Découvertes historiques de Adelges abietis

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

Découvertes historiques de Operophtera brumata

Cette ressource documente un jeu de données sur les occurrences d’épifaune collectées en 2021 dans le cadre du programme KEBABB (Knowledge and Ecosystem-Based Approach in Baffin Bay) développé par Pêches et Océans Canada (MPO) en collaboration avec des partenaires universitaires. L’objectif général du programme KEBABB est de caractériser la variabilité et les tendances des conditions océanographiques physiques, chimiques et biologiques et des réseaux trophiques soutenant les pêches dans les écosystèmes de l’ouest de la baie de Baffin et du détroit de Lancaster. En 2021, le MPO a étendu le programme KEBABB au détroit de Barrow (KEBABS-Knowledge and Ecosystem-Based Approach in Barrow Strait), une zone productive clé de l’aire marine nationale de conservation de Tallurutiup Imanga. L’étude a eu lieu dans l’Arctique canadien de l’Est (principalement dans la baie de Baffin, détroit de Davis et détroit de Barrow). L’échantillonnage est effectué le long de transects à des stations fixes dans la zone d’étude. Les prises sont collectées avec un chalut Agassiz de 3 m (filet à mailles internes de 5 mm) pendant 3 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 1.5 nœuds et avec un chalut à perche benthique de 3 m (filet à mailles internes de 6.4 mm) pendant 15 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 3 nœuds. Un total de 16 stations ont été échantillonnées pour l’épifaune en 2021 entre 85 et 850 m. Les invertébrés épibenthiques sont identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible et photographiés. Tous les spécimens inconnus sont congelés. En laboratoire, les identifications sont validées ou précisées avec les photos et les spécimens congelés.Les données sont présentées en format Darwin Core et sont séparées en deux fichiers :Le fichier “Activité_épifaune_KEBABB_epifauna_event_fr” qui contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d’activité hiérarchique.Le fichier “Occurrence_épifaune_KEBABB_epifauna_fr” qui contient les occurrences taxonomiques.De plus amples détails sur l’échantillonnage se trouvent dans le rapport suivant : Pućko, M., Charette, J., Tremblay P., Brulotte S., St-Denis B., Ciastek S., Hedges, K., Kuzyk, Z., Roy V., and Michel, C. 2022. An ecosystem-based approach in the eastern Arctic: KEBABB/S (Knowledge and Ecosystem-Based Approach in Baffin Bay/Barrow Strait) 2021 expedition report. Can. Manuscr. Rep. Fish. Aquat. Sci. 3250: viii + 58 p. https://publications.gc.ca/collections/collection_2022/mpo-dfo/Fs97-4-3250-eng.pdfLIMITATION DE L’UTILISATION :Pour assurer l’intégrité scientifique et l’utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Découvertes historiques de Coleophora serratella

Découvertes historiques de Fenusa pumila

Ce jeu de données documente les occurrences d'épifaune collectées de 2021 à 2024 lors de l'évaluation environnementale marine de la mer de Beaufort canadienne (CBS-MEA) menée par Pêches et Océans Canada (MPO). Le programme CBS-MEA se concentre sur l'intégration de l'océanographie, des liens dans le réseau alimentaire, des couplages physico-biologiques et des variabilités spatiales et interannuelles. Le programme vise également à élargir la couverture de référence de la diversité des espèces, des abondances et des associations avec les habitats dans des zones de la mer de Beaufort et de l'archipel canadien de l'Ouest précédemment non étudiées. L'étude a eu lieu principalement dans la mer de Beaufort et dans le golfe d'Amundsen. L'échantillonnage est effectué le long de transects à des stations fixes dans la zone d'étude. Les prises sont collectées avec un chalut à perche benthique de 3 m pendant 10 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 2 noeuds et avec un chalut à panneaux Atlantic Western IIA modifié pendant 20 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 2,9 noeuds. Un total de 32 stations ont été échantillonnées pour l'épifaune en 2021, 22 en 2022, 23 en 2023 et 22 en 2024, à des profondeurs entre 22 et 655 m. Les invertébrés épibenthiques sont identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible et photographiés. Tous les spécimens inconnus sont congelés. En laboratoire, les identifications sont validées ou précisées avec les photos et les spécimens congelés.Les données sont présentées en format Darwin Core et sont séparées en deux fichiers : Le fichier "Activité_épifaune_CBSMEA_epifauna_event_fr" qui contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d'activité hiérarchique.Le fichier "Occurrence_épifaune_CBSMEA_epifauna_fr" qui contient les occurrences taxonomiques.

Un relevé de recherche sur le crabe des neiges (Chionoecetes opilio) a été réalisé de mai 2006 à 2009 dans la Baie Sainte-Marguerite, près de Sept-îles, Québec. L’objectif principal de ce relevé était d’évaluer l’abondance du crabe des neiges et des espèces benthiques associées à l’habitat du crabe des neiges. Seules les données des espèces benthiques associées à l’habitat du crabe des neiges sont présentées dans ce jeu de données.Les données ont été récoltées selon un plan d'échantillonnage à stations fixes constitué de 79 stations, entre 7 et 198 mètres de profondeur. Les spécimens ont été récoltés à l’aide d’un chalut à perche. Le cul du chalut était doublé avec un filet de maille fines afin de récolter les petits individus. Les traits ont été réalisés pour une durée visée de 15 minutes. Les positions début et fin ont été notées pour calculer la distance parcourue à chaque trait à l'aide de la bibliothèque geosphere de R.Les deux fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont reliés par la clé « IDactivité ». Le fichier «Information_activité» comprend les informations génériques de l'activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «occurrence_taxon» comprend la taxonomie des espèces observées, identifiées à l’espèce ou au niveau taxonomique le plus bas possible. Pour obtenir l’évaluation de l’abondance et de la biomasse, communiquez avec Bernard Sainte-Marie (Bernard.Sainte-Marie@dfo-mpo.gc.ca).Pour les contrôles de qualité, tous les noms taxonomiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ « IDnomScientifique » du fichier d'occurrence. Les contrôles de la qualité des données ont été effectués à l'aide des bibliothèques R obistools et worrms. Tous les emplacements d'échantillonnage ont été validés spatialement.

Ce jeu de données documente les occurrences d'endofaune collectées de 2021 à 2023 lors de l'évaluation environnementale marine de la mer de Beaufort canadienne (CBS-MEA) menée par Pêches et Océans Canada (MPO). Le programme CBS-MEA se concentre sur l'intégration de l'océanographie, des liens dans le réseau alimentaire, des couplages physico-biologiques et des variabilités spatiales et interannuelles. Le programme vise également à élargir la couverture de référence de la diversité des espèces, des abondances et des associations avec les habitats dans des zones de la mer de Beaufort et de l'archipel canadien de l'Ouest précédemment non étudiées. L'étude a eu lieu principalement dans la mer de Beaufort et dans le golfe d'Amundsen. L'échantillonnage est effectué le long de transects à des stations fixes dans la zone d'étude. Les prises sont collectées à l'aide d'un carottier à boîte de 50 x 50 cm. 2 ou 3 carottes sont collectées par station pour obtenir des réplicats. Un total de 29 stations ont été échantillonnées pour l'endofaune en 2021, 15 en 2022 et 25 en 2023 à des profondeurs entre 10 et 653 m. La moitié du carottier (0.125 m2) est échantillonnée pour la taxonomie de l’endofaune. Les premiers 20 cm de sédiment sont collectés et tamisés à travers un tamis de 0.5 mm. Les échantillons sont conservés dans une solution d'eau de mer-formaldéhyde (10 % v/v). En laboratoire, l'endofaune est identifiée au niveau taxonomique le plus bas possible.Les données sont présentés en deux fichiers : Le fichier "Activité_endofaune_CBSMEA_infauna_event_fr" qui contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d'activité hiérarchique.Le fichier "Occurrence_endofaune_CBSMEA_infauna_fr" qui contient les occurrences taxonomiques.

Découvertes historiques de Coleophora laricella