La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

Symbolisation et publication de l'ensemble de données de caractéristiques ISO BiologicEcologic. 5 septembre 2017.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

Ce jeu de données est un projet de collaboration entre Ressources naturelles Canada et les membres fédéraux, provinciaux et territoriaux de la Commission de toponymie du Canada, qui reflète une sélection soigneusement choisie de noms géographiques officiels du Canada qui ont changé au fil du temps. La sélection provient de la Base de données des noms géographiques du Canada et présente avec des renseignements supplémentaires comme le ou les noms précédents de chaque toponyme, l’année et la raison des changements de nom ainsi qu’un bref historique de chaque changement de nom.

Ces données spatiales indiquent les zones d’amélioration utilisées par les aménagistes forestiers et les associations de génétique forestière pour gérer l’actif génétique forestier provincial. Les données précisent : * les limites des zones d’amélioration; * les essences principales ou ciblées dans chacune des zones. Les essences sont associées à des programmes d’amélioration, à des vergers à graines et à des installations d’essai de progéniture (test de descendance) donnés.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie. Les valeurs françaises pour le titre et la description du jeu de données proviennent de la province de l’Ontario alors que celles des mots-clés et des noms des ressources sont le résultat d'une traduction automatique (Amazon Translate) **

Pour soutenir la surveillance des principales espèces de macroalgues et non indigènes en Nouvelle-Écosse et au Nouveau-Brunswick, on a conçu et testé cinq essais de PCR quantitative (qPCR) et sur 111 sites en 2022-2023, ciblant les espèces de macroalgues non indigènes suivantes : Antithamnion sparsum, Bonnemaisonia hamifera, Codium fragile, Dasysiphonia japonica et Fucus serratus. Tous les essais ont été élaborés en 2022 par le Center for Environmental Genomics Applications (CEGA, à Terre-Neuve, au Canada), à l’exception de l’essai pour Antithamnion sparsum, pour lequel un essai a été élaboré en 2023 par le Laboratoire de biotechnologie aquatique (LBA) de l’Institut océanographique de Bedford. Toutes les amplifications ont été effectuées par le LBA en 2022-2023. Le test mis au point pour Fucus serratus s’est avéré par la suite non spécifique et amplifie à la fois F. serratus et Fucus distichus.Citer ces données comme: Krumhansl K, Brooks C, Lowen B, DiBacco C, (2025). Quantitative PCR (qPCR) of Key Macroalgal Non-Indigenous Species in Nova Scotia and New Brunswick Waters. Version 1.5. Fisheries and Oceans Canada. Samplingevent dataset. https://ipt.iobis.org/obiscanada/resource?r=quantitative_qpcr_macroalgal_nonindigenous_species_novascotia_newbrunswick_2022_2023&v=1.5Pour plus d'informations, voir:LeBlanc F., Belliveau V., Watson E., Coomber C., Simard N., DiBacco C., Bernier R., Gagné N. 2020. Environment DNA (eDNA) detection of marine aquatic invasive species (AIS) in Eastern Canada using a targeted species-specific qPCR approach. Management of Biological Invasions 11(2):201-217Krumhansl K.A., Brooks C.M., Lowen B., O’Brien J., Wong M., DiBacco C. Loss, resilience and recovery of kelp forests in a region of rapid ocean warming. Annals of Botany 2024 Mar 8; 133(1):73-92Brooks C.M., Krumhansl K.A. 2023. First record of the Asian Antithamnion sparsum Tokida, 1932 (Ceramiales, Rhodophyta) in Nova Scotia, Canada. BioInvasions Records 12(3):745-725.

Les coraux d'eau froide sont communs dans les eaux au large de l'est du Canada. Malgré cela, peu de registres de séquences d’ADN de spécimens collectés dans la région sont disponibles dans GenBank, et toutes les espèces enregistrées dans la région ne disposent pas de données de séquence, quelle que soit leur origine géographique. Cela peut limiter l’utilisation de techniques comme l’ADN environnemental pour détecter et identifier les coraux. Notre objectif était de séquencer et de publier des séquences pour deux marqueurs de code-barres ADN pour les octocoraux : CO1 et MutS. Nous avons séquencé et déposé 36 séquences dans GenBank à partir de 19 spécimens représentant trois espèces de plume de mer (Octocorallia : Pennatuloidea) : Distichoptilum gracile, Pennatula aculeata et Protoptilum carpenteri. L'identification de tous les spécimens a été confirmée par B. M. Neves (MPO-TNL) avant la soumission. Des spécimens et des tissus d'ADN ont été donnés au Musée canadien de la nature, où ils sont actuellement conservés. Cette publication représente la première partie d'une série de soumissions à GenBank par notre laboratoireLes spécimens ont été collectés dans l’Atlantique nord-ouest et proviennent de profondeurs comprises entre 200 et 1924 mètres. Les spécimens ont été collectés dans le cadre de relevés au chalut multi-espèces menés par des navires de recherche ou de relevés effectués par des véhicules télécommandés (ROV ROPOS). L'ADN a été isolé et purifié à l'aide du kit QIAgen DNeasy Blood and Tissue, avec une incubation initiale d'une nuit avec la protéinase K. Deux régions de code-barres couramment utilisées pour les octocoraux ont été amplifiées à l'aide d'amorces décrites précédemment : 1) COII8068F (McFadden et al., 2004) et COIOCTR (France et Hoover, 2002) pour le gène CO1, et 2) ND42599F (France et Hoover, 2002) et mut3458R (Sánchez et al., 2003) pour le gène MutS. Les amplifications ont été réalisées en utilisant 12.5 µl de Green DreamTaq Master Mix (Thermo Fisher Scientific), 1 µl d'ADN matrice, 0.5 µl de chaque amorce sens et antisens à 10 µM, 0.5 µl d'amorce antisens à 10 µM et 10.5 µl d'eau. Le thermocyclage a été effectué comme suit : 3 minutes de dénaturation initiale à 95 °C, suivis de 40 cycles à 95 °C pendant 30 s, 30 s à une température de hybridation de 48 °C, puis 65 s à une température d'élongation de 72 °C, et un allongement final à 72 °C pendant 4 min. Les produits de PCR ont été purifiés à l'aide de l’Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter) et envoyés au Centre for Applied Genomics, Toronto, Canada pour le séquençage Sanger. Les séquences ont été visualisées et alignées à l’aide de Geneious Prime 2022.0.2. Les séquences obtenues ont été déposées dans GenBank sous les numéros d'accès OQ569768-OQ569784 et OQ420359-OQ420377.Ce projet a été financé par Pêches et Océans Canada dans le cadre d'une subvention pour le renforcement des capacités régionales (2020-2021) et du Programme des objectifs de conservation marine (MCT) (2021-2024), région de Terre-Neuve-et-Labrador.

Les programmes de surveillance sont une composante importante de la gestion des zones de protection marine (ZPM), car ils fournissent l’information requise sur l’état des écosystèmes protégés et sur les changements qui surviennent dans ceux-ci. Une surveillance est requise pour évaluer l’efficacité des ZPM par rapport à leurs objectifs de conservation et fournit les renseignements nécessaires pour évaluer les avantages que présente un accès restreint pour la biodiversité. Toutefois, pour la zone côtière de la Nouvelle-Écosse, il manque de données de référence, notamment sur la diversité des poissons et la structure des communautés dans les lits de macrophytes, ce qui rend la surveillance difficile. En 2017, les îles de la côte Est ont été désignées comme site d’intérêt en zone côtière pour l’établissement potentiel d’une ZPM. En 2018, un aperçu a été réalisé pour détailler les paramètres écologiques spatiaux et temporels du site d’intérêt. Ces renseignements ont révélé un écosystème côtier unique associé à un archipel dense et à un paysage marin relativement naturel. On a supposé que les habitats biogéniques de plantes et d’algues dans la zone abritaient une diversité d’espèces juvéniles de poissons. Le principal objectif de ce projet est d’entreprendre l’élaboration d’un programme à long terme de surveillance de la biodiversité dans les îles de la côte Est et d’autres zones côtières d’intérêt pour la planification de la conservation. Nous proposons de mettre en œuvre ce programme avec l’utilisation de méthodes d’échantillonnage direct (senne de plage, plongée en scaphandre autonome et échantillonnage d’isotopes stables) et indirect (ADN environnemental – ADNe). L’ADNe est un outil utile pour examiner la biodiversité marine de manière non invasive, à une petite échelle spatiale. L’ADNe peut être facilement recueilli et filtré, son séquençage devient de plus en plus rentable, et il peut constituer un outil utile pour la surveillance des zones de protection marine. Bien que l’ADNe donne généralement des résultats comparables aux techniques d’échantillonnage traditionnelles pour ce qui est des données sur la biodiversité recueillies, on sait peu de choses sur la façon dont les signaux de l’ADNe fluctuent au fil des ans (ou même des jours ou des semaines). Nous comparerons les détections d’espèces à l’aide du métacodage de l’ADNe aux relevés visuels (plongée en scaphandre autonome, senne) et au recensement des herbiers de zostères sur le littoral, pour fournir une base de référence et des séries chronologiques de la diversité des espèces sur lesquelles fonder le suivi à long terme. Ce projet permettra de dresser des inventaires des emplacements des herbiers de zostères et de la diversité des poissons et des invertébrés qu’ils renferment. Nous recueillons également des données sur la distribution de la longueur des poissons afin d’examiner les tendances saisonnières et interannuelles de la structure selon la taille au fil du temps. Les données générées par les échantillonnages directs et indirects fourniront un catalogue complet et continu de la diversité des espèces et de la structure des communautés dans les herbiers de zostères sur les côtes, en plus de permettre d’établir les meilleures pratiques pour l’échantillonnage de l’ADNe dans l’environnement côtier.Citer ces données comme: Jeffery, N.W., Pettitt-Wade, H., Van Wyngaarden, M., and Stanley, R.R.E. Programme de surveillance de la biodiversité côtière des Maritimes – senne de plage.Publié en Decembre 2023. Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É). https://open.canada.ca/data/en/dataset/dbbcb23a-d018-4b70-b8ec-89997aded770

Une planification efficace de la conservation repose sur la compréhension de la connectivité entre les populations, qui peut être documentée par des données génomiques. Ceci est particulièrement important pour les espèces sessiles comme la modiole (Modiolus modiolus), une espèce essentielle à la formation de certains habitats qui constitue une priorité en matière de conservation au Canada atlantique. Cependant, peu d’informations génomiques sont disponibles pour décrire les tendances en matière de connectivité de la modiole. Nous avons utilisé plus de 8 000 polymorphismes mononucléotidiques dérivés du séquençage de l’ADN associé aux sites de restriction et un ensemble de 8 microsatellites pour examiner la connectivité génomique entre les populations de modioles dans la baie de Fundy, le long du plateau néo-écossais et dans l’Atlantique Nord-Ouest, jusqu’à Terre-Neuve. Malgré les différences phénotypiques entre les lieux d’échantillonnage, nous avons constaté un manque général de diversité génétique et de structure démographique chez les modioles dans l’Atlantique Nord-Ouest. Tous les sites échantillonnés présentaient une faible hétérozygosité, un très faible FST, des coefficients de consanguinité élevés et un écart par rapport à l’équilibre Hardy-Weinberg, ce qui met en évidence la diversité génétique généralement faible pour tous les paramètres mesurés. L’analyse des composantes principales, l’analyse du métissage, les calculs par paires du FST et l’analyse des loci aberrants (pouvant faire l’objet d’une sélection) n’ont révélé aucun groupe génomique indépendant dans les données, et une analyse de la variation moléculaire a montré que moins de 1 % de la variation observée dans l’ensemble de données sur les SNP était constatée entre les sites d’échantillonnage. Nos résultats suggèrent que la connectivité est élevée entre les populations de modioles de l’Atlantique Nord-Ouest, ce qui, conjugué à des tailles de population réelles importantes, a entraîné une divergence génomique minimale dans la région. Ces résultats peuvent éclairer les considérations relatives à la conception de mesures de conservation dans la baie de Fundy et favoriser une meilleure intégration dans l’ensemble du réseau régional de conservation.Citer ces données comme: an Wyngaarden, Mallory et al. (2024).Similarité génétique répandue entre les populations de modioles (Modiolus modiolus) de l’Atlantique Nord-Ouest. Publié en Mai 2025. Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É).

Le volume biologique brut - total (GBVTOT) est une expression du volume total (m3) dans la tige de l'arbre sur une base par hectare. Calculé du sol à la pointe. Disponible ici sous forme de raster (GeoTIF) avec une résolution de 20 millions de pixels.Télécharger : ici La Direction des services forestiers du ministère de l'Environnement de la Saskatchewan a élaboré un inventaire des ressources forestières (FRI) qui répond à divers besoins d'information en matière de planification stratégique et opérationnelle pour les plaines boréales. Ces besoins comprennent des informations sur la couverture terrestre générale, le terrain et le stock en croissance (hauteur, diamètre, surface terrière, volume de bois et densité des tiges) dans la forêt provinciale et la frange forestière adjacente. Cet inventaire fournit des informations spatialement explicites sous forme de grilles matricielles de 10 m ou 20 m et de polygones vectoriels pour des peuplements forestiers relativement homogènes ou des zones naturellement non boisées avec une superficie minimale de 0,5 ha et une superficie médiane de 2,0 ha. Le volume biologique brut par hectare - total (GBVTOT) est une expression du volume total dans la tige de l'arbre (m3) sur une base par hectare. Les calculs sont effectués du sol à la pointe. GBVTOT est disponible ici sous la forme d'une grille matricielle d'entiers non signés 16 bits mappée en couleurs au format GeoTIFF avec une résolution de 20 millions de pixels. Un fichier de couche ArcGIS Pro (*.lyrx) est fourni pour visualiser les données GBVTOT dans les catégories de 50 m3/ha suivantes. Domaine : [NULL, 0... 1000]. ÉTIQUETTE DE GAMME ROUGE VERT BLEU 0 <= GBVTOT < 25 0 NA NA NA 25 <= GBVTOT < 75 50 63 81 181 75 <= GBVTOT < 125 100 66 101 160 125 <= GBVTOT < 175 150 68 121 138 175 <= GBVTOT < 225 200 71 140 117 225 <= GBVTOT < 275 250 74 160 96 275 <= GBVTOT < 325 300 85 178 79 325 <= GBVTOT < 275 250 74 160 96 275 <= GBVTOT < 325 300 85 178 79 325 <= GBVTOT < 375 350 123 191 74 375 <= GBVTOT < 425 400 161 203 70 425 <= GBVTOT < 475 450 198 216 66 475 <= GBVTOT < 525 500 236 229 61 525 <= GBVTOT < 575 550 255 226 53 575 <= GBVTOT < 625 600 255 209 40 625 <= GBVTOT < 675 650 255 191 28 675 <= GBVTOT < 725 700 255 174 16 725 <= NOMBRE DE VOTES < 75 750 25 156 3 775 <= GBVTOT < 825 800 253 139 9 825 <= GBVTOT < 875 850 251 121 20 875 <= GBVTOT < 925 900 249 103 31 925 <= GBVTOT < 975 950 246 85 43 975 <= GBVTOT <= 1000 1000 244 67 54 Pour plus d'informations, voir la norme d'inventaire forestier du Code environnemental de la Saskatchewan, chapitre sur l'inventaire forestier.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

Gentilés.