Un relevé de recherche sur les pétoncles (principalement le pétoncle géant Placopecten magellanicus, mais aussi le pétoncle d’Islande Chlamys islandica) effectué à l'aide d'une drague a été réalisé par le MPO (Pêches et Océans Canada) tous les 1 ou 2 ans depuis 1992 aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20). L'objectif principal de ce relevé de recherche était d'évaluer les stocks de pétoncle géant. Un autre objectif était de documenter les taxons dans la capture associée à l'habitat de pétoncle selon un plan d'échantillonnage aléatoire fixe. Les occurrences par espèce (ou taxon) sont présentées par station. La validité taxonomique et géographique des données a été vérifiée et le registre mondial des espèces marines a servi d'autorité taxonomique pour nommer tous les taxons enregistrés lors du relevé. Les invertébrés épibenthiques (principalement des mollusques, échinodermes et crustacés) ainsi que des poissons démersaux ont été identifiés à partir des captures de la drague. Les données courantes à partir de 2021 sont présentées dans la publication suivante : https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/6529a4b0-f863-4568-ac71-1fa26cf68679L'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs de 10 à 38 m, généralement autour de 25 à 35 m. Un tir aléatoire des stations d’échantillonnage est réalisé à partir d’une grille de station fixe. L'échantillonnage est fait le long de transects à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d'étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle Digby doublée (maille de 20 mm) sur approximativement 500 m le long du fond marin. Les quatre paniers de la drague sont examinés pour tous les pétoncles. Ensuite, un panier (le premier du côté tribord) est trié et examiné pour les espèces associées. La plupart des spécimens sont comptés par taxon. La présence ou l’abondance relative des organismes trop petits et nombreux, ou coloniaux, est notée. Des cas particuliers sont parfois conservés pour l'analyse taxonomique, par exemple, les ascidies (pour surveiller les espèces envahissantes) et les éponges (pour documenter de nouvelles espèces).

Découvertes historiques de Coleophora laricella

Financé dans le cadre du Programme des objectifs de conservation marine, ce relevé benthique par imagerie optique documente l’occurrence et le pourcentage estimé de la couverture du tunicier colonial envahissant Didemnum vexillum dans sept transects par caméra flottante dans la zone d’importance écologique et biologique (ZIEB) de Head Harbour, West Isles et Les Passages (~113 km2), dans l’ouest de la baie de Fundy, au Nouveau-Brunswick, au Canada. On a obtenu les données sur l’occurrence au moyen d’images fixes à haute résolution (n=386) prises périodiquement tout au long de chaque transect, et de vidéos à haute définition continues et simultanées. On a divisé les vidéos en segments de 20 secondes (nous indiquons l’emplacement du début et de la fin de chaque segment dans un transect) et lorsque D. vexillum était présent dans un segment vidéo, on a classé la fréquence d’occurrence comme commune (couverture continue/bancs tout au long du segment vidéo), occasionnelle (colonies individuelles de différentes tailles observées >5 fois tout au long du segment vidéo) ou rare (petites colonies isolées observées ≤5 fois tout au long du segment vidéo). Un segment vidéo était considéré comme inutilisable et retiré de l’ensemble de données s’il y avait trop de turbidité ou si la caméra était trop éloignée du fond pour permettre une imagerie fiable du fond marin. Pour les images fixes, si l’on observait le D. vexillum dans une image, le pourcentage de couverture était catégorisé comme >50 %, 26-50 %, 6-25 %, ou ≤5 % du champ de vision de l’image. On a calculé la distance parcourue et la distance entre les images fixes (m) à l’aide d’outils ArcGIS. On a estimé le champ de vision en mesurant la longueur et la largeur d’un sous-ensemble d’images fixes et d’image vidéo dans ImageJ2, en utilisant des lasers de 10 m pour montrer l’échelle. On a normalisé le champ de vision pour chaque altitude rapportée, et on a estimé la surface échantillonnée (m2) le long d’un transect vidéo continu en multipliant le champ de vision moyen par la distance parcourue dans ce segment. On a observé le D. vexillum dans 44 % de la zone échantillonnée à des profondeurs de 34 m à 118 m, soit à des profondeurs plus grandes que celles rapportées (~80 m) dans les rapports précédents.Citer ces données comme: Teed LL, Goodwin C, Lawton P, Lacoursière-Roussel A, Dinning KM (2024) Multiple perspectives on the emergence of the invasive colonial tunicate Didemnum vexillum Kott, 2002 in the western Bay of Fundy, Atlantic Canada. BioInvasions Records 13(3): 713–738, https://doi.org/10.3391/bir.2024.13.3.12

Un projet exploratoire sur la diversité taxonomique et génétique de décapodes échantillonnés en 2022 dans trois sous-régions océaniques (Pacifique Nord-Est, Arctique canadien et Atlantique Nord-Ouest) a été réalisé par le groupe de travail sur l'Arctique au sein de la collaboration canado-américaine sur les pêches et le climat entre Pêches et Océans Canada (MPO) et le National Marine Fisheries Service (NMFS) de la National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA). Ce cadre de collaboration vise à mettre en commun les données canadiennes et américaines afin d'étudier les effets du changement climatique à grande échelle sur la biodiversité marine. Au début de l'été 2022, un protocole d'échantillonnage illustrant une sélection des décapodes ciblés a été fourni aux collaborateurs du MPO et de la NOAA. Les genres ciblés ont été collectés dans le cadre de 10 programmes de recherche au total, dans trois sous-régions océaniques et quatre régions marines. Les échantillons du Pacifique Nord-Est ont été collectés dans la mer de Béring au cours de l'étude de l'écosystème de la mer de Béring septentrionale et du chalutage de surface, et de l'étude du chalutage de fond du plateau continental de la mer de Béring orientale et septentrionale sur les poissons de fond et la faune invertébrée, à bord du F/V Northwest Explorer, du F/V Alaska Knight et du F/V Vesteraalen. Dans l'ouest de l'Arctique canadien (principalement dans la mer de Beaufort et le golfe d'Amundsen), les spécimens ont été collectés au cours de l'étude du MPO sur l'évaluation de l'écosystème marin de la mer de Beaufort (CBS-MEA) à bord du F/V Frosti. Dans l'est de l'Arctique canadien (principalement dans la baie de Baffin et le détroit de Davis), les spécimens ont été recueillis lors du relevé de l'approche fondée sur les connaissances et les écosystèmes dans la baie de Baffin (KEBABB) du MPO à bord du NGCC Amundsen et du relevé de la sous-zone 0B de l'Organisation des pêches de l'Atlantique Nord (OPANO) à bord du R/V Tarajoq. Dans l'estuaire et le golfe du Saint-Laurent (EGSL), des spécimens ont été recueillis lors de relevés côtiers (relevés sur le buccin, le concombre de mer, le crabe des neiges et les pétoncles) à bord du NGCC Leim et au large lors du relevé écosystémique à bord du NGCC Teleost. Les décapodes ont été collectés à partir de divers engins d'échantillonnage (chalut à perche benthique, chalut à panneaux modifié Atlantic Western IIA, chalut Bacalao, chalut à crevettes, drague à pétoncles de type Digby ou drague à concombres de mer modifiée) et identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible et photographiés, dans la mesure du possible. Tous les spécimens ont été congelés en mer (n = 995). Au laboratoire, les identifications ont été validées ou affinées à l'aide des photos et des spécimens congelés. L'ADN de 87 spécimens a été extrait et une section du gène COI a été amplifiée afin d'être séquencée à l'aide de la méthode Sanger. Les séquences ont été comparées aux données existantes à l'aide de l'outil BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) dans la base de données des nucléotides du National Center for Bio-technology Information (NCBI-nt, y compris la base de données GenBank) afin de comparer les noms scientifiques, le cas échéant.L'ensemble de données actuel comprend 391 occurrences d'espèces de décapodes. L'ADN a été extrait d'un sous-groupe de 87 spécimens (gène COI). Les séquences sont accessibles publiquement sur la plateforme BOLD sous le code de projet DDAO (voir le document de soutien « citations_references.csv » pour plus d'informations).Les données sont présentées en format Darwin Core et sont séparées en trois fichiers :Le fichier " Activité_décapodes_DDAO_decapods_event_fr" contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d'activité hiérarchique.Le fichier " Occurrence_décapodes_DDAO_decapods_fr" contient les occurrences taxonomiques.Le fichier "ADN_décapodes_DDAO_decapods_DNA_fr" contient les données ADN associées.Pour de plus amples détails, veuillez vous référer au rapport technique disponible dans le document de soutien intitulé « citations_references.csv ». LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Ce fichier de données contient quatre cartes numérisées recréées à partir du rapport original intitulé « An Ecological Sketch of Some Fundy Fisheries » publié par le Conseil de conservation du Nouveau-Brunswick. Les cartes sélectionnées résument l’information obtenue des pêcheurs actifs et à la retraite, combinée à un relevé de l’information scientifique et historique. Elles illustrent les connaissances sur la fraie, la migration et les aires d’alevinage du hareng et d’autres pêches pour Grand Manan, la baie de Fundy et le golfe du Maine. Citer ces données comme: Coon, D. 1999. Croquis écologique de certaines pêches dans la baie de Fundy. Conseil de conservation du Nouveau-Brunswick, Fredericton, NB. 32 pp. Publié en Juin 2026.Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/d09eee14-4786-4787-a596-9ddec1ad9342

Des échantillons de zooplancton ont été prélevés à la station océanographique « Papa » (50° N, 145° O entre 1956 et 1980 et analysés à différents niveaux de résolution taxonomique au fil des ans. Bien que des résumés des données aient été publiés avant, les données détaillées sur les espèces n’ont pas été publiées avant 1995. Cet ensemble de données détaillé comporte le poids humide total du zooplancton par m3 pour l’ensemble de la période qui s’étend de 1956 à 1980 et les densités (nombre/m3) de cinq taxons majeurs (copépodes, chétognathes, euphausiacés, amphipodes et Aglantha) entre 1964 et 1967, ainsi que le nom, le dénombrement et la longueur des espèces de nombreux échantillons recueillis entre 1968 et 1980. Le document à l’appui ci-joint (données détaillées sur le zooplancton de la station océanographique « Papa » : 1956 à 1980) contient des renseignements sur les méthodes utilisées pour recueillir et traiter les données, ainsi que la description d’un certain nombre de points non résolus relativement peu importants au sujet des données. Il décrit également en détail le format des fichiers de données originaux, les corrections et les changements qui ont été apportés à ces fichiers au moment de produire cette version, ainsi que la façon dont les erreurs qui en découlent ont des répercussions sur ce qui a été publié dans Fulton (1983).L’objectif de ce dossier est de mettre à la disposition de la communauté scientifique les données détaillées sous forme numérique et de fournir une référence pratique pour les citer. Waddell, Brenda J., et Skip McKinnell. 1995. Station océanographique « Papa » zooplancton détaillé données:1956 - 1980. Rapp. tech. can. sci. halieut. aquat. 2056 : 21 p.

Description:Unités biophysiques:Dans le Système de classification écologique marine du Pacifique (PMECS; DFO 2016; Rubidge et al. 2016), les unités biophysiques sont des zones de conditions et de processus physiographiques et océanographiques distincts qui forment la composition des espèces dans des étendues spatiales de milliers de kilomètres. Unités géomorphologiques:Les unités géomorphologiques, ou géozones, sont des structures géomorphologiques discrètes à une échelle de centaine de kilomètres qui sont présumées contenir des assemblages biologiques distincts (ex. plateaux, dorsales, monts, canyons). Alors que l’échelle spatiale des unités géomorphologiques s’inscrit dans les unités biophysiques, une seule unité géomorphologique, par exemple une dépression, peut regrouper plus d’une unité biophysique. Les cinq couches suivantes sont comprises dans cette géodatabase:Unités_Biophysiques_L4A – Extrant prévu d’unités biophysiques (niveau 4A) du SCEMP à partir de l’analyse en forêt aléatoireUnités_ Biophysiques_L4B – Extrant prévu d’unités biophysiques (niveau 4B) du SCEMP à partir de l’analyse en forêt aléatoireUnités_Biophysiques_AttribProb_L4AB – Couche montrant la probabilité qu’une cellule de grille a été assignée à une unité biophysique donnée à la dernière étape de modélisation prédictive en forêt aléatoireCluster_L4AB – Couche montrant l’extrant de l’analyse du groupement de l’assemblage d’espècesUnités morphologiques – Geomorphic units for the BC coast that combines geomorphic units produced by Rubidge et al. 2016) and Proudfoot and Robb (2022).Méthodes :Unités biophysiques:Rubidge et al. (2016) ont utilisé un processus en deux étapes pour identifier les unités biophysiques en Colombie-Britannique. Une analyse de groupement fondée sur la similarité de la composition des espèces a d’abord été utilisée pour regrouper les sites d’espèces similaires en assemblages biologiques distincts. Ensuite, une analyse en forêt aléatoire a servi à identifier les corrélats environnementaux des assemblages biologiques identifiés au moyen de l’analyse par groupement et à prédire et à attribuer l’assemblage biologique présent dans les zones où il y a trop peu de données biologiques. Deux seuils de similarité ont été utilisés pour identifier deux niveaux (4A, 4B) d’unités biophysiques; consulter Rubidge et al. (2016) pour obtenir des détails. Les espèces indicatrices pour chaque assemblage (unité biophysique) ont aussi été identifiées.Unités géomorphologiques:Rubidge et al. (2016) ont utilisé l’outil de modélisation de terrain benthique (BTM) et des paramètres d’indice de position benthique (BPI) à grande et à petite échelles pour définir des unités géomorphologiques sur le plateau continental dans la biorégion du plateau continental du Nord, ainsi que sur le talus continental dans les biorégions des plateaux du Nord et du Sud. En 2022, des unités géomorphologiques ont été produites pour les biorégions du détroit de Georgia et du plateau Sud en appliquant les mêmes méthodes que Rubidge et al. (2016) (Proudfoot et Robb 2022). Les unités géomorphologiques produites dans le cadre du processus du Système de classification écologique marine du Pacifique ont été fusionnées avec les unités géomorphologiques produites pour les biorégions du détroit de Georgia et du plateau Sud afin de générer un produit de données spatiales continues représentant les unités géomorphologiques du plateau continental et du talus continental du Pacifique canadien. Après la fusion, les unités géomorphologiques produites en 2016 sont demeurées inchangées (c.-à-d. qu’elles sont conformes aux unités géomorphologiques initialement décrites dans Rubidge et al. 2016).Sources de données :Tiré de Rubidge et al. 2016 : Les données sur les espèces ont été tirées des relevés de recherche normalisés indépendants des pêches de Pêches et Océans Canada (MPO) : poissons de fond au chalut et à la palangre (2003-2013), crabe de Tanner au chalut et au casier (2000-2006) et crabe dormeur au casier (2000-2014). Les données environnementales proviennent de la NASA, du Service hydrographique du Canada, de Pêches et Océans Canada, de Bio-ORACLE et d’ailleurs (détails dans Rubidge et al. 2016). Tiré de Proudfoot et Robb (2022) : Les données de bathymétrie provenaient de Ressources naturelles Canada (détails dans Proudfoot et Robb 2022).Incertitudes :Les données sont destinées à être utilisées à l’échelle de la biorégion, et il convient de faire preuve de prudence pour les analyses à une échelle plus petite.

Découvertes historiques de Coleophora serratella

Les données sur le zooplancton et l'ichtyoplancton sont archivées dans la base de données de zooplancton à l'Institute des Sciences Océaniques. Les données disponibles ont été recueillies de 1980 à 2018 sur les enquêtes menées dans les eaux océaniques et côtières de l'océan Pacifique Nord-Est à l'aide des filets a plancton tirés verticalement dans la colonne d'eau, et sont une extraction de biomasse pour tous les principaux taxons. La majorité de l'échantillonnage du plancton a été effectuée en tirant les filets de 10 mètres au-dessus du fond de la mer, ou à une profondeur maximale approximative de 250 mètres, jusqu’au surface de l’océan. Pour d'autres demandes de données, veuillez utiliser les informations de contact fournies.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b