Compendium de rapports fournissant des informations sur les animaux et les plantes aquatiques et terrestres, les sols, les eaux de surface, les eaux souterraines, ainsi que les fichiers de données et les cartes qui les accompagnent** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

La Direction des sciences du ministère des Pêches et des Océans (MPO) a conçu un protocole de relevé multispécifique en plongée pour assurer une surveillance impartiale à l'échelle de la côte des stocks d'invertébrés benthiques (comme l'exige la Loi sur les pêches mise à jour) et des renseignements connexes sur l'habitat d'une série d'espèces d'invertébrés marins benthiques (vert (Strongylocentrotus droebachiensis), violet (S. purpuratus) et oursin rouge (Mesocentrotus franciscanus), panocanard(panopea generosa), concombre géant de mer rouge (Apostichopus californicus), ormeau nordique (Haliotis kamtschatkana), Étoile de mer de tournesol (Pycnopodia helianthoides)). D'après les renseignements disponibles à l'heure actuelle, le plan de relevé proposé peut fournir des estimations de l'état des stocks d'oursins rouges et de concombre rouge géant à l'échelle de la côte, ainsi que des indices d'abondance relative pour le panocanard, l'oursin vert, l'oursin violet, l'ormeau nordique et l'étoile de mer de tournesol.Le nouveau protocole a été mis à l'essai au moyen d'une série de relevés pilotes menés sur un sous-ensemble de zones de la côte de la Colombie-Britannique chaque année en septembre de 2016 à 2021. La conception des relevés pilotes reposait sur les données et l'expérience des relevés de plongée antérieurs et a démontré la faisabilité pratique du protocole, tout en recueillant des renseignements préliminaires pour orienter les recommandations sur la conception statistique de l'enquête.L'ensemble de données consiste en une base de données relationnelle contenant des tableaux représentant chaque composante de la méthodologie de l'enquête. L'élément principal du relevé est l'emplacement du transect. Le long de chaque transect, des quadrats systématiquement espacés sont échantillonnés, et sur chaque quadrat, des observations de substrat sont enregistrées, de multiples espèces d'algues sont enregistrées et plusieurs invertébrés individuels sont mesurés ou comptés. Les tables sont reliées par numéro de transect et numéro de quadrat.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

La base de données scientifiques sur la biodiversité des poissons des Grand Lacs est une compilation de données sur les communautés de poissons et leurs habitats tirées des relevés scientifiques du MPO; les projets se concentrent sur les poissons dont la conservation est préoccupante. Les données comprennent : le site d’échantillonnage, la date, le nombre de poissons, les espèces de poissons, la longueur des poissons et les informations connexes sur l’habitat. Les détails spécifiques au projet, les objectifs, et les méthodes sont souvent présentés dans les rapports canadiens des sciences halieutiques et les sciences océaniques de MPO.

Résultats de l’évaluation de l’habitat du poisson: 7 des 16Niveau d'eau élevé (75.4m ASL) - Habitat Juvénile / Adulte - Espèces Associées à un Couvert de Végétation Bas (Guilde Cool)La convenance de l’habitat a été évaluée pour le secteur préoccupant de la baie de Quinte, à une résolution de grille de 3 m, à utilisation de l'outil d'évaluation de l'écosystème de l'habitat (OEEH), des algorithmes de température, des modèles de végétation et des données sur le niveau d'eau. Les classifications de l’habitat étaient fondées sur trois variables : la profondeur (altitude), la végétation, et le substrat; et modifié par les convenances de température. Les cartes finales d'adéquation étaient basées sur des associations documentées d'habitat et de température pour les poissons de la région. Différentes stades de vie (exigences pour le frai, habitat d’alevinage, habitat des adultes) ont été modélisés pour les années 1972 et 2011. Les valeurs pour l’habitat convenable sont échelonnées de 0 (très faiblement convenable) à 1 (fortement convenable) et converti en classes d'aptitude de très faible, faible, moyen, et élevé.. Les cartes finales pour chaque combinaison guilde‑stades de vie sont les valeurs d’aptitude maximales pour la période de 39 ans modélisée.

Résultats de l’évaluation de l’habitat du poisson: 6 des 16Niveau d'eau élevé (75.4m ASL) - Habitat Juvénile / Adulte - Espèces Associées à un Couvert de Végétation Bas (Guilde Tempérée)La convenance de l’habitat a été évaluée pour le secteur préoccupant de la baie de Quinte, à une résolution de grille de 3 m, à utilisation de l'outil d'évaluation de l'écosystème de l'habitat (OEEH), des algorithmes de température, des modèles de végétation et des données sur le niveau d'eau. Les classifications de l’habitat étaient fondées sur trois variables : la profondeur (altitude), la végétation, et le substrat; et modifié par les convenances de température. Les cartes finales d'adéquation étaient basées sur des associations documentées d'habitat et de température pour les poissons de la région. Différentes stades de vie (exigences pour le frai, habitat d’alevinage, habitat des adultes) ont été modélisés pour les années 1972 et 2011. Les valeurs pour l’habitat convenable sont échelonnées de 0 (très faiblement convenable) à 1 (fortement convenable) et converti en classes d'aptitude de très faible, faible, moyen, et élevé.. Les cartes finales pour chaque combinaison guilde‑stades de vie sont les valeurs d’aptitude maximales pour la période de 39 ans modélisée.

Résultats de l’évaluation de l’habitat du poisson: 8 des 16Niveau d'eau élevé (75.4m ASL) - Habitat Juvénile / Adulte - Espèces Associées à un Couvert de Végétation Bas (Guilde Froide)La convenance de l’habitat a été évaluée pour le secteur préoccupant de la baie de Quinte, à une résolution de grille de 3 m, à utilisation de l'outil d'évaluation de l'écosystème de l'habitat (OEEH), des algorithmes de température, des modèles de végétation et des données sur le niveau d'eau. Les classifications de l’habitat étaient fondées sur trois variables : la profondeur (altitude), la végétation, et le substrat; et modifié par les convenances de température. Les cartes finales d'adéquation étaient basées sur des associations documentées d'habitat et de température pour les poissons de la région. Différentes stades de vie (exigences pour le frai, habitat d’alevinage, habitat des adultes) ont été modélisés pour les années 1972 et 2011. Les valeurs pour l’habitat convenable sont échelonnées de 0 (très faiblement convenable) à 1 (fortement convenable) et converti en classes d'aptitude de très faible, faible, moyen, et élevé.. Les cartes finales pour chaque combinaison guilde‑stades de vie sont les valeurs d’aptitude maximales pour la période de 39 ans modélisée.

Résultats de l’évaluation de l’habitat du poisson: 14 des 16Niveau d'eau Moyen (75.0m ASL) - Habitat Juvénile / Adulte - Espèces Associées à un Couvert de Végétation Bas (Guilde Tempérée)La convenance de l’habitat a été évaluée pour le secteur préoccupant de la baie de Quinte, à une résolution de grille de 3 m, à utilisation de l'outil d'évaluation de l'écosystème de l'habitat (OEEH), des algorithmes de température, des modèles de végétation et des données sur le niveau d'eau. Les classifications de l’habitat étaient fondées sur trois variables : la profondeur (altitude), la végétation, et le substrat; et modifié par les convenances de température. Les cartes finales d'adéquation étaient basées sur des associations documentées d'habitat et de température pour les poissons de la région. Différentes stades de vie (exigences pour le frai, habitat d’alevinage, habitat des adultes) ont été modélisés pour les années 1972 et 2011. Les valeurs pour l’habitat convenable sont échelonnées de 0 (très faiblement convenable) à 1 (fortement convenable) et converti en classes d'aptitude de très faible, faible, moyen, et élevé.. Les cartes finales pour chaque combinaison guilde‑stades de vie sont les valeurs d’aptitude maximales pour la période de 39 ans modélisée.

La maraîche (Lamna nasus) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique qui est observée dans les pêches commerciales et récréatives. De 2005 à 2021, des étiquettes satellites d’archivage détachables (PSAT) ont été appliquées sur des maraîches afin de recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). Des déploiements ont été effectués au Canada et dans les îles Féroé à bord de navires commerciaux et de plaisance, ainsi que de navires affrétés à des fins scientifiques, généralement en été et en automne, mais aussi parfois l’hiver lorsque la pêche commerciale de la maraîche était active au Canada. Divers modèles d’étiquettes ont été déployés : PAT 4 (n = 1), Mk10 (n = 41) et Minipat (n = 15), et 51 des 57 étiquettes ont émis des données. Un individu a été recapturé et l’étiquette physique a été retournée. Les maraîches marquées avaient une longueur à la fourche (courbée) de 76 à 249 cm; 42 étaient des femelles, 15 étaient des mâles. Le temps avant la recapture variait de 4 à 356 jours et 14 étiquettes sont demeurées attachées pendant toute la durée prévue. Les données brutes transmises par les étiquettes après le déploiement ont été traitées au moyen du logiciel de Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers sommaires, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, de l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour les données de référence sur la température de la surface de la mer (TSM), et de l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour les données bathymétriques de référence. Les estimations de position selon la méthode de vraisemblance maximale sont disponibles en format .csv et .kmz, et les profils de profondeur et de température sont également présentés en format .csv. Les autres données de sortie des étiquettes ainsi que les métadonnées relatives aux déploiements peuvent être obtenues sur demande en écrivant à warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.

Résultats de l’évaluation de l’habitat du poisson: 5 des 16Niveau d'eau élevé (75.4m ASL) - Habitat Juvénile / Adulte - Espèces Associées à un Couvert de Végétation élevé (Tous les Guildes Thermiques)La convenance de l’habitat a été évaluée pour le secteur préoccupant de la baie de Quinte, à une résolution de grille de 3 m, à utilisation de l'outil d'évaluation de l'écosystème de l'habitat (OEEH), des algorithmes de température, des modèles de végétation et des données sur le niveau d'eau. Les classifications de l’habitat étaient fondées sur trois variables : la profondeur (altitude), la végétation, et le substrat; et modifié par les convenances de température. Les cartes finales d'adéquation étaient basées sur des associations documentées d'habitat et de température pour les poissons de la région. Différentes stades de vie (exigences pour le frai, habitat d’alevinage, habitat des adultes) ont été modélisés pour les années 1972 et 2011. Les valeurs pour l’habitat convenable sont échelonnées de 0 (très faiblement convenable) à 1 (fortement convenable) et converti en classes d'aptitude de très faible, faible, moyen, et élevé.. Les cartes finales pour chaque combinaison guilde‑stades de vie sont les valeurs d’aptitude maximales pour la période de 39 ans modélisée.