Symbolisation et publication de l'ensemble de données de caractéristiques ISO BiologicEcologic. 5 septembre 2017.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

Les polygones de biobandage de la zone côtière sont une représentation spatiale des différents types de biotes (flore et faune) et de leur distribution, ou de leur absence, présents dans l'unité côtière.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

Le Réseau canadien de biosurveillance aquatique (RCBA) est un programme de biosurveillance aquatique visant à évaluer la santé des écosystèmes d'eau douce au Canada. Les macroinvertébrés benthiques sont récoltés sur un site et leurs dénombrements sont utilisés comme indicateurs de la santé de ce plan d'eau. Le RCBA se base sur l'approche du réseau de réseaux qui favorise la collaboration interorganisationnelle et le partage de données afin de produire des rapports cohérents et comparables sur la qualité de l'eau douce et les conditions des écosystèmes aquatiques au Canada. Le programme est mis à jour par Environnement et Changement climatique Canada (ECCC) pour soutenir la récolte, l'évaluation, la production de rapports et la distribution d'information sur la surveillance biologique. Un ensemble de protocoles RCBA normalisés à l'échelle nationale est utilisé pour la collecte sur le terrain, les travaux de laboratoire et l'analyse des données de surveillance biologique. Un programme de formation est disponible pour la certification des participants aux protocoles normalisés. Il y a deux types de sites dans la base de données RCBA (référence et test). Les sites de référence représentent les habitats les plus proches de «l’état naturel» avant toute perturbation anthropique. Les données provenant des sites de référence servent à créer des modèles de référence que les partenaires du RCBA utilisent pour évaluer leurs sites test selon une approche connue sous le nom d'approche des conditions de référence (ACR). À l'aide des modèles d'ACR, les partenaires du RCBA jumellent leurs sites test à des groupes de sites de référence pour des habitats similaires et comparent les communautés de macroinvertébrés observées. L'importance des divergences entre les communautés de sites test et les communautés de sites de référence permet aux partenaires du RCBA d'estimer la gravité des impacts à ces endroits. Les échantillons RCBA ont été récoltés depuis 1987 et sont organisés dans la base de données par étude (projet partenaire). Chaque étude comporte des données sur les sites, les habitats et les invertébrés benthiques, et ceci dans les 11 principaux bassins hydrologiques (MDA) du Canada. Des liens vers des données complémentaires sur la qualité de l'eau sont fournis lorsqu'elles sont disponibles. Les visites peuvent être effectuées au même endroit au fil du temps, les visites récurrentes étant identifiées par un nom d'étude / un code de site identique avec des dates différentes. Toutes les données recueillies par le gouvernement fédéral sont disponibles sur Open Data, et de plus en plus de partenaires y ajoutent continuellement leurs données. Les fichiers csv sont mis à jour sur une base mensuelle. Contactez le responsable d'étude RCBA pour demander l'autorisation d'accéder aux données non libres.

Les lignes de biobandage de la zone côtière sont une représentation linéaire des différents types de biotes (flore et faune) et de leur distribution, ou de leur absence, présents dans l'unité côtière.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

Fichier de points présentant une collection de points spatiaux GPS spécifiques enregistrés lors de l'enregistrement vidéo du rivage. Les points sont représentés par une latitude et une longitude spécifiques prises à une date et une heure spécifiques. Chacun est associé à un BIOSLIDE spécifique à un SHOREUNIT spécifique dans les données Shorezone** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

Bioterrain (TBT) contient des polygones dotés d'attributs clés et d'attributs fusionnés (concaténés) dérivés des attributs standard du RISC (Resource Inventory Standards Committee). Le TBT divise le paysage en unités à l'aide du système de classification du terrain de la Colombie-Britannique et de critères écologiques. Les attributs des polygones incluent (sans toutefois s'y limiter) les matériaux de surface, l'expression de la surface, les processus géomorphologiques, la classe de drainage et l'aspect. Les méthodes TBT comprennent l'interprétation manuelle de photos aériennes appuyée par une vérification sélective sur le terrain. La cartographie du bioterrain fait partie intégrante de la cartographie des écosystèmes et de ses produits dérivés. Cette couche est dérivée de la couche STE_TEI_ATTRIBUTE_POLYS_SP en filtrant sur l'attribut PROJECT_TYPE. Les types de projets incluent : TEM, TEMNSS, TEMPRE, TEMSEI, TEMSET, TEMTSM, TBS, TBT, TEMWHR, TEMSDM, TEMPRW et TEMSEW. Version actuelle : v11 (publiée le 03/10/2024) Versions précédentes : v10 (publiée le 14/11/2020), v9 (publiée le 01/05/2021), v8 (publiée le 01/09/2016)** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

Cette ressource documente un jeu de données sur les occurrences d’épifaune collectées en 2021 dans le cadre du programme KEBABB (Knowledge and Ecosystem-Based Approach in Baffin Bay) développé par Pêches et Océans Canada (MPO) en collaboration avec des partenaires universitaires. L’objectif général du programme KEBABB est de caractériser la variabilité et les tendances des conditions océanographiques physiques, chimiques et biologiques et des réseaux trophiques soutenant les pêches dans les écosystèmes de l’ouest de la baie de Baffin et du détroit de Lancaster. En 2021, le MPO a étendu le programme KEBABB au détroit de Barrow (KEBABS-Knowledge and Ecosystem-Based Approach in Barrow Strait), une zone productive clé de l’aire marine nationale de conservation de Tallurutiup Imanga. L’étude a eu lieu dans l’Arctique canadien de l’Est (principalement dans la baie de Baffin, détroit de Davis et détroit de Barrow). L’échantillonnage est effectué le long de transects à des stations fixes dans la zone d’étude. Les prises sont collectées avec un chalut Agassiz de 3 m (filet à mailles internes de 5 mm) pendant 3 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 1.5 nœuds et avec un chalut à perche benthique de 3 m (filet à mailles internes de 6.4 mm) pendant 15 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 3 nœuds. Un total de 16 stations ont été échantillonnées pour l’épifaune en 2021 entre 85 et 850 m. Les invertébrés épibenthiques sont identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible et photographiés. Tous les spécimens inconnus sont congelés. En laboratoire, les identifications sont validées ou précisées avec les photos et les spécimens congelés.Les données sont présentées en format Darwin Core et sont séparées en deux fichiers :Le fichier “Activité_épifaune_KEBABB_epifauna_event_fr” qui contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d’activité hiérarchique.Le fichier “Occurrence_épifaune_KEBABB_epifauna_fr” qui contient les occurrences taxonomiques.De plus amples détails sur l’échantillonnage se trouvent dans le rapport suivant : Pućko, M., Charette, J., Tremblay P., Brulotte S., St-Denis B., Ciastek S., Hedges, K., Kuzyk, Z., Roy V., and Michel, C. 2022. An ecosystem-based approach in the eastern Arctic: KEBABB/S (Knowledge and Ecosystem-Based Approach in Baffin Bay/Barrow Strait) 2021 expedition report. Can. Manuscr. Rep. Fish. Aquat. Sci. 3250: viii + 58 p. https://publications.gc.ca/collections/collection_2022/mpo-dfo/Fs97-4-3250-eng.pdfLIMITATION DE L’UTILISATION :Pour assurer l’intégrité scientifique et l’utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Description:Cet ensemble de données est constitué de résultats moyens mensuels des simulations des trois océans du Canada : l'Atlantique, le Pacifique et l'Arctique, de 2015 à 2017.Résumé tiré du rapport :Un modèle océanique numérique biogéochimique a été élaboré pour un domaine qui couvre les trois océans du Canada, soit l’océan Atlantique, l’océan Pacifique et l’océan Arctique. Le domaine s’étend jusqu’à 26° N dans l’Atlantique et 44° N dans le Pacifique, sur toute la largeur de chaque bassin ainsi que sur l’ensemble de l’océan Arctique. La résolution est modérée à élevée (≈ 0,25°, 75 niveaux). Une série de simulations ont été effectuées afin d’évaluer les meilleurs choix pour les paramètres du modèle biogéochimique dans les diverses régions, à l’aide de divers ensembles de données de validation, y compris les données satellitaires sur la couleur de l’océan (chlorophylle à la surface et carbone organique en particules, production primaire intégrée), la pCO2 en surface et les profils de profondeur des concentrations d’oxygène et de nitrate provenant des navires et des flotteurs Argo. En plus des valeurs des paramètres, les processus examinés comprennent les sédiments interactifs, les nutriments fluviaux, l’atténuation de la lumière par la matière organique fluviale colorée dissoute et la limitation en fer. Les résultats indiquent que l’ensemble optimal de paramètres est celui qui limite les pertes de phytoplancton au broutage et à d’autres processus afin d’assurer une forte diminution biologique du carbone inorganique dissous et des nutriments au printemps et à l’été; parmi les ensembles de paramètres testés, on a observé des rabattements insuffisants et des rabattements excessifs. La sensibilité à d’autres processus tels que les sédiments interactifs, les nutriments fluviaux ou l’atténuation par la matière organique colorée dissoute était faible dans la plupart des régions. Dans certaines régions, l’atténuation par la matière organique colorée dissoute ou la séquestration de nutriments dans les sédiments peut réduire considérablement la production primaire et la biomasse du zooplancton, et les nutriments fluviaux peuvent entraîner une réduction localisée de la pCO2 pouvant atteindre 60 μatm. La limitation en fer a un effet sur le modèle dans les régions généralement considérées comme présentant des réserves de fer; la création d’un modèle qui couvre avec succès les domaines limités en fer et les domaines non limités en fer nécessitera une spécification complète et précise des sources de fer et des puits à fer.

Pepin et ses collaborateurs (2014) ont affirmé que trois échelles spatiales imbriquées ont été désignées comme pertinentes aux fins de l’élaboration de résumés et de plans de gestion d’écosystèmes : l’échelle des biorégions, l’échelle des unités de production écosystémique (UPE) et l’échelle des écorégions. Une biorégion est composée d’une ou de plusieurs UPE, et une UPE consiste en une combinaison d’écorégions, qui représentent des éléments ayant des caractéristiques physiques et biologiques différentes, selon les critères d’analyse appliqués. Pepin et ses collaborateurs (2014) ont fait état de la consolidation des données et des analyses de la structure des écorégions pour les zones du plateau continental qui s’étendent de la mer du Labrador au golfe médio-atlantique et ont formulé des recommandations sur la désignation des UPE dans la zone visée par la Convention de l’OPANO. Les résultats de deux analyses en classification automatique à k moyennes (une avec des contraintes géographiques et l’autre sans contrainte) et les connaissances d’experts (y compris l’emplacement des écorégions, les connaissances sur la répartition des principales ressources marines et des grands stocks de poissons, et la proximité géographique aux fins de la désignation et de la délimitation des unités de gestion potentielles) ont guidé l’évaluation du groupe de travail sur la science et l’évaluation des écosystèmes de l’OPANO (Organisation des pêches de l’Atlantique Nord-Ouest). Le consensus final des discussions a permis de désigner huit (8) UPE principales qui pourraient être proposées comme unités de gestion (des isobathes de 50 mètres, où les données des navires de recherche étaient disponibles, vers le large jusqu’aux isobathes de 1 500 mètres); ces unités sont les suivantes : le Plateau du Labrador (sous zones de l’OPANO 2GH), le Plateau nord-est de Terre Neuve (sous-zones 2J3K), les Grands Bancs (sous zones 3LNO), le Bonnet Flamand (sous zone 3M), le Plate-forme Néo-Écossais (sous zones 4VnsWX), le Banc de Georges (portions des sous zones 5Ze et 5Zw), le Golfe du Maine (sous zone 5Y et portion de la sous zone 5Ze) et L’Anse Médio-Atlantique (portion de la sous zone 5Zw et des sous zones 6ABC). Le Plateau sud de Terre Neuve (sous-zone 3Ps) n’a pas été inclus dans l’analyse originale, car les données du relevé d’automne n’étaient pas disponibles. Cette zone a cependant été ajoutée ultérieurement à titre d’UPE, car une analyse supplémentaire de la structure et des tendances des communautés de poissons réalisée à l’aide des données du relevé du printemps a révélé que cette zone est fortement influencée par les UPE avoisinantes (NAFO 2015)Les unités de gestion potentielles proposées correspondent aux UPE qui désignent les principales zones des biorégions qui comportent un réseau trophique ou un système de production raisonnablement bien défini. Le groupe de travail a souligné que la solution consensuelle constitue un compromis dont le but est de définir les unités de gestion en fonction des limites des sous zones existantes de l’OPANO qui sont appropriées aux fins de l’établissement d’estimations pour l’écosystème et la production halieutique. Références : NAFO. 2015. Report of the 8th Meeting of the NAFO Scientific Council (SC) Working Group on Ecosystem Science and Assessment (WGESA). 17-26 November 2015, Dartmouth, Canada. NAFO SCS Doc. 15/19.Pepin, P., Higdon, J., Koen-Alonso, M., Fogarty, M., and N. Ollerhead. 2014. Application of ecoregion analysis to the identification of Ecosystem Production Units (EPUs) in the NAFO Convention Area. NAFO SCR Doc. 14/069.