OBJECTIF :La chlorophylle a est un pigment photosynthétique commun aux algues aquatiques, et sa mesure peut fournir une estimation de l’abondance des algues flottant librement dans un système aquatique. Depuis plus de 40 ans, le bureau de Pêches et Océans Canada – Laboratoire des Grands Lacs pour les pêches et les sciences aquatiques (MPO-LGLPSA) à Sault Ste. Marie (Ontario) recueille des échantillons d’eau afin d’effectuer une analyse spectrophotométrique de la chlorophylle a, produisant des données sous forme de mg/m3. La collecte de données sur la chlorophylle a a généralement été effectuée pour aider à caractériser le niveau de productivité primaire des systèmes aquatiques, car cela peut influer sur l’abondance des poissons. Il s’agissait d’une mesure supplémentaire de la qualité de l’habitat du poisson dans ces systèmes qui servira à divers projets liés au poisson pertinents au mandat du MPO. L’uniformité de la collecte des données dépendait de la durée de chaque projet et du financement disponible. DESCRIPTION :L’étude initiale a permis de recueillir des données sur la chlorophylle a des cinq lacs du bassin des lacs Turkey (BLT – nord et sud des lacs Batchawana, lac Wishart, lac Little Turkey et lac Turkey) ainsi que du lac Quinn, qui est situé à l’extérieur du BLT (voir Smokorowski et coll., 2006) en partenariat avec Environnement et Changement climatique Canada (ECCC) et Ressources naturelles Canada (RNCan) dans le cadre de l’Initiative canadienne sur les pluies acides. On a entrepris l’étude du bassin du BLT en 1979 pour évaluer les répercussions des pluies acides sur les écosystèmes terrestres et aquatiques. Cet ensemble de données comprend des données sur la chlorophylle a recueillies dans cinq lacs du BLT et le lac Quinn (données également recueillies par le Service canadien de la faune et ECCC) de 1983 à 2010, y compris quelques lacunes de durée variable (Webster et coll., 2021). Il convient de souligner qu’une destruction expérimentale de l’habitat a eu lieu dans certains lacs du BLT et dans le lac Quinn en 1999 et 2000. Plus précisément, à l’automne 1999, 50 % des matériaux ligneux grossiers ont été enlevés des rives des lacs Little Turkey et Quinn, et à l’automne 2000, 50 % des matériaux ligneux grossiers ont été enlevés des rives du lac Wishart (détails dans Smokorowski et coll. 2006). Sommaire des méthodes : L’échantillonnage n’a été effectué que pendant la saison des eaux libres, et la fréquence et l’étendue de la fréquence d’échantillonnage dans chaque plan d’eau varient en fonction du projet et du financement. Il n’y a pas de données sur la chlorophylle a pour les années 1986, 1989-1990, 1996-1997, 2006-2007 et 2009.L’échantillonnage a été réalisé en rinçant sur place, au moins trois fois, des bouteilles en polyéthylène brun opaque de 1 L nettoyées. Pour les échantillons prélevés à la main, la bouteille a été immergée sous la surface (moins de 0,5 mètre) pour prélever l’échantillon. Des échantillons dans des tubes composites ont été prélevés à l’aide d’un tube d’échantillonnage d’eau intégré recueillant de l’eau de l’épilimnion de toute la colonne d’eau jusqu’à une profondeur de cinq mètres. Jusqu’à cinq échantillons de 1 L (1 000 ml) ont été prélevés par station et envoyés au laboratoire sur glace. Chaque échantillon de 1 litre a été filtré au moyen de filtres en fibre de verre (Whatman GF/C de 42,5 mm) dans le jour suivant l’échantillonnage, puis congelé avant l’analyse standard de la chlorophylle a (American Public Health Association [APHA] 1985). De 1983 à 1998, les concentrations de chlorophylle a (mg/L) ont été calculées sur la base de la méthode de l’APHA de 1985; de 1998 à aujourd’hui, le calcul est basé sur la méthode de l’APHA de 1998. Les renseignements de l’ensemble de données d’échantillonnage comprennent les géoréférences des emplacements d’échantillonnage, les données brutes pour les calculs de chlorophylle a et les concentrations de chlorophylle a calculées à l’aide des méthodes APHA (1985) et APHA (1998). Cet ensemble de données a été publié en partenariat avec le Projet Living Data de l'institut canadian d'écologie et d'évolution, qui a été financée par un subvention de financement du Programme FONCER du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada. Nous tenons à remercier Caroline Dallstream pour ses efforts dans la publication de cet ensemble de données. MÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :Sommaire des méthodes : L’échantillonnage n’a été effectué que pendant la saison des eaux libres, et la fréquence et l’étendue de la fréquence d’échantillonnage dans chaque plan d’eau varient en fonction du projet et du financement. Il n’y a pas de données sur la chlorophylle a pour les années 1986, 1989-1990, 1996-1997, 2006-2007 et 2009.L’échantillonnage a été réalisé en rinçant sur place, au moins trois fois, des bouteilles en polyéthylène brun opaque de 1 L nettoyées. Pour les échantillons prélevés à la main, la bouteille a été immergée sous la surface (moins de 0,5 mètre) pour prélever l’échantillon. Des échantillons dans des tubes composites ont été prélevés à l’aide d’un tube d’échantillonnage d’eau intégré recueillant de l’eau de l’épilimnion de toute la colonne d’eau jusqu’à une profondeur de cinq mètres. Jusqu’à cinq échantillons de 1 L (1 000 ml) ont été prélevés par station et envoyés au laboratoire sur glace. Chaque échantillon de 1 litre a été filtré au moyen de filtres en fibre de verre (Whatman GF/C de 42,5 mm) dans le jour suivant l’échantillonnage, puis congelé avant l’analyse standard de la chlorophylle a (American Public Health Association [APHA] 1985). De 1983 à 1998, les concentrations de chlorophylle a (mg/L) ont été calculées sur la base de la méthode de l’APHA de 1985; de 1998 à aujourd’hui, le calcul est basé sur la méthode de l’APHA de 1998. Les renseignements de l’ensemble de données d’échantillonnage comprennent les géoréférences des emplacements d’échantillonnage, les données brutes pour les calculs de chlorophylle a et les concentrations de chlorophylle a calculées à l’aide des méthodes APHA (1985) et APHA (1998).LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Compendium de rapports fournissant des informations sur les animaux et les plantes aquatiques et terrestres, les sols, les eaux de surface, les eaux souterraines, ainsi que les fichiers de données et les cartes qui les accompagnent** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

Les pigments de phytoplancton, déterminés par chromatographie liquide à haute performance (CLHP), sont mesurés sur les croisières du MPO trois fois par année en février, en juin et en août/septembre le long de la ligne P dans le nord-est du Pacifique subarctique. L’échantillonnage des pigments de phytoplancton a commencé en 2006 aux cinq stations principales de la ligne P et a été étendu aux vingt-sept stations le long du transect en juin 2010.

La reproduction sexuée est essentielle à la résilience des herbiers marins touchés par la dégradation de l'habitat ou les changements environnementaux, car des banques de semences robustes permettent à de nouvelles pousses de s'établir chaque année. Les stratégies de reproduction des herbiers marins s'étendent sur un continuum allant de strictement annuel à vivace, en fonction des conditions environnementales locales. Nous avons examiné la dynamique de reproduction des herbiers de Zostera marina sur six sites de la côte atlantique du Canada afin de caractériser la manière dont les stratégies du cycle de vie sont façonnées par le milieu environnant. Les sites ont été classés comme protégés contre les vagues et exposés aux vagues, où les sites protégés étaient chauds, peu profonds, avec peu de mouvement d'eau et des sédiments boueux, et les sites exposés étaient peu profonds ou profonds, avec de l'eau plus froide et des sédiments sableux. Alors que des stratégies de cycle biologique mixtes étaient évidentes à tous les sites, les herbiers de zostères protégés présentaient à la fois l'effort de reproduction sexuelle le plus élevé et le plus faible par rapport aux herbiers exposés. Ces herbiers subissaient régulièrement des contraintes thermiques, avec une plage de température plus élevée et des épisodes de fortes températures d’eau prolongés par rapport aux herbiers exposés. Le développement des pousses reproductrices était similaire dans tous les sites avec des degrés-jours de croissance comparables au début et à la fin de l'anthèse, mais la première date de floraison était plus précoce dans les sites protégés plus chauds par rapport aux sites exposés. Avec différentes densités de pousses reproductrices entre les sites, la production de graines, la rétention des graines et le recrutement des semis ont également fortement varié. Un seul site, situé dans une lagune chaude, peu profonde et protégée, contenait une population à cycle biologique mixte avec un effort de reproduction élevé (33,7 %), une banque de graines solide et un établissement de semis élevé. Cependant, une population principalement pérenne avec le plus faible effort de reproduction (0,5%) a été identifiée sur le site le plus chaud, ce qui suggère que les conditions ici ne pouvaient pas soutenir une reproduction sexuée élevée. La robustesse des banques de graines était fortement liée à la densité des pousses reproductrices, bien que le rôle de la rétention des graines, de la germination et de la survie des semis nécessite une étude plus approfondie. Notre étude donne un aperçu d'un aspect clé de la résilience des herbiers marins et suggère que les évaluations de la résilience devraient inclure la densité des pousses reproductrices pour éclairer la gestion et la protection des herbiers.Citer ces données comme suit : Vercaemer B. et Wong M. Écologie reproductive de Zostera marina L. (zostère marine) dans diverses conditions environnementales. Date de publication Mai 2022. Division de la science des écosystèmes côtiers, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/56cfea6f-aeca-47ed-94ab-c519d9e63c91

Les pigments de phytoplancton, déterminés par chromatographie liquide à haute performance (CLHP), sont mesurés sur les croisières La Pérouse du MPO depuis 2011. Des échantillons de surface sont prélevés le long d’une série de transects au large de la côte ouest de l’île de Vancouver deux fois par année, habituellement en mai/juin et au début de septembre.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

Un relevé de recherche sur le buccin commun (Buccinum undatum) est réalisé bisannuellement dans trois secteurs de l’estuaire du Saint-Laurent depuis 2005 afin d’évaluer l’abondance du buccin et des espèces benthiques associées à l’habitat du buccin. Seules les données des espèces benthiques associées à l’habitat du buccin sont présentées dans ce jeu de données. Le relevé a été mis en place en 2005 à la suite de la pêche intensive du début des années 2000 dans la région de la Haute-Côte-Nord. Les trois secteurs couverts par le relevé étaient basés sur la distribution de l’effort de la pêche commerciale de 2001 à 2004.Les relevés ont été effectués entre la mi-juillet et le début d’août de 2005 à 2019 sur la rive nord de l’estuaire du Saint-Laurent entre Portneuf-sur-Mer et Baie-Comeau selon un plan d'échantillonnage à stations fixes. Trois secteurs ont été inventoriés à chaque relevé, soit Forestville (69°03’11"W-48° 39’24"N et 68°56’02"W-48° 46’16"N), Pointe-aux-Outardes (68°35’53"W-48° 59’32"N et 68°25’30"W-49° 01’06"N) et Baie-Comeau (68°06’04"W-49° 08’40"N et 68°05’10"W-49° 12’26"N). Depuis 2007, le plan d’échantillonnage est constitué de 55 stations à Forestville, 26 stations à Pointe-aux-Outardes et de 11 stations à Baie-Comeau. L'intervalle de profondeur ciblé aux trois secteurs était d'environ 5 à 40 m. Les spécimens ont été récoltés à l’aide d’une drague à pétoncle de type Digby d’une largeur totale de 3.04 m constituée de quatre paniers doublés de Vexar™ de 19 mm de maillage afin de récolter les petits individus. Les positions début et fin ont été notées pour calculer la distance parcourue à chaque trait à l'aide de la bibliothèque geosphere de R. Depuis 2011, la distance moyenne des traits était d’environ 300 m. La superficie couverte à chaque trait était le produit de la largeur de la drague et de la distance.Les trois fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont reliés par la clé « IDactivité ». Le fichier «Information_activité» comprend les informations génériques de l'activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «information_supplémentaire_activité_et_occurrence» comprend notamment la taille de l'échantillon, le protocole et l’effort d’échantillonnage. Le fichier «occurrence_taxon» comprend la taxonomie des espèces observées, identifiées à l’espèce ou au niveau taxonomique le plus bas possible. Pour obtenir l’évaluation de l’abondance et de la biomasse, communiquez avec Virginie Roy (virginie.roy@dfo-mpo.gc.ca).Pour les contrôles de qualité, tous les noms taxonomiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ « IDnomScientifique » du fichier d'occurrence. Les cas spéciaux ont été notés dans le champ « commentairesIdentification » et certains spécimens sélectionnés ont été confirmés à l'aide de photos de terrain. Les contrôles de la qualité des données ont été effectués à l'aide des bibliothèques R obistools et worrms. Tous les emplacements d'échantillonnage ont été validés spatialement.

Cet ensemble de données accompagne l’article accessible à tous intitulé « Improving satellite chlorophyll-a retrieval in the turbid waters of the Bay of Fundy, Canada », publié dans Estuaries and Coasts (https://doi.org/10.1007/s12237-024-01334-x). Une description complète des méthodes est fournie dans l’article. En bref, nous avons traité les données satellitaires quotidiennes du MODIS (spectroradiomètre imageur à résolution moyenne) du satellite Aqua de 2003 à 2021 à une résolution de 300 m afin de comprendre et de quantifier les tendances spatiales et temporelles de la concentration de chlorophylle a (chl a, une mesure de la biomasse du phytoplancton), et la concentration de matières particulaires en suspension (MPS) dans les eaux de surface de la baie de Fundy. Cet ensemble de données fournit la climatologie annuelle et saisonnière médiane de la chl a (mg m-3) et des MPS (g m-3) de 2003 à 2021 en sous forme de couches GeoTIFF. Les saisons sont définies comme suit : hiver (janvier à mars), printemps (avril à juin), été (juillet à septembre) et automne (octobre à décembre). La chl a a été calculée avec l’algorithme OCX-SPMCor et MPS a été calculé avec l’algorithme de Nechad et al. 2010.Citer ces données comme suit: Wilson, K., Hilborn, A., Clay, S., Devred, E. Données de: Concentrations de chlorophylle a de surface et de matières particulaires en suspension obtenues par satellite dans la baie de Fundy de 2003 à 2021: Date de publication: Février 2024. Secteur des sciences des écosystèmes et des océans, Pêches et Océans Canada, Dartmouth (Nouvelle-Écosse). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/272f5cf1-52bb-416b-b92a-8bc9384fc24d

Cette étude visait à caractériser le banc de laminaires de la Batture-aux-Alouettes, une source de nourriture de prédilection pour l’oursin vert (Strongylocentrotus droebachiensis). L’oursin vert est pêché commercialement au Québec et l’effort de pêche est concentré sur la Batture-aux-Alouettes près de Tadoussac, à l’embouchure du fjord du Saguenay. L’étude a été effectuée en deux phases distinctes en 2018 et en 2019. L’objectif principal de cette étude était de déterminer l’abondance et la biomasse du banc de laminaires de la Batture-aux-Alouettes. La première phase, réalisé selon un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié, a été effectuée du 21 au 24 août 2018. L’échantillonnage de deux quadrats de 50 x 50 cm, séparés par une distance d’environ 30 m, a été effectué à onze sites lors de douze plongées dans la section est de la Batture-aux-Alouettes pour récolter des laminaires en vue d’estimer leur biomasse et d’évaluer la richesse spécifique des macroalgues. À la deuxième phase, un total de 429 stations ont d’abord été échantillonnés entre le 15 et le 18 juillet 2019 avec un système de caméra déposé comportant deux quadrats de 50 x 50 cm. La présence ou l’absence de laminaires, le pourcentage de recouvrement de macroalgues et le type de substrat ont été évalués pour chaque photo. Suite à cette analyse photographique sous-marine, 129 de ces stations ont été identifiées comme ayant une présence de laminaires et 88 de ces stations possédaient une présence d’autres espèces d’algues. Afin d’assurer une représentation égale des différentes strates de profondeur, les stations ayant des laminaires ont été divisées en trois catégories de profondeur : peu profonde (-1,7 m à 0 m), moyenne (0 m à 2 m) et profonde (2 m à 5 m). Les plongées se sont déroulées du 13 au 15 août 2019, à dix de ces stations selon un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié, en prenant soin d’assurer une répartition spatiale équilibrée ainsi qu’une répartition égale des différentes strates de profondeur (quatre dans la zone peu profonde, trois dans la moyenne et deux dans la profonde). L’échantillonnage du quadrat de 50 x 50 cm en plongée a eu lieu à trois distances différentes espacées de 5 m à partir d’un transect, soit à la marque de 3 m (_3m), 8 m (_8m) et 13 m (_13m). S’il y avait peu ou pas de laminaires dans le quadrat, l’échantillonnage du quadrat pouvait être répété pour un maximum de quatre quadrats par distance pour une superficie totale de 1 m². Deux quadrats supplémentaires ont été effectués (_x) à deux stations. Une évaluation de la biomasse a également été faite via un échantillonnage de type « emporte-pièce » (_CC). Les plongeurs prenaient le même quadrat de 50 x 50 cm et le plaçait sur une parcelle choisie (c.-à-d. : non aléatoire) avec 100 % de couverture de laminaires.Les trois fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont reliés par la clé «IDactivité» . Le fichier «information_activité» comprend les informations génériques de l'activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «information_supplémentaire_activité_et_occurrence» comprend notamment la taille de l'échantillon, le protocole et l’effort d’échantillonnage. Le fichier «occurrence_taxon» comprend la taxonomie des espèces observées, identifiées à l’espèce ou au niveau taxonomique le plus bas possible. Pour obtenir l’évaluation de l’abondance et de la biomasse du banc de laminaires de la Batture-aux-Alouettes, communiquez avec Rénald Belley (renald.belley@dfo-mpo.gc.ca).Pour les contrôles de qualité, les organismes ont été identifiés sur le terrain à l’aide du guide suivant : Chabot, Robert et Anne Rossignol. 2003. Algues et faune du littoral du Saint-Laurent maritime : Guide d'identification. Institut des Sciences de la mer de Rimouski, Rimouski ; Pêches et Océans Canada (Institut Maurice-Lamontagne), Mont-Joli. 113 pages. La taxonomie a été vérifiée sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues et à l’aide des bibliothèques R obistools et worrms. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ «IDnomScientifique» du fichier d'occurrence. Tous les lieux d'échantillonnage ont été validé spatialement. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.

Entre 1987 et 1994, Robin J. LeBrasseur et N. Brent Hargreaves ont mené un projet de recherche sur la prédation et la migration du saumon juvénile dans l’inlet Alberni et la baie Barkley dans la région de l’île de Vancouver, en Colombie-Britannique (Canada). Cet ensemble de données contient des données sur les prises tirées des relevés de recherche, des données sur les examens individuels des poissons et des données sur les propriétés de l’eau.