Cet inventaire, réalisé du 26 septembre au 3 octobre 2019, visait à décrire la structure des communautés de macroalgues et de macroinvertébrés benthiques provenant de cinq petits estuaires de la Haute-Côte-Nord du Québec, soit la baie Barthélemy et les rivières Colombier, Mistassini, Franquelin et Saint-Nicolas. Cet inventaire fait partie de l'étude doctorale de Valentine Loiseau sur les changements globaux du système du Saint-Laurent, principalement l’étude des communautés benthiques marines en réponse aux changements de salinité, pour assurer une bonne gestion de l’environnement face aux changements futurs. L’objectif principal est de décrire la structure et les niveaux de diversités spécifique des communautés médiolittorales de macroinvertébrés benthiques et de macroalgues le long d’un gradient de salinité. Ces cinq petits estuaires ont été sélectionnés en raison de leur taille similaire, de leurs substrats durs et de leur accès facile. Trois niveaux de stress hypoosmotique (faible, moyen, élevé) et un niveau de contrôle (eau de mer) ont été utilisé pour chacun des estuaires choisis, à raison de huit quadrats par niveau de stress. Les positions des quadrats ont été choisis au hasard mais devaient répondre à deux critères : (1) hauteur régulière dans l'estran pour contrôler l'influence des autres stress (température, exposition) ; et (2) présence d'au moins une macroalgue pour maintenir l'homogénéité. Un pourcentage de couverture par les espèces de macroalgues et de macroinvertébrés a été estimé, puis tous les organismes ont été pesés par espèce et par groupe de taille. La salinité du point d'eau le plus proche a été mesurée à mi-marée avec un réfractomètre portable et une sonde CTD (Conductivité-Température-Densité) de type Castaway. L’inventaire a été fait selon un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié et l’unité d’échantillonnage était un quadrat mesurant 25 x 25 cm. Les trois fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont reliés par la clé «IDactivité». Le fichier «Information_activité» comprend les informations génériques du quadrat, notamment la date et la localisation. Le fichier «information_supplémentaire_activité_et_occurrence» comprend la salinité et le type de substrat du quadrat, ainsi que le poids total de tous les individus de la même espèce capturés dans le quadrat extrapolé à un mètre carré de surface. Pour les nudibranches et les balanes, le poids a été estimé à partir de la taille des individus pour que ces derniers ne soient pas retiré du milieu. Le fichier «occurrence_taxon» comprend l’inventaire taxonomique des espèces de macroalgues et de macroinvertébrés benthiques observées dans le quadrat, identifiées à l’espèce ou au niveau taxonomique le plus bas possible et la biomasse par espèce identifiée. Pour le contrôle de qualité, les organismes ont été identifiés sur le terrain à l’aide du guide suivant: Chabot, Robert et Anne Rossignol. 2003. Algues et faune du littoral du Saint-Laurent maritime : Guide d'identification. Institut des Sciences de la mer de Rimouski, Rimouski ; Pêches et Océans Canada (Institut Maurice-Lamontagne), Mont-Joli. 113 pages. La taxonomie a été vérifiée sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues et à l’aide des bibliothèques R obistools et worrms. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ «IDnomScientifique» du fichier d'occurrence. Tous les lieux d'échantillonnage ont été validés spatialement. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.

Les monts sous-marins ont été désignés comme des zones d’importance écologique et biologique (ZIEB) en raison de leur océanographie et de leur écologie uniques; ils servent fréquemment de sites de pêche, ainsi que d’habitat pour un certain nombre d’espèces dont la conservation est préoccupante. Des monts sous-marins isolés et des complexes de monts sous-marins sont répartis dans les eaux extracôtières du Pacifique canadien, bien que seulement certains d'entre eux portent un nom. Nous avons utilisé plusieurs bases de données spatiales et des modèles prédictifs préexistants pour cartographier tous les monts sous-marins nommés dans la zone économique exclusive (ZEE) du Canada, tous ceux où la pêche est pratiquée par le Canada dans les eaux internationales, et tous les monts sous-marins sans nom prédits (modélisés) dans la ZEE. Ces données visent à éclairer les initiatives de planification marine en Colombie-Britannique en fournissant des données scientifiques collaboratives et évaluées par des pairs à des échelles pertinentes pour une analyse de la côte de la Colombie-Britannique.

La Direction des sciences du ministère des Pêches et des Océans (MPO) a conçu un protocole de relevé multispécifique en plongée pour assurer une surveillance impartiale à l'échelle de la côte des stocks d'invertébrés benthiques (comme l'exige la Loi sur les pêches mise à jour) et des renseignements connexes sur l'habitat d'une série d'espèces d'invertébrés marins benthiques (vert (Strongylocentrotus droebachiensis), violet (S. purpuratus) et oursin rouge (Mesocentrotus franciscanus), panocanard(panopea generosa), concombre géant de mer rouge (Apostichopus californicus), ormeau nordique (Haliotis kamtschatkana), Étoile de mer de tournesol (Pycnopodia helianthoides)). D'après les renseignements disponibles à l'heure actuelle, le plan de relevé proposé peut fournir des estimations de l'état des stocks d'oursins rouges et de concombre rouge géant à l'échelle de la côte, ainsi que des indices d'abondance relative pour le panocanard, l'oursin vert, l'oursin violet, l'ormeau nordique et l'étoile de mer de tournesol.Le nouveau protocole a été mis à l'essai au moyen d'une série de relevés pilotes menés sur un sous-ensemble de zones de la côte de la Colombie-Britannique chaque année en septembre de 2016 à 2021. La conception des relevés pilotes reposait sur les données et l'expérience des relevés de plongée antérieurs et a démontré la faisabilité pratique du protocole, tout en recueillant des renseignements préliminaires pour orienter les recommandations sur la conception statistique de l'enquête.L'ensemble de données consiste en une base de données relationnelle contenant des tableaux représentant chaque composante de la méthodologie de l'enquête. L'élément principal du relevé est l'emplacement du transect. Le long de chaque transect, des quadrats systématiquement espacés sont échantillonnés, et sur chaque quadrat, des observations de substrat sont enregistrées, de multiples espèces d'algues sont enregistrées et plusieurs invertébrés individuels sont mesurés ou comptés. Les tables sont reliées par numéro de transect et numéro de quadrat.

OBJECTIF :Le ministère des Pêches et des Océans (MPO) a effectué un relevé de référence des communautés biologiques et des paramètres de l’habitat dans la zone extracôtière canadienne de la mer de Beaufort entre 2012 et 2014, dans le cadre de l’évaluation environnementale régionale de Beaufort administrée par le gouvernement fédéral. L’évaluation environnementale régionale de Beaufort – Projet des poissons marins (ÉERB-PPM) a été la première étude de référence exhaustive de la diversité des poissons marins et des habitats connexes dans la partie canadienne de la mer de Beaufort. Les connaissances acquises dans le cadre de l’ÉERB-PPM appuient les processus réglementaires relatifs à l’exploitation extracôtière et à la gestion des océans dans la région désignée des Inuvialuit, et fournissent un contexte de référence pour les études des effets des changements et de la variabilité climatiques. L’évaluation des écosystèmes marins de la mer de Beaufort au Canada (ÉÉM-MBC, 2017-2019 et 2021-2024) s’appuie sur les bases de référence du système et les connaissances écologiques tirées de l’ÉERB-PPM pour élaborer une approche de recherche et de surveillance exhaustive pour la zone extracôtière canadienne de la mer de Beaufort. Cette approche nous permettra de mieux comprendre la relation entre les moteurs océanographiques et les réactions écosystémiques. L’ÉÉM-MBC met l’accent sur l’intégration de l’océanographie, les liens entre les réseaux alimentaires, les couplages physiques et biologiques et les variabilités spatiales et interannuelles, tout en élargissant la couverture de base de la diversité des espèces, l’abondance et les associations d’habitats dans des zones de la mer de Beaufort et de l’archipel canadien qui n’ont pas encore été étudiées dans ce contexte.DESCRIPTION :Entre 2017 et 2019, et entre 2021 et 2024, Pêches et Océans Canada a effectué un relevé de référence des poissons marins et de leurs habitats sur le plateau et le talus de la partie canadienne de la mer de Beaufort en août et au début de septembre chaque année. L’échantillonnage a été effectué à partir du navire de pêche Frosti à plus de 150 stations le long de dix transects pluriannuels et à plus de 50 stations qui n’étaient pas sur le long des transects. L’échantillonnage normalisé a été effectué à des stations de profondeur prédéterminées (20-40, 75, 200, 350, 500, 750 et 1 000 m) à l’aide de divers équipements d’échantillonnage, y compris des chaluts de pêche benthiques, des filets à plancton, des carottes de sédiments et des profils de CTD et d’échantillons d’eau. Voici les renseignements sur les lieux d’échantillonnage et l’équipement d’échantillonnage déployé à chaque station.

Cet ensemble de données contient l'abondance (par m²) et la biomasse (mg sec par m²) de macrofaune (≥ 500µm) dans les herbiers marins de zostère et les sédiments mous nus adjacents, collectés sur les sites dans l'Atlantique de la Nouvelle-Écosse de 2009 à 2013.Citer ces données comme suit : Wong, M. C. « Data of: Benthic invertebrates in seagrass and bare soft sediments in Atlantic Nova Scotia ». Date de publication : mai 2020. Division des sciences des écosystèmes côtiers, Pêches et Océans Canada, Dartmouth (Nouvelle-Écosse). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/05d5f46a-7f19-11ea-8a4e-1860247f53e3Ouvrages: Wong, M. C., & Dowd, M. (2021). Functional trait complementarity and dominance both determine benthic secondary production in temperate seagrass beds. Ecosphere. 12(11), e03794. https://doi.org/10.1002/ecs2.3794Wong, M. C. (2018). Secondary Production of Macrobenthic Communities in Seagrass (Zostera marina, Eelgrass) Beds and Bare Soft Sediments Across Differing Environmental Conditions in Atlantic Canada. Estuaries and Coasts, 41, 536–548. https://doi.org/10.1007/s12237-017-0286-2

La région de l’île Brier et de la péninsule Digby a été désignée zone d’importance écologique et biologique (ZIEB) par Pêches et Océans Canada et est l’une des quatre zones marines de la baie de Fundy reconnues d’importance nationale par Parcs Canada pour la planification de la conservation marine. Elle est représentative des caractéristiques importantes de l’extérieur de la baie de Fundy, avec une grande diversité de mammifères marins, d’oiseaux et d’espèces benthiques, y compris des regroupements parfois importants d’espèces benthiques sensibles comme les modioles et les éponges. Une grande partie de l’information utilisée pour cette reconnaissance date maintenant de plus de 40 ans et il conviendrait de la valider à nouveau à l’aide de méthodes de relevés géoréférencés normalisés. Dans un premier temps, un relevé des habitats sublittoraux et des espèces associées a été effectué par des plongeurs en août et septembre 2017 dans la région de l’île Brier. Le présent rapport résume les principaux types d’habitats sublittoraux, les communautés d’espèces et les conditions océanographiques observés à 20 endroits, notamment Northwest Ledge et Southwest Ledge, Gull Rock, l’île Peters et Grand Passage. Au total, 962 enregistrements ont été effectués sur 178 taxons, dont 43 algues et 135 animaux. La comparaison avec les données historiques a largement confirmé la présence continue des habitats et communautés d’espèces uniques pour lesquels cette zone a d’abord été reconnue comme une ZIEB. Les différences dans la richesse en espèces observée pour des groupes taxonomiques cryptiques et moins connus comme les éponges et les bryozoaires étaient attribuables à des changements dans les méthodes de relevés et les connaissances. Grâce à ces résultats, des relevés supplémentaires des zones côtières et extracôtières de l’île Brier, menés à l’aide de méthodes plus quantitatives élaborées pour d’autres ZIEB de la baie de Fundy, seraient utiles pour la planification du réseau régional d’AMP et fourniraient des échelles relatives de la diversité des espèces et de la couverture des habitats pour ce secteur.

OBJECTIF :Dans le cadre de cette étude, nous avons examiné la structure et la fonction du réseau trophique marin de l’île Southampton pour 149 espèces d’invertébrés benthiques et pélagiques, de poissons, de mammifères marins et d’oiseaux de mer prélevés entre 2016 et 2019 en vue de fournir une base de référence pour les études futures qui visent à quantifier les changements temporels dans la structuration du réseau trophique. Plus précisément, nous avons utilisé une approche à biomarqueurs multiples combinant des isotopes stables et des isoprénoïdes hautement ramifiés pour : i) déterminer la structure trophique verticale du réseau trophique marin, ii) étudier la contribution des proies benthiques et pélagiques aux espèces des niveaux trophiques supérieurs, et iii) déterminer le rôle des algues de glace et de l’utilisation des sources de carbone par le phytoplancton dans différents niveaux trophiques et compartiments (pélagiques et benthiques). En apportant un nouvel éclairage sur le fonctionnement du réseau trophique de l’île Southampton et plus particulièrement sur la façon dont la contribution des algues de glace et de l’habitat benthique façonne sa structure, ces résultats seront pertinents pour la gestion adaptative et les initiatives de conservation mises en œuvre en réponse aux facteurs de stress anthropiques et aux changements climatiques. DESCRIPTION :Les altérations de l’environnement marin découlant du climat sont plus rapides dans les régions arctiques et subarctiques, y compris la baie d’Hudson dans le nord du Canada, où le déclin de la glace de mer, le réchauffement des eaux de surface et l’acidification des océans se produisent à des rythmes alarmants. Ces changements modifient les régimes de production primaire, dont les répercussions finiront par toucher l’ensemble du réseau du réseau trophique. Ici, nous avons étudié i) la structure trophique verticale de l’écosystème marin de l’île Southampton dans le nord de la baie d’Hudson, ii) la contribution des proies benthiques et pélagiques aux espèces des niveaux trophiques supérieurs, et iii) la contribution relative des algues de glace et du carbone dérivé du phytoplancton dans le maintien de cet écosystème. À cette fin, nous avons mesuré les rapports isotopiques stables du carbone, de l’azote et du soufre ainsi que les isoprénoïdes hautement ramifiés dans les échantillons appartenant à 149 taxons, y compris des invertébrés, des poissons, des oiseaux de mer et des mammifères marins. Nous avons constaté que les invertébrés benthiques occupaient 4 niveaux trophiques et que le réseau trophique global atteignait une position moyenne au sein du réseau trophique de 4,8. La signature δ34S moyenne des organismes pélagiques indique qu’ils exploitent à la fois les sources d’aliments benthiques et pélagiques, ce qui veut dire qu’il existerait de nombreuses interconnexions entre ces compartiments dans cette zone côtière. La dépendance relativement élevée des mammifères marins de l’Arctique à l’égard du carbone sympagique (53,3 ± 22,2 %) par leur consommation de proies invertébrées benthiques confirme le rôle important du sous-réseau benthique pour le maintien des consommateurs de niveaux trophiques supérieurs dans l’environnement pélagique côtier. Par conséquent, une diminution potentielle de la productivité des algues de glace pourrait entraîner une altération profonde du réseau trophique benthique et un effet en cascade sur cet écosystème arctique.Collaborateurs:Centre des sciences de l’observation de la Terre, Université du Manitoba, Winnipeg, Manitoba, Canada - R’emi Amiraux, C.J. Mundy, Jens K. Ehn, Z.A. Kuzyk.Québec-Océan, Sentinelle Nord et Takuvik, Département de biologie, Université Laval, Québec, Québec, Canada - Marie Pierrejean.Association écossaise pour les sciences marines, Oban, Royaume-Uni - Thomas A. Brown.Département des sciences des ressources naturelles, Université McGill, Sainte-Anne-de-Bellevue, Québec, Canada - Kyle H. Elliott.Département des sciences biologiques, Université du Manitoba, Winnipeg, Manitoba, Canada - Steven H. Ferguson, Cory J.D. Matthews, Cortney A. Watt, David J. Yurkowski.École de l’environnement, Université de Windsor, Windsor, Ontario, Canada - Aaron T. Fisk.Direction générale des sciences et de la technologie, Environnement et Changement climatique Canada, Ottawa (Ontario), Canada - Grant Gilchrist.Collège des sciences de la pêche et de la mer, Université de l’Alaska Fairbanks, Fairbanks, AK, États-Unis - Katrin Iken.Département des sciences de la Terre, Université du Nouveau-Brunswick, Fredericton, N.-B., Canada - Audrey Limoges.Département de biologie intégrative, Université de Windsor, Windsor, Ontario, Canada - Oliver P. Love, Wesley R. Ogloff.Département de biologie arctique, Centre universitaire de Svalbard, Longyearbyen, Norvège - Janne E. Søreide.

En 2012 et 2013, Pêches et Océans Canada a effectué des relevés du benthos dans deux zones fermées à la pêche entrant en contact avec le fond : la zone d’hivernage du narval et de coraux d’eaux froides (l’actuelle aire de conservation de Disko Fan, ACDF) et la zone de protection volontaire des coraux dans le bassin Hatton (l’actuelle aire de conservation du bassin Hatton, ACBH). Des échantillons ont été prélevés selon les protocoles recommandés dans le Plan de surveillance de la biodiversité circumpolaire du Conseil de l’Arctique, dans le but de fournir des données de référence pour la surveillance future des invertébrés benthiques dans cette région sensible, ainsi que de faciliter les comparaisons panarctiques des communautés benthiques. Cinq stations de surveillance de la biodiversité ont été établies, quatre dans l’aire de conservation de Disko Fan et une dans l’aire de conservation du bassin Hatton, et chacune d’entre elles a été entièrement échantillonnée conformément à ces protocoles avec des bennes Van Veen ou des carottiers à boîte, des caméras sous-marines et des enregistreurs de température fixés à l’engin. Ce rapport résume la faune benthique prélevée à l’aide de bennes ou de carottiers lors du relevé de 2012 dans les aires de conservation et complète un autre rapport documentant l’épibenthos d’après les transects couverts par des caméras dans l’aire de conservation de Disko Fan. Nous présentons ici un rapport sur la macrofaune dans la classe de taille de 1 cm, et sur la méiofaune foraminifère.Les données fournies sont présentées dans le rapport suivant (voir lien connexe) :Jacobs, K., M. Bouchard Marmen, B. Rincón, B. MacDonald, C. Lirette, O. Gibb, M. Treble et E. Kenchington, 2022. Stations de surveillance de la biodiversité pour la macrofaune et la méiofaune benthiques dans les aires de conservation de Disko Fan et du bassin Hatton. Rapp. tech. can. sci. halieut. aquat. 3487: vi + 86 p.Citer ces données comme: Bouchard Marmen, Marieve; Rincon, Beatriz ; MacDonald, Barry; Lirette, Camille; Gibb, Olivia; Treble, Margaret ; Jacobs, Kevin; Kenchington, Ellen (2022). Stations de surveillance de la biodiversité pour la macrofaune et la méiofaune benthiques dans les aires de conservation de Disko Fan et du bassin Hatton. Publié en Janvier 2023. Secteur des sciences des écosystèmes et des océans, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É). https://open.canada.ca/data/en/dataset/b7bcff18-698b-4d40-a7bd-13d39925cbeb

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

OBJECTIF :Du 1 août au 11 septembre 2014, dans le cadre du projet sur les poissons marins de la mer de Beaufort, qui fait partie de l’évaluation environnementale régionale de Beaufort, Pêches et Océans Canada a effectué un relevé de référence des poissons marins et de leur habitat dans les eaux canadiennes du sud de la mer de Beaufort et le golfe Amundsen. À partir du navire de pêche Frosti, on a échantillonné 54 stations situées le long de 14 transects. On a effectué un échantillonnage normalisé à l’aide de chaluts benthiques. Il s’agit du premier projet de recherche utilisant de grands chaluts de recherche pour l’évaluation de la biodiversité et de l’abondance des poissons marins hauturiers dans cette zone. Au total, on a capturé 42 espèces de poissons, Le présent rapport contient des renseignements sur le déploiement des chaluts et les captures par unité d’effort (CPUE), ainsi que des données biologiques de base sur tous les poissons capturés.DESCRIPTION :Données biologiques de base pour tous les poissons pris au cours de l’expédition de 2014 du BSMFP. Comprend l’identification, le poids, la longueur (totale, à la fourche et standard), le poids du foie, le poids des gonades, le sexe et le niveau de maturité PARAMÈTRES COLLECTÉS :familleespècepoidslongeur totalelongueur à la fourchelongueur standard poids du foiepoids de la gonadesexematuritéMÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :Différents types de chalut.