Un objectif du Programme des références environnementales côtières (PREC) du gouvernement du Canada est d'amalgamer les données environnementales historiques des zones à fort trafic maritime. Un vaste programme d'échantillonnage biologique du MPO a été mené de 1980 à 1981 sur les bancs Sturgeon et Roberts situés à l'embouchure extérieure du fleuve Fraser, en1. Dataset Colombie-Britannique, Canada. Ce rapport regroupe et simplifie trois ensembles de données : la qualité de l'eau et les prises de poissons près du rivage précédemment publiées dans le rapport de données du MPO 340 (Conlin et al., 1982), ainsi que des données de longueur-poids (L-P) non publiées pour deux sites sur le banc Sturgeon (Iona et Steveston) et près des terminaux Westshore (Port du charbon) sur le banc Roberts. Les données L-P ont été reconstruites à partir de tirages informatiques archivés à l'aide de méthodes de reconnaissance optique de caractères. Les analyses des données de qualité de l'eau indiquent que les deux bancs offraient des habitats différents pour les poissons, le banc Sturgeon étant davantage influencé par les eaux douces. Bien que la qualité de l'eau de la région d'Iona ait été exposée aux rejets d'eaux usées d'une station d'épuration des eaux usées voisine, il semble que les communautés de poissons ne différaient pas de celles de l'autre zone du banc Sturgeon (Steveston). Les communautés de poissons étaient différentes entre les deux bancs, le banc Roberts présentant une abondance et une diversité globalement plus grandes. De façon intéressante, des sept espèces de poissons utilisées pour les analyses des facteurs de condition, cinq présentaient des facteurs de condition relatifs plus faibles dans la zone d'échantillonnage du banc Roberts.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

Ce projet a été mené à bien par la Section du poisson de fond de la Direction des sciences des Pêches et des Océans (MPO) de la région de Terre-Neuve-et-Labrador. De 2018 à 2020, 14 récepteurs acoustiques ont été déployés toute l’année dans la baie Placentia dans le cadre du Programme sur les données environnementales côtières de référence pour former 4 portes : Bar Haven (2 récepteurs), Centre Channel (1 récepteur), Eastern Channel (6 récepteurs) et Western Channel (5 récepteurs). De plus, 162 émetteurs ont été fixés sur des morues de l’Atlantique dans la région 3Ps (2019-2022). Au cours de la période de déploiement, ces récepteurs ont enregistré un total de 2 094 024 détections provenant de 63 émetteurs uniques, dont 45 morues marquées dans le cadre du programme de télémétrie acoustique de poisson-fond. La plupart des morues détectées ont été marquées dans la baie Placentia (43 poissons) et bon nombre de morues ont été détectées par plusieurs récepteurs ou cours de nombreuses années (37 poissons). La collecte passive de données pour ce projet peut s’étendre jusqu’en 2030. Ce document contient les emplacements des récepteurs acoustiques à Placentia Bay, T.-N.-L.

Données sur les activités de pêche (année, date, heure, lieu, captures et effort) et données biologiques connexes provenant du relevé normalisé sur bras de mer s’inscrivant dans le relevé annuel d’évaluation et de recherche sur la morue charbonnière effectué sur la côte de la Colombie-BritanniqueIntroductionPêches et Océans Canada et la Canadian Sablefish Association collaborent afin de réaliser un relevé de recherche annuel indépendant de la pêche dans le cadre d’un accord conjoint. Pour se faire, on utilise des casiers afin d’obtenir des données sur les taux de capture, des échantillons biologiques, des mesures océanographiques et des données sur la remise à l’eau d'individus étiquetés et leur recapture.Des résumés de données sont fournis ici pour les calées standardisées qui sont menées à des stations fixes dans les bras de mer du continent. La conception du relevé de la morue charbonnière a évolué au fil du temps en incorporant et en abandonnant des éléments, y compris des études expérimentales individuelles (non disponibles sur OpenData). Ce relevé normalisé sur bras de mer est distinct des deux relevés suivants par sa méthodologie:(1) Relevé aléatoire stratifiée en zone extracôtière (2003 – aujourd'hui ; disponible sur OpenData en utilisant le lien ci-dessous),(2) Relevé normalisé au casier – données sur la remise à l’eau d'individus étiquetés et leur recapture en zone extracôtière (de 1990 à 2010, pas encore disponible sur OpenData).Pour le relevé normalisé sur bras de mer, les calées sont attribués à cinq polygones spécifiques dans chacune des quatre zones de bras de mer suivantes : Portland Inlet, Gil Island, Finlayson Channel et Dean/Burke Channel. Les quatre bras de mer ont fait l'objet de relevés réguliers entre 2003 et 2019. Aucun bras de mer n'a été étudié en 2020, et cheque bras de mer a été étudié chaque année depuis 2021. Les procédures du relevé sont normalisées et documentées dans les rapports techniques du ministère canadien de la pêche et des sciences aquatiques.Les tableaux fournis présentent les données du relevé normalisé sur bras de mer sur (i) l’effort, (ii) les captures, (iii) les renseignements biologiques.Données sur l'effort recueillie dans le bras de mer Ce tableau contient des renseignements sur les sorties et les activités de pêche (calées) réalisées dans le cadre du relevé annuel. Les renseignements concernant la sortie comprennent l’année du relevé, un numéro d’identification unique associé à la sortie, le navire à partir duquel le relevé a été réalisé et les dates de début et de fin de la sortie (c’est-à-dire les dates auxquelles le navire n’était pas amarré au quai et était utilisé pour le relevé). Les renseignements concernant la calée comprennent la date, l’heure, l’emplacement et la profondeur de la pêche, la strate de superficie et de profondeur du relevé pour cette calée, la raison justifiant la calée, le temps d’immersion, le nombre de casiers installés et le nombre de casiers avec captures.Tous les événements de pêche réussis sont inclus, les calées réussies étant celles qui répondent aux spécifications de conception de l'enquête.Données sur le capture recueillie dans le bras de merCe tableau contient des renseignements sur les captures issues d’activités de pêche fructueuses. Les captures sont identifiées en fonction de l’espèce ou du niveau taxonomique le plus bas possible. Elles sont consignées selon le poids des poissons pêchés ou leur nombre. Le numéro d’identification unique lié à la sortie et le numéro lié à la calée sont indiqués afin que les captures puissent être associées aux renseignements de l’activité de pêche en question (ce qui comprend l’emplacement de la pêche).Données biologiques recueillies dans le bras de merCe tableau contient les données biologiques des captures échantillonnées. Ces données peuvent comprendre une partie ou l’ensemble des renseignements suivants : la longueur, le poids, le sexe, la maturité et l’âge du poisson. La plupart des captures échantillonnées sont des morues charbonnières. Cependant, certaines années, les captures comprenaient des sébastes, des poissons plats et d’autres espèces de poissons ronds. Des structures servant à la détermination de l’âge sont prélevées et archivées jusqu’à ce qu’elles soient nécessaires à des fins d’analyse; des structures sont donc en attente d'analyse. Des échantillons de tissus (généralement une entaille de nageoire) peuvent être prélevés en vue d’une analyse génétique (ADN) pour identifier l'espèce avec précision. Des échantillons tissus peuvent être archivés jusqu’à ce qu’ils soient nécessaires à des fins d’analyse. Pour obtenir plus de renseignements à ce sujet, veuillez consulter les personnes-ressources. Le numéro d’identification unique lié à la sortie et le numéro lié à la calée sont indiqués afin que les échantillons puissent être associés à l’activité de pêche et aux renseignements sur les captures.

Données biologiques de base pour tous les poissons pris au cours de l’expédition de 2012 du BSMFP. Comprend l’identification, le poids, la longueur (totale, à la fourche et standard), le poids du foie, le poids des gonades, le sexe et le niveau de maturité.

Esturgeon noir. Sites d'importance: reproduction, alimentation et aires de concentration des juvéniles et des adultes. Données extraites du Système d'information pour la gestion de l'habitat du poisson (SIGHAP) selon une revue de littérature de documents réalisés entre 1978 et 2002.

Le ministère des Pêches a réalisé un relevé sur la morue juvénile démersale (*Gadus morhua*) dans les eaux littorales (< 10 m de profondeur) en 1959. Ce relevé visait à caractériser la répartition et l’abondance de la morue juvénile et était fondé sur le programme d’échantillonnage Flodevigen de la Norvège, qui est mené de façon continue depuis 1919. Une senne de 25 m a été utilisée pour échantillonner les aires de croissance de morue juvénile sur la péninsule d’Avalon et la côte nord-est de l’île de Terre-Neuve en septembre et en octobre. Le relevé s’est poursuivi jusqu’en 1964 et est devenu connu sous le nom de relevé de Fleming, d’après son initiateur, Alistair Fleming. Le relevé a été relancé par l’Université Memorial de Terre-Neuve de 1992 à 1997. Plusieurs traits ont été effectués dans un sous-ensemble des 55 emplacements originaux du relevé de Fleming situés dans la baie St. Mary’s, la baie Trepassey, la baie de la Conception, la baie de la Trinité, la baie de Bonavista, la baie Gander, le havre Fortune, la baie Badger, la baie Halls et la baie Verte, ainsi que sur la côte sud et l’île New World.Cet ensemble de données comprend plusieurs sous-ensembles différents, dont certains couvrent les deux périodes du relevé de Fleming (1959-1964 et 1992-1997) :I. JuvCodCatch60s90s:Prises de morues juvéniles (1959-1964, 1992-1997) à partir des deux premiers traits consécutifs à chaque emplacement. Il s’agit d’un résumé basé sur les ensembles JuvCodLengths90s et FlemingSurveyData60s;II. JuvCodLength90s:Longueur de chacune des morues juvéniles capturées pour chaque emplacement (1992-1997);III. SiteEnvData60s90s:Données de stations pour les données du relevé de Fleming de 1992-1997;IV. FlemingSurveyData60s:Données du relevé de Fleming de 1959-1964 (il convient de noter qu’il existe trois types d’enregistrements portant sur : les données de stations (type 1); les données générales sur les prises d’espèces, notamment la morue juvénile, regroupées par catégorie d’âge – « 1+ », « zéros » et « total » – (type 2); et la morue juvénile (espèce 223) inscrite dans les casiers de longueur (type 3);V. FlemingBycatch60s92to96:Données sur les prises accessoires de 1959-1964 et de 1992-1996 à partir des deux premiers traits à chaque emplacement. Il s’agit d’un résumé fondé en partie sur l’ensemble FlemingSurveyData60s.

Zones de détention de poissons (c'est-à-dire zones de concentration de saumons et de harengs, adultes et juvéniles) sur la côte de la Colombie-Britannique. Les informations relatives aux attributs comprennent l'importance relative globale, les espèces de saumon et d'autres poissons observées à différents moments de l'année ainsi que des informations sur l'activité de frai et les larves. Le CRIMS est un ancien ensemble de données sur les ressources côtières de la Colombie-Britannique qui a été acquis de manière systématique et synoptique à partir de 1979 et qui a été mis à jour par intermittence au fil des ans. L'information sur les ressources a été collectée dans neuf zones d'étude par le biais d'un comité provincial des normes d'information sur les ressources évalué par des pairs, composé d'agents des pêches du MPO, des Premières nations et d'autres experts en la matière. Il n'est actuellement pas prévu de mettre à jour ces anciennes données.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

Un relevé de recherche sur les pétoncles (principalement le pétoncle géant Placopecten magellanicus, mais aussi le pétoncle d’Islande Chlamys islandica) effectué à l'aide d'une drague a été réalisé par le MPO (Pêches et Océans Canada) tous les 1 ou 2 ans depuis 1992 aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20). L'objectif principal de ce relevé de recherche était d'évaluer les stocks de pétoncle géant. Un autre objectif était de documenter les taxons dans la capture associée à l'habitat de pétoncle selon un plan d'échantillonnage aléatoire fixe. Les occurrences de 2021 et 2022 sont présentées ici par espèce (ou taxon) par station. À partir de 2021, les captures étaient pesées et des spécimens photographiés, avec l’information disponible sur demande. La validité taxonomique et géographique des données a été vérifiée et le registre mondial des espèces marines a servi d'autorité taxonomique pour nommer tous les taxons enregistrés lors du relevé. Les invertébrés épibenthiques (principalement des mollusques, échinodermes et crustacés) ainsi que des poissons démersaux ont été identifiés à partir des captures de la drague. Le jeu de données historiques (1992-2019) est diponible à partir du lien suivant : https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/71732ad5-5c70-4dbf-916d-a94e1380c53bL'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs autour de 25 à 35 m. Un tir aléatoire des stations d’échantillonnage est réalisé à partir d’une grille de station fixe. L'échantillonnage est fait le long de transects à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d'étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle Digby doublée (maille de 20 mm) sur approximativement 500 m le long du fond marin. Les quatre paniers de la drague sont examinés pour tous les pétoncles et aussi, débutant en 2022, pour les poissons. Un panier (le premier du côté tribord) est trié et examiné pour les espèces associées. La plupart des spécimens sont comptés par taxon. La présence ou l’abondance relative des organismes trop petits et nombreux, ou coloniaux, est notée. Des cas particuliers sont parfois conservés pour l'analyse taxonomique, par exemple, les ascidies (pour surveiller les espèces envahissantes) et les éponges (pour documenter de nouvelles espèces). La disponibilité de photos et de certains spécimens conservés permet un examen futur. Des changements sont anticipés dans les identifications, notamment pour les Bryozoaires, les Hydrozoaires et les Porifères, qui font actuellement l'objet d'efforts de recherche.

Ce projet a été mené à bien par le Programme sur les données environnementales côtières de référence (Section de l’écologie côtière et des eaux douces) de la Direction des sciences des Pêches et des Océans (MPO) de la région de Terre-Neuve-et-Labrador. La communauté de poissons et d’invertébrés de la côte a été échantillonnée annuellement dans la baie Placentia à 14 sites pendant 5 ans (de 2018 à 2022). L’objectif de ce programme était de recueillir des données sur les communautés et les habitats de poissons juvéniles (en particulier la morue de l’Atlantique) dans la baie Placentia. Les sites et le calendrier (octobre) ont été choisis en fonction de l’échantillonnage historique. Plusieurs types de données ont été recueillis au cours de chacune de ces excursions d’échantillonnage. L’ensemencement de la plage à bord d’un bateau a servi à recueillir des données sur la diversité, l’abondance, la répartition et la taille des poissons et des invertébrés. Des transects visuels ont été utilisés pour déterminer les types et les proportions de végétation et de substrat (habitat) aux sites de pêche à la senne. Les profils CTP (température, conductivité, profondeur et salinité) ont été obtenus à l’aide d’un CTP de dragage. Enfin, des échantillons d’ADN électronique ont été prélevés à chaque site (2018-2021) pour obtenir des renseignements complémentaires sur la présence de poissons juvéniles et d’autres espèces présentes. Ce document contient l’emplacement géographique des 14 sites et des renseignements sur le moment et le type de données recueillies à chaque site.