OBJECTIF :Le but de ce travail était de déterminer (1) comment la génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal de la merluche blanche (Urophycis tenuis), et (2) si la variation de la communauté microbienne fournit des informations complémentaires sur la structure de la population de cette espèce dans l'est du Canada.DESCRIPTION :L’intégration du microbiote associé à l’hôte aux approches génomiques offre un cadre prometteur pour mieux comprendre les multiples dimensions biologiques qui façonnent la structure des populations chez les poissons marins. Une compréhension claire de la structure et de la dynamique des populations biologiques est essentielle pour des décisions éclairées en matière de gestion des pêches et de conservation ; toutefois, bien que les approches génomiques aient considérablement amélioré notre capacité à délimiter les populations biologiques, elles n’offrent qu’une représentation partielle de la structure biologique, car les patrons de différenciation reflètent à la fois la divergence historique et les conditions écologiques contemporaines. Le microbiote associé à l’hôte peut influencer les processus écologiques à l’échelle des populations en apportant une variation fonctionnelle et potentiellement héréditaire qui façonne le phénotype et le fitness de l’hôte.Dans cette étude, nous avons combiné le génotypage par séquençage et le séquençage des amplicons du gène de l’ARNr 16S afin d’examiner comment la structure génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal et d’évaluer si la variation des communautés microbiennes fournit des informations complémentaires sur la structure des populations chez la merluche blanche (Urophycis tenuis) dans l’est du Canada. Les analyses génomiques ont permis d’identifier deux populations présentant un chevauchement spatial plus important que celui rapporté précédemment. La partition de la variation a révélé que la génétique de l’hôte expliquait une fraction négligeable de la variation du microbiote comparativement aux facteurs environnementaux et à la taille des poissons, ce qui suggère une influence des changements ontogénétiques dans l’utilisation de l’habitat et des ressources sur la composition du microbiote intestinal. Plusieurs taxons présentaient une abondance différentielle entre les catégories de taille des poissons, utilisées comme indicateur du régime alimentaire, notamment des taxons ayant un potentiel de dégradation de la chitine, tels que Photobacterium et Lachnospirales, lesquels étaient enrichis chez les individus de plus petite taille, connus pour consommer un régime dominé par les crustacés. Ensemble, ces résultats indiquent que la composition du microbiote intestinal chez la merluche blanche reflète principalement des processus écologiques et d’histoire de vie plutôt que la structure génétique des populations de l’hôte. PARAMÈTRES COLLECTÉS :Des paramètres environnementaux ont également été collectés à la plupart des sites d'échantillonnage, y compris la profondeur, température de l'eau, le niveau d'oxygène et la salinité.DÉTAILS DE L'ÉCHANTILLON PHYSIQUE :Des échantillons de nageoires ont été collectés pour caractériser les génotypes des poissons. Des échantillons d'intestin (rectum) ont été collectés pour étudier le microbiome intestinal des poissons.MÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :En 2022 et 2023, les merluches blanches ont été échantillonnées lors des relevés annuels écosystémiques au chalut de fond du ministère des Pêches et des Océans Canada (MPO).LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

SommaireLa région du Québec du Ministère des Pêches et des Océans (MPO) est responsable de l'évaluation de plusieurs stocks de poissons et d’invertébrés exploités dans l'estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent. Le programme d’échantillonnage des captures commerciales est l’une des sources d’information utilisée pour la réalisation de ces évaluations. Les données récoltées par ce programme, à quai ou en mer, offrent entre autres l’avantage d’une couverture spatio-temporelle relativement importante et permettent d’obtenir une partie des connaissances nécessaires pour déterminer la démographie et la structure des populations exploitées. La mise en œuvre de ce programme est assurée par du personnel spécialisé du MPO dont le principal mandat consiste à prélever des données biologiques sur les espèces de poissons de fond, de poissons pélagiques et d'invertébrés marins exploités commercialement dans les diverses communautés maritimes.DonnéesCe jeu de données sur la merluche blanche (Urophycis tenuis) inclut les métadonnées, le poids d'échantillon, la longueur du poisson, le sexe et le nombre de spécimens mesurés. Le jeu de données couvre les périodes de 1989-1990 et 1992-1993. Afin de protéger la confidentialité des sources, certaines informations (comme celles concernant le navire) ont été exclues et d'autres (comme la date de capture) ont été simplifiées. Les données où il n'y avait qu'un seul navire dans une zone de pêche par année ont également été exclues. Des informations additionnelles incluant les coordonnées des zones de pêche peuvent être obtenues en cliquant sur les liens «Pêches commerciales de l'Atlantique et de l’Arctique» et «Zones de pêche» ci-dessous.

Découvertes historiques de Pristiphora geniculata

Située dans la région visée par le règlement de la revendication des Gwich’in, la rivière aux Rats est habitée par des Dolly Varden anadromes (Salvelinus malma malma) récoltés par les ayants droit gwich’in et inuvialuit. La récolte de Dolly Varden de la rivière aux Rats a lieu pendant l’été dans les aires d’alimentation le long de la côte (par les Inuvialuit) et pendant la migration en amont dans le delta du Mackenzie (par les Gwich’in et les Inuvialuit). Les stocks de Dolly Varden sont cogérés dans le cadre d’un plan de gestion intégrée des pêches (PGIP) dont les signataires sont Pêches et Océans Canada (MPO), l’Office des ressources renouvelables des Gwich’in, le Comité mixte de gestion des pêches et l’Agence Parcs Canada. Le Groupe de travail de la rivière aux Rats, l’organe de cogestion qui formule des recommandations sur les niveaux de récolte des stocks de Dolly Varden dans la région visée par le règlement de la revendication des Gwich’in, a soutenu des activités de recherche qui facilitent la mise en œuvre du PGIP, notamment des études pour surveiller les niveaux de récolte et évaluer l’état de la population. Les études de population (p. ex. estimations de l’abondance, échantillonnage biologique et génétique) et les activités de surveillance des prises côtières permettent une évaluation complète de ce stock. Les données sont utilisées pour informer les partenaires de cogestion sur le statut de Dolly Varden de la rivière aux Rats.

Découvertes historiques de Pristiphora erichsonii

Découvertes historiques de Fenusa pumila

Découvertes historiques de Operophtera brumata

Unités de conservation (UC) : Une UC s'entend d'un groupe de saumon sauvage suffisamment isolé des autres groupes pour que, s'il venait à disparaître, il soit très peu probable qu'il puisse se rétablir naturellement dans un délai acceptable, p. ex. la durée de vie d'un être humain ou un nombre précis de générations de saumon.Holtby et Ciruna (2007) ont fourni un cadre pour l’aggrégat des cinq espèces de saumon (genre Oncorhynchus) trouvées sur la côte canadienne du Pacifique dans les unités de conservation propres aux espèces en fonction de trois principales caractéristiques : écotypologie, cycle biologique et génétique. La première étape de la description des unités de conservation repose uniquement sur l’écologie. Les écotypologies utilisées dans ce cadre incluent une caractérisation combinée d’environnements marins d’eau douce et d’eaux à proximité du littoral, dits « zone adaptative conjointe ». Dans la deuxième étape, nous utilisons le cycle biologique, la génétique moléculaire et d’autres caractérisations écologiques pour regrouper ou séparer les unités de la première étape en unités de conservation sous leur forme finale. Il en résulte des unités de conservation qui sont décrites au moyen de l’application commune des trois axes. Il est important de souligner que les unités de conservation se distinguent des autres agrégats du saumon du Pacifique, telles que les unités désignables (UD) en vertu de la Loi sur les espèces en péril ou les zones de gestion.Sites de dénombrement des unités de conservation :Les données d’énumération de reproducteurs de saumons dans la région du Pacifique sont stockées et gérées dans le nouveau système de données sur les remontes de saumon (NuSDRS). Le terme « remontes » est utilisé pour faire référence au groupe de saumons matures qui ont échappé des diverses sources d’exploitation et sont retournés à l’eau douce pour frayer et se reproduire. Ces données sont assignées à un « site de dénombrement », qui peut être un cours d’eau complet avec un terminal portuaire, un affluent d’un plus grand cours d’eau ou une portée définie dans un cours d’eau qui peut englober ou non la population en entier, mais représente un indice de l’abondance de cette population. État des unités de conservation :Les unités de conservation forment l’unité de base pour l’évaluation en vertu de la politique canadienne pour la conservation de la politique concernant le saumon sauvage (PSS) (MPO 2005). L’état biologique d’une unité de conservation est évalué à partir d’un nombre de paramètres (Holt et al. 2009; Holt 2009), qui indiquent une zone d’état de la PSP. Rouge (mauvais état), ambre (état marginal) ou vert (état sain). Une étape finale comprend tous les paramètres et les renseignements sur l’état dans un état intégré final pour chaque unité de conservation, ainsi qu’un commentaire d’expert pour appuyer la détermination de l’état final (p. e.x., MPO 2012; MPO 2016). Ces renseignements servent d’intrants pour les processus de gestion des pêches afin d’aider à prioriser les activités d’évaluation et les mesures de gestion.Remarque : Les limites des UC ont été examinées en 2020-2021 et ont été mises à jour de l’échelle 1:50 000 à l’échelle 1:20 000 de l’Atlas des eaux douces de la Colombie Britannique. Les limites des UC ont été mises à jour pour la dernière fois en Mars 2023. Veuillez noter que les unités de conservation peuvent être examinées et faire l’objet de modifications sans préavis.Veuillez vous référer aux Demandes d'examen d'unités de conservation - Formulaire et résumé pour une liste des demandes d'examen d'unités de conservation qui sont en cours ou qui ont été finalisées.

L'otarie de Steller (Eumetopias jubatus) est la plus grande espèce d'otarie, les mâles pouvant peser jusqu'à 1 100 kg et les femelles jusqu'à 350 kg. . Au Canada, le Steller peut être repéré le long de la côte rocheuse de la Colombie-Britannique. Ces mammifères marins très mobiles voyagent généralement seuls ou en petits groupes, mais ils se rassemblent en grand nombre dans les roqueries et les charpentes traditionnelles pendant la saison d'accouplement et de mise bas. Les femelles vivent généralement plus longtemps (jusqu'à 30 ans) que les mâles (généralement jusqu'à 20 ans). . La population était gravement appauvrie au Canada, mais après sa protection en 1970, la taille de la population adulte a plus que doublé.Les tendances concernant l'abondance des otaries de Steller en Colombie-Britannique ont été évaluées à partir d'une série de relevés aériens standardisés menés à l'échelle de la province pendant la saison de reproduction (du 27 juin au 6 juillet) entre 1971 et 2021. Des relevés ponctuels supplémentaires ont été effectués à l'automne, en hiver et au printemps afin d'évaluer la répartition des otaries en dehors de la saison de reproduction. Le relevé ciblait des roqueries et des sites de transport occupés par le passé, et les zones avoisinantes ont été surveillées pour détecter les changements potentiels dans l'aire de répartition.Ces deux ensembles de données contiennent des dénombrements qui ont été recueillis à partir d'observations d'individus entre 1971 et 2021. Le fichier de données actualisé issu du relevé sur la saison de reproduction regroupe et complète deux ensembles de données antérieurs : l'un couvrant la période de 1971 à 2013, et l'autre portant sur la partie estivale des enquêtes de 2016/2017. Les dénombrements des données en dehors de la saison de reproduction se limitaient auparavant à la période automne-hiver des relevé de 2016/2017, les données actualisées couvrent désormais l'intégralité de la période d'étude à ce jour.

La télémétrie acoustique permet d'observer en détail le comportement de déplacement de nombreuses espèces et, à mesure que la taille des tags diminue, des organismes plus petits peuvent être marqués. Le nombre d'études utilisant la télémétrie acoustique pour évaluer le mouvement des invertébrés marins est en augmentation, mais les nouvelles méthodes d'attachement comportent des inconnues quant aux effets des procédures de marquage sur la survie et le comportement des individus. Cette étude a comparé les méthodes de fixation des étiquettes sur les oursins verts (Strongylocentrotus droebachiensis) afin de déterminer la faisabilité de l'utilisation d'émetteurs acoustiques pour suivre les mouvements des échinides. Quatre méthodes de marquage ont été comparées en laboratoire et la rétention du tag, la condition de l'oursin et la survie ont été analysées. Deux méthodes de marquage (ligne de pêche Dyneema® et des tags en T) ont été évaluées sur le terrain en utilisant un réseau de télémétrie acoustique existant. Les oursins ont été marqués et la zone d'étude a été revisitée une semaine et deux mois après la remise à l'eau par des plongeurs pour estimer les mouvements et la rétention des marques. Les meilleures méthodes en laboratoire, avec un taux élevé de rétention des tags, un taux de survie élevé et des effets minimes sur la condition des oursins, étaient des méthodes de lignes de pêche. Les étiquettes en T, bien que présentant un taux de rétention élevé, ont causé une mortalité significative et ont eu des effets délétères à long terme sur la condition et le comportement des oursins. Après 2 mois sur le terrain, comme en laboratoire, la ligne de pêche s'est avérée être une méthode de marquage plus efficace. Les oursins marqués à la ligne de pêche ont montré une meilleure estimation de l'occupation de l'espace que les oursins marqués avec les tags en T et un seul individu marqué à la ligne de pêche a été retrouvé par des plongeurs en bonne santé après 80 jours. Combinés, ces résultats de laboratoire et de terrain démontrent la faisabilité de l'utilisation de la télémétrie acoustique pour observer les mouvements des oursins. Les résultats suggèrent fortement que les méthodes de fixation chirurgicales qui minimisent les blessures au site de fixation devraient être prioritaires pour les études de marquage des échinides. Ensemble, les essais en laboratoire et sur le terrain indiquent que la télémétrie acoustique est une méthode prometteuse pour examiner les mouvements des échinides marins à des échelles spatiales et temporelles pertinentes sur le plan écologique.Les données disponibles comprennent les données de laboratoire (rétention des étiquettes, survie, diamètre, poids humide, poids des gonades et état/temps de redressement) et les données de terrain (métadonnées et détections de télémétrie acoustique pour les individus marqués, résultats des recherches des plongeurs et estimations sur 2 jours des mouvements mesurés sur le terrain). Les données issues de l'expérience en laboratoire et les observations des plongeurs sur le terrain ont été vérifiées et ont fait l'objet d'un contrôle de qualité. Les détections de télémétrie acoustique sont des fichiers de détection bruts (non filtrés) ; voir l'article publié pour une description de la façon dont les données ont été traitées pour les analyses (https://doi.org/10.1186/s40317-022-00309-8).