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Zones de densité moyenne à élevée d'algues dans la Baie des Chaleurs, l'estuaire et le golfe du St-Laurent
Production d’une couche regroupant l’information connue des zones de densité moyenne à élevée d'algues dans la Baie des Chaleurs, l'estuaire et le golfe du Saint-Laurent selon une revue de littérature de documents réalisés entre 1995 et 1999.Information additionnelleLes zones de densité d'algues ont été produites à partir d'une revue de littérature des documents suivants:Mariculture de Percé inc. 1995. Essai d'augmentation de la biomasse du homard "Récifs artificiels", Rapport no 95, Programme d'essai et d'expérimentation halieutiques et aquicoles.Lemieux, C. 1995. Acquisition de connaissances des habitats côtiers dans la région de Rimouski (1995). Rapport du Groupe-Conseil GENIVAR présenté au Ministère des Pêches et des Océans du Canada, Division de la Gestion de l’Habitat du Poisson, 52 pages + 2 annexes.Belzile, L., Lalumière, R., Cloutier, O. et J.F. Martel. 1997. Inventaire des laminaires dans la Baie des Chaleurs entre Miguasha et Bonaventure. Rapport conjoint Groupe-conseil Génivar inc. et Regroupement des pêcheurs professionnels du sud de la Gaspésie pour le compte de Pêches et Océans Canada, Québec. 13 pagesVaillancourt, M.-A. et C. Lafontaine. 1999. Caractérisation de la Baie Mitis. Jardins de Métis et Pêches et Océans Canada. Grand-Métis. 185 p.Calderón, I. 1996. Caractérisation de la végétation et de la faune ichtyenne de la baie de Sept-Îles. Document réalisé par la Corporation de protection de l'environnement de Sept-Îles pour Pêches et Océans Canada. 26p. + 5 annexes.Calderón, I. 1996. Caractérisation des habitats du poisson de la baie de Sept-Îles - Phase II. Corporation de protection de l'environnement de Sept-Îles. 37 pages.
Biodiversité de l'épifaune benthique du relevé au chalut du programme CBS-MEA (2021-2024)
Ce jeu de données documente les occurrences d'épifaune collectées de 2021 à 2024 lors de l'évaluation environnementale marine de la mer de Beaufort canadienne (CBS-MEA) menée par Pêches et Océans Canada (MPO). Le programme CBS-MEA se concentre sur l'intégration de l'océanographie, des liens dans le réseau alimentaire, des couplages physico-biologiques et des variabilités spatiales et interannuelles. Le programme vise également à élargir la couverture de référence de la diversité des espèces, des abondances et des associations avec les habitats dans des zones de la mer de Beaufort et de l'archipel canadien de l'Ouest précédemment non étudiées. L'étude a eu lieu principalement dans la mer de Beaufort et dans le golfe d'Amundsen. L'échantillonnage est effectué le long de transects à des stations fixes dans la zone d'étude. Les prises sont collectées avec un chalut à perche benthique de 3 m pendant 10 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 2 noeuds et avec un chalut à panneaux Atlantic Western IIA modifié pendant 20 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 2,9 noeuds. Un total de 32 stations ont été échantillonnées pour l'épifaune en 2021, 22 en 2022, 23 en 2023 et 22 en 2024, à des profondeurs entre 22 et 655 m. Les invertébrés épibenthiques sont identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible et photographiés. Tous les spécimens inconnus sont congelés. En laboratoire, les identifications sont validées ou précisées avec les photos et les spécimens congelés.Les données sont présentées en format Darwin Core et sont séparées en deux fichiers : Le fichier "Activité_épifaune_CBSMEA_epifauna_event_fr" qui contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d'activité hiérarchique.Le fichier "Occurrence_épifaune_CBSMEA_epifauna_fr" qui contient les occurrences taxonomiques.
Biodiversité de l'épifaune benthique du relevé au chalut du programme KEBABB (2021)
Cette ressource documente un jeu de données sur les occurrences d’épifaune collectées en 2021 dans le cadre du programme KEBABB (Knowledge and Ecosystem-Based Approach in Baffin Bay) développé par Pêches et Océans Canada (MPO) en collaboration avec des partenaires universitaires. L’objectif général du programme KEBABB est de caractériser la variabilité et les tendances des conditions océanographiques physiques, chimiques et biologiques et des réseaux trophiques soutenant les pêches dans les écosystèmes de l’ouest de la baie de Baffin et du détroit de Lancaster. En 2021, le MPO a étendu le programme KEBABB au détroit de Barrow (KEBABS-Knowledge and Ecosystem-Based Approach in Barrow Strait), une zone productive clé de l’aire marine nationale de conservation de Tallurutiup Imanga. L’étude a eu lieu dans l’Arctique canadien de l’Est (principalement dans la baie de Baffin, détroit de Davis et détroit de Barrow). L’échantillonnage est effectué le long de transects à des stations fixes dans la zone d’étude. Les prises sont collectées avec un chalut Agassiz de 3 m (filet à mailles internes de 5 mm) pendant 3 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 1.5 nœuds et avec un chalut à perche benthique de 3 m (filet à mailles internes de 6.4 mm) pendant 15 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 3 nœuds. Un total de 16 stations ont été échantillonnées pour l’épifaune en 2021 entre 85 et 850 m. Les invertébrés épibenthiques sont identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible et photographiés. Tous les spécimens inconnus sont congelés. En laboratoire, les identifications sont validées ou précisées avec les photos et les spécimens congelés.Les données sont présentées en format Darwin Core et sont séparées en deux fichiers :Le fichier “Activité_épifaune_KEBABB_epifauna_event_fr” qui contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d’activité hiérarchique.Le fichier “Occurrence_épifaune_KEBABB_epifauna_fr” qui contient les occurrences taxonomiques.De plus amples détails sur l’échantillonnage se trouvent dans le rapport suivant : Pućko, M., Charette, J., Tremblay P., Brulotte S., St-Denis B., Ciastek S., Hedges, K., Kuzyk, Z., Roy V., and Michel, C. 2022. An ecosystem-based approach in the eastern Arctic: KEBABB/S (Knowledge and Ecosystem-Based Approach in Baffin Bay/Barrow Strait) 2021 expedition report. Can. Manuscr. Rep. Fish. Aquat. Sci. 3250: viii + 58 p. https://publications.gc.ca/collections/collection_2022/mpo-dfo/Fs97-4-3250-eng.pdfLIMITATION DE L’UTILISATION :Pour assurer l’intégrité scientifique et l’utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.
Zones d'importance écologique et biologique dans l'estuaire et le golfe du St-Laurent
Identification des zones d’importance écologique et biologique (ZIEB) pour l’estuaire et le golfe du St-Laurent selon six groupes de la chaîne alimentaire : la production primaire (Lavoie et al, 2007), la production secondaire (Plourde et McQuinn, 2010), le méroplancton (Ouellet, 2007), les invertébrés benthiques (Chabot et al, 2007), les poissons démersaux (Castonguay et Valois, 2007) et les poissons pélagiques (McQuinn et al, 2012). L’aire de distribution de chacun des groupes a été évaluée selon cinq critères afin d’établir les ZIEB (DFO, 2004) :1. L’unicité : Classement décroissant depuis les zones aux caractéristiques uniques, rares et distinctes et pour lesquelles aucune solution de rechange n’existe jusqu’aux zones aux caractéristiques répandues dans nombre d’autres endroits présentant des caractéristiques importantes semblables2. Concentration : Classement décroissant depuis les zones où la plupart des individus d’une espèce se regroupent jusqu’aux zones où les individus d’une espèce sont dispersés.3. Conséquence sur la valeur adaptive : Classement décroissant depuis les zones où les activités du cycle biologique entreprises contribuent de façon importante à la valeur adaptative de la population ou des espèces présentes jusqu’aux zones où les activités du cycle biologique entreprises contribuent faiblement à la valeur adaptative. 4. Résilience : Classement décroissant depuis les zones où les structures d’habitat ou les espèces sont extrêmement vulnérables, faciles à perturber et lentes à récupérer jusqu’aux zones où les structures de l’habitat ou les espèces sont robustes, résistantes aux perturbations ou capables de revenir rapidement à leur état initial. 5. Caractère naturel (sensibilité aux perturbations) : Classement décroissant depuis les zones vierges et caractérisées par des espèces indigènes jusqu’aux zones fortement perturbées par des activités anthropiques ou par une forte abondance d’espèces introduites ou cultivées.Castonguay, M. and Valois, S. 2007. Zones d’importance écologique et biologique pour les poissons démersaux dans le nord du Golfe du Saint-Laurent. DFO Can. Sci. Advis. Sec. Res. Doc. 2007/014. iii + 34 p.Chabot, D., Rondeau A., Sainte-Marie B., Savard L., Surette T. et Archambault P. 2007. Distribution des invertébrés benthiques dans l’estuaire et le golfe du Saint-Laurent. DFO Can. Sci. Advis. Sec. Res. Doc. 2007/018. iii + 118 p.DFO, 2004. Identification des zones d’importance écologique et biologique. DFO Can. Sci. Advis. Sec. Ecosystem Status Rep. 2004/006.Lavoie, D., Starr, M., Zakardjian, B. and Larouche, P. 2007. Identification of ecologically and biologically significant areas (EBSA) in the Estuary and Gulf of St. Lawrence: Primary production. DFO Can. Sci. Advis. Sec. Res. Doc. 2007/079. iii + 29 p.McQuinn, I.H., Bourassa, M-N., Tournois, C., Grégoire, F., and Baril, D. 2012. Ecologically andbiologically significant areas in the Estuary and Gulf of St. Lawrence: small pelagic fishes.DFO Can. Sci. Advis. Sec. Res. Doc. 2012/087. iii + 76 p.Ouellet P. 2007. Contribution à l’identification de zones d’importance écologique et biologique (ZIEB) pour l’estuaire et le golfe du Saint-Laurent : La couche des oeufs et des larves de poissons et de crustacés décapodes. DFO Can. Sci. Advis. Sec. Res. Doc. 2007/011. iii + 76 p. (Mise à jour novembre 2010)Plourde, S. et McQuinn, I.A. 2010. Zones d’importance écologique et biologique dans le golfe du Saint-Laurent : zooplancton et production secondaire. DFO Can. Sci. Advis. Sec. Res. Doc. 2009/104. iv + 27 p.
Biodiversité de l'endofaune benthique du relevé au carottier à boîte du programme CBS-MEA (2021-2024)
Ce jeu de données documente les occurrences d'endofaune collectées de 2021 à 2024 lors de l'évaluation environnementale marine de la mer de Beaufort canadienne (CBS-MEA) menée par Pêches et Océans Canada (MPO). Le programme CBS-MEA se concentre sur l'intégration de l'océanographie, des liens dans le réseau alimentaire, des couplages physico-biologiques et des variabilités spatiales et interannuelles. Le programme vise également à élargir la couverture de référence de la diversité des espèces, des abondances et des associations avec les habitats dans des zones de la mer de Beaufort et de l'archipel canadien de l'Ouest précédemment non étudiées. L'étude a eu lieu principalement dans la mer de Beaufort et dans le golfe d'Amundsen. L'échantillonnage est effectué le long de transects à des stations fixes dans la zone d'étude. Les prises sont collectées à l'aide d'un carottier à boîte de 50 x 50 cm. Deux ou trois carottes sont collectées par station pour obtenir des réplicats. Un total de 29 stations ont été échantillonnées pour l'endofaune en 2021, 14 en 2022, 21 en 2023 et 24 en 2024 à des profondeurs entre 21 et 653 m. La moitié du carottier (0.125 m2) est échantillonnée pour la taxonomie de l’endofaune. Les premiers 20 cm de sédiment sont collectés et tamisés à travers un tamis de 0.5 mm. Les échantillons sont conservés dans une solution d'eau de mer-formaldéhyde (10 % v/v). En laboratoire, l'endofaune est identifiée au niveau taxonomique le plus bas possible.Les données sont présentés en deux fichiers :Le fichier "endofaune_evenement_infauna_event_fr" qui contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d'activité hiérarchique.Le fichier "endofaune_occurrence_infauna_fr" qui contient les occurrences taxonomiques.
Aires de concentration de krill dans l'estuaire et le golfe du St-Laurent
Le krill est un nom générique pour décrire des crustacés de l'ordre des Euphausiacés où l'on retrouve en grande majorité les espèces Thysanoessa raschii et Meganyctiphanes norvegica dans l'est du Canada. Le krill est une ressource alimentaire importante pour de nombreux mammifères marins dont la baleine bleue. Les cartes présentent les endroits où il y a une forte concentration de krill par mois de avril à novembre. Chaque point représente un nombre d'années de forte probabilité d'agrégation (6 à 10 ans). Les données ont été produites à partir d'un modèle mathématique développé dans Plourde et al. 2016. Le modèle a permis de calculer la probabilité de rencontrer une forte agrégation de krill sur une période de 10 années. Les fortes agrégations de krill sont définies par le 95e percentile de la biomasse prédite dans des cellules de 10 x 10 km couvrant l'estuaire et le golfe du Saint-Laurent. Information additionnelle:Plourde, S., Lehoux, C., McQuinn, I.H., and Lesage, V. (2016). Describing krill distribution in the western North Atlantic using statistical habitat models. DFO Can. Sci. Advis. Sec. Res. Doc. 2016/111. v + 34 p.McQuinn, I.H., Gosselin, J.-F., Bourassa, M.-N., Mosnier, A., St-Pierre, J.-F., Plourde, S., Lesage, V., Raymond, A. 2016. Association spatiale des baleines bleues (Balaenoptera musculus) avec des taches de krill (Thysanoessa spp. et Meganyctiphanes norvegica) dans l'estuaire et le nord-ouest du golfe du Saint-Laurent. Secr. can. de consult. sci. du MPO. Doc. de rech. 2016/104. iv + 19 p. Les données sont incomplètes en amont de Pointe-des-Monts à cause du manque de couverture spatiale des anomalies de hauteur d’eau (variable servant à prédire les agrégations de krill). Un moins grand nombre d'années de forte agrégation de krill est donc représenté, mais cela ne doit pas être interprété comme une zone moins favorable à ce qui se trouve juste à l’est de Pointe-des-Monts.
Biodiversité côtière de l’épifaune benthique de l'estuaire du Saint-Laurent (2018-2019)
La rive nord de l’estuaire maritime (Haute-Côte-Nord, Québec) est un système côtier productif où de nombreuses espèces commerciales d’invertébrés benthiques sont pêchées dans la zone infralittorale (10-20 m) et circalittorale (20-50 m). Cependant, peu de données existent sur la biodiversité des espèces non commerciales et les caractéristiques environnementales de l’habitat benthique de ce milieu. Deux relevés scientifiques ont donc été réalisés en 2018 et 2019 afin de combler ce manque de connaissances en développant un cadre de prises de données de biodiversité et environnementales (colonne d’eau et fond marin) qui serviront à déterminer l’état de référence de l’écosystème benthique de cette région.Les relevés ont été réalisés en 2018 (11-14 août) et en 2019 (30 juillet-5 août) dans la région de la Haute-Côte-Nord (entre Forestville et Godbout). Les relevés suivaient un plan d’échantillonnage fixe de huit transects perpendiculaires à la bathymétrie avec des stations à intervalle de 10 m de profondeur dans une bathymétrie de 10 à 50 m pour un total d’environ 40 stations par relevé. Les spécimens ont été récoltés à l’aide d’un chalut à bâton (ou chalut à perche) d’une ouverture de 2.8 m. Les traits ont été réalisés à une vitesse visée de 2 nœuds et d’une durée visée de 7 minutes. Les positions début et fin ont été notées pour calculer la distance parcourue à chaque trait à l'aide de la bibliothèque geosphere de R. La distance moyenne des traits était d’environ 425 m. La superficie couverte à chaque trait était le produit de l’ouverture du chalut et de la distance parcourue. Les trois fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont reliés par la clé « IDactivité ». Le fichier «information_activité» comprend les informations génériques de l'activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «information_supplémentaire_activité_et_occurrence» comprend notamment la taille de l'échantillon, le protocole et l’effort d’échantillonnage. Le fichier «occurrence_taxon» comprend la taxonomie des espèces observées, identifiées à l’espèce ou au niveau taxonomique le plus bas possible. Pour obtenir l’évaluation de l’abondance et de la biomasse, communiquez avec Virginie Roy (virginie.roy@dfo-mpo.gc.ca).Pour les contrôles de qualité, tous les noms taxonomiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ « IDnomScientifique » du fichier d'occurrence. Les cas spéciaux ont été notés dans « commentairesIdentification » et certains spécimens sélectionnés ont été confirmés à l'aide de photos de terrain. Les contrôles de la qualité des données ont été effectués à l'aide des bibliothèques R obistools et worrms. Tous les emplacements d'échantillonnage ont été validés spatialement.Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.
Développement d’une approche de caractérisation des espèces côtières à l’aide d’ADN environnemental (ADNe) en utilisant le marqueur MiFish (12S)
La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a
Relevé annuel multidisciplinaire d'évaluation des poissons de fond et des crevettes dans l'estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent (NGCC Teleost 2004 - 2022)
Pêches et Océans Canada (MPO) réalise annuellement un relevé scientifique multidisciplinaire avec un chalut de fond dans l’estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent pendant l’été depuis 1984. Au fil des années ce relevé a été effectué à bord de quatre navires: le NM Lady Hammond (1984-1990), le NGCC Alfred Needler (1990-2005), le NGCC Teleost (2004-2022) et le NGCC Cabot (2022-présent). Il est important de noter que les objectifs, les méthodes employées et l'identification des espèces lors de ces relevés se sont améliorés au fil du temps en fonction des demandes et des mandats du MPO. Les données ne sont donc pas directement comparables entre ces relevés. Des analyses comparatives ont cependant été réalisées entre les navires, et des facteurs de conversion sont disponibles sur demande pour un certain nombre d'espèces. Les spécificités des missions réalisées à bord du NGCC Teleost sont décrites ci-dessous.Objectifs:1. Évaluer l'abondance et la condition des populations de poissons de fond et de la crevettenordique2. Évaluer les conditions environnementales3. Réaliser un inventaire de la biodiversité de la mégafaune benthique et démersale4. Évaluer l’abondance du phytoplancton et du mésozooplancton5. Monitorer l'écosystème pélagique6. Inventorier les mammifères marins7. Inventorier les oiseaux marins8. Récolter des échantillons pour divers projets de rechercheDescription du relevéLe relevé couvre l'estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent, soit les divisions 4R, 4S et la partie septentrionale de la division 4T de l’Organisation des Pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO). Depuis 2008, la couverture de la division 4T a été accrue dans la partie amont de l’estuaire maritime afin d’échantillonner les profondeurs comprises entre 37 et 183 m. Ce relevé suit un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié et la superficie de la zone d’étude est de 118 587 km². L’engin de pêche utilisé sur le NGCC Teleost est un chalut à crevettes (4 faces) Campelen 1800 muni d’un faux-bourrelet (« bicycle ») de type Rockhopper. La rallonge et le cul du chalut sont munis d’une doublure de nylon sans nœud dont l’ouverture de maille est de 12,7 mm. La durée de chalutage pour un trait standard de pêche est de 15 minutes, calculée à partir du contact du chalut avec le fond. La vitesse de chalutage est fixée à 3 nœuds.DonnéesÀ chacun des traits de pêche, la capture est triée et pesée par taxon et les individus sont dénombrés puis des données biologiques sont récoltées sur un sous-échantillon. Pour les poissons, les crabes et les encornets, la taille et le poids sont colligés par individu. De plus, pour certaines espèces, le sexe, la maturité des gonades et les poids de certains organes (estomac, foie, gonades) sont aussi évalués. Les rayons mous de la nageoire anale sont dénombrés pour les sébastes et des otolithes sont récoltés chez plusieurs espèces dont la morue, le flétan atlantique, le flétan du Groenland et la plie grise. Un échantillon d’environ 2 kg de crevettes est trié et pesé par espèce et par stade de maturité pour la crevette nordique. Les crevettes sont mesurées individuellement. Les autres invertébrés sont pesés et dénombrés par taxon (pas de mesure individuelle) et photographiés.Les données biologiques sont divisées en 4 fichiers : Un fichier « Métadonnées » contenant les informations des traits, un fichier « Captures » contenant les prises par trait pour les taxons de poisson, un fichier « Carbio » contenant les caractéristiques biologiques et morphométriques par individus et un fichier « crevettes » regroupant les informations relatives au captures de crevette. Il est important de noter qu'il s'agit des données brutes. Seuls les traits considéré réussis sont conservés. Dans chacun des traits toutes les espèces sont conservées sauf quelques exceptions. Veuillez contacter l'équipe de la gestion de données pour de plus amples informations (gddaiss-dmsaisb@dfo-mpo.gc.ca).
Diversité taxonomique et génétique de décapodes du Pacifique Nord-Est, de l'Arctique canadien et de l'Atlantique Nord-Ouest
Un projet exploratoire sur la diversité taxonomique et génétique de décapodes échantillonnés en 2022 dans trois sous-régions océaniques (Pacifique Nord-Est, Arctique canadien et Atlantique Nord-Ouest) a été réalisé par le groupe de travail sur l'Arctique au sein de la collaboration canado-américaine sur les pêches et le climat entre Pêches et Océans Canada (MPO) et le National Marine Fisheries Service (NMFS) de la National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA). Ce cadre de collaboration vise à mettre en commun les données canadiennes et américaines afin d'étudier les effets du changement climatique à grande échelle sur la biodiversité marine. Au début de l'été 2022, un protocole d'échantillonnage illustrant une sélection des décapodes ciblés a été fourni aux collaborateurs du MPO et de la NOAA. Les genres ciblés ont été collectés dans le cadre de 10 programmes de recherche au total, dans trois sous-régions océaniques et quatre régions marines. Les échantillons du Pacifique Nord-Est ont été collectés dans la mer de Béring au cours de l'étude de l'écosystème de la mer de Béring septentrionale et du chalutage de surface, et de l'étude du chalutage de fond du plateau continental de la mer de Béring orientale et septentrionale sur les poissons de fond et la faune invertébrée, à bord du F/V Northwest Explorer, du F/V Alaska Knight et du F/V Vesteraalen. Dans l'ouest de l'Arctique canadien (principalement dans la mer de Beaufort et le golfe d'Amundsen), les spécimens ont été collectés au cours de l'étude du MPO sur l'évaluation de l'écosystème marin de la mer de Beaufort (CBS-MEA) à bord du F/V Frosti. Dans l'est de l'Arctique canadien (principalement dans la baie de Baffin et le détroit de Davis), les spécimens ont été recueillis lors du relevé de l'approche fondée sur les connaissances et les écosystèmes dans la baie de Baffin (KEBABB) du MPO à bord du NGCC Amundsen et du relevé de la sous-zone 0B de l'Organisation des pêches de l'Atlantique Nord (OPANO) à bord du R/V Tarajoq. Dans l'estuaire et le golfe du Saint-Laurent (EGSL), des spécimens ont été recueillis lors de relevés côtiers (relevés sur le buccin, le concombre de mer, le crabe des neiges et les pétoncles) à bord du NGCC Leim et au large lors du relevé écosystémique à bord du NGCC Teleost. Les décapodes ont été collectés à partir de divers engins d'échantillonnage (chalut à perche benthique, chalut à panneaux modifié Atlantic Western IIA, chalut Bacalao, chalut à crevettes, drague à pétoncles de type Digby ou drague à concombres de mer modifiée) et identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible et photographiés, dans la mesure du possible. Tous les spécimens ont été congelés en mer (n = 995). Au laboratoire, les identifications ont été validées ou affinées à l'aide des photos et des spécimens congelés. L'ADN de 87 spécimens a été extrait et une section du gène COI a été amplifiée afin d'être séquencée à l'aide de la méthode Sanger. Les séquences ont été comparées aux données existantes à l'aide de l'outil BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) dans la base de données des nucléotides du National Center for Bio-technology Information (NCBI-nt, y compris la base de données GenBank) afin de comparer les noms scientifiques, le cas échéant.L'ensemble de données actuel comprend 391 occurrences d'espèces de décapodes. L'ADN a été extrait d'un sous-groupe de 87 spécimens (gène COI). Les séquences sont accessibles publiquement sur la plateforme BOLD sous le code de projet DDAO (voir le document de soutien « citations_references.csv » pour plus d'informations).Les données sont présentées en format Darwin Core et sont séparées en trois fichiers :Le fichier " Activité_décapodes_DDAO_decapods_event_fr" contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d'activité hiérarchique.Le fichier " Occurrence_décapodes_DDAO_decapods_fr" contient les occurrences taxonomiques.Le fichier "ADN_décapodes_DDAO_decapods_DNA_fr" contient les données ADN associées.Pour de plus amples détails, veuillez vous référer au rapport technique disponible dans le document de soutien intitulé « citations_references.csv ». LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.
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