Cette couche représente la distribution du Phoque du Groenland (Pagophilus groenlandicus). L'été, le Phoque du Groenland se trouve en Arctique. Il migre vers le sud de son aire de répartition à l'automne et migre à nouveau dans l'Arctique après la période de mue qui s'effectue en avril et mai.Référence:MPO. 2020. Situation des phoques du Groenland, Pagophilus groenlandicus, de l’Atlantique Nord-Ouest en 2019. Secr. can. de consult. sci. du MPO, Avis sci. 2020/020.

Cette couche représente les zones d'importance pour le Phoque du Groenland (Pagophilus groenlandicus). Elle inclut les trois zones de mise bas principales de cette espèce ainsi que les voies migratoires empruntées par le Phoque du Groenland pour se déplacer entre son aire d’estivage (baie de Baffin) et son aire d'hivernage (golfe du Saint-Laurent et côtes de Terre-Neuve-et-Labrador). À noter que ces données ne représentent pas la distribution du Phoque du Groenland.Référence:MPO. 2020. Situation des phoques du Groenland, Pagophilus groenlandicus, de l’Atlantique Nord-Ouest en 2019. Secr. can. de consult. sci. du MPO, Avis sci. 2020/020.

OBJECTIF :Il est essentiel de comprendre et de prévoir les changements dans l’aire de répartition des espèces pour assurer leur conservation dans le contexte du réchauffement climatique. La présente étude analyse les caractéristiques du cycle biologique de quatre espèces de phoques [le phoque annelé (Pusa hispida Schreber, 1775), le phoque barbu (Erignathus barbatus Pallas, 1811), le phoque du Groenland (Pagophilus groenlandicus Erxleben, 1777) et le phoque commun (Phoca vitulina Linnaeus, 1758)] dans l’Arctique canadien à l’aide de données sur les récoltes de subsistance des Inuits. Les phoques barbus sont les plus gros, suivis des phoques du Groenland, des phoques communs et des phoques annelés. Les profils saisonniers de la profondeur de la graisse montrent une variation minimale chez les phoques barbus, tandis que les phoques communs et annelés accumulent la graisse pendant les saisons d’eaux libres et l’utilisent pendant les saisons des glaces. Les phoques endémiques de l’Arctique (annelés et barbus) ont une plus grande longévité et une croissance corporelle déterminée, atteignant leur taille maximale à 5 ans, tandis que les phoques communs et les phoques du Groenland grandissent de manière indéterminée, atteignant leur maturité physique entre 10 et 15 ans. L’âge de maturation varie; les phoques annelés et communs sont plus sensibles aux fluctuations environnementales. La plupart des phoques barbus se reproduisent avec succès chaque année, alors que les phoques annelés présentent une plus grande variabilité dans leur succès de reproduction annuel. L’analyse des lipides isoprénoïdes dans les tissus hépatiques indique que les phoques annelés et les phoques barbus dépendent de la production d’algues glaciaires, tandis que les phoques du Groenland et les phoques communs dépendent de la production de phytoplanctons en eaux libres. Les phoques barbus semblent être plus spécialisés et pourraient faire face à moins de concurrence, tandis que les phoques du Groenland peuvent mieux s’adapter aux changements d’habitat. Même si on prévoit que l’aire de répartition se déplacera vers des latitudes plus hautes, on observe des compromis chez toutes les espèces, ce qui complique les prévisions pour l’environnement arctique en évolution. DESCRIPTION :Cet ensemble contient des données rapportées par Steven H. Ferguson, Jeff W. Higdon, Brent G. Young, Stephen D. Petersen, Cody G. Carlyle, Ellen V. Lea, Caroline C. Sauvé, Doreen Kohlbach, Aaron T. Fisk, Gregory W. Thiemann, Katie R. N. Florko, Derek C. G. Muir, Charmain D. Hamilton, Magali Houde, Enooyaq Sudlovenick et David J. Yurkowski. 2024. Une analyse comparative des caractéristiques du cycle biologique et des stratégies adaptatives des espèces de phoques arctiques et subarctiques – qui remportera le défi des changements climatiques? Revue canadienne de zoologie 2024-0093.R1L’ensemble de données comprend l’espèce, le lieu, la date de récolte, le sexe, l’âge, la longueur standard, la circonférence, la profondeur de la graisse, la taille des testicules, le rang dans la portée, l’état de grossesse, les corps jaunes (n), les corps blancs (n) et les follicules (n). Il comprend des données historiques brutes, non filtrées et non traitées, fournies par les pêcheurs, qui n’ont pas été examinées pour exclure les valeurs aberrantes. Certaines données ont été converties de pouces en centimètres. Les utilisateurs doivent filtrer les données pour leur utilisation particulière.Ces données doivent être citées comme suit : Steven H. Ferguson, Jeff W. Higdon, Brent G. Young, Stephen D. Petersen, Cody G. Carlyle, Ellen V. Lea, Caroline C. Sauvé, Doreen Kohlbach, Aaron T. Fisk, Gregory W. Thiemann, Katie R. N. Florko, Derek C. G. Muir, Charmain D. Hamilton, Magali Houde, Enooyaq Sudlovenick et David J. Yurkowski. 2024. Division de la recherche aquatique dans l’Arctique, Pêches et Océans Canada, Winnipeg (Manitoba). https://open.canada.ca/data/en/dataset/ea9ff038-8b16-11ef-8cce-55cc7f028297.

Découvertes historiques de Operophtera brumata

Un relevé de recherche sur les pétoncles (principalement le pétoncle géant Placopecten magellanicus, mais aussi le pétoncle d’Islande Chlamys islandica) effectué à l'aide d'une drague a été réalisé par le MPO (Pêches et Océans Canada) tous les 1 ou 2 ans depuis 1992 aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20). L'objectif principal de ce relevé de recherche était d'évaluer les stocks de pétoncle géant. Un autre objectif était de documenter les taxons dans la capture associée à l'habitat de pétoncle selon un plan d'échantillonnage aléatoire fixe. Les occurrences de 2021 et 2022 sont présentées ici par espèce (ou taxon) par station. À partir de 2021, les captures étaient pesées et des spécimens photographiés, avec l’information disponible sur demande. La validité taxonomique et géographique des données a été vérifiée et le registre mondial des espèces marines a servi d'autorité taxonomique pour nommer tous les taxons enregistrés lors du relevé. Les invertébrés épibenthiques (principalement des mollusques, échinodermes et crustacés) ainsi que des poissons démersaux ont été identifiés à partir des captures de la drague. Le jeu de données historiques (1992-2019) est diponible à partir du lien suivant : https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/71732ad5-5c70-4dbf-916d-a94e1380c53bL'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs autour de 25 à 35 m. Un tir aléatoire des stations d’échantillonnage est réalisé à partir d’une grille de station fixe. L'échantillonnage est fait le long de transects à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d'étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle Digby doublée (maille de 20 mm) sur approximativement 500 m le long du fond marin. Les quatre paniers de la drague sont examinés pour tous les pétoncles et aussi, débutant en 2022, pour les poissons. Un panier (le premier du côté tribord) est trié et examiné pour les espèces associées. La plupart des spécimens sont comptés par taxon. La présence ou l’abondance relative des organismes trop petits et nombreux, ou coloniaux, est notée. Des cas particuliers sont parfois conservés pour l'analyse taxonomique, par exemple, les ascidies (pour surveiller les espèces envahissantes) et les éponges (pour documenter de nouvelles espèces). La disponibilité de photos et de certains spécimens conservés permet un examen futur. Des changements sont anticipés dans les identifications, notamment pour les Bryozoaires, les Hydrozoaires et les Porifères, qui font actuellement l'objet d'efforts de recherche.

De tous les invertébrés, on estime que la laimargue atlantique (Somniosus microcephalus) est celui qui a la plus grande longévité (392 ans ± 120 ans), ce qui fait des prises accessoires de cette espèce une préoccupation importante (Nielsen et al., 2016). Cependant, dans la région de Terre-Neuve-et-Labrador, il arrive souvent que des estimations précises des prises accessoires ne soient pas disponibles pour cette espèce (Simpson et al. 2021). Pour remédier à la situation, on a généré un modèle de répartition de l’espèce (MRE) afin de délimiter l’habitat convenable de cette dernière dans toute la région de Terre-Neuve-et-Labrador et de déterminer les zones où l’on s’attend à un taux plus élevé de prises accessoires.On a compilé les prises accessoires de laimargue atlantique enregistrées par les observateurs en mer à Terre-Neuve-et-Labrador (de 1983 à 2019) et en Espagne (de 1999 à 2017), ainsi que par le Secrétariat de l’Organisation des pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO [de 2014 à 2019]) afin de générer un ensemble de données fondé uniquement sur la présence. La colinéarité des multiples variables environnementales a été évaluée, et les variables non colinéaires (bathymétrie et température mensuelle moyenne du fond pour mars et novembre [de 1990 à 2015]) ont été retenues pour être utilisées dans le MRE. On a utilisé le logiciel MaxEnt (entropie maximale) pour modéliser la qualité de l’habitat, car il s’agit d’un logiciel de modélisation fondée uniquement sur la présence qui peut tenir compte d’un manque de données sur l’absence en comparant les conditions environnementales des lieux d’occurrence à celles de points de référence sélectionnés au hasard.Dans l’ensemble, les résultats indiquent que l’habitat le plus convenable pour la laimargue atlantique était les eaux plus profondes le long du bord du plateau dans les divisions 3OP de l’OPANO et dans le chenal Laurentien, mais que l’habitat était également convenable le long du bord du plateau du Labrador, des Grands Bancs et des zones plus profondes le long du plateau continental comme le chenal Hawke, la fosse de l’île Funk et les talus des bancs Saglek, Nain et Hamilton. Au-delà de la zone économique exclusive et à l’intérieur de la zone réglementée par l’OPANO, on a également constaté un habitat convenable dans la passe Flamande ainsi que le long du talus du bonnet Flamand et du bord du plateau dans les divisions 3NO de l’OPANO (Simpson et al., 2021).On trouvera des renseignements plus détaillés dans Simpson et al., 2021.Références:Nielsen, J., R. B. Hedeholm, J. Heinemeier, P. G. Bushnell, J. S. Christiansen, J. Olsen, C. B. Ramsey, R. W. Brill, M. Simon, K. F. Steffensen et J. F. Steffensen (2016). « Eye lens radiocarbon reveals centuries of longevity in the Greenland shark (Somniosus microcephalus) », Science, 353(6300), 702-704.Simpson, M. R., L. Gullage, C. Konecny, N. Ollerhead, M. A. Treble, A. Nogueira et F. González-Costas (2021). Spatial-temporal variation in Greenland shark (Somniosus microcephalus) bycatch in the NAFO Regulatory Area, document 21/028 du conseil scientifique de l’OPANO.

Un relevé de recherche sur les pétoncles (principalement le pétoncle géant Placopecten magellanicus, mais aussi le pétoncle d’Islande Chlamys islandica) effectué à l'aide d'une drague a été réalisé par le MPO (Pêches et Océans Canada) tous les 1 ou 2 ans depuis 1992 aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20). L'objectif principal de ce relevé de recherche était d'évaluer les stocks de pétoncle géant. Un autre objectif était de documenter les taxons dans la capture associée à l'habitat de pétoncle selon un plan d'échantillonnage aléatoire fixe. Les occurrences par espèce (ou taxon) sont présentées par station. La validité taxonomique et géographique des données a été vérifiée et le registre mondial des espèces marines a servi d'autorité taxonomique pour nommer tous les taxons enregistrés lors du relevé. Les invertébrés épibenthiques (principalement des mollusques, échinodermes et crustacés) ainsi que des poissons démersaux ont été identifiés à partir des captures de la drague. Les données courantes à partir de 2021 sont présentées dans la publication suivante : https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/6529a4b0-f863-4568-ac71-1fa26cf68679L'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs de 10 à 38 m, généralement autour de 25 à 35 m. Un tir aléatoire des stations d’échantillonnage est réalisé à partir d’une grille de station fixe. L'échantillonnage est fait le long de transects à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d'étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle Digby doublée (maille de 20 mm) sur approximativement 500 m le long du fond marin. Les quatre paniers de la drague sont examinés pour tous les pétoncles. Ensuite, un panier (le premier du côté tribord) est trié et examiné pour les espèces associées. La plupart des spécimens sont comptés par taxon. La présence ou l’abondance relative des organismes trop petits et nombreux, ou coloniaux, est notée. Des cas particuliers sont parfois conservés pour l'analyse taxonomique, par exemple, les ascidies (pour surveiller les espèces envahissantes) et les éponges (pour documenter de nouvelles espèces).

La maraîche (Lamna nasus) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique qui est observée dans les pêches commerciales et récréatives. De 2005 à 2021, des étiquettes satellites d’archivage détachables (PSAT) ont été appliquées sur des maraîches afin de recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). Des déploiements ont été effectués au Canada et dans les îles Féroé à bord de navires commerciaux et de plaisance, ainsi que de navires affrétés à des fins scientifiques, généralement en été et en automne, mais aussi parfois l’hiver lorsque la pêche commerciale de la maraîche était active au Canada. Divers modèles d’étiquettes ont été déployés : PAT 4 (n = 1), Mk10 (n = 41) et Minipat (n = 15), et 51 des 57 étiquettes ont émis des données. Un individu a été recapturé et l’étiquette physique a été retournée. Les maraîches marquées avaient une longueur à la fourche (courbée) de 76 à 249 cm; 42 étaient des femelles, 15 étaient des mâles. Le temps avant la recapture variait de 4 à 356 jours et 14 étiquettes sont demeurées attachées pendant toute la durée prévue. Les données brutes transmises par les étiquettes après le déploiement ont été traitées au moyen du logiciel de Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers sommaires, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, de l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour les données de référence sur la température de la surface de la mer (TSM), et de l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour les données bathymétriques de référence. Les estimations de position selon la méthode de vraisemblance maximale sont disponibles en format .csv et .kmz, et les profils de profondeur et de température sont également présentés en format .csv. Les autres données de sortie des étiquettes ainsi que les métadonnées relatives aux déploiements peuvent être obtenues sur demande en écrivant à warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.

La laimargue atlantique (Somniosus Microcephalus) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique qui est observée occasionnellement dans les pêches commerciales. De 2006 à 2009, des étiquettes satellites d’archivage détachables (PSAT) de Wildlife Computers ont été appliquées sur des laimargues atlantiques afin de recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). Des déploiements ont été effectués au Canada à bord de navires commerciaux tout au long de l’année, et dans la baie Cumberland (Pangirtung) dans le cadre d’une expédition scientifique en avril 2008. Divers modèles d’étiquettes ont été déployés : PAT 4 (n = 1) et Mk10 (n = 15), et 14 des 16 étiquettes ont émis des données. Les laimargues atlantiques marquées avaient une longueur totale (courbée) de 250 à 549 cm; 3 étaient des femelles, 9 étaient des mâles et 4 étaient de sexe inconnu. Le temps avant la recapture variait de 48 à 350 jours et 9 étiquettes sont demeurées sur le requin pendant la durée prévue. Les données brutes transmises par les étiquettes après le déploiement ont été traitées au moyen du logiciel de Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers sommaires, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, de l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour les données de référence sur la température de la surface de la mer (TSM), et de l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour les données bathymétriques de référence. Les estimations de position selon la méthode de vraisemblance maximale sont disponibles en format .csv et .kmz, et les profils de profondeur et de température sont également présentés en format .csv. Les autres données de sortie des étiquettes ainsi que les métadonnées relatives aux déploiements peuvent être obtenues sur demande en écrivant à warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b