aux requins blancs de 2016 à aujourd’hui pour recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). Des déploiements ont été effectués au Canada et aux États-Unis (Cape Cod et Caroline du Sud) dans le cadre d’affrètements scientifiques, généralement en été. Les modèles d’étiquettes déployés comprenaient : Mk10 (N=1) et MiniPAT (N=36) et 31 des 37 étiquettes déclarées à la fin de la saison 2025. Deux requins sont retournés au lieu de marquage un an plus tard et les étiquettes physiques ont été récupérées. Trois autres étiquettes ont finalement été récupérées, dont une 5 ans après le déploiement. La taille des requins blancs marqués variait de 259 cm à 459 cm. Longueur totale (courbe) estimée ; 16 étaient des femmes, 14 des hommes et 7 étaient de sexe inconnu. Le temps passé en liberté variait de 48 à 377 jours et, à ce jour, il ne restait que 5 étiquettes sur le requin pendant la durée programmée. Le marquage des requins blancs est une étude en cours et les données seront mises à jour ici lorsqu’elles seront disponibles. Les données brutes transmises par les SPAT après leur publication ont été traitées par le logiciel Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers récapitulatifs, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour référence SST et l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour référence bathymétrique. Les estimations de la position du maximum de vraisemblance sont disponibles en format .csv et .kmz et les profils de profondeur et de température sont également en format .csv. D’autres sorties de balises ainsi que des métadonnées des déploiements peuvent être obtenues sur demande auprès de : warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

OBJECTIF :Le but de ce travail était de déterminer (1) comment la génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal de la merluche blanche (Urophycis tenuis), et (2) si la variation de la communauté microbienne fournit des informations complémentaires sur la structure de la population de cette espèce dans l'est du Canada.DESCRIPTION :L’intégration du microbiote associé à l’hôte aux approches génomiques offre un cadre prometteur pour mieux comprendre les multiples dimensions biologiques qui façonnent la structure des populations chez les poissons marins. Une compréhension claire de la structure et de la dynamique des populations biologiques est essentielle pour des décisions éclairées en matière de gestion des pêches et de conservation ; toutefois, bien que les approches génomiques aient considérablement amélioré notre capacité à délimiter les populations biologiques, elles n’offrent qu’une représentation partielle de la structure biologique, car les patrons de différenciation reflètent à la fois la divergence historique et les conditions écologiques contemporaines. Le microbiote associé à l’hôte peut influencer les processus écologiques à l’échelle des populations en apportant une variation fonctionnelle et potentiellement héréditaire qui façonne le phénotype et le fitness de l’hôte.Dans cette étude, nous avons combiné le génotypage par séquençage et le séquençage des amplicons du gène de l’ARNr 16S afin d’examiner comment la structure génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal et d’évaluer si la variation des communautés microbiennes fournit des informations complémentaires sur la structure des populations chez la merluche blanche (Urophycis tenuis) dans l’est du Canada. Les analyses génomiques ont permis d’identifier deux populations présentant un chevauchement spatial plus important que celui rapporté précédemment. La partition de la variation a révélé que la génétique de l’hôte expliquait une fraction négligeable de la variation du microbiote comparativement aux facteurs environnementaux et à la taille des poissons, ce qui suggère une influence des changements ontogénétiques dans l’utilisation de l’habitat et des ressources sur la composition du microbiote intestinal. Plusieurs taxons présentaient une abondance différentielle entre les catégories de taille des poissons, utilisées comme indicateur du régime alimentaire, notamment des taxons ayant un potentiel de dégradation de la chitine, tels que Photobacterium et Lachnospirales, lesquels étaient enrichis chez les individus de plus petite taille, connus pour consommer un régime dominé par les crustacés. Ensemble, ces résultats indiquent que la composition du microbiote intestinal chez la merluche blanche reflète principalement des processus écologiques et d’histoire de vie plutôt que la structure génétique des populations de l’hôte. PARAMÈTRES COLLECTÉS :Des paramètres environnementaux ont également été collectés à la plupart des sites d'échantillonnage, y compris la profondeur, température de l'eau, le niveau d'oxygène et la salinité.DÉTAILS DE L'ÉCHANTILLON PHYSIQUE :Des échantillons de nageoires ont été collectés pour caractériser les génotypes des poissons. Des échantillons d'intestin (rectum) ont été collectés pour étudier le microbiome intestinal des poissons.MÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :En 2022 et 2023, les merluches blanches ont été échantillonnées lors des relevés annuels écosystémiques au chalut de fond du ministère des Pêches et des Océans Canada (MPO).LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Découvertes historiques de Operophtera brumata

Découvertes historiques de Coleophora serratella

Ce projet sur le recrutement des homards est mené par la Fishermen and Scientist Research Society (FSRS) grâce au financement de Pêches et Océan Canada (MPO). Les pêcheurs qui participent au projet recueillent de l’information sur les homard dans leur zone de pêche en utilisant de 2 à 5 casiers du projet scientifique (à un emplacement fixe) dans le cadre de leur pêche au cours de la saison commerciale normale. Dans toutes les zones de pêche visées, les casiers du projet scientifique sont plus petits que les casiers commerciaux et sont principalement conçus pour capturer les homards juvéniles d’une taille inférieure à la taille réglementaire.Ces casiers s’ajoutent au nombre légal de pièges commerciaux des navires de pêche. Plus de 120 pêcheurs participent au projet dans l’ensemble des ZPH de la côte atlantique de la Nouvelle Écosse, allant de la ZPH 27 au Cap-Breton à la ZPH 35 dans la baie de Fundy (à l’exclusion de la ZPH 28, qui n’y a pas participé jusqu’à présent).Le nombre de pêcheurs par ZPH et le nombre de casiers du projet scientifique par pêcheur sont déterminés par les comités consultatifs des ZPH. Cette décision tient compte de l’effort supplémentaire (c.-à-d. le nombre de casiers du projet scientifique) avec lequel une ZPH est à l’aise de composer, et du nombre de casiers dont on peut raisonnablement s’attendre à ce que chaque pêcheur puisse recueillir les données. Il est également important que les différents pêcheurs soient suffisamment dispersés pour maximiser l’empreinte de l’étude. Les Sciences du MPO mènent des consultations sur la conception du projet. MÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :Les pêcheurs consignent le nombre, le sexe et la longueur des homards capturés dans chaque casier du projet scientifique, ainsi que la présence d’œufs, d’étiquettes ou d’encoches en V. Ils surveillent également la température au fond au moyen d’un enregistreur de température placé dans l’un des casiers du projet scientifique pour toute la saison du homard.Citer ces données comme suit: Tibbets-Scott, S., Zisserson, B. Données de: Projet sur le recrutement du homard par échantillonnage au casier de la Fishermen and Scientist Research Society (FSRS): Date de publication: Novembre 2020. Division de l’écologie des population, Pêches et Océans Canada, Dartmouth (Nouvelle-Écosse). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/a88f9b4d-b59a-44f6-ae7e-d36550266940

L’aiguillat commun (Squlaus acanthias) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique qui est observée principalement dans les pêches commerciales. De 2008 à 2009, des étiquettes satellites d’archivage détachables (PSAT) de Wildlife Computers ont été appliquées sur des aiguillats communs afin de recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). Des déploiements ont été effectués au Canada d’août à octobre à bord de navires de pêche commerciale. Des PSAT Mk10 (N = 6) de Wildlife Computers ont été utilisées, et 3 des 6 étiquettes ont émis des données. Une étiquette a été trouvée échouée sur le rivage et a été retournée. Les aiguillats communs marqués avaient une longueur à la fourche (courbée) de 80 à 96 cm; les 6 individus étaient des femelles. Le temps avant la recapture variait de 75 à 234 jours et les 43 étiquettes ayant transmis des données sont restées sur les requins pendant toute la durée prévue. Les données brutes transmises par les étiquettes après le déploiement ont été traitées au moyen du logiciel de Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers sommaires, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, de l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour les données de référence sur la température de la surface de la mer (TSM), et de l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour les données bathymétriques de référence. Les estimations de position selon la méthode de vraisemblance maximale sont disponibles en format .csv et .kmz, et les profils de profondeur et de température sont également présentés en format .csv. Les autres données de sortie des étiquettes ainsi que les métadonnées relatives aux déploiements peuvent être obtenues sur demande en écrivant à warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.