Les données ont été échantillonnées au cours de deux projets :Développement d'une surveillance des espèces aquatiques envahissantes dans l'Arctique canadien - préparation à l'augmentation du trafic maritime lié au développement des ressources et aux changements climatiques;Diversité des producteurs primaires dans les milieux côtiers et possibilité d'efflorescences nuisibles dans l'est de l'Arctique canadien, en particulier près d'Iqaluit au Nunavut.Le financement a été assuré par Savoir polaire Canada, Pêches et Océans Canada (Programme stratégique de recherche et d’avis fondés sur l’écosystème, Programme sur les espèces aquatiques envahissantes et Plan de protection des océans) et le Conseil de gestion des ressources fauniques de la région marine du Nunavik.Ces données sont l'abondance, la richesse et la diversité des communautés de dinoflagellés dans les ports maritimes de l'Arctique canadien afin de fournir des données de références et de vérifier la présence d'espèces potentiellement non-indigènes et nuisibles. Ces données peuvent être utilisées comme source de références pour la surveillance d'introduction d'espèces potentiellement non-indigènes introduites dans les ports arctiques où les activités maritimes sont élevées.ÉCHANTILLONNAGEDes échantillons de dinoflagellés ont été prélevés à l'aide d'un filet à plancton Nitex® de mailles 20 μm (30 cm de diamètre) pendant le mois d'août à Churchill (MB) en 2007 et 2015, à Deception Bay (QC) en 2016, à Iqaluit (NU) en 2015 et 2019 et à Milne Inlet en 2017. Les échantillons ont été récoltés à partir de 1 m de la surface jusqu’à 1 m au-dessus du fond.PRÉPARATION : Les échantillons ont été conservés dans du formaldéhyde à 4%. La préparation et le comptage des échantillons ont été réalisés à l’aide de la méthode Utermöhl.OBSERVATION : L'observation des échantillons s'est faite à l'aide d’un microscope inversé de la marque « NIKON Eclipse TE-2000-U », sous un grossissement de 200x.ABONDANCE : Le calcul de l’abondance des dinoflagellés (cellule/litre) s'est effectué comme suit : Nombre de cellules X Volume de la bouteille/Volume de la chambre Utermöhl/ (pi X Rayon^2 X Profondeur) X 1000VARIABLES ENVIRONNEMENTALESLes données environnementales ont été mesurées à l'aide d'un CTD et d'un disque de Secchi. Le temps entre la fonte des glaces de mer et l'échantillonnage a été calculé en soustrayant le jour d'échantillonnage aux dates de débâcle (concentration de glace <1/10) qui ont été extraites des archives du Service canadien des glaces.Pour information supplémentaire, veuillez consulter l’article suivant : Dhifallah F, Rochon A, Simard N, McKindsey CW, Gosselin M, Howland KL. 2022. Dinoflagellate communities in high-risk Canadian Arctic ports. Estuarine, Coastal and Shelf Science 266:107731

Un relevé de recherche sur les pétoncles (principalement le pétoncle géant Placopecten magellanicus, mais aussi le pétoncle d’Islande Chlamys islandica) effectué à l'aide d'une drague a été réalisé par le MPO (Pêches et Océans Canada) tous les 1 ou 2 ans depuis 1992 aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20). L'objectif principal de ce relevé de recherche était d'évaluer les stocks de pétoncle géant. Un autre objectif était de documenter les taxons dans la capture associée à l'habitat de pétoncle selon un plan d'échantillonnage aléatoire fixe. Les occurrences de 2021 et 2022 sont présentées ici par espèce (ou taxon) par station. À partir de 2021, les captures étaient pesées et des spécimens photographiés, avec l’information disponible sur demande. La validité taxonomique et géographique des données a été vérifiée et le registre mondial des espèces marines a servi d'autorité taxonomique pour nommer tous les taxons enregistrés lors du relevé. Les invertébrés épibenthiques (principalement des mollusques, échinodermes et crustacés) ainsi que des poissons démersaux ont été identifiés à partir des captures de la drague. Le jeu de données historiques (1992-2019) est diponible à partir du lien suivant : https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/71732ad5-5c70-4dbf-916d-a94e1380c53bL'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs autour de 25 à 35 m. Un tir aléatoire des stations d’échantillonnage est réalisé à partir d’une grille de station fixe. L'échantillonnage est fait le long de transects à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d'étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle Digby doublée (maille de 20 mm) sur approximativement 500 m le long du fond marin. Les quatre paniers de la drague sont examinés pour tous les pétoncles et aussi, débutant en 2022, pour les poissons. Un panier (le premier du côté tribord) est trié et examiné pour les espèces associées. La plupart des spécimens sont comptés par taxon. La présence ou l’abondance relative des organismes trop petits et nombreux, ou coloniaux, est notée. Des cas particuliers sont parfois conservés pour l'analyse taxonomique, par exemple, les ascidies (pour surveiller les espèces envahissantes) et les éponges (pour documenter de nouvelles espèces). La disponibilité de photos et de certains spécimens conservés permet un examen futur. Des changements sont anticipés dans les identifications, notamment pour les Bryozoaires, les Hydrozoaires et les Porifères, qui font actuellement l'objet d'efforts de recherche.

Depuis 1985, des relevés de recherche sur les pétoncles — principalement le pétoncle géant (Placopecten magellanicus) et, dans une moindre mesure, le pétoncle d’Islande (Chlamys islandica) — sont menés par Pêches et Océans Canada (MPO) annuellement ou aux deux ans aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20A). L’objectif principal de ce relevé de recherche est d’évaluer l’état des stocks de pétoncle géant.L'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs autour de 25 à 35 m. Les stations d’échantillonnage sont sélectionnées aléatoirement à partir d’une grille de station fixe prédéterminée. Ensuite, l’échantillonnage est fait le long de transects correspondant à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d’étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle de type Digby doublé (maille de 20 mm), remorquée sur une distance d’environ 500 m sur le fond marin.Cette publication comprend trois fichiers : le fichier biometriePetoncle_20, qui contient des données biométriques détaillées (espèce, taille, poids et sexe) de 1998 à 2024 ; le fichier taillePetoncle_20, qui fournit la taille des individus échantillonnés de 2009 à 2024 ; et le fichier traitPetoncle_20, qui contient les abondances et densités par trait de 2009 à 2024. Les données sur l'abondance et la densité par trait pour la période 1998-2008 sont disponibles sur demande.Ce jeu de données est mis à jour annuellement ou aux deux ans, dès que les données sont disponibles. Un nettoyage des données aberrantes a été effectué. Toutefois, certaines colonnes présentent des données manquantes — utilisez donc ces données avec prudence. Pour toute question, veuillez contacter DFO.DataManagementSAISB-GestionDonneesDAISS.MPO@dfo-mpo.gc.ca ou l'auteur.Pour certaines périodes temporelles, les espèces associées font l’objet d’une identification et d’un décompte semi-quantitatif directement sur la table de tri et les résultats sont présentés dans les publications suivantes : - https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/6529a4b0-f863-4568-ac71-1fa26cf68679- https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/71732ad5-5c70-4dbf-916d-a94e1380c53b

Dénombrement du phytoplancton (cell/L) aux 3 stations fixes et à une sélection parmi les 46 stations, positionnées le long des sections, du Programme de Monitorage de la Zone Atlantique (PMZA) sous la responsabilité de la région du Québec. Les données de dénombrement de phytoplancton aux stations du PMZA en juin 2014, 2018 et 2019 sont représentées par 5 couches: Diatomées, Dinoflagellés, Flagellés, Protozoaires et Phytoplancton total. Finalement, une sixième couche présente les stations fixes de Rimouski, Gyre Anticosti et Courant de Gaspé et les fichiers attachés contiennent toutes les données de phytoplancton à ces stations: un fichier .png pour chacune, qui affiche les graphiques de dénombrement pour les 5 groupes par année, et un fichier .csv qui contient toutes les données (colonnes : Latitude, Longitude, Date(UTC), Depth_min/Profondeur_min(m), Depth_max/Profondeur_max(m), Diatoms/Diatomées(cells/L), Dinoflagellates/Dinoflagellés(cells/L), Flagellates/Flagellés(cells/L), Protozoans/Protozoaires(cells/L), Phytoplankton/Phytoplancton(cells/L)).ObjectifLe Programme de Monitorage de la Zone Atlantique (PMZA) a été mis sur pied en 1998 dans le but d’augmenter la capacité du Ministère de Pêches et Océans Canada (MPO) de détecter, suivre et prévoir les changements de productivité et d’état du milieu marin.Le PMZA recueille des données à partir d’un réseau de stations constitué de sites de monitorage à fréquence élevée et de stations regroupées en sections dans chacune des régions du MPO suivantes : Québec, Golfe, Maritimes et Terre-Neuve. Le plan d’échantillonnage fournit l’information de base sur la variabilité naturelle des propriétés physiques, chimiques et biologiques du Plateau continental du nord-ouest de l'atlantique. L'échantillonnage le long des sections fournit de l’information géographique détaillée mais il est limité à une couverture saisonnière alors que les sites de monitorage situés dans un endroit stratégique et échantillonnés régulièrement fournissent de l’information plus détaillée sur les changements temporels dans les propriétés des écosystèmes.Dans la région du Québec, deux relevés (46 stations regroupées en sections) sont effectués chaque année, un en juin et l’autre à l’automne dans l’estuaire et le golfe du Saint-Laurent. Historiquement, 3 stations fixes ont été échantillonnées plus fréquemment dont la station Rimouski qui fait toujours partie du programme et qui est échantillonnée environ une fois par semaine en saison estivale et de façon occasionnelle en période hivernale.Des rapports annuels (physique, biologique et un Avis scientifique zonal) sont disponibles auprès du Secrétariat canadien de consultation scientifique (SCCS), (http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas-sccs/index-fra.htm).Devine, L., Scarratt, M., Plourde, S., Galbraith, P.S., Michaud, S., and Lehoux, C. 2017. Chemical and Biological Oceanographic Conditions in the Estuary and Gulf of St. Lawrence during 2015. DFO Can. Sci. Advis. Sec. Res. Doc. 2017/034. v + 48 pp. Information additionnelleLe phytoplancton est échantillonné à partir de bouteilles Niskin, préservé avec une solution de lugol acide et analysé selon le protocole d'échantillonnage du PMZA: Mitchell, M. R., Harrison, G., Pauley, K., Gagné, A., Maillet, G., and Strain, P. 2002. Atlantic Zonal Monitoring Program sampling protocol. Can. Tech. Rep. Hydrogr. Ocean Sci. 223: iv + 23 pp.

L’aiguillat commun (Squlaus acanthias) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique qui est observée principalement dans les pêches commerciales. De 2008 à 2009, des étiquettes satellites d’archivage détachables (PSAT) de Wildlife Computers ont été appliquées sur des aiguillats communs afin de recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). Des déploiements ont été effectués au Canada d’août à octobre à bord de navires de pêche commerciale. Des PSAT Mk10 (N = 6) de Wildlife Computers ont été utilisées, et 3 des 6 étiquettes ont émis des données. Une étiquette a été trouvée échouée sur le rivage et a été retournée. Les aiguillats communs marqués avaient une longueur à la fourche (courbée) de 80 à 96 cm; les 6 individus étaient des femelles. Le temps avant la recapture variait de 75 à 234 jours et les 43 étiquettes ayant transmis des données sont restées sur les requins pendant toute la durée prévue. Les données brutes transmises par les étiquettes après le déploiement ont été traitées au moyen du logiciel de Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers sommaires, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, de l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour les données de référence sur la température de la surface de la mer (TSM), et de l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour les données bathymétriques de référence. Les estimations de position selon la méthode de vraisemblance maximale sont disponibles en format .csv et .kmz, et les profils de profondeur et de température sont également présentés en format .csv. Les autres données de sortie des étiquettes ainsi que les métadonnées relatives aux déploiements peuvent être obtenues sur demande en écrivant à warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.

Un relevé de recherche sur le pétoncle d’Islande (Chlamys islandica) effectué à l'aide d'une drague a été réalisé par le MPO (Pêches et Océans Canada) tous les 1 ou 2 ans depuis 1990 dans l'archipel de Mingan (zones de pêche 16E et 16F). L'objectif principal de ce relevé de recherche était d'évaluer les stocks de pétoncle d'Islande. Un autre objectif était de documenter les taxons dans la capture associée à l'habitat de pétoncle selon un plan d'échantillonnage fixe. Les occurrences par espèce (ou taxon) sont présentées par station. La validité taxonomique et géographique des données a été vérifiée et le registre mondial des espèces marines a servi d'autorité taxonomique pour nommer tous les taxons enregistrés lors du relevé. Les invertébrés épibenthiques (principalement des mollusques, échinodermes et crustacés) ainsi que des poissons démersaux ont été identifiés à partir des captures de la drague.L'aire d'étude est située autour de l'archipel de Mingan et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs de 8 à 136 m, généralement autour de 40 à 60 m. L'échantillonnage est fait le long de transects à des stations fixes dans la zone d'étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle Digby doublée (maille de 20 mm) sur approximativement 150 m le long du fond marin. Les quatre paniers de la drague sont examinés pour tous les pétoncles. Ensuite, un panier (le premier du côté tribord) est trié et examiné pour les espèces associées. La plupart des spécimens sont comptés par taxon. La présence ou l’abondance relative des organismes trop petits et nombreux, ou coloniaux, est notée. Des cas particuliers sont parfois conservés pour l'analyse taxonomique, par exemple, les ascidies (pour surveiller les espèces envahissantes) et les éponges (pour documenter de nouvelles espèces).

Un relevé de recherche sur les pétoncles (principalement le pétoncle géant Placopecten magellanicus, mais aussi le pétoncle d’Islande Chlamys islandica) effectué à l'aide d'une drague a été réalisé par le MPO (Pêches et Océans Canada) tous les 1 ou 2 ans depuis 1992 aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20). L'objectif principal de ce relevé de recherche était d'évaluer les stocks de pétoncle géant. Un autre objectif était de documenter les taxons dans la capture associée à l'habitat de pétoncle selon un plan d'échantillonnage aléatoire fixe. Les occurrences par espèce (ou taxon) sont présentées par station. La validité taxonomique et géographique des données a été vérifiée et le registre mondial des espèces marines a servi d'autorité taxonomique pour nommer tous les taxons enregistrés lors du relevé. Les invertébrés épibenthiques (principalement des mollusques, échinodermes et crustacés) ainsi que des poissons démersaux ont été identifiés à partir des captures de la drague. Les données courantes à partir de 2021 sont présentées dans la publication suivante : https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/6529a4b0-f863-4568-ac71-1fa26cf68679L'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs de 10 à 38 m, généralement autour de 25 à 35 m. Un tir aléatoire des stations d’échantillonnage est réalisé à partir d’une grille de station fixe. L'échantillonnage est fait le long de transects à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d'étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle Digby doublée (maille de 20 mm) sur approximativement 500 m le long du fond marin. Les quatre paniers de la drague sont examinés pour tous les pétoncles. Ensuite, un panier (le premier du côté tribord) est trié et examiné pour les espèces associées. La plupart des spécimens sont comptés par taxon. La présence ou l’abondance relative des organismes trop petits et nombreux, ou coloniaux, est notée. Des cas particuliers sont parfois conservés pour l'analyse taxonomique, par exemple, les ascidies (pour surveiller les espèces envahissantes) et les éponges (pour documenter de nouvelles espèces).

Découvertes historiques de Coleophora laricella

Les lignes de biobandage de la zone côtière sont une représentation linéaire des différents types de biotes (flore et faune) et de leur distribution, ou de leur absence, présents dans l'unité côtière.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a