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Développement d’une approche de caractérisation des espèces côtières à l’aide d’ADN environnemental (ADNe) en utilisant le marqueur MiFish (12S)
La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a
Indice de sécheresse hydrologique de Palmer
Le terme « indice de sévérité de sécheresse de Palmer » a été utilisé pour représenter un ensemble d’indices. L’indice de sévérité de sécheresse de Palmer est simplement un modèle de bilan hydrique qui analyse les précipitations et la température et qui sert d’outil pour mesurer les sécheresses météorologiques et hydrologiques dans l’espace et dans le temps. Toutes les versions de l’indice utilisent le modèle adaptatif du bilan hydrique des sols pour modéliser le mouvement de l’eau dans le système, et un modèle quotidien Priestley-Taylor pour estimer l’évapotranspiration. L’indice de sévérité de sécheresse de Palmer utilise des données mensuelles sur la température et les précipitations pour calculer un bilan hydrique simple du sol. L’indice est une mesure relative qui varie habituellement de -4 (extrêmement sec) à +4 (extrêmement humide) et représente comment la disponibilité de l’humidité du sol diffère de celle prévue pour un endroit et une période de l’année donnés. L’indice de sévérité de sécheresse de Palmer comprend une composante « mémoire » qui tient compte des conditions passées et de la persistance du surplus ou du déficit d’humidité du sol.L’indice de sécheresse hydrologique de Palmer est une autre version de l’indice de sévérité de sécheresse de Palmer qui tient compte de la sécheresse à long terme qui réduit l’approvisionnement en eau de surface et en eau souterraine.
Stream de base et représentation du flux
Le réseau hydrographique unifilaire (SLNET) contient toutes les représentations unifilaires capturées des caractéristiques hydrographiques. En outre, le fichier contient des représentations sur une seule ligne des entités polygonales et des connecteurs réseau arbitraires sur une seule ligne.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**
Type d'Arbre - Schéma des attributs communs pour les inventaires des ressources forestières
Le Schéma des attributs communs pour les inventaires des ressources forestières (SACIRF) est un dépôt de données d’inventaire sur les ressources forestières du Canada. Les ensembles de données d’inventaire sur les ressources forestières du SACIRF sont harmonisés selon un modèle de données commun afin de pouvoir utiliser ensemble les données recueillies par divers organismes appliquant des normes différentes. Les ministères et organismes provinciaux, territoriaux et fédéraux participants partagent des ensembles de données d’inventaire sur les ressources forestières cartographiques actuelles et historiques par l’intermédiaire du SACIRF, afin que leurs données soient accessibles aux utilisateurs dont les domaines d’intérêt couvrent de multiples provinces et territoires. Le SACIRF a initialement été élaboré par des chercheurs universitaires (Cumming et coll., https://doi.org/10.1139/cjfr-2014-0102).Cette version du SACIRF (SACIRF v5) a été élaborée de nouveau en collaboration avec des chercheurs universitaires de l’Université Laval pour offrir une version gouvernementale du SACIRF qui soit repérable, accessible, interexploitable et réutilisable. Elle utilise les données les plus actuelles sur l’inventaire forestier communiquées par les ministères et organismes provinciaux, territoriaux et fédéraux participants. Le SACIRFv5 est hébergé dans le portail de données du Conseil canadien des ministres des forêts, le Système national d’information sur les forêts (http://nfis.org).
Indice modifié de sévérité de sécheresse de Palmer
Le terme « indice de sévérité de sécheresse de Palmer » a été utilisé pour représenter un ensemble d’indices. L’indice de sévérité de sécheresse de Palmer est simplement un modèle de bilan hydrique qui analyse les précipitations et la température et qui sert d’outil pour mesurer les sécheresses météorologiques et hydrologiques dans l’espace et dans le temps. Toutes les versions de l’indice utilisent le modèle adaptatif du bilan hydrique des sols pour modéliser le mouvement de l’eau dans le système, et un modèle quotidien Priestley-Taylor pour estimer l’évapotranspiration. L’indice de sévérité de sécheresse de Palmer utilise des données mensuelles sur la température et les précipitations pour calculer un bilan hydrique simple du sol. L’indice est une mesure relative qui varie habituellement de -4 (extrêmement sec) à +4 (extrêmement humide) et représente comment la disponibilité de l’humidité du sol diffère de celle prévue pour un endroit et une période de l’année donnés. L’indice de sévérité de sécheresse de Palmer comprend une composante « mémoire » qui tient compte des conditions passées et de la persistance du surplus ou du déficit d’humidité du sol.L’indice modifié de sévérité de sécheresse de Palmer est obtenu à partir de la somme des termes secs et humides pondérée par les valeurs de probabilité. L’indice modifié a la même valeur que l’indice de sévérité de sécheresse de Palmer pendant les périodes sèches ou humides établies, mais peut être différent pendant les périodes de transition.
Lignes de biobandage Shorezone
Les lignes de biobandage de la zone côtière sont une représentation linéaire des différents types de biotes (flore et faune) et de leur distribution, ou de leur absence, présents dans l'unité côtière.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **
Biodiversité associée au relevé du pétoncle géant aux Iles de la Madeleine
Un relevé de recherche sur les pétoncles (principalement le pétoncle géant Placopecten magellanicus, mais aussi le pétoncle d’Islande Chlamys islandica) effectué à l'aide d'une drague a été réalisé par le MPO (Pêches et Océans Canada) tous les 1 ou 2 ans depuis 1992 aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20). L'objectif principal de ce relevé de recherche était d'évaluer les stocks de pétoncle géant. Un autre objectif était de documenter les taxons dans la capture associée à l'habitat de pétoncle selon un plan d'échantillonnage aléatoire fixe. Les occurrences de 2021 et 2022 sont présentées ici par espèce (ou taxon) par station. À partir de 2021, les captures étaient pesées et des spécimens photographiés, avec l’information disponible sur demande. La validité taxonomique et géographique des données a été vérifiée et le registre mondial des espèces marines a servi d'autorité taxonomique pour nommer tous les taxons enregistrés lors du relevé. Les invertébrés épibenthiques (principalement des mollusques, échinodermes et crustacés) ainsi que des poissons démersaux ont été identifiés à partir des captures de la drague. Le jeu de données historiques (1992-2019) est diponible à partir du lien suivant : https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/71732ad5-5c70-4dbf-916d-a94e1380c53bL'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs autour de 25 à 35 m. Un tir aléatoire des stations d’échantillonnage est réalisé à partir d’une grille de station fixe. L'échantillonnage est fait le long de transects à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d'étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle Digby doublée (maille de 20 mm) sur approximativement 500 m le long du fond marin. Les quatre paniers de la drague sont examinés pour tous les pétoncles et aussi, débutant en 2022, pour les poissons. Un panier (le premier du côté tribord) est trié et examiné pour les espèces associées. La plupart des spécimens sont comptés par taxon. La présence ou l’abondance relative des organismes trop petits et nombreux, ou coloniaux, est notée. Des cas particuliers sont parfois conservés pour l'analyse taxonomique, par exemple, les ascidies (pour surveiller les espèces envahissantes) et les éponges (pour documenter de nouvelles espèces). La disponibilité de photos et de certains spécimens conservés permet un examen futur. Des changements sont anticipés dans les identifications, notamment pour les Bryozoaires, les Hydrozoaires et les Porifères, qui font actuellement l'objet d'efforts de recherche.
Enquête D' Été Sur Les Navires De Recherche Dans Les Maritimes
Les missions « estivales » ont lieu en juin, en juillet et en août. Elles ciblent le plateau néo-écossais et la baie de Fundy (c.-à-d. 4VWX et 5Yb; leur portée a récemment été élargie pour inclure le chenal Laurentien et le banc de Georges [5Zc]). Parmi les données recueillies figurent les prises totales en nombre et en poids par espèce. Les données sur les fréquences de longueurs sont disponibles pour la plupart des espèces, et celles sur l’âge, le sexe, la maturité et le poids le sont pour un sous-ensemble d’individus. D’autres données telles que le matériel permettant de déterminer l’âge, le matériel génétique et le contenu stomacal sont souvent recueillies, mais elles sont stockées ailleurs.Les croisières "d'été" ont lieu en mai, juin, juillet et août et qui se concentrent sur le plateau néo-écossais et la baie de Fundy (c.-à-d. les divisions 4VWX).Citer ces données comme suit: Clark, D., Emberley, J. Données de: ENQUÊTE D' ÉTÉ SUR LES NAVIRES DE RECHERCHE DANS LES MARITIMES. Date de publication: Janvier 2021. Division de l’écologie des population, Pêches et Océans Canada, Dartmouth (Nouvelle-Écosse). https://open.canada.ca/data/en/dataset/1366e1f1-e2c8-4905-89ae-e10f1be0a164
Catalogue écologique (anciennement AquaCat)
Compendium de rapports fournissant des informations sur les animaux et les plantes aquatiques et terrestres, les sols, les eaux de surface, les eaux souterraines, ainsi que les fichiers de données et les cartes qui les accompagnent** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **
Limites du bassin versant, telles que définies par la Loi de 2008 sur la protection du lac Simcoe
L'Office de protection de la nature de la region du lac Simcoe utilise ces limites pour gerer la planification a l'echelle du bassin versant, dans le cadre de la _Loi de 2008 sur la protection du lac Simcoe_. Instructions pour telecharger cet ensemble de donnees * Cliquez sur le lien ci-dessous et faites defiler la page jusqu'a ce que vous trouviez les **Options de transfert** dans la section **Information sur la distribution**. * Selectionnez le lien a cote de l'etiquette Donnees a telecharger. * Vous devez fournir votre nom, le nom de votre organisation et votre adresse courriel afin d'acceder a l'ensemble de donnees. Ce produit necessite l'utilisation de logiciels du SIG. *[SIG]: système d’information géographique** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie. Les valeurs françaises pour le titre et la description du jeu de données proviennent de la province de l’Ontario alors que celles des mots-clés et des noms des ressources sont le résultat d'une traduction automatique (Amazon Translate) **
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