La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

L’humidité totale du sol est la quantité modélisée d’eau disponible pour les plantes (en mm) dans la zone racinaire du sol. La valeur donnée est la quantité calculée comme étant présente le jour modélisé du produit. Les valeurs sont calculées à l’aide du modèle adaptatif du bilan hydrique des sols (MABH).

Données sur les prises, l’effort de pêche, les emplacements (latitude, longitude), les indices d’abondance relative ainsi que données biologiques connexes provenant de relevés au chalut de fond sur plusieurs espèces de poissons de fond sur la côte ouest de Haida Gwaii.IntroductionLe premier relevé synoptique au chalut de fond de la côte ouest d'Haida Gwaii (COHG) a été réalisé de 2006 à 2008, puis on a répété l’opération tous les deux ans depuis. Le relevé a été reporté en raison de la pandémie de COVID-19. Ce relevé fait partie d'un ensemble de relevés à long terme coordonnés qui couvre le plateau continental et le haut du talus de la majorité de la côte de la Colombie-Britannique. Les autres sont le relevé du bassin Reine-Charlotte (BRC), le relevé du détroit d’Hecate (DH), le relevé de la côte ouest de l’île de Vancouver (COIV), et le relevé du détroit de Georgie (DG). Ces relevés servent à obtenir des indices d’abondance indépendants de la pêche pour toutes les espèces de poissons démersaux pouvant être pêchées au chalut de fond, ainsi qu’à prélever des échantillons biologiques d’espèces précises. Ce relevé est réalisé selon un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié, et les unités d’échantillonnage sont des blocs de deux kilomètres carrés.Les relevés synoptiques au chalut de fond sont réalisés par Pêches et Océans Canada (MPO) en collaboration avec la Canadian Groundfish Research and Conservation Society (CGRCS), un organisme sans but lucratif composé de participants au chalutage commercial du poisson de fond en Colombie-Britannique. Les relevés du détroit de la Reine-Charlotte et de la côte Ouest de Haida Gwaii sont réalisés en vertu d’accords de collaboration, la CGRCS fournissant des bateaux de pêche commerciale affrétés et des techniciens de terrain, tandis que MPO apporte des contributions en nature pour l’exécution des relevés, dont du personnel et de l’équipement. Les relevés du détroit d’Hécate, de la côte Ouest de l’île de Vancouver et du détroit de Georgie sont effectués par le MPO, généralement à partir d’un navire de recherche de la Garde côtière canadienne. Jusqu’en 2016, ce navire était le NGCC W. E. Ricker. Depuis 2021, les relevés sont effectués à partir du NGCC Sir John Franklin. Les années où aucun navire de la garde côtière n’était disponible, les relevés du détroit d’Hécate, de la côte Ouest de l’île de Vancouver et du détroit de Georgie ont été effectués à partir de navires de l’industrie nolisés. Les données de ces relevés sont également présentées dans le rapport de synthèse des données de poissons de fond (Anderson et al. 2019).EffortCe tableau contient de l’information sur les sorties de relevé et les activités de pêche (traits de chalut/calées) faisant partie de cette série de relevés. L’information sur les sorties comprend l’année où le relevé a été effectué, un identificateur unique de la sortie, le navire ayant réalisé le relevé et les dates de début et de fin de la sortie (les dates auxquelles le navire n’était pas à quai et servait à effectuer le relevé). L’information sur la calée comprend la date, l’heure, le lieu et la profondeur auxquels la pêche a eu lieu, de même que de l’information pouvant être utilisée pour calculer l’effort de pêche (durée) et la zone balayée. Toutes les activités de pêche fructueuses sont incluses, indépendamment des prises.PrisesCe tableau contient l’information sur les prises lors des activités de pêche fructueuses. Les prises sont indiquées en fonction de l’espèce et du niveau taxonomique le plus bas possible. La plupart des prises sont pesées, mais certaines sont trop petites (« traces ») ou trop importantes (par ex. très grosse raie biocellée). L’identificateur unique de sortie et le numéro de trait sont inclus afin de pouvoir relier les prises et l’information sur l’activité de pêche (y compris le lieu de prise).BiologieCe tableau contient les données biologiques pour les prises qui ont été échantillonnées. Les données peuvent inclure la longueur, le sexe, le poids ou l’âge. Différents types de longueurs sont mesurées selon les espèces. Les structures d’âge sont recueillies dans la mesure du possible pour les espèces pour lesquelles il existe des méthodes de détermination de l’âge validées et elles sont archivées jusqu’à ce que cette information soit nécessaire pour une évaluation; par conséquent, l’âge de toutes les structures existantes n’a pas été établi à ce point. L’identificateur unique de sortie et le numéro de trait sont inclus afin de pouvoir relier les échantillons à l’information sur l’activité de pêche et la prise.BiomasseCe tableau contient les indices de biomasse relatifs des espèces qui ont été prises dans chaque relevé de la série chronologique. Le coefficient de variation et les intervalles de confiance à 95 % estimés par la méthode de boostrap sont indiqués pour chaque indice. Le rapport de synthèse des données sur le poisson de fond (Anderson et coll., 2019) explique comment les indices de la biomasse relative sont dérivés. Il faut noter que nous ne calculons pas un indice de biomasse pour le relevé de la côte Ouest de Haida Gwaii de 2014 puisque ce relevé était incomplet en raison de problèmes opérationnels.

OBJECTIF :S’inscrivant dans une série d’études menées depuis deux décennies, cette étude vise à fournir une synthèse complète des effets de la pêche et des changements environnementaux sur les pêches dans le lac Great Bear. Les principaux objectifs consistent à évaluer les caractéristiques démographiques et le statut actuel des espèces pêchées, en mettant l’accent sur l’évaluation des niveaux de pêche durable du touladi, une espèce adaptée au froid avec une niche thermique relativement étroite. Dans le cadre de cette étude, les tendances relatives à la qualité de l’eau et à la productivité primaire sont surveillées pour évaluer les effets potentiels des changements sur les pêches. DESCRIPTION :Le lac Great Bear, un des plus grands lacs d’Amérique du Nord, contient des espèces de poissons importantes sur le plan culturel et récréatif. Il est situé dans le cercle subarctique et arctique. S’inscrivant dans une série d’études menées depuis deux décennies visant à fournir une synthèse complète des effets de la pêche et des changements environnementaux sur les pêches dans le lac Great Bear, les principaux objectifs de cette étude consistent à évaluer les caractéristiques démographiques et le statut actuel des espèces pêchées, en mettant l’accent sur l’évaluation des niveaux de pêche durable du touladi, une espèce adaptée au froid avec une niche thermique relativement étroite. Dans le cadre de cette étude, les tendances relatives à la qualité de l’eau sont surveillées pour évaluer les effets potentiels des changements sur les pêches. De 2012 à 2019, des données sur la température de l’eau de surface ont été recueillies à des profondeurs de 0,1 à 1,0 mètre à l’aide de sondes multiparamètres HYDROLAB Série 5 lors d’activités d’échantillonnages réalisées en partenariat par la communauté et en collaboration avec Pêches et Océans Canada et des partenaires universitaires.Le projet suscite une forte participation communautaire, y compris les jeunes grâce au programme des gardes-pêche, afin de faciliter le renforcement des capacités et le leadership de la communauté dans la surveillance à long terme des pêches dans le lac Great Bear et l’écosystème aquatique. Ces données constituent le début d’une série d’ensembles de données de référence sur la qualité de l’eau de ce lac. Elles permettront de mieux comprendre les effets cumulatifs des changements climatiques sur le fonctionnement des écosystèmes des grands lacs nordiques et fourniront un point de référence pour la surveillance des changements ultérieurs. Ces données seront importantes afin d’élaborer des stratégies efficaces pour s’assurer que la communauté continue de surveiller le milieu aquatique et pour gérer les ressources naturelles, en particulier les poissons, qui devraient être de plus en plus importants pour les communautés avec le déclin d’autres aliments traditionnels tels que le caribou.Nous reconnaissons que les données ont été recueillies dans la région désignée du Sahtù et qu’elles sont rendues publiques avec l’accord du Conseil des ressources renouvelables de Délı̨nę (Délı̨nę Ɂehdzo Got’ı̨nę).Les collaborateurs comprennent la communauté des partenaires de Délı̨nę (collecte de données), le Conseil des ressources renouvelables de Délı̨nę, l’Université du Manitoba, l’université de Queens, l’Université de la Colombie-Britannique, l’Université de l’Alberta, Environnement et Changement climatique Canada, la Commission des pêcheries des Grands Lacs et l’Office des ressources renouvelables du Sahtú. La communauté des partenaires de Délı̨nę et les travailleurs sur le terrain qui ont participé à la collecte de données incluent Daniel Baton, Morris Betsidea, Joey Dillion, Jade English, Stanley Ferdanan, Bruce Kenny, Elaine Kenny, Darren Kenny, Greg Kenny, Joseph Kenny, Rocky Kenny, Ted Mackienzo, George Menacho, Bobby Modeste, Gina Nyelle, Brent Taniton, Allison Tatti, Gerald Tutcho, Archie Vital, Barbara Yukon, Caroline Yukon, Chris Yukon et Cyre Yukon.Le financement et le soutien logistique ont été fournis par le Programme de surveillance des effets cumulatifs dans les Territoires du Nord-Ouest, le Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada, Environnement et Changement climatique Canada, l’Office des ressources renouvelables du Sahtú, le Programme du plateau continental polaire et Pêches et Océans Canada.

La base de données sur les contaminants dans les poissons est une compilation de données sur les contaminants analysés à partir d’échantillons de tissus de poissons à l’Institut des eaux douces, de 1970 à 2005. Les données comprennent le numéro de laboratoire, la région, l’analyse, les organes, les espèces, le lac, la forme (poisson entier, vidé non étêté, vidé sans tête), le poids, la longueur et les concentrations de contaminants. Le mercure total était le contaminant prédominant mesuré, mais les données comprennent un certain nombre d’échantillons qui ont été analysés pour les pesticides et d’autres contaminants. Les résultats ont été exprimés en parties par million (ppm) ou en parties par milliard (ppb) selon le paramètre analysé. Les concentrations sont exprimées en fonction du poids humide.

Données biologiques (poissons et échantillons) sur le hareng dans la base de données sur l’évaluation des stocks de hareng.

OBJECTIF :S’inscrivant dans une série d’études menées depuis deux décennies, cette étude vise à fournir une synthèse complète des effets de la pêche et des changements environnementaux sur les pêches dans le lac Great Bear. Les principaux objectifs consistent à évaluer les caractéristiques démographiques et le statut actuel des espèces pêchées, en mettant l’accent sur l’évaluation des niveaux de pêche durable du touladi, une espèce adaptée au froid avec une niche thermique relativement étroite. Dans le cadre de cette étude, les tendances relatives à la qualité de l’eau et à la productivité primaire sont surveillées pour évaluer les effets potentiels des changements sur les pêches. DESCRIPTION :Le lac Great Bear, un des plus grands lacs d’Amérique du Nord, contient des espèces de poissons importantes sur le plan culturel et récréatif. Il est situé dans le cercle subarctique et arctique. S’inscrivant dans une série d’études menées depuis deux décennies visant à fournir une synthèse complète des effets de la pêche et des changements environnementaux sur les pêches dans le lac Great Bear, les principaux objectifs de cette étude consistent à évaluer les caractéristiques démographiques et le statut actuel des espèces pêchées, en mettant l’accent sur l’évaluation des niveaux de pêche durable du touladi, une espèce adaptée au froid avec une niche thermique relativement étroite. Dans le cadre de cette étude, les tendances relatives à la qualité de l’eau sont surveillées pour évaluer les effets potentiels des changements sur les pêches. De 2021 à 2024, des données sur la température de l’eau de surface ont été recueillies à des profondeurs de 0,1 à 1,0 mètre à l’aide d’un appareil RBR Maestro3 lors d’activités d’échantillonnages réalisées en partenariat par la communauté et en collaboration avec Pêches et Océans Canada et des partenaires universitaires. Le projet suscite une forte participation communautaire, y compris les jeunes grâce au programme des gardes-pêche, afin de faciliter le renforcement des capacités et le leadership de la communauté dans la surveillance à long terme des pêches dans le lac Great Bear et l’écosystème aquatique. Ces données constituent le début d’une série d’ensembles de données de référence sur la qualité de l’eau de ce lac. Elles permettront de mieux comprendre les effets cumulatifs des changements climatiques sur le fonctionnement des écosystèmes des grands lacs nordiques et fourniront un point de référence pour la surveillance des changements ultérieurs. Ces données seront importantes afin d’élaborer des stratégies efficaces pour s’assurer que la communauté continue de surveiller le milieu aquatique et pour gérer les ressources naturelles, en particulier les poissons, qui devraient être de plus en plus importants pour les communautés avec le déclin d’autres aliments traditionnels tels que le caribou.Nous reconnaissons que les données ont été recueillies dans la région désignée du Sahtù et qu’elles sont rendues publiques avec l’accord du Conseil des ressources renouvelables de Délı̨nę (Délı̨nę Ɂehdzo Got’ı̨nę).Parmi les collaborateurs figurent la communauté des partenaires de Délı̨nę (collecte de données), le Conseil des ressources renouvelables de Délı̨nę, l’Office des ressources renouvelables du Sahtú et l’Université du Manitoba. La communauté des partenaires de Délı̨nę et les travailleurs sur le terrain qui ont participé à la collecte de données incluent Chris Yukon, Archie Vital, Ted Mackienzo, Daniel Baton, Lloyd Baton, Simon Neyelle et Stanley Ferdanan.Le financement et le soutien logistique ont été fournis par le Programme de surveillance des effets cumulatifs dans les Territoires du Nord-Ouest, l’Office des ressources renouvelables du Sahtú, le Programme du plateau continental polaire et Pêches et Océans Canada.

Grille de pH pour l'ensemble du fond de l'estuaire et du golfe St-Laurent incluant les zones peu profondes. Les données ont été obtenues par interpolation en 3D sur une grille de 1km x 1km x profondeur du fond. Toutes les données CTD disponibles échantillonnées lors des relevés mutidisciplinaires d'août et de septembre 2017 ont été utilisées.ObjectifDepuis 1990, le Ministère des Pêches et des Océans réalise annuellement un relevé multidisciplinaire dans l’estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent selon un protocole normalisé. Dans la région du sud du golfe, ces relevés au chalut de fond sont effectués tous les mois de septembre depuis 1971. Ces missions d’évaluation d’abondance et de biomasse des organismes marins sont une source importante d’information sur l’état des ressources marines. Les objectifs de ces relevés sont multiples: estimer l’abondance et la biomasse des poissons de fond et des invertébrés, préciser leur répartition spatiale et déterminer leurs caractéristiques biologiques; assurer un monitorage de la biodiversité de l’estuaire et du golfe, et finalement, évaluer les conditions environnementales du milieu observées au moment de la réalisation du relevé.Les relevés du sud du golfe sont effectués selon le protocole normalisé suivant :Hurlbut,T. and D.Clay (eds) 1990. Protocols for Research Vessel Cruises within the Gulf Region (Demersal Fish) (1970-1987). Can. MS Rep. Fish. Aquat. Sci. No. 2082: 143p.Les protocoles d’échantillonnage pour l’estuaire et le nord du golfe sont décrits en détail dans les publications suivantes :Bourdages, H., Archambault, D., Bernier, B., Fréchet, A., Gauthier, J., Grégoire, F., Lambert, J., et Savard, L. 2010. Résultats préliminaires du relevé multidisciplinaire de poissons de fond et de crevette d’août 2009 dans le nord du golfe du Saint-Laurent. Rapp. stat. can. sci. halieut. aquat. 1226 : xii+ 72 p. Bourdages, H., Archambault, D., Morin, B., Fréchet, A., Savard, L., Grégoire, F., et Bérubé, M. 2003. Résultats préliminaires du relevé multidisciplinaire de poissons de fond et de crevette d’août 2003 dans le nord du golfe du Saint-Laurent. Secr. can. consult. sci. du MPO. Doc. rech. 2003/078. vi + 68 p. Des rapports annuels sont disponibles auprès du Secrétariat canadien de consultation scientifique (SCCS), (http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas-sccs/index-fra.htm).Bourdages, H., Brassard, C., Desgagnés, M., Galbraith, P., Gauthier, J., Légaré, B., Nozères, C. et Parent, E. 2017. Résultats préliminaires du relevé multidisciplinaire de poissons de fond et de crevette d’août 2016 dans l’estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent. Secr. can. de consult. sci. du MPO. Doc. de rech. 2017/002. v + 88 p.

Les lignes de biobandage de la zone côtière sont une représentation linéaire des différents types de biotes (flore et faune) et de leur distribution, ou de leur absence, présents dans l'unité côtière.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

La Direction des sciences du ministère des Pêches et des Océans (MPO) a conçu un protocole de relevé multispécifique en plongée pour assurer une surveillance impartiale à l'échelle de la côte des stocks d'invertébrés benthiques (comme l'exige la Loi sur les pêches mise à jour) et des renseignements connexes sur l'habitat d'une série d'espèces d'invertébrés marins benthiques (vert (Strongylocentrotus droebachiensis), violet (S. purpuratus) et oursin rouge (Mesocentrotus franciscanus), panocanard(panopea generosa), concombre géant de mer rouge (Apostichopus californicus), ormeau nordique (Haliotis kamtschatkana), Étoile de mer de tournesol (Pycnopodia helianthoides)). D'après les renseignements disponibles à l'heure actuelle, le plan de relevé proposé peut fournir des estimations de l'état des stocks d'oursins rouges et de concombre rouge géant à l'échelle de la côte, ainsi que des indices d'abondance relative pour le panocanard, l'oursin vert, l'oursin violet, l'ormeau nordique et l'étoile de mer de tournesol.Le nouveau protocole a été mis à l'essai au moyen d'une série de relevés pilotes menés sur un sous-ensemble de zones de la côte de la Colombie-Britannique chaque année en septembre de 2016 à 2021. La conception des relevés pilotes reposait sur les données et l'expérience des relevés de plongée antérieurs et a démontré la faisabilité pratique du protocole, tout en recueillant des renseignements préliminaires pour orienter les recommandations sur la conception statistique de l'enquête.L'ensemble de données consiste en une base de données relationnelle contenant des tableaux représentant chaque composante de la méthodologie de l'enquête. L'élément principal du relevé est l'emplacement du transect. Le long de chaque transect, des quadrats systématiquement espacés sont échantillonnés, et sur chaque quadrat, des observations de substrat sont enregistrées, de multiples espèces d'algues sont enregistrées et plusieurs invertébrés individuels sont mesurés ou comptés. Les tables sont reliées par numéro de transect et numéro de quadrat.