Identification des concentrations significatives d'éponges dans la bioregion du golfe Saint-Laurent selon l’estimation de la densité par la méthode du noyau (Kernel density estimation). Cette méthode a été appliquée afin de créer une surface de biomasse modélisée pour chacun des taxons et une méthode d’expansion aérienne a été appliquée afin de déterminer les concentrations importantes. Seules les données de biomasses géoréférencées ont été utilisées pour identifier ces « points névralgiques ». Les limites des zones ont été affinées à l’aide de la connaissance des captures nulles et des modèles de répartition des espèces. Les modèles prédictifs ont été produits à l’aide d’algorithmes d’apprentissage automatique avec des forêts d’arbres décisionnels. Pour plus de détails, veuillez-vous référer à ce rapport : Kenchington, E., L. Beazley, C. Lirette, F.J. Murillo, J. Guijarro, V. Wareham, K. Gilkinson, M. Koen Alonso, H. Benoît, H. Bourdages, B. Sainte-Marie, M. Treble, and T. Siferd. 2016. Delineation of Coral and Sponge Significant Benthic Areas in Eastern Canada Using Kernel Density Analyses and Species Distribution Models. DFO Can. Sci. Advis. Sec. Res. Doc. 2016/093. vi + 178 p.http://waves-vagues.dfo-mpo.gc.ca/Library/40577806.pdfLa présente couche contient les résultats d'analyses pour les éponges uniquement.Objectif:Dans la foulée de l’engagement du Canada visant l’identification et la protection des habitats benthiques vulnérables, des cartes de l’emplacement des concentrations importantes de coraux et d’éponges sur la côte est du Canada ont été produites au moyen d’analyses quantitatives des données des relevés au chalut effectués sur un navire scientifique ainsi que d’autres sources de données lorsque cela était possible. Les taxons analysés sont les éponges (Porifera), les grandes et petites gorgones (Alcyonacea) et les pennatules (Pennatulacea). Par contre, seules les éponges (Porifera) et les plumes de mer (Pennatulacea) sont considérées dans l’analyse concernant la biorégion du golfe Saint-Laurent.

Identification des concentrations significatives des plumes de mer dans la biorégion du golfe Saint-Laurent selon l’estimation de la densité par la méthode du noyau (Kernel density estimation). Cette méthode a été appliquée afin de créer une surface de biomasse modélisée pour chacun des taxons et une méthode d’expansion aérienne a été appliquée afin de déterminer les concentrations importantes. Seules les données de biomasses géoréférencées ont été utilisées pour identifier ces « points névralgiques ». Les limites des zones ont été affinées à l’aide de la connaissance des captures nulles et des modèles de répartition des espèces. Les modèles prédictifs ont été produits à l’aide d’algorithmes d’apprentissage automatique avec des forêts d’arbres décisionnels. Pour plus de détails, veuillez-vous référer à ce rapport : Kenchington, E., L. Beazley, C. Lirette, F.J. Murillo, J. Guijarro, V. Wareham, K. Gilkinson, M. Koen Alonso, H. Benoît, H. Bourdages, B. Sainte-Marie, M. Treble, and T. Siferd. 2016. Delineation of Coral and Sponge Significant Benthic Areas in Eastern Canada Using Kernel Density Analyses and Species Distribution Models. DFO Can. Sci. Advis. Sec. Res. Doc. 2016/093. vi + 178 p.http://waves-vagues.dfo-mpo.gc.ca/Library/40577806.pdfLa présente couche contient les résultats d'analyses pour les plumes de mer uniquement.Objectif:Dans la foulée de l’engagement du Canada visant l’identification et la protection des habitats benthiques vulnérables, des cartes de l’emplacement des concentrations importantes de coraux et d’éponges sur la côte est du Canada ont été produites au moyen d’analyses quantitatives des données des relevés au chalut effectués sur un navire scientifique ainsi que d’autres sources de données lorsque cela était possible. Les taxons analysés sont les éponges (Porifera), les grandes et petites gorgones (Alcyonacea) et les pennatules (Pennatulacea). Par contre, seules les éponges (Porifera) et les plumes de mer (Pennatulacea) sont considérées dans l’analyse concernant la biorégion du golfe Saint-Laurent.

On a délimité les polygones indiquant des concentrations de pennatules, de petites et grandes gorgones, et d’éponges sur la côte est du Canada par le biais de l’analyse spatiale des données sur les prises accessoires recueillies lors des relevés effectués par navire de recherche. L’analyse a adopté une approche de l’Organisation des pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO) dans la zone de réglementation du Bonnet Flamand et le sud-est des Grands Bancs. On a eu recours à une analyse du noyau de densité pour délimiter les hautes concentrations et la zone occupée par des seuils successifs du poids des prises a été utilisée pour déterminer les concentrations. De telles analyses ont été réalisées pour chacune des cinq zones biogéographiques de l’est du Canada. Les plus grandes colonies de pennatules ont été trouvées dans le chenal laurentien à l’endroit où il rejoint le golfe du St-Laurent, alors que les grands regroupements de gorgones ont été trouvés dans l’Arctique de l’Est et le nord de la pente continentale du Labrador. De grosses éponges en boule de plusieurs espèces de Geodia se trouvaient le long des pentes continentales au nord des Grands Bancs, tandis qu’on a identifié sur le plateau néo-écossais une seule population de grosses éponges en forme de tonneau de l’espèce Vazella pourtalesi. On fournit la latitude et la longitude marquant les positions de tous les traits qui forment ces colonies et d’autres concentrations denses, ainsi que les positions de tous les traits de chalut qui ont permis de remonter à la surface du corail noir, un taxon que l’on ne retrouve pas en regroupement, qui est d’une grande longévité et vulnérable à la pression de la pêche.Ces polygones indiquent les colonies de pennatules parmi la distribution plus vaste de pennatules dans la région qu’a échantillonné l’engin de chalutage Campelen dans la zone biogéographique des plateaux de Terre-Neuve-et-Labrador. Un seuil minimum de 0,4 kg pour les prises de pennatules a été désigné comme le poids qui séparait l’habitat des colonies de pennatules de la distribution plus vaste de pennatules grâce à ces données de traits du navire de recherche et le type d’engin.

Dans le Cadre d'évaluation du risque écologique (CERE) de Pêches et Océans Canada (MPO), les zones benthiques importantes sont définies comme étant des « zones importantes qui hébergent des communautés à prédominance de coraux d'eau froide et d'éponge » et l'importance est déterminée « à partir des résultats de processus menés par le MPO qui reposent sur la connaissance actuelle de ces espèces, de ces communautés et de ces écosystèmes ». Le présent document contient des cartes de l'emplacement des concentrations importantes de coraux et d'éponges sur la côte est du Canada, lesquelles ont été produites au moyen d'analyses quantitatives des données des relevés au chalut effectués sur un navire scientifique ainsi que d'autres sources de données lorsque cela était possible. Nous avons effectué ces analyses en suivant une approche biorégionale afin de faciliter la modélisation d'espèces similaires étant donné que bon nombre des relevés plurispécifiques ne tiennent pas compte des prises de coraux et d'éponges à l'échelle des espèces. Les taxons analysés sont les éponges (Porifera), les grandes et petites gorgones (Alcyonacea) et les pennatules (Pennatulacea). Nous avons appliqué l'estimation de la densité par la méthode du noyau afin de créer une surface de biomasse modélisée pour chacun de ces taxons, et appliqué une méthode d'expansion aérienne pour déterminer les concentrations importantes en suivant une approche qui a été appliquée pour la première fois en 2010 dans cette région. Nous avons ensuite comparé nos résultats à ceux obtenus précédemment. Selon l'estimation de la densité par la méthode du noyau, seulement les données géoréférencées sur la biomasse sont utilisées pour trouver les « points névralgiques ». Les limites des zones ainsi définies peuvent être affinées à l'aide de la connaissance des captures nulles et des modèles de répartition des espèces qui prévoient la présence ou l'absence ou encore la biomasse des espèces, lesquels tiennent compte des données environnementales.

Un relevé de recherche sur le homard américain (Homarus americanus) et le crabe commun (Cancer irroratus) est réalisé annuellement aux Îles-de-la-Madeleine depuis 1995 afin d’évaluer l’abondance et la structure des populations de ce secteur. Ce relevé, réalisé dans les deux premières semaines de septembre, couvre la partie sud des Îles-de-la-Madeleine, de la Baie de Plaisance à Grande-Entrée, s’étendant un peu vers l’Est entre Havre-aux-Maisons et Grande-Entrée. Le relevé dure de 8 à 15 jours selon les conditions météorologiques pour couvrir un maximum de 48 stations. À peu près la moitié des stations sont faites en double (deux traits par station). Les traits sont toujours d’une distance de 500 mètres, avec une ouverture de chalut légèrement variable (comme expliqué plus haut), avec une moyenne d’environ 10 mètres.L’engin utilisé est un chalut Nephrops. Il s'agit d'un chalut de fond à portes originellement développé pour la pêche à la langoustine en Bretagne qui a été légèrement modifié pour cibler le homard. Ce chalut est déployé à partir du NGCC Leim et les organismes récoltés sont hissés à bord et triés. La taille du céphalothorax, le sexe et le stade de carapace sont notés pour tous les homards. À cela s’ajoutent des informations sur la condition de reproduction pour certaines classes de tailles et des dissections sur 25 mâles et 25 femelles par mission. Le crabe commun est également visé par ce relevé. Il est dénombré sur toutes les stations. Sur certaines stations pré-déterminées et fixes, des données supplémentaires sont notées pour cette espèce (largeur de carapace, sexe et condition de carapace). Sur les autres stations, ces données sont notées si le temps disponible entre les traits le permet.La publication contient 4 fichiers; le fichier "Information_stations" qui définit les données concernant les stations, le fichier "Données_homard_lobster_survey" qui contient les mesures de chaque homard, le fichier "Nombre_crabe_crab_number" qui contient le dénombrement des crabes communs, le fichier "Mesure_crabe_crab_measurement" contient les caractéristiques mesurées pour chaque crabe. Chacun des fichiers peut être lié par les colonnes "date", "st", "tr". La colonne "bat" note le code du bateau, car l'engin n'est pas déployé de la même manière.* Il s'agit de données brutes et la qualité n'a pas été vérifiéeLes espèces associées font l’objet d’une identification et d’un décompte semi-quantitatif directement sur la table de tri et les résultats sont présentés dans la publication suivante : https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/99cb7034-f3d5-4da4-a5bc-e81315cfb8eb

Un relevé de recherche sur le homard américain (Homarus americanus) est réalisé annuellement aux Îles-de-la-Madeleine depuis 1995 afin d’évaluer l’abondance et la structure des populations de homard de ce secteur. À partir de 2007, l’objectif principal a été modifié pour inclure la diversité et l’abondance des espèces benthiques associées à l’habitat du homard. Seules les données des espèces benthiques associées à l’habitat du homard sont présentées dans ce jeu de données.Les relevés ont généralement été effectués durant les deux premières semaines de septembre de 2007 à 2020 sur tout le côté sud des Îles-de-la-Madeleine, de Grosse-Île à Havre-Aubert. Le plan d’échantillonnage est constitué de 70 traits de chalut sur 50 stations fixes, entre 4 et 35 mètres de profondeur. Certaines stations ont des traits doubles. Les spécimens ont été récoltés à l’aide d’un chalut à porte de type Nephrops d’une largeur totale de 3.04 mètres constituée de quatre paniers doublés de Vexar™ de 19 millimètres de maillage afin de récolter les petits individus. Les positions début et fin ont été notées pour calculer la distance parcourue à chaque trait à l’aide de la bibliothèque geosphere de R. L'année 2011 n'est pas inclus dans le jeu de données, car les données de biodiversité n'ont pas été notées. Depuis 2017, la distance moyenne des traits est passée de 1000 mètres à 500 mètres. L’ouverture du chalut est également notée chaque minute durant toute la durée du trait afin de pouvoir calculer la surface échantillonnée. La superficie couverte à chaque trait était le produit de l’ouverture du chalut et de la distance parcourue.Les deux fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont reliés par la clé « IDactivité ». Le fichier «Eventdata» comprend les informations génériques de l’activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «Occurrence» comprend la taxonomie des espèces observées, identifiées à l’espèce ou au niveau taxonomique le plus bas possible. Pour obtenir l’évaluation de l’abondance et de la biomasse, communiquez avec Benoît Bruneau (Benoit.Bruneau@dfo-mpo.gc.ca).Pour les contrôles de qualité, tous les noms taxonomiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ « IDnomScientifique » du fichier d’occurrence. Les cas spéciaux ont été notés dans le champ « commentairesIdentification » et certains spécimens sélectionnés ont été confirmés à l’aide de photos de terrain. Les contrôles de la qualité des données ont été effectués à l’aide des bibliothèques R obistools et WORMS. Tous les emplacements d’échantillonnage ont été validés spatialement.

Les coraux d'eau froide sont communs dans les eaux au large de l'est du Canada. Malgré cela, peu de registres de séquences d’ADN de spécimens collectés dans la région sont disponibles dans GenBank, et toutes les espèces enregistrées dans la région ne disposent pas de données de séquence, quelle que soit leur origine géographique. Cela peut limiter l’utilisation de techniques comme l’ADN environnemental pour détecter et identifier les coraux. Notre objectif était de séquencer et de publier des séquences pour deux marqueurs de code-barres ADN pour les octocoraux : CO1 et MutS. Nous avons séquencé et déposé 36 séquences dans GenBank à partir de 19 spécimens représentant trois espèces de plume de mer (Octocorallia : Pennatuloidea) : Distichoptilum gracile, Pennatula aculeata et Protoptilum carpenteri. L'identification de tous les spécimens a été confirmée par B. M. Neves (MPO-TNL) avant la soumission. Des spécimens et des tissus d'ADN ont été donnés au Musée canadien de la nature, où ils sont actuellement conservés. Cette publication représente la première partie d'une série de soumissions à GenBank par notre laboratoireLes spécimens ont été collectés dans l’Atlantique nord-ouest et proviennent de profondeurs comprises entre 200 et 1924 mètres. Les spécimens ont été collectés dans le cadre de relevés au chalut multi-espèces menés par des navires de recherche ou de relevés effectués par des véhicules télécommandés (ROV ROPOS). L'ADN a été isolé et purifié à l'aide du kit QIAgen DNeasy Blood and Tissue, avec une incubation initiale d'une nuit avec la protéinase K. Deux régions de code-barres couramment utilisées pour les octocoraux ont été amplifiées à l'aide d'amorces décrites précédemment : 1) COII8068F (McFadden et al., 2004) et COIOCTR (France et Hoover, 2002) pour le gène CO1, et 2) ND42599F (France et Hoover, 2002) et mut3458R (Sánchez et al., 2003) pour le gène MutS. Les amplifications ont été réalisées en utilisant 12.5 µl de Green DreamTaq Master Mix (Thermo Fisher Scientific), 1 µl d'ADN matrice, 0.5 µl de chaque amorce sens et antisens à 10 µM, 0.5 µl d'amorce antisens à 10 µM et 10.5 µl d'eau. Le thermocyclage a été effectué comme suit : 3 minutes de dénaturation initiale à 95 °C, suivis de 40 cycles à 95 °C pendant 30 s, 30 s à une température de hybridation de 48 °C, puis 65 s à une température d'élongation de 72 °C, et un allongement final à 72 °C pendant 4 min. Les produits de PCR ont été purifiés à l'aide de l’Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter) et envoyés au Centre for Applied Genomics, Toronto, Canada pour le séquençage Sanger. Les séquences ont été visualisées et alignées à l’aide de Geneious Prime 2022.0.2. Les séquences obtenues ont été déposées dans GenBank sous les numéros d'accès OQ569768-OQ569784 et OQ420359-OQ420377.Ce projet a été financé par Pêches et Océans Canada dans le cadre d'une subvention pour le renforcement des capacités régionales (2020-2021) et du Programme des objectifs de conservation marine (MCT) (2021-2024), région de Terre-Neuve-et-Labrador.

Un relevé au chalut est mené chaque année dans le sud-ouest de la Nouvelle-Écosse et dans la baie de Fundy pour évaluer les stocks de homards dans la zone. Le relevé est effectué à l’aide du chalut utilisé pour les relevés de l’écosystème du Northeast Fisheries Science Center (NEST), un chalut à petites mailles doté d’une jupette qui garantit la capture de homards de tailles diverses. Les dimensions et l’emplacement du chalut sont contrôlés et enregistrés tout au long du trait grâce à un système électronique de mesure du chalut. La température et la profondeur de l’eau sont également surveillées. La longueur ciblée pour le trait est d’un kilomètre et fait l’objet d’un suivi réalisé à l’aide d’un système de cartographie marine Olex. L’équipage du navire, le personnel scientifique de Pêches et Océans Canada et un observateur en mer sous contrat travaillent ensemble pour effectuer les tâches requises et recueillir toutes les données pertinentes. Les prises capturées lors de chaque trait sont séparées par espèce, pesées et comptées. Des données sur la fréquence des longueurs sont consignées pour certaines espèces de crabes et de poissons de fond, et des données morphométriques détaillées sont recueillies pour chaque homard.PARAMÈTRES COLLECTÉS :Renseignements et profil de l’ensemble de données – date, heure, profondeur et lieu où ont été consignées les donnéesRésumé des captures – poids et nombre d’individus capturés pour chaque espèceFréquence des longueurs – pour un maximum de 100 poissons faisant partie des espèces sélectionnéesDonnées morphologiques sur le homard – données détaillées recueillies pour chaque homardTempérature au fondParamètres du chalutNOTES SUR LE CONTRÔLE DE QUALITÉ :Les données font l’objet d’une vérification visuelle et sont consignées à l’aide d’une perforatrice à clavier double. Lorsque les données sont téléchargées dans Oracle, elles sont soumises à des vérifications automatisées rigoureuses visant à vérifier leur exactitude et leur intégrité.MÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :La longueur ciblée pour le trait est d’un kilomètre et fait l’objet d’un suivi réalisé à l’aide d’un système de cartographie marine Olex. L’équipage du navire, le personnel scientifique de Pêches et Océans Canada et un observateur en mer sous contrat travaillent ensemble pour effectuer les tâches requises et recueillir toutes les données pertinentes. Les prises capturées lors de chaque trait sont séparées par espèce, pesées et comptées. Des données sur la fréquence des longueurs sont consignées pour certaines espèces de crabes et de poissons de fond, et des données morphométriques détaillées sont recueillies pour chaque homard. La température au fond et les paramètres du chalut sont consignés pour chaque trait.LISTE DE RÉFÉRENCE :Denton, Cheryl M.. 2020. Maritimes Region Inshore Lobster Trawl Survey Technical Description. Canadian technical reports of fisheries and aquatic sciences (DFO) 3376.

Ce projet a été mené à bien par le groupe Capacité de production (Section de l’écologie côtière et des eaux douces) de la Direction des sciences des Pêches et des Océans (MPO) de la région de Terre Neuve et-Labrador. Le homard américain (Homarus americanus) est une espèce de crustacés décapodes d’importance commerciale le long de la côte est de l’Amérique du Nord, allant de la côte du Labrador au sud jusqu’au cap Hatteras. Le recrutement de homards juvéniles < 40 mm LC (longueur de carapace) a été étudié de façon approfondie dans les parties sud de leur aire de répartition. Toutefois, les enquêtes sur l’association de l’habitat de colonisation et le recrutement de langoustes juvéniles dans les extrêmes nord le long de la côte de Terre-Neuve ont été en grande partie infructueuses. Nous avons étudié la densité, l’habitat et la profondeur des homards juvéniles dans trois régions de Terre-Neuve, en utilisant la zone de la scuba – Port Saunders, 8 plongées menées du 28 septembre au 2 octobre 2017 et 10 plongées dans la péninsule de Burin (7, baie Placentia, 3, baie Fortune) menées du 30 septembre au 4 octobre 2018 sur une superficie totale de 9 138 m2 à moins de 200 mètres du rivage. Port Saunders et Fortune Bay avaient une densité de homard relativement plus élevée (0,09 et 0,40 m-2, respectivement); >65 % étaient des juvéniles, contrairement à Placentia Bay où la densité de homard de tous les groupes de taille était faible (moyenne 0,01 m-2) et aucun homard juvénile n’a été observé. Dans les cas observés, tous les homards juvéniles étaient significativement associés à un habitat peu profond (<6 m) et ne présentaient aucun chevauchement avec la distribution des adultes (>82,5 mm LC) que nous avons observée à des profondeurs de 6 à 17 m. Nos sites étaient dominés par divers mélanges de galets et de galets (77 %); substrats rocheux/rocheux (12 %) et boue/sable/petits galets (11 %) entrecoupés de varech (32 %) et de végétation d’herbe blanche (11 %). Nous n’avons observé aucune association significative avec le substrat ou la végétation. Ce document contient les emplacements géographiques des 7 sites de la baie Placentia étudiés, ainsi que des renseignements sur le moment et le type de données recueillies à chaque site, qui était l’un des éléments appuyés par le Programme de référence environnementale côtière d’un projet de collaboration plus vaste.

Emplacement et coordonnées des Dépôts de récupération des têtes de salmonidés du Pacifique provenant de la pêche récréative.La communauté des pêcheurs sportifs a un rôle important à jouer dans la récupération des micromarques magnétisées codées qui ont été posées sur le saumon coho et le saumon quinnat. Une micromarque magnétisée codée est une pièce de câble d'un millimètre sur laquelle a été gravé un numéro unique à l'aide d'un laser. La micromarque est insérée dans le cartilage du nez des jeunes saumons avant qu’ils n’entament leur migration vers l’océan. Le Canada et les États-Unis marquent plus de 50 millions de jeunes saumons tous les ans. Le MPO applique ainsi environ 5,5 millions de micromarques, soit près de 5,5 kilomètres de câble. Les pêcheurs à la ligne peuvent reconnaître la présence d'une micromarque magnétisée codée à l'absence de nageoire adipeuse (située sur la surface dorsale du saumon). Si vous avez pêché un saumon coho ou quinnat comportant une nageoire adipeuse coupée, il suffit de retirer la tête du poisson, de remplir une étiquette de pêche récréative, puis de soumettre la tête à l'un des Dépôts de récupération des têtes de salmonidés pris dans des pêches récréatives dans la zone. Il est aussi important de déposer les têtes provenant des zones estuariennes ou dulcicoles que de ramener celles provenant des zones maritimes. Même si les pêcheurs qui pêchent près des écloseries savent de manière relativement sûre d’où proviennent leurs prises, aucun renseignement ne sera enregistré s’ils ne déposent pas les têtes provenant des poissons sans nageoire adipeuse. Sans ces données, l’état des stocks et la valeur de la ressource risquent d’être sous-évalués.