Les lignes de biobandage de la zone côtière sont une représentation linéaire des différents types de biotes (flore et faune) et de leur distribution, ou de leur absence, présents dans l'unité côtière.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

Les polygones de biobandage de la zone côtière sont une représentation spatiale des différents types de biotes (flore et faune) et de leur distribution, ou de leur absence, présents dans l'unité côtière.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

Le Réseau canadien de biosurveillance aquatique (RCBA) est un programme de biosurveillance aquatique visant à évaluer la santé des écosystèmes d'eau douce au Canada. Les macroinvertébrés benthiques sont récoltés sur un site et leurs dénombrements sont utilisés comme indicateurs de la santé de ce plan d'eau. Le RCBA se base sur l'approche du réseau de réseaux qui favorise la collaboration interorganisationnelle et le partage de données afin de produire des rapports cohérents et comparables sur la qualité de l'eau douce et les conditions des écosystèmes aquatiques au Canada. Le programme est mis à jour par Environnement et Changement climatique Canada (ECCC) pour soutenir la récolte, l'évaluation, la production de rapports et la distribution d'information sur la surveillance biologique. Un ensemble de protocoles RCBA normalisés à l'échelle nationale est utilisé pour la collecte sur le terrain, les travaux de laboratoire et l'analyse des données de surveillance biologique. Un programme de formation est disponible pour la certification des participants aux protocoles normalisés. Il y a deux types de sites dans la base de données RCBA (référence et test). Les sites de référence représentent les habitats les plus proches de «l’état naturel» avant toute perturbation anthropique. Les données provenant des sites de référence servent à créer des modèles de référence que les partenaires du RCBA utilisent pour évaluer leurs sites test selon une approche connue sous le nom d'approche des conditions de référence (ACR). À l'aide des modèles d'ACR, les partenaires du RCBA jumellent leurs sites test à des groupes de sites de référence pour des habitats similaires et comparent les communautés de macroinvertébrés observées. L'importance des divergences entre les communautés de sites test et les communautés de sites de référence permet aux partenaires du RCBA d'estimer la gravité des impacts à ces endroits. Les échantillons RCBA ont été récoltés depuis 1987 et sont organisés dans la base de données par étude (projet partenaire). Chaque étude comporte des données sur les sites, les habitats et les invertébrés benthiques, et ceci dans les 11 principaux bassins hydrologiques (MDA) du Canada. Des liens vers des données complémentaires sur la qualité de l'eau sont fournis lorsqu'elles sont disponibles. Les visites peuvent être effectuées au même endroit au fil du temps, les visites récurrentes étant identifiées par un nom d'étude / un code de site identique avec des dates différentes. Toutes les données recueillies par le gouvernement fédéral sont disponibles sur Open Data, et de plus en plus de partenaires y ajoutent continuellement leurs données. Les fichiers csv sont mis à jour sur une base mensuelle. Contactez le responsable d'étude RCBA pour demander l'autorisation d'accéder aux données non libres.

Symbolisation et publication de l'ensemble de données de caractéristiques ISO BiologicEcologic. 5 septembre 2017.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

Une analyse documentaire, mettant l'accent sur la toxicologie et les études écologiques des produits des sables bitumineux (p. ex., bitume dilué), des diluants, des agents de traitement des déversements et du pétrole brut dans le nord-est du Pacifique, a été préparée dans le cadre du Programme de sécurité de classe mondiale pour les navires-citernes. Seulement 14 des 763 références analysées portaient sur le bitume dilué ou d'autres pétroles bruts, ce qui indique la nécessité d'une recherche plus poussée au sujet des effets de ces produits sur le milieu marin. La recherche sur les diluants semble indiquer que les périodes d'évaporation et de dispersion de ces composantes sont relativement courtes; par contre leurs hauts niveaux de toxicité pourraient représenter une menace pour le biote marin. Les études historiques indiquent que les anciennes formulations d'agents dispersants avaient des répercussions écologiques potentielles; il est donc nécessaire d'évaluer pleinement les nouvelles formulations pour déterminer leurs répercussions possibles. Le non-respect des normes de toxicologie est encore fréquent, ce qui nuit aux analyses de sensibilité des espèces. Selon la documentation d'Exxon Valdez, les répercussions pour un type de pétrole donné peuvent varier grandement; il est donc important de recueillir des données de base et des renseignements sur l'état du rétablissement et de déterminer les paramètres écologiques pertinents.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

Cette ressource documente un jeu de données sur les occurrences d’épifaune collectées en 2021 dans le cadre du programme KEBABB (Knowledge and Ecosystem-Based Approach in Baffin Bay) développé par Pêches et Océans Canada (MPO) en collaboration avec des partenaires universitaires. L’objectif général du programme KEBABB est de caractériser la variabilité et les tendances des conditions océanographiques physiques, chimiques et biologiques et des réseaux trophiques soutenant les pêches dans les écosystèmes de l’ouest de la baie de Baffin et du détroit de Lancaster. En 2021, le MPO a étendu le programme KEBABB au détroit de Barrow (KEBABS-Knowledge and Ecosystem-Based Approach in Barrow Strait), une zone productive clé de l’aire marine nationale de conservation de Tallurutiup Imanga. L’étude a eu lieu dans l’Arctique canadien de l’Est (principalement dans la baie de Baffin, détroit de Davis et détroit de Barrow). L’échantillonnage est effectué le long de transects à des stations fixes dans la zone d’étude. Les prises sont collectées avec un chalut Agassiz de 3 m (filet à mailles internes de 5 mm) pendant 3 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 1.5 nœuds et avec un chalut à perche benthique de 3 m (filet à mailles internes de 6.4 mm) pendant 15 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 3 nœuds. Un total de 16 stations ont été échantillonnées pour l’épifaune en 2021 entre 85 et 850 m. Les invertébrés épibenthiques sont identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible et photographiés. Tous les spécimens inconnus sont congelés. En laboratoire, les identifications sont validées ou précisées avec les photos et les spécimens congelés.Les données sont présentées en format Darwin Core et sont séparées en deux fichiers :Le fichier “Activité_épifaune_KEBABB_epifauna_event_fr” qui contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d’activité hiérarchique.Le fichier “Occurrence_épifaune_KEBABB_epifauna_fr” qui contient les occurrences taxonomiques.De plus amples détails sur l’échantillonnage se trouvent dans le rapport suivant : Pućko, M., Charette, J., Tremblay P., Brulotte S., St-Denis B., Ciastek S., Hedges, K., Kuzyk, Z., Roy V., and Michel, C. 2022. An ecosystem-based approach in the eastern Arctic: KEBABB/S (Knowledge and Ecosystem-Based Approach in Baffin Bay/Barrow Strait) 2021 expedition report. Can. Manuscr. Rep. Fish. Aquat. Sci. 3250: viii + 58 p. https://publications.gc.ca/collections/collection_2022/mpo-dfo/Fs97-4-3250-eng.pdfLIMITATION DE L’UTILISATION :Pour assurer l’intégrité scientifique et l’utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Découvertes historiques de Pristiphora geniculata

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

Les données sur le zooplancton et l'ichtyoplancton sont archivées dans la base de données de zooplancton à l'Institute des Sciences Océaniques. Les données disponibles ont été recueillies de 1980 à 2018 sur les enquêtes menées dans les eaux océaniques et côtières de l'océan Pacifique Nord-Est à l'aide des filets a plancton tirés verticalement dans la colonne d'eau, et sont une extraction de biomasse pour tous les principaux taxons. La majorité de l'échantillonnage du plancton a été effectuée en tirant les filets de 10 mètres au-dessus du fond de la mer, ou à une profondeur maximale approximative de 250 mètres, jusqu’au surface de l’océan. Pour d'autres demandes de données, veuillez utiliser les informations de contact fournies.