OBJECTIF :Le but de ce travail était de déterminer (1) comment la génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal de la merluche blanche (Urophycis tenuis), et (2) si la variation de la communauté microbienne fournit des informations complémentaires sur la structure de la population de cette espèce dans l'est du Canada.DESCRIPTION :L’intégration du microbiote associé à l’hôte aux approches génomiques offre un cadre prometteur pour mieux comprendre les multiples dimensions biologiques qui façonnent la structure des populations chez les poissons marins. Une compréhension claire de la structure et de la dynamique des populations biologiques est essentielle pour des décisions éclairées en matière de gestion des pêches et de conservation ; toutefois, bien que les approches génomiques aient considérablement amélioré notre capacité à délimiter les populations biologiques, elles n’offrent qu’une représentation partielle de la structure biologique, car les patrons de différenciation reflètent à la fois la divergence historique et les conditions écologiques contemporaines. Le microbiote associé à l’hôte peut influencer les processus écologiques à l’échelle des populations en apportant une variation fonctionnelle et potentiellement héréditaire qui façonne le phénotype et le fitness de l’hôte.Dans cette étude, nous avons combiné le génotypage par séquençage et le séquençage des amplicons du gène de l’ARNr 16S afin d’examiner comment la structure génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal et d’évaluer si la variation des communautés microbiennes fournit des informations complémentaires sur la structure des populations chez la merluche blanche (Urophycis tenuis) dans l’est du Canada. Les analyses génomiques ont permis d’identifier deux populations présentant un chevauchement spatial plus important que celui rapporté précédemment. La partition de la variation a révélé que la génétique de l’hôte expliquait une fraction négligeable de la variation du microbiote comparativement aux facteurs environnementaux et à la taille des poissons, ce qui suggère une influence des changements ontogénétiques dans l’utilisation de l’habitat et des ressources sur la composition du microbiote intestinal. Plusieurs taxons présentaient une abondance différentielle entre les catégories de taille des poissons, utilisées comme indicateur du régime alimentaire, notamment des taxons ayant un potentiel de dégradation de la chitine, tels que Photobacterium et Lachnospirales, lesquels étaient enrichis chez les individus de plus petite taille, connus pour consommer un régime dominé par les crustacés. Ensemble, ces résultats indiquent que la composition du microbiote intestinal chez la merluche blanche reflète principalement des processus écologiques et d’histoire de vie plutôt que la structure génétique des populations de l’hôte. PARAMÈTRES COLLECTÉS :Des paramètres environnementaux ont également été collectés à la plupart des sites d'échantillonnage, y compris la profondeur, température de l'eau, le niveau d'oxygène et la salinité.DÉTAILS DE L'ÉCHANTILLON PHYSIQUE :Des échantillons de nageoires ont été collectés pour caractériser les génotypes des poissons. Des échantillons d'intestin (rectum) ont été collectés pour étudier le microbiome intestinal des poissons.MÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :En 2022 et 2023, les merluches blanches ont été échantillonnées lors des relevés annuels écosystémiques au chalut de fond du ministère des Pêches et des Océans Canada (MPO).LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

SommaireLa région du Québec du Ministère des Pêches et des Océans (MPO) est responsable de l'évaluation de plusieurs stocks de poissons et d’invertébrés exploités dans l'estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent. Le programme d’échantillonnage des captures commerciales est l’une des sources d’information utilisée pour la réalisation de ces évaluations. Les données récoltées par ce programme, à quai ou en mer, offrent entre autres l’avantage d’une couverture spatio-temporelle relativement importante et permettent d’obtenir une partie des connaissances nécessaires pour déterminer la démographie et la structure des populations exploitées. La mise en œuvre de ce programme est assurée par du personnel spécialisé du MPO dont le principal mandat consiste à prélever des données biologiques sur les espèces de poissons de fond, de poissons pélagiques et d'invertébrés marins exploités commercialement dans les diverses communautés maritimes.DonnéesCe jeu de données sur la merluche blanche (Urophycis tenuis) inclut les métadonnées, le poids d'échantillon, la longueur du poisson, le sexe et le nombre de spécimens mesurés. Le jeu de données couvre les périodes de 1989-1990 et 1992-1993. Afin de protéger la confidentialité des sources, certaines informations (comme celles concernant le navire) ont été exclues et d'autres (comme la date de capture) ont été simplifiées. Les données où il n'y avait qu'un seul navire dans une zone de pêche par année ont également été exclues. Des informations additionnelles incluant les coordonnées des zones de pêche peuvent être obtenues en cliquant sur les liens «Pêches commerciales de l'Atlantique et de l’Arctique» et «Zones de pêche» ci-dessous.

Découvertes historiques de Pristiphora erichsonii

Découvertes historiques de Pristiphora geniculata

Située dans la région visée par le règlement de la revendication des Gwich’in, la rivière aux Rats est habitée par des Dolly Varden anadromes (Salvelinus malma malma) récoltés par les ayants droit gwich’in et inuvialuit. La récolte de Dolly Varden de la rivière aux Rats a lieu pendant l’été dans les aires d’alimentation le long de la côte (par les Inuvialuit) et pendant la migration en amont dans le delta du Mackenzie (par les Gwich’in et les Inuvialuit). Les stocks de Dolly Varden sont cogérés dans le cadre d’un plan de gestion intégrée des pêches (PGIP) dont les signataires sont Pêches et Océans Canada (MPO), l’Office des ressources renouvelables des Gwich’in, le Comité mixte de gestion des pêches et l’Agence Parcs Canada. Le Groupe de travail de la rivière aux Rats, l’organe de cogestion qui formule des recommandations sur les niveaux de récolte des stocks de Dolly Varden dans la région visée par le règlement de la revendication des Gwich’in, a soutenu des activités de recherche qui facilitent la mise en œuvre du PGIP, notamment des études pour surveiller les niveaux de récolte et évaluer l’état de la population. Les études de population (p. ex. estimations de l’abondance, échantillonnage biologique et génétique) et les activités de surveillance des prises côtières permettent une évaluation complète de ce stock. Les données sont utilisées pour informer les partenaires de cogestion sur le statut de Dolly Varden de la rivière aux Rats.

Découvertes historiques de Operophtera brumata

Découvertes historiques de Fenusa pumila

Découvertes historiques de Profenusa thomsoni

L'otarie de Steller (Eumetopias jubatus) est la plus grande espèce d'otarie, les mâles pouvant peser jusqu'à 1 100 kg et les femelles jusqu'à 350 kg. . Au Canada, le Steller peut être repéré le long de la côte rocheuse de la Colombie-Britannique. Ces mammifères marins très mobiles voyagent généralement seuls ou en petits groupes, mais ils se rassemblent en grand nombre dans les roqueries et les charpentes traditionnelles pendant la saison d'accouplement et de mise bas. Les femelles vivent généralement plus longtemps (jusqu'à 30 ans) que les mâles (généralement jusqu'à 20 ans). . La population était gravement appauvrie au Canada, mais après sa protection en 1970, la taille de la population adulte a plus que doublé.Les tendances concernant l'abondance des otaries de Steller en Colombie-Britannique ont été évaluées à partir d'une série de relevés aériens standardisés menés à l'échelle de la province pendant la saison de reproduction (du 27 juin au 6 juillet) entre 1971 et 2021. Des relevés ponctuels supplémentaires ont été effectués à l'automne, en hiver et au printemps afin d'évaluer la répartition des otaries en dehors de la saison de reproduction. Le relevé ciblait des roqueries et des sites de transport occupés par le passé, et les zones avoisinantes ont été surveillées pour détecter les changements potentiels dans l'aire de répartition.Ces deux ensembles de données contiennent des dénombrements qui ont été recueillis à partir d'observations d'individus entre 1971 et 2021. Le fichier de données actualisé issu du relevé sur la saison de reproduction regroupe et complète deux ensembles de données antérieurs : l'un couvrant la période de 1971 à 2013, et l'autre portant sur la partie estivale des enquêtes de 2016/2017. Les dénombrements des données en dehors de la saison de reproduction se limitaient auparavant à la période automne-hiver des relevé de 2016/2017, les données actualisées couvrent désormais l'intégralité de la période d'étude à ce jour.

Un projet exploratoire sur la diversité taxonomique et génétique de décapodes échantillonnés en 2022 dans trois sous-régions océaniques (Pacifique Nord-Est, Arctique canadien et Atlantique Nord-Ouest) a été réalisé par le groupe de travail sur l'Arctique au sein de la collaboration canado-américaine sur les pêches et le climat entre Pêches et Océans Canada (MPO) et le National Marine Fisheries Service (NMFS) de la National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA). Ce cadre de collaboration vise à mettre en commun les données canadiennes et américaines afin d'étudier les effets du changement climatique à grande échelle sur la biodiversité marine. Au début de l'été 2022, un protocole d'échantillonnage illustrant une sélection des décapodes ciblés a été fourni aux collaborateurs du MPO et de la NOAA. Les genres ciblés ont été collectés dans le cadre de 10 programmes de recherche au total, dans trois sous-régions océaniques et quatre régions marines. Les échantillons du Pacifique Nord-Est ont été collectés dans la mer de Béring au cours de l'étude de l'écosystème de la mer de Béring septentrionale et du chalutage de surface, et de l'étude du chalutage de fond du plateau continental de la mer de Béring orientale et septentrionale sur les poissons de fond et la faune invertébrée, à bord du F/V Northwest Explorer, du F/V Alaska Knight et du F/V Vesteraalen. Dans l'ouest de l'Arctique canadien (principalement dans la mer de Beaufort et le golfe d'Amundsen), les spécimens ont été collectés au cours de l'étude du MPO sur l'évaluation de l'écosystème marin de la mer de Beaufort (CBS-MEA) à bord du F/V Frosti. Dans l'est de l'Arctique canadien (principalement dans la baie de Baffin et le détroit de Davis), les spécimens ont été recueillis lors du relevé de l'approche fondée sur les connaissances et les écosystèmes dans la baie de Baffin (KEBABB) du MPO à bord du NGCC Amundsen et du relevé de la sous-zone 0B de l'Organisation des pêches de l'Atlantique Nord (OPANO) à bord du R/V Tarajoq. Dans l'estuaire et le golfe du Saint-Laurent (EGSL), des spécimens ont été recueillis lors de relevés côtiers (relevés sur le buccin, le concombre de mer, le crabe des neiges et les pétoncles) à bord du NGCC Leim et au large lors du relevé écosystémique à bord du NGCC Teleost. Les décapodes ont été collectés à partir de divers engins d'échantillonnage (chalut à perche benthique, chalut à panneaux modifié Atlantic Western IIA, chalut Bacalao, chalut à crevettes, drague à pétoncles de type Digby ou drague à concombres de mer modifiée) et identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible et photographiés, dans la mesure du possible. Tous les spécimens ont été congelés en mer (n = 995). Au laboratoire, les identifications ont été validées ou affinées à l'aide des photos et des spécimens congelés. L'ADN de 87 spécimens a été extrait et une section du gène COI a été amplifiée afin d'être séquencée à l'aide de la méthode Sanger. Les séquences ont été comparées aux données existantes à l'aide de l'outil BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) dans la base de données des nucléotides du National Center for Bio-technology Information (NCBI-nt, y compris la base de données GenBank) afin de comparer les noms scientifiques, le cas échéant.L'ensemble de données actuel comprend 391 occurrences d'espèces de décapodes. L'ADN a été extrait d'un sous-groupe de 87 spécimens (gène COI). Les séquences sont accessibles publiquement sur la plateforme BOLD sous le code de projet DDAO (voir le document de soutien « citations_references.csv » pour plus d'informations).Les données sont présentées en format Darwin Core et sont séparées en trois fichiers :Le fichier " Activité_décapodes_DDAO_decapods_event_fr" contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d'activité hiérarchique.Le fichier " Occurrence_décapodes_DDAO_decapods_fr" contient les occurrences taxonomiques.Le fichier "ADN_décapodes_DDAO_decapods_DNA_fr" contient les données ADN associées.Pour de plus amples détails, veuillez vous référer au rapport technique disponible dans le document de soutien intitulé « citations_references.csv ». LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.