Modèle numérique d'élévation haute résolution (MNEHR) généré à partir de données LiDAR. Cette collection de données inclut un Modèle numérique de terrain (MNT) et un Modèle numérique de surface (MNS). Le produit MNEHR est référencé au Système canadien de référence altimétrique de 2013 (CGVD2013). Les données source du produit MNEHR sont acquises par des projets multiples de différents partenaires. Comme les données sont acquises par projet, il n'y a pas d'intégration et d'ajustement vertical entre les projets. Les données de cette collection ont été reprojetées du système de référence de la donnée source vers la projection Lambert de l'Atlas du Canada (EPSG:3979). **Cet élément de métadonnées tiers suit la spécification Spatio Temporal Asset Catalog (STAC).** **Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

Ce rapport de données fournit des informations sur la température et la salinité dans la région de Godbout dans l'estuaire du Saint-Laurent. L'échantillonnage a été réalisé de 2019 à 2021 sur une zone de <5 km2 . Les bases de données fournissent des informations sur la température et la salinité à un rythme horaire pendant 2 ans. Le but de ce projet est de faire l'analyse des données de télémétrie des oursins (Strongylocentrotus droebachiensis), des crabes des neiges (Chionoecetes opilio), des crabes communs (Cancer irroratus), des crabes araignées (Hyas spp) et des buccins (Buccinum undatum). Ce rapport se concentre sur la présentation des données environnementales benthiques collectées tout au long de l'étude avec une haute résolution spatiale et temporelle. Toutes les variables rapportées ont été collectées au fond de l’eau, car l'objectif du projet était d'étudier le mouvement des espèces épibenthiques.Les données de température ont été collectées à partir de trois dispositifs : récepteurs de télémétrie avec sonde de température intégrée (InnovaseaTM), de HoboTM et de sondes Star-OddiTM. Le traitement des données de température comprenait le nettoyage des valeurs extrêmes (sous 2°C et au-dessus 20°C) et l'homogénéisation des données pour les adapter à la matrice (cellules de 1m x 1m) de bathymétrie du site d’étude. Les données de température sont fournies dans un fichier NetCDF avec une matrice de l'ensemble du site d'étude, où il y a une strate pour chaque heure entre août 2019 et octobre 2021 et dans chaque fichier, une valeur de température pour chaque pixel du raster. Les données de salinité ont été collectées à partir des sondes Star-OddiTM seulement. La moyenne des valeurs de salinité a été calculée à toutes les heures pour toute la zone d’étude. Les données de salinité sont fournies sous forme de fichier CSV avec une valeur de salinité par heure pour l'ensemble de la zone d'étude.

Modèle numérique d'élévation haute résolution (MNEHR) généré à partir de données LiDAR. Cette collection de données inclut un Modèle numérique de terrain (MNT) et un Modèle numérique de surface (MNS). Le produit MNEHR est référencé au Système canadien de référence altimétrique de 2013 (CGVD2013). Les données source du produit MNEHR sont acquises par des projets multiples de différents partenaires. Comme les données sont acquises par projet, il n'y a pas d'intégration et d'ajustement vertical entre les projets. Les données de cette collection ont été reprojetées du système de référence de la donnée source vers la projection Lambert de l'Atlas du Canada (EPSG:3979). **Cet élément de métadonnées tiers suit la spécification Spatio Temporal Asset Catalog (STAC).** **Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

Modèle numérique d'élévation haute résolution (MNEHR) généré à partir de données LiDAR. Cette collection de données inclut un Modèle numérique de terrain (MNT) et un Modèle numérique de surface (MNS). Le produit MNEHR est référencé au Système canadien de référence altimétrique de 2013 (CGVD2013). Les données source du produit MNEHR sont acquises par des projets multiples de différents partenaires. Comme les données sont acquises par projet, il n'y a pas d'intégration et d'ajustement vertical entre les projets. Les données de cette collection ont été reprojetées du système de référence de la donnée source vers la projection Lambert de l'Atlas du Canada (EPSG:3979). **Cet élément de métadonnées tiers suit la spécification Spatio Temporal Asset Catalog (STAC).** **Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

Modèle numérique d'élévation haute résolution (MNEHR) généré à partir de données LiDAR. Cette collection de données inclut un Modèle numérique de terrain (MNT) et un Modèle numérique de surface (MNS). Le produit MNEHR est référencé au Système canadien de référence altimétrique de 2013 (CGVD2013). Les données source du produit MNEHR sont acquises par des projets multiples de différents partenaires. Comme les données sont acquises par projet, il n'y a pas d'intégration et d'ajustement vertical entre les projets. Les données de cette collection ont été reprojetées du système de référence de la donnée source vers la projection Lambert de l'Atlas du Canada (EPSG:3979). **Cet élément de métadonnées tiers suit la spécification Spatio Temporal Asset Catalog (STAC).** **Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

Modèle numérique d'élévation haute résolution (MNEHR) généré à partir de données LiDAR. Cette collection de données inclut un Modèle numérique de terrain (MNT) et un Modèle numérique de surface (MNS). Le produit MNEHR est référencé au Système canadien de référence altimétrique de 2013 (CGVD2013). Les données source du produit MNEHR sont acquises par des projets multiples de différents partenaires. Comme les données sont acquises par projet, il n'y a pas d'intégration et d'ajustement vertical entre les projets. Les données de cette collection ont été reprojetées du système de référence de la donnée source vers la projection Lambert de l'Atlas du Canada (EPSG:3979). **Cet élément de métadonnées tiers suit la spécification Spatio Temporal Asset Catalog (STAC).** **Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

La rive nord de l’estuaire maritime (Haute-Côte-Nord, Québec) est un système côtier productif où de nombreuses espèces commerciales d’invertébrés benthiques sont pêchées dans la zone infralittorale (10-20 m) et circalittorale (20-50 m). Cependant, peu de données existent sur la biodiversité des espèces non commerciales et les caractéristiques environnementales de l’habitat benthique de ce milieu. Deux relevés scientifiques ont donc été réalisés en 2018 et 2019 afin de combler ce manque de connaissances en développant un cadre de prises de données de biodiversité et environnementales (colonne d’eau et fond marin) qui serviront à déterminer l’état de référence de l’écosystème benthique de cette région.Les relevés ont été réalisés en 2018 (11-14 août) et en 2019 (30 juillet-5 août) dans la région de la Haute-Côte-Nord (entre Forestville et Godbout). Les relevés suivaient un plan d’échantillonnage fixe de huit transects perpendiculaires à la bathymétrie avec des stations à intervalle de 10 m de profondeur dans une bathymétrie de 10 à 50 m pour un total d’environ 40 stations par relevé. Les spécimens ont été récoltés à l’aide d’un chalut à bâton (ou chalut à perche) d’une ouverture de 2.8 m. Les traits ont été réalisés à une vitesse visée de 2 nœuds et d’une durée visée de 7 minutes. Les positions début et fin ont été notées pour calculer la distance parcourue à chaque trait à l'aide de la bibliothèque geosphere de R. La distance moyenne des traits était d’environ 425 m. La superficie couverte à chaque trait était le produit de l’ouverture du chalut et de la distance parcourue. Les trois fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont reliés par la clé « IDactivité ». Le fichier «information_activité» comprend les informations génériques de l'activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «information_supplémentaire_activité_et_occurrence» comprend notamment la taille de l'échantillon, le protocole et l’effort d’échantillonnage. Le fichier «occurrence_taxon» comprend la taxonomie des espèces observées, identifiées à l’espèce ou au niveau taxonomique le plus bas possible. Pour obtenir l’évaluation de l’abondance et de la biomasse, communiquez avec Virginie Roy (virginie.roy@dfo-mpo.gc.ca).Pour les contrôles de qualité, tous les noms taxonomiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ « IDnomScientifique » du fichier d'occurrence. Les cas spéciaux ont été notés dans « commentairesIdentification » et certains spécimens sélectionnés ont été confirmés à l'aide de photos de terrain. Les contrôles de la qualité des données ont été effectués à l'aide des bibliothèques R obistools et worrms. Tous les emplacements d'échantillonnage ont été validés spatialement.Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

Ce jeu de données provient de captures réalisées dans une série de traits de chalut à perche effectués lors de relevés en milieux côtiers sur la rive nord de l'estuaire du Saint-Laurent, entre Portneuf-sur-Mer et Pointe-des-Monts, et entre juin et octobre de 2019, 2020, 2021 et 2022. Il contient les données de capture de poissons et invertébrés (occurrence et poids de capture par espèce) pour des traits de chalut effectués à des profondeurs allant de 10 à 50 mètres.Les données ont été récoltées lors de différentes missions en mer :• 28 juin au 5 juillet 2019 (NGCC Leim)• 30 septembre au 9 octobre 2019 (NGCC Leim)• 1er octobre au 10 octobre 10 2020 (NGCC Leim)• 22 avril au 5 may 2021 (NGCC Perley)• 15 octobre au 24 octobre 2021 (NGCC Perley)• 24 juin au 15 juillet 2022 (NGCC LEIM)Le chalut à perche utilisé pour générer ce jeu de données est constitué d’un cadre, d’une largeur de 2.8 m et d’une hauteur de 0.8 m, équipé d’un filet de 6.5 m de long en mailles diamant 40 mm, lequel est doublé d’un filet (jupette) de mailles carrées (5 mm) au niveau du cul-de-chalut (longueur 2 m) et d’un tablier protecteur (mailles 75 mm) sur la portion ventrale. Au niveau de la partie inférieure de l’engin, trois chaînes débusqueuses sont tendues à la base des patins. Chaque station correspond à un trait de chalut d’une durée de 5 à 10 minutes réalisé le long d’un isobathe à une vitesse d’environ 2 nœuds. La capture de chaque trait a été déposée sur une table de tri sur le pont et les organismes ont été triés et identifiés à la meilleure résolution taxonomique possible. La plupart des taxon ont été pesés séparément. Certains taxons d’invertébrés ont été sous-échantillonnés, dénombrés et pesés afin d’estimer leur contribution (en poids et en nombre) à la capture totale. De plus, les 30 premier poissons de chaque espèce ont été mesurés et pesés individuellement.Tous les noms taxonomiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ scientificNameID du fichier d'occurrence. Le contrôle de la qualité des données a été effectué à l'aide des packages R obistools et worrms. Tous les emplacements d'échantillonnage ont été reportés sur une carte afin d'effectuer un contrôle visuel confirmant que les coordonnées de latitude et de longitude se trouvaient dans la zone d'échantillonnage décrite.Les données acquises lors des relevés comprennent aussi : 1) les données d’occurrence des taxons d'invertébrés épibenthiques et de végétation aquatique submergée provenant d’un système de caméras photo déposé, 2) les données d’occurrence des poissons et invertébrés observés dans des échantillons vidéo provenant d'un système de caméras vidéo sous-marines appâté, 3) la classification du substrat basée sur les échantillons photos récoltés avec le système de caméras déposé, 4) des mesures océanographiques de la colonne d'eau d’un CTD Seabird 19plus V2 type profilage (conductivité, température, profondeur, rayonnement photosynthétique actif, pH, oxygène dissous), 5) les concentrations de nutriments (NO2, NO3, NH4, PO4, SiO3) et carbone organique dissous (DOC) et 6) la vitesse et la direction du courant mesurées par des inclinomètres. Les deux premiers éléments sont disponibles en tant que jeux de données indépendants sur le portail OBIS. Pour obtenir les données des éléments 3 à 6 et/ou les données biologiques récoltées sur différents taxons de poissons et invertébrés, veuillez contacter David Lévesque ou Marie-Julie Roux.Les relevés scientifiques ont été réalisés dans le cadre du Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada et du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance en soutient aux évaluations fondées sur des preuves et la prise de décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins. Ce qui contribute à l‘élaboration d’objectifs de conservation écosystémiques dans la gestion des ressources halieutiques nécessite le développement de méthodes d’échantillonnage permettant de maximiser la collecte de données sur l’écosystème, tout en minimisant l’impact sur les organismes et le milieu marin. Ce projet vise la caractérisation écosystémique de la zone côtière de l’estuaire du Saint-Laurent entre Portneuf-sur-Mer et Godbout (QC), incluant la physico-chimie de l’eau, le phytoplancton, le zooplancton, la végétation submergée, les habitats benthiques ainsi que les assemblages de poissons et invertébrés. L’échantillonnage est réalisé en combinant des méthodes conventionnelles telles que le profilage CTD, les filets à zooplancton et le chalut à perche, à des méthodes non-extractives telles les caméras photo déposées et les systèmes de caméras vidéo stéréoscopiques appâtés. Les données amassées contribueront à définir les conditions écosystémiques de référence dans la zone d’étude; explorer les liens entre les conditions environnementales, la structure des habitats et les assemblages biologiques; identifier des habitats d’importance pour les espèces marines; ainsi qu’à l’évaluation de la performance des méthodes d’échantillonnage visuel par rapport aux méthodes conventionnelles. Les résultats permettront d’optimiser les suivis saisonniers ou annuels en vue de mieux comprendre les effets directs et indirectes des activités humaines en milieux côtiers.Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans.