Données biologiques de base pour tous les poissons pris au cours de l’expédition de 2012 du BSMFP. Comprend l’identification, le poids, la longueur (totale, à la fourche et standard), le poids du foie, le poids des gonades, le sexe et le niveau de maturité.

Entre 1987 et 1994, Robin J. LeBrasseur et N. Brent Hargreaves ont mené un projet de recherche sur la prédation et la migration du saumon juvénile dans l’inlet Alberni et la baie Barkley dans la région de l’île de Vancouver, en Colombie-Britannique (Canada). Cet ensemble de données contient des données sur les prises tirées des relevés de recherche, des données sur les examens individuels des poissons et des données sur les propriétés de l’eau.

OBJECTIF :Caractériser les réseaux alimentaires des communautés de poissons lacustres à l'aide d'isotopes stables, de la morphologie du contenu intestinal et de l'ADN. DESCRIPTION :Ensemble de données de différentes espèces dans les lacs Miramichi, McKiel, et Nashwaak. LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l’intégrité scientifique et l’utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

Données sur les prises, l’effort de pêche, les emplacements (latitude, longitude), les indices d’abondance relative ainsi que données biologiques connexes provenant de relevés au chalut de fond sur plusieurs espèces de poissons de fond sur la côte ouest de Haida Gwaii.IntroductionLe premier relevé synoptique au chalut de fond de la côte ouest d'Haida Gwaii (COHG) a été réalisé de 2006 à 2008, puis on a répété l’opération tous les deux ans depuis. Le relevé a été reporté en raison de la pandémie de COVID-19. Ce relevé fait partie d'un ensemble de relevés à long terme coordonnés qui couvre le plateau continental et le haut du talus de la majorité de la côte de la Colombie-Britannique. Les autres sont le relevé du bassin Reine-Charlotte (BRC), le relevé du détroit d’Hecate (DH), le relevé de la côte ouest de l’île de Vancouver (COIV), et le relevé du détroit de Georgie (DG). Ces relevés servent à obtenir des indices d’abondance indépendants de la pêche pour toutes les espèces de poissons démersaux pouvant être pêchées au chalut de fond, ainsi qu’à prélever des échantillons biologiques d’espèces précises. Ce relevé est réalisé selon un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié, et les unités d’échantillonnage sont des blocs de deux kilomètres carrés.Les relevés synoptiques au chalut de fond sont réalisés par Pêches et Océans Canada (MPO) en collaboration avec la Canadian Groundfish Research and Conservation Society (CGRCS), un organisme sans but lucratif composé de participants au chalutage commercial du poisson de fond en Colombie-Britannique. Les relevés du détroit de la Reine-Charlotte et de la côte Ouest de Haida Gwaii sont réalisés en vertu d’accords de collaboration, la CGRCS fournissant des bateaux de pêche commerciale affrétés et des techniciens de terrain, tandis que MPO apporte des contributions en nature pour l’exécution des relevés, dont du personnel et de l’équipement. Les relevés du détroit d’Hécate, de la côte Ouest de l’île de Vancouver et du détroit de Georgie sont effectués par le MPO, généralement à partir d’un navire de recherche de la Garde côtière canadienne. Jusqu’en 2016, ce navire était le NGCC W. E. Ricker. Depuis 2021, les relevés sont effectués à partir du NGCC Sir John Franklin. Les années où aucun navire de la garde côtière n’était disponible, les relevés du détroit d’Hécate, de la côte Ouest de l’île de Vancouver et du détroit de Georgie ont été effectués à partir de navires de l’industrie nolisés. Les données de ces relevés sont également présentées dans le rapport de synthèse des données de poissons de fond (Anderson et al. 2019).EffortCe tableau contient de l’information sur les sorties de relevé et les activités de pêche (traits de chalut/calées) faisant partie de cette série de relevés. L’information sur les sorties comprend l’année où le relevé a été effectué, un identificateur unique de la sortie, le navire ayant réalisé le relevé et les dates de début et de fin de la sortie (les dates auxquelles le navire n’était pas à quai et servait à effectuer le relevé). L’information sur la calée comprend la date, l’heure, le lieu et la profondeur auxquels la pêche a eu lieu, de même que de l’information pouvant être utilisée pour calculer l’effort de pêche (durée) et la zone balayée. Toutes les activités de pêche fructueuses sont incluses, indépendamment des prises.PrisesCe tableau contient l’information sur les prises lors des activités de pêche fructueuses. Les prises sont indiquées en fonction de l’espèce et du niveau taxonomique le plus bas possible. La plupart des prises sont pesées, mais certaines sont trop petites (« traces ») ou trop importantes (par ex. très grosse raie biocellée). L’identificateur unique de sortie et le numéro de trait sont inclus afin de pouvoir relier les prises et l’information sur l’activité de pêche (y compris le lieu de prise).BiologieCe tableau contient les données biologiques pour les prises qui ont été échantillonnées. Les données peuvent inclure la longueur, le sexe, le poids ou l’âge. Différents types de longueurs sont mesurées selon les espèces. Les structures d’âge sont recueillies dans la mesure du possible pour les espèces pour lesquelles il existe des méthodes de détermination de l’âge validées et elles sont archivées jusqu’à ce que cette information soit nécessaire pour une évaluation; par conséquent, l’âge de toutes les structures existantes n’a pas été établi à ce point. L’identificateur unique de sortie et le numéro de trait sont inclus afin de pouvoir relier les échantillons à l’information sur l’activité de pêche et la prise.BiomasseCe tableau contient les indices de biomasse relatifs des espèces qui ont été prises dans chaque relevé de la série chronologique. Le coefficient de variation et les intervalles de confiance à 95 % estimés par la méthode de boostrap sont indiqués pour chaque indice. Le rapport de synthèse des données sur le poisson de fond (Anderson et coll., 2019) explique comment les indices de la biomasse relative sont dérivés. Il faut noter que nous ne calculons pas un indice de biomasse pour le relevé de la côte Ouest de Haida Gwaii de 2014 puisque ce relevé était incomplet en raison de problèmes opérationnels.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

Le Programme d'ichtyopathologie mené à la Station biologique du Pacifique, à Nanaimo, étudie la santé des animaux aquatiques depuis le début des années 1970. À l'aide de méthodes de diagnostic traditionnelles, le Programme aide les clients internes et externes à fournir des conseils sur la gestion de la santé des animaux aquatiques et des données cliniques à ce chapitre.Cet ensemble de données contient des renseignements sur les diagnostics de poissons provenant du Programme de mise en valeur des salmonidés, de la recherche, du public et des demandes d’introduction ou de transfert. Les données contenues dans cette base de données comprennent les pathogènes découverts dans les cas soumis dans l'ensemble de la Région du Pacifique.La base de données sur la santé du poisson sera diffusée conformément aux recommandations en matière de diffusion publique énoncées à la recommandation vingt-deux, formulée dans le volume trois du rapport final (octobre 2012) soumis par la Commission d'enquête Cohen sur le déclin des populations de saumon rouge du fleuve Fraser.

Depuis 1991, un relevé acoustique annuel des concentrations de hareng au début de l’automne (septembre-octobre), indépendant de la pêche, est effectué dans le sud du golfe du Saint-Laurent. La zone de relevé annuel type se trouve dans les zones 4Tmno, où les deux composantes du hareng 4T s’agrègent à l’automne. Le relevé utilise un plan stratifié aléatoire de transects parallèles à l’intérieur de strates prédéfinies. Les relevés sont effectués de nuit et utilisent deux navires : un navire acoustique pour quantifier la biomasse des bancs de poissons à l’aide d’un transducteur à faisceau divisé de 120 kHz monté sur la coque, et un bateau de pêche pour échantillonner des regroupements de poissons à l’aide d’un chalut pélagique (détails dans LeBlanc et al. 2015; voir aussi LeBlanc et Dale 1996).Les échantillons de chalut sont utilisés pour séparer la biomasseestimée par composante de fraie et par âge, ainsi que pour établir la composition taxinomique et la répartition des tailles pour évaluer l’indice de réponse acoustique (LeBlanc et Dale 1996; LeBlanc et al. 2015).Un indice d’abondance normalisé est généré à partir de ce relevé acoustique. Cet indice comprend les données de captures selon l’âge depuis 1994.Ce relevé permet également de calculer l’abondance acoustique par âge pour les reproducteurs de printemps et les reproducteurs d’automne de 2 à 10 ans.

La base de données sur les contaminants dans les poissons est une compilation de données sur les contaminants analysés à partir d’échantillons de tissus de poissons à l’Institut des eaux douces, de 1970 à 2005. Les données comprennent le numéro de laboratoire, la région, l’analyse, les organes, les espèces, le lac, la forme (poisson entier, vidé non étêté, vidé sans tête), le poids, la longueur et les concentrations de contaminants. Le mercure total était le contaminant prédominant mesuré, mais les données comprennent un certain nombre d’échantillons qui ont été analysés pour les pesticides et d’autres contaminants. Les résultats ont été exprimés en parties par million (ppm) ou en parties par milliard (ppb) selon le paramètre analysé. Les concentrations sont exprimées en fonction du poids humide.

La base de données scientifiques sur la biodiversité des poissons des Grand Lacs est une compilation de données sur les communautés de poissons et leurs habitats tirées des relevés scientifiques du MPO; les projets se concentrent sur les poissons dont la conservation est préoccupante. Les données comprennent : le site d’échantillonnage, la date, le nombre de poissons, les espèces de poissons, la longueur des poissons et les informations connexes sur l’habitat. Les détails spécifiques au projet, les objectifs, et les méthodes sont souvent présentés dans les rapports canadiens des sciences halieutiques et les sciences océaniques de MPO.