Une planification efficace de la conservation repose sur la compréhension de la connectivité entre les populations, qui peut être documentée par des données génomiques. Ceci est particulièrement important pour les espèces sessiles comme la modiole (Modiolus modiolus), une espèce essentielle à la formation de certains habitats qui constitue une priorité en matière de conservation au Canada atlantique. Cependant, peu d’informations génomiques sont disponibles pour décrire les tendances en matière de connectivité de la modiole. Nous avons utilisé plus de 8 000 polymorphismes mononucléotidiques dérivés du séquençage de l’ADN associé aux sites de restriction et un ensemble de 8 microsatellites pour examiner la connectivité génomique entre les populations de modioles dans la baie de Fundy, le long du plateau néo-écossais et dans l’Atlantique Nord-Ouest, jusqu’à Terre-Neuve. Malgré les différences phénotypiques entre les lieux d’échantillonnage, nous avons constaté un manque général de diversité génétique et de structure démographique chez les modioles dans l’Atlantique Nord-Ouest. Tous les sites échantillonnés présentaient une faible hétérozygosité, un très faible FST, des coefficients de consanguinité élevés et un écart par rapport à l’équilibre Hardy-Weinberg, ce qui met en évidence la diversité génétique généralement faible pour tous les paramètres mesurés. L’analyse des composantes principales, l’analyse du métissage, les calculs par paires du FST et l’analyse des loci aberrants (pouvant faire l’objet d’une sélection) n’ont révélé aucun groupe génomique indépendant dans les données, et une analyse de la variation moléculaire a montré que moins de 1 % de la variation observée dans l’ensemble de données sur les SNP était constatée entre les sites d’échantillonnage. Nos résultats suggèrent que la connectivité est élevée entre les populations de modioles de l’Atlantique Nord-Ouest, ce qui, conjugué à des tailles de population réelles importantes, a entraîné une divergence génomique minimale dans la région. Ces résultats peuvent éclairer les considérations relatives à la conception de mesures de conservation dans la baie de Fundy et favoriser une meilleure intégration dans l’ensemble du réseau régional de conservation.Citer ces données comme: an Wyngaarden, Mallory et al. (2024).Similarité génétique répandue entre les populations de modioles (Modiolus modiolus) de l’Atlantique Nord-Ouest. Publié en Mai 2025. Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É).

Couche regroupant l’information connue des aires de reproduction de l'alose savoureuse dans le fleuve et l'estuaire du Saint-Laurent selon une revue de littérature de documents réalisés entre 1976 et 1997.Information additionnelleLes aires de reproduction de l'alose savoureuse ont été produites à partir d'une revue de littérature des documents suivants:Blais, J.-P. et V. Legendre. 1976. La ouananiche, Salmo salar, du lac Tremblant, Québec. Québec, Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Direction régionale de Montréal, Rapp. tech. 06-11, 116 p.Boulet, M., J. Leclerc et P. Dumont. 1995. Programme triennal d'étude sur le suceur cuivré. Québec, Ministère de l'Environnement et de la Faune, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal, Rapp. d'étape, 61 p.Boulet, M., Y. Chagnon et J. Leclerc. 1996. Recherche et caractérisation des aires de fraye des suceurs cuivré et ballot au bief d'aval du barrage de Saint-Ours (rivière Richelieu) en 1992. Québec, Ministère de l'Environnement et de la Faune, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Longueuil, Rapp. trav. 06-38, xi + 37 p.Dumont, P. et R. Fortin. 1977. Relations entre les niveaux d'eau printaniers et la reproduction du Grand Brochet du Haut-Richelieu et de la baie Missisquoi. Université du Québec à Montréal, Département des sciences biologiques, pour le Bureau international Champlain Richelieu, Comité d'impact sur l'environnement, x + 108 p.Dumont, P. et S. Desjardins. 1989. Lettre adressée à M. André Poulin du Département de géographie, Université de Sherbrooke, au sujet de la faune et les habitats de la portion aval de la rivière aux Brochets. Québec, Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Direction régionale de Montréal. Dumont, P., J. Leclerc et L. Bouthillier. 1989a. Données d'inventaire, baie Brazeau, rivière des Outaouais, été 1989. Québec, Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal. [Données non publiées].Environnement Illimité inc. 1994. Centrale Les Cèdres - Nouvel aménagement. Avant-projet phase 2, études environnementales. Description du milieu biologique. Volumes 1 et 2. Rapport préparé pour la Vice-Présidence Environnement Hydro-Québec, Service production, réfection et localisation, 241 p. + annexes.Fournier, P. et L.-M. Soyez. 1988. Étude de l'utilisation faunique printanière du marais de Rosemère. Québec, Ministre du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal, 13 p.Gagnon, M., Y. Ménard et J.-F. La Rue. 1993. Caractérisation et évaluation des habitats du poisson dans la zone de transition saline du Saint-Laurent. Rapp. tech. can. sci. halieut. aquat. 1920: viii + 104 p.Gendron, M. 1986. Rivière-des-Prairies. Aménagement d'un haut-fond, printemps 1986. Groupe de recherche SEEEQ ltée pour la Direction Environnement d'Hydro-Québec, 103 p.Gendron, M. 1987. Rivière-des-Prairies. Suivi de l'aménagement d'un haut-fond, printemps 1987. Le Groupe de recherche SEEEQ ltée pour la Direction Environnement d'Hydro-Québec, 60 p.Gendron, M. 1988. Rivière-des-Prairies. Suivi de l'aménagement du haut-fond, synthèse 1982-1988. Le Groupe de recherche SEEEQ ltée pour le Service de recherche en environnement et santé publique, Vice-Présidence Environnement, Hydro-Québec, 95 p.Guay, G. et M. Couillard. 1985. Étude de l'utilisation printannière et autonmale des rapides de Lachine par les poissons. Environnement Illimité inc. pour le Secrétariat Archipel, 167 pages + annexes.Laramée, P. 1983. La vie printanière dans les rapides de Lachine : Reproduction des poissons. Éco-Recherches inc. pour Vice-Présidence Environnement Hydro-Québec et le Secrétariat Archipel, 30 p. + 7 annexes. Leclerc, J. 1983. La montaison de l'Alose savoureuse dans la rivière des Mille Iles en 1983. Rapport réalisé par Bio-Conseil inc. pour le compte du Service des études hydrauliques et écologiques, Ministère de l'Environnement du Québec, 45 p.Letendre, M., B. Dumas et M. Beaudoin. 1990. Inventaire de la rivière des Prairies, au niveau de l'île de Pierre. Québec, Ministère du Loisir de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal. [Travaux en cours].Provost, J., L. Verret et P. Dumont. 1984. L'Alose savoureuse au Québec : synthèse des connaissances biologiques et perspectives d'aménagement d'habitats. Canada, Ministère des Pêches et Océans, Direction de la recherche sur les pêches, Laboratoire de Québec, Rapport manuscrit canadien des sciences halieutiques et aquatiques no 1793, xi + 114 p.Thérrien, J., H. Marquis, G Shooner et P. Bérubé.1991. Caractérisation des habitats recherchés pour la fraie des principales espèces de poisson du fleuve Saint-Laurent (Cornwall à Montmagny). Étude réalisée pas le Groupe Environnement Shooner inc. Pour le compte du Ministère des Pêches et des Océans du Canada. 16 p.

Une pêche exploratoire a été menée dans le delta du fleuve Mackenzie entre 1989 et 1993 à la demande du Comité des chasseurs et des trappeurs d’Inuvik afin d’évaluer le potentiel de pêche commerciale dans cette zone. Les données recueillies au cours de cette pêche exploratoire ont été utilisées dans deux rapports techniques. Le corégone tschir était l’espèce cible de cette pêche (rapport technique 2180 du MPO), mais d’autres espèces telles que le grand brochet, l’inconnu et le grand corégone ont également été pêchées (rapport technique 2330 du MPO).Les données biologiques découlant de la pêche aux corégones tschir (longueur à la fourche, âge, rapport gonado-somatique et mortalité instantanée) ont été analysées pour évaluer l’impact d’une pêche exploratoire dans le delta du fleuve Mackenzie. Les données ont été recueillies à l’aide de filets maillants expérimentaux à maillage varié et de filets maillants de 139 mm (5,5 po) utilisés par les pêcheurs commerciaux. Les données indiquent que la population de corégones tschir pourrait être séparée, les grands reproducteurs matures se rassemblant dans les chenaux principaux avant le frai et les poissons plus petits, immatures ou en repos restant dans les chenaux latéraux à l’abri des courants forts. Cette analyse nous permet de conclure que la taille et la structure des populations de corégones tschir présentes dans cette zone sont stables au niveau actuel de la récolte totale (commerciale et de subsistance combinées). Il est possible d’accroître les récoltes, mais on ne sait pas dans quelle mesure.Les données biologiques du grand brochet, de l’inconnu et du grand corégone ont été analysées afin d’évaluer l’impact de la pêche sur l’abondance et la structure de la population. Les trois espèces faisant l’objet de prises accessoires soutiennent la pêche de subsistance dans le delta du fleuve Mackenzie. L’inconnu et le grand corégone migrent sur de grandes distances, traversant les frontières de la revendication territoriale, et sont probablement pêchés par divers groupes d’utilisateurs. Le grand brochet, quant à lui, a tendance à ne pas migrer, avec des populations localisées qui sont principalement pêchées par les personnes vivant dans les environs immédiats. On craint que la pression exercée par la pêche commerciale ne réduise le nombre de poissons disponibles pour les pêcheurs de subsistance. Sur la base des tendances concernant la fréquence selon la taille et l’âge, l’âge à la maturité, le sex-ratio, les taux de croissance et les taux de mortalité, nous concluons que les populations d’inconnu et de grand corégone dans le delta du fleuve Mackenzie sont restées saines et stables aux niveaux de récolte actuels, mais que les populations de grand brochet ont montré une diminution de la proportion de poissons plus âgés, ce qui pourrait indiquer une surpêche des stocks locaux. L’inconnu et le grand corégone pourraient être capables de résister à une augmentation de la pêche, mais on ne sait pas dans quelle mesure, étant donné que peu de données fiables sont disponibles sur les niveaux de la pêche de subsistance dans cette région. Il peut être risqué d’accroître les niveaux de pêche du brochet et nous proposons d’envisager une réduction des quotas actuels des prises commerciales.

Couche regroupant l’information connue des aires de reproduction, d'alimentation et de concentration de l'esturgeon jaune dans le fleuve et l'estuaire du Saint-Laurent selon une revue de littérature de documents réalisés entre 1976 et 2002.Information additionnelleLes aires de reproduction, d'alimentation et de concentration de l'esturgeon jaune ont été produites à partir d'une revue de littérature des documents suivants:Blais, J.-P. et V. Legendre. 1976. La ouananiche, Salmo salar, du lac Tremblant, Québec. Québec, Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Direction régionale de Montréal, Rapp. tech. 06-11, 116 p.Bouthillier, L., P. Dumont et G. Roy. 1993. Répertoire des habitats du poisson de la région de Montréal, Québec. Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche du Québec, Direction régionale de Montréal. ii + 6 p. + fiches d'habitats + 18 cartes d'habitats à l'échelle 1:50 000 + bibliographie 15 p.Desjardins, S. et P. Dumont. 1990. Avis du ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche au sujet de l'acceptabilité environnementale du projet Soligaz. Québec, Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Direction régionale de Montréal.Dimension Environnement SNC. 1990. Évaluation de l'abondance de l'Esturgeon jaune (Acipenser fulvescens) dans la baie du Cap St-Michel. Rapport complémentaire présenté au ministère de l'Environnement du Québec dans le cadre de l'étude d'impact sur l'environnement du projet Soligaz, Montréal, 24 p.Dumont, P. et R. Fortin. 1977. Relations entre les niveaux d'eau printaniers et la reproduction du Grand Brochet du Haut-Richelieu et de la baie Missisquoi. Université du Québec à Montréal, Département des sciences biologiques, pour le Bureau international Champlain Richelieu, Comité d'impact sur l'environnement, x + 108 p.Dumont, P., J. Leclerc et L. Bouthillier. 1989b. Données d'inventaire, marais Fraser, lac Saint-François, Cazaville. Été 1989. Québec, Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménage¬ment et de l'exploitation de la faune, Montréal. [Données non publiées].Dumont, P., J. Leclerc et Y. Chagnon. 1990. Pêche électrique sur la rivière Yamaska le 18 avril 1990. Québec, Ministère du Loisir de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal. [Données non publiées].Enquête auprès des pêcheurs et agents du MEF et du MPO. 1995.Fournier, P. et L.-M. Soyez. 1988. Étude de l'utilisation faunique printanière du marais de Rosemère. Québec, Ministre du Loisir, de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal, 13 p.Gendron, M. 1986. Rivière-des-Prairies. Aménagement d'un haut-fond, printemps 1986. Groupe de recherche SEEEQ ltée pour la Direction Environnement d'Hydro-Québec, 103 p.Gendron, M. 1987. Rivière-des-Prairies. Suivi de l'aménagement d'un haut-fond, printemps 1987. Le Groupe de recherche SEEEQ ltée pour la Direction Environnement d'Hydro-Québec, 60 p.Gendron, M. 1988. Rivière-des-Prairies. Suivi de l'aménagement du haut-fond, synthèse 1982-1988. Le Groupe de recherche SEEEQ ltée pour le Service de recherche en environnement et santé publique, Vice-Présidence Environnement, Hydro-Québec, 95 p.LaHaye, M. et R. Fortin. 1990. Caractérisation de l'habitat de fraie et de l'habitat des juvéniles de l'Esturgeon jaune (Acipenser fulvescens) dans la région de Montréal. Rapport de recherche préparé pour le Département des sciences biologiques de l'Université du Québec à Montréal, 81 p. + annexes.Letendre, M., B. Dumas et M. Beaudoin. 1990. Inventaire de la rivière des Prairies, au niveau de l'île de Pierre. Québec, Ministère du Loisir de la Chasse et de la Pêche, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal. [Travaux en cours].Société de la Faune et des Parcs du Québec. 2000. Atlas des habitats critiques connus ou d'intérêt particulier pour les poissons du fleuve Saint-Laurent entre le port de Montréal et l'Île aux Coudres. Direction du développement de la faune.Therrien, J., Marquis, H., Shooner, G. et Bérubé, P. 1991. Caractérisation des habitats recherchés pour la fraie des principales espèces de poisson du fleuve Saint-Laurent (Cornwall à Montmagny). Études réalisées par le Groupe Environnement Shooner inc. Pour le compte des ministères des Pêches et des Océans et de l'Environnement du Canada. 16 pages. Un atlas accompagne ce document.Tremblay, S. 1996. Caractérisation de la pêcherie commerciale à l'esturgeon noir (Acipenser oxyrinchus) dans le secteur de Montmagny en 1994. Ministère de l'Environnement et de la Faune, Direction de la faune et des habitats. Rapport technique. 27 p.Trencia, G. 2002. Communication personnelle avec Guy Trencia, Faune et Parcs Québec.

Cet ensemble de données présente les aires de répartition géographiques canadiens des espèces prioritaires déterminées dans l’Approche pancanadienne pour la transformation de la conservation des espèces en péril au Canada (l’« Approche pancanadienne »). Ces espèces comprennent le Caribou de la toundra (y compris le Caribou de Dolphin-et-Union); le Tétras des armoises; le Caribou de Peary; le Bison des bois; le Caribou des bois, population boréale (« Caribou boréal »); le Caribou des bois, Population des montagnes du Sud (« Caribou des montagnes du Sud »). Les espèces prioritaires ont été sélectionnées selon plusieurs critères et considérations, en collaboration avec des partenaires fédéraux, provinciaux et territoriaux. Ces critères incluent notamment le rôle écologique sur une échelle régionale et nationale, leur cote de conservation et la possibilité d’obtenir des résultats en matière de conservation, leur valeur sociale et culturelle (en particulier pour les peuples autochtones) et les occasions de leadership et de partenariat qu’elles présentent. L’obtention de résultats en matière de conservation pour les espèces prioritaires ciblées peut avoir des avantages communs importants pour d’autres espèces en péril, et les espèces sauvages en général. Pour de plus amples renseignements sur l’Approche pancanadienne et les espèces prioritaires, consultez le site Web suivant : https://www.canada.ca/fr/services/environnement/faune-flore-especes/especes-peril/approche-pancanadienne.html#toc2.Cet ensemble de données comprend : 1) la répartition du Caribou boréale (voir https://registre-especes.canada.ca/index-fr.html#/consultations/2253); 2) les populations locales du Caribou des montagnes du Sud (voir https://registre-especes.canada.ca/index-fr.html#/consultations/1309); 3) la répartition du Tétras des armoises (voir https://registre-especes.canada.ca/index-fr.html#/consultations/1458); 4) les populations locales du Caribou de Peary (voir https://registre-especes.canada.ca/index-fr.html#/consultations/3657); 5) la répartition du Caribou de la toundra (voir https://www.maps.geomatics.gov.nt.ca/Html5Viewer/index.html?viewer=NWT_SHV anglais seulement); 6) la répartition du Caribou de la toundra, Population de Dolphin-et-Union (voir https://www.maps.geomatics.gov.nt.ca/Html5Viewer/index.html?viewer=NWT_SHV anglais seulement); 7) la répartition du Bison des bois (voir https://registre-especes.canada.ca/index-fr.html#/consultations/2914).

La base de données sur les espèces aquatiques envahissantes des Grand Lacs est une compilation de données sur les communautés de poissons et les habitats provenant des efforts de surveillance de détection précoce du Programme des espèces aquatiques envahissantes et du Programme de carpes envahissantes de MPO dans les eaux canadiennes du bassin des Grands Lacs. Les données comprennent : le site d’échantillonnage, la date, le nombre de poissons, les espèces de poissons et les informations connexes sur l’habitat. Les détails spécifiques au projet, les objectifs, et les méthodes sont souvent présentés dans les rapports canadiens des sciences halieutiques et les sciences océaniques de MPO.

Le présent ensemble de données indique l’emplacement de toutes les colonies d’oiseaux de mer connues le long du littoral de la Colombie-Britannique. Il offre également une compilation des estimations des populations reproductrices d’oiseaux de mer dans ces colonies depuis 1980, ainsi que des estimations historiques pour certaines colonies avant 1980. Il n’inclut cependant pas d’estimations du nombre d’oiseaux juvéniles ou non reproducteurs dans les populations.La raison justifiant l’élaboration de cet inventaire est le besoin reconnu d’un produit qui pourrait faciliter la réalisation des activités suivantes : la planification des zones côtières et des aires de conservation; les interventions en cas d’urgence environnementale et la détermination des zones d’interactions potentielles entre les oiseaux de mer et les activités humaines. De plus, les données ayant servi à l’élaboration du document pourront servir de valeurs de référence pour établir une comparaison avec les estimations futures des populations d’oiseaux de mer, de manière à mesurer les incidences des changements dans la composition, l’abondance et/ou la répartition des proies, ainsi que les effets des changements climatiques et océanographiques. La base de données ne peut se substituer aux relevés effectués sur place et habituellement requis pour les évaluations environnementales.Dans ce document, nous présentons des données sur les populations des colonies d’oiseaux reproducteurs de 17 espèces d’oiseaux de mer (y compris deux espèces d’océanites, trois espèces de cormorans, une espèce de goéland, une espèce de tridactyle, huit espèces de la famille des alcidés) et une espèce d’oiseau de rivage (Huîtrier de Bachman [Haematopus bachmani]) qui nichent sur la côte de la Colombie-Britannique. Selon les estimations actuelles, plus de 5,6 millions d’oiseaux coloniaux nichent à 649 sites (Rodway et al. 2024). Cinq espèces (Starique de Cassin [Ptychoramphus aleuticus], Océanite à queue fourchue [Hydrobates pelagicus], Macareux rhinocéros [Cerorhinca monocerata], Guillemot à cou blanc [Synthliboramphus antiquus], et Océanite cul blanc [Hydrobates leucorhous]) constituent la vaste majorité de ces populations, bien que le Huîtrier de Bachman (Haematopus bachmani), le Guillemot colombin (Cepphus columba), et le Goéland à ailes grises (Larus glaucescens) nichent aussi à la majorité de ces sites. Le Guillemot marbré (Brachyramphus marmoratus), qui niche sur les branches moussues d’arbres matures et anciens dans les forêts côtières, n’est pas inclus dans cette base de données en raison de son habitude de nidification dispersée.Les estimations de population présentées dans la base de données sont le fruit de la compilation des résultats de nombreux relevés. La présence de nombreuses colonies de nidification d’oiseaux de mer en Colombie-Britannique a été établie il y a plus de 50 ans mais en raison de l’éloignement des sites, ces colonies ont rarement été visitées. La majorité des données sont issues d’inventaires exhaustifs des oiseaux de mer coloniaux qui nichent le long du littoral de la Colombie-Britannique, réalisés entre 1974 et 1977 par le British Columbia Provincial Museum (BCPM; aujourd’hui le Royal British Columbia Museum) et entre 1980 et 1989 par le Service canadien de la faune (SCF) d’Environnement et Changement climatique Canada. L’objectif des relevés du BCPM était d’explorer toute la côte de la Colombie-Britannique afin d’y repérer les sites de nidification des oiseaux de mer. Des données quantitatives fiables ont été recueillies sur les populations reproductrices de toutes les espèces d’oiseaux de mer nichant à la surface du sol, et des estimations approximatives de la taille des populations ont été réalisées pour les espèces nichant dans un terrier. L’objectif du programme de relevés du SCF était d’établir des estimations de base des populations reproductrices d’espèces nichant dans un terrier en Colombie-Britannique en utilisant des techniques d’étude normalisées afin de permettre des comparaisons et le suivi de ces populations à l’avenir. Au cours des années 1980, des relevés répétés ciblant les espèces nichant à la surface du sol ont également été menés par le SCF dans la plupart des régions de la côte de la Colombie-Britannique. Quelques colonies situées sur de petites îles éloignées n’ont pas fait l’objet de visites lors de ces relevés. Par conséquent, pour certaines colonies, les estimations de population les plus récentes proviennent du premier relevé exhaustif du littoral de la Colombie-Britannique, réalisé par le Royal British Columbia Museum au milieu des années 1970.Depuis 1989, le SCF mène des relevés ciblant certaines colonies d’alcidés, de cormorans et de goélands le long de la côte de la Colombie-Britannique, et les résultats ont été inclus dans l’ensemble de données (la saisie des données est en cours). En plus des données des relevés effectués par le Service canadien de la faune, nous avons tenté d’obtenir des données récentes auprès de toutes les autres sources, notamment Parcs Canada, le ministère des Forêts, des Terres, de l’Exploitation des ressources naturelles et du Développement rural de la Colombie-Britannique, la Ville de Vancouver, la Bamfield Marine Station et la Laskeek Bay Conservation Society. Depuis l’an 2000, durant plusieurs années, Parcs Canada et ses partenaires (Réserve de parc national des Îles-Gulf, Réserve de parc national Pacific Rim et Réserve de parc national Gwaii Haanas) ont effectué d’autres inventaires des Huîtriers de Bachman nicheurs dans certains secteurs du littoral, et les résultats ont été intégrés à l’ensemble de données (la saisie des données est en cours). Une longue série chronologique de données sur les Huîtriers de Bachman nicheurs renfermant les données recueillies par la Laskeek Bay Conservation Society dans la zone de la baie Laskeek de la côte est de l’île Moresby a été intégrée à cet ensemble de données.

L’aquaculture des bivalves a des effets directs et indirects sur les communautés planctoniques, qui sont très sensibles aux changements climatiques à court terme (saisonniers et interannuels) et à long terme, bien que la façon dont ces dynamiques modifient les interactions entre l’aquaculture et l’écosystème soit mal comprise. Ici, nous étudions les tendances saisonnières de l’abondance du plancton et de la structure de la communauté couvrant plusieurs fractions de taille allant de 0,2 µm à 5 mm, dans une échancrure d’aquaculture profonde dans le nord-est de Terre-Neuve, au Canada. À l’aide de la cytométrie en flux et de l’imagerie FlowCam, nous avons observé une relation saisonnière claire entre les tailles de fractions découlant de la stratification des colonnes d’eau (apport d’eau douce, disponibilité des nutriments, disponibilité de la lumière et température de l’eau). L’abondance du plancton a diminué proportionnellement à l’augmentation de la fraction de taille, ce qui correspond à la théorie des spectres de taille. Dans la baie, on a observé une plus grande abondance de mésozooplancton et une plus grande abondance relative de copépodes à proximité de la concession aquacole. Aucun effet spatial important n’a été observé pour la composition du phytoplancton. Bien que l’on ait observé d’août à octobre des pentes spectrales de composition et de taille du plancton statistiquement semblables (c.-à-d. l’efficacité de la chaîne alimentaire) et que l’on puisse utiliser ces données pour comparer la variabilité interannuelle de la composition du plancton, l’échantillonnage sur de plus longues périodes pourrait permettre de saisir les changements phénologiques à long terme de l’abondance et de la composition du plancton liés à divers processus, y compris les changements climatiques. Les conclusions fournissent une orientation sur l’échantillonnage optimal aux fins de la surveillance et de l’évaluation des séquences des effets de l’aquaculture.Citer ces données comme: Sharpe H, Lacoursière-Roussel A, Gallardi D (2024). Ecological insight of seasonal plankton succession to monitor shellfish aquaculture ecosystem interactions. Version 3.2. Fisheries and Oceans Canada. Sampling event dataset. https://doi.org/10.25607/2ujdvh

DescriptionPour préserver la biodiversité marine, il faut comprendre l’influence conjointe des changements environnementaux constants et des pressions exercées par la pêche. Pour relever ce défi, il faut mener des analyses et une surveillance rigoureuses de la biodiversité qui tiennent compte des facteurs de changement potentiels. Ici, nous nous demandons comment la biodiversité des poissons démersaux dans les eaux canadiennes du Pacifique a changé depuis 2003 et évaluons dans quelle mesure ces changements peuvent être expliqués par les changements environnementaux et la pêche commerciale. À l’aide d’un modèle spatiotemporel multispécifique fondé sur les données indépendantes des pêches, nous constatons que la densité des espèces (nombre d’espèces par zone) et la biomasse communautaire ont augmenté durant cette période. Les changements environnementaux survenus durant cette période ont été associés aux fluctuations temporelles de la biomasse des espèces et de la communauté en général. Toutefois, les changements environnementaux étaient moins associés aux changements dans la présence des espèces. Par conséquent, les augmentations estimées de la densité des espèces ne seront probablement pas attribuables aux changements environnementaux. Nos résultats correspondent plutôt au rétablissement continu de la communauté des poissons démersaux attribuable à une réduction de l’intensité de la pêche commerciale par rapport aux niveaux historiques. Ces résultats donnent des renseignements clés sur les facteurs du changement de la biodiversité qui peuvent éclairer la gestion axée sur les écosystèmes.Les couches montrées représentent trois paramètres communautaires : 1) la densité des espèces (c.-à-d. richesse spécifique), 2) la diversité de Hill-Shannon et 3) la biomasse communautaire. Toutes les couches sont fournies à une résolution de 3 km dans le domaine d’étude pour la période s’échelonnant de 2003 à 2019. Pour chaque paramètre, nous présentons des couches pour trois statistiques sommaires, soit 1) la valeur moyenne de chaque cellule de grille sur la plage temporelle, 2) la probabilité que la cellule de grille soit un point chaud pour ce paramètre et 3) le coefficient de variation temporel (c.-à-d. écart-type/moyenne) pour toutes les années.Méthodes :L’analyse qui a produit ces couches est présentée dans Thompson et al., 2022. L’analyse s’appuie sur les données des relevés synoptiques au chalut de fond des poissons démersaux dans le bassin Reine-Charlotte, le détroit d’Hécate, la côte ouest de l’île de Vancouver et la côte ouest d’Haida Gwaii. Ces relevés ont été effectués de 2003 à 2019. Les espèces de poissons cartilagineux et osseux capturées indiquées dans les relevés des poissons de fond du MPO qui étaient présentes dans au moins 15 % de tous les chaluts de la plage de profondeurs dans laquelle elles étaient capturées ont été incluses. Cette plage de profondeurs était définie comme comprenant 95 % de tous les chaluts dans lesquels ces espèces étaient présentes. L’ensemble de données final utilisé dans notre analyse comprenait 57 espèces (tableau S1 du rapport).La dynamique spatiotemporelle de la communauté des poissons démersaux a été modélisée à l’aide du cadre et du progiciel de modélisation hiérarchique des communautés d’espèces (HMSC) (Tikhonov et al., 2021) dans R. Ce cadre utilise l’inférence bayésienne pour rajuster un modèle mixte hiérarchique généralisé multivariable. Nous avons modélisé la dynamique communautaire au moyen d’un modèle à obstacles qui comprend deux sous-modèles : un modèle présence-absence et un modèle de biomasse conditionnel à la présence. Notre liste de covariables environnementales comprenait la profondeur du fond, l’indice de position bathymétrique (BPI), la vitesse moyenne des marées estivales, la turbidité du substrat, la roccosité du substrat, la question à savoir si le chalut se trouvait à l’intérieur ou à l’extérieur de l’empreinte de chalutage fondée sur l’écosystème, et la région du relevé, l’écart de température moyen près du fond en été, l’écart de l’oxygène dissous moyen près du fond en été, les vitesses moyennes du courant entre les rives et le long de la rive près du fond océanique en été, la production primaire intégrée moyenne à la profondeur en été et l’effort de pêche commerciale à l’échelle locale.Des couches sont présentées pour trois paramètres relatifs aux communautés. Tous les paramètres doivent être interprétés comme représentant la valeur à laquelle on s’attendrait dans la prise d’un trait moyen dans les relevés synoptiques au chalut de fond des poissons démersaux effectués dans une cellule de grille de 3 km donnée. La densité des espèces (parfois appelée richesse spécifique) doit être interprétée étant comme le nombre des 57 espèces qui seraient prises dans un chalut. La diversité de Hill-Shannon est une mesure de la diversité qui accorde une plus grande importance aux communautés où la biomasse est répartie également entre les espèces. La biomasse communautaire est la biomasse totale des 57 espèces qui devrait être capturée par kilomètre carré dans un trait moyen. Sources de données :Les données de recherche ont été fournies par l’Unité des données sur le poisson de fond de la direction des sciences du Pacifique pour les relevés de recherche de la base de données GFBio entre 2003 et 2019 qui ont été effectués dans quatre régions: le bassin Reine-Charlotte, le détroit d'Hécate, la côte ouest de l’île de Vancouver et la côte ouest d’Haida Gwaii. Notre analyse exclut les espèces qui sont rarement prises dans les chaluts de recherche; nos estimations n’incluraient donc pas l’occurrence ou la biomasse de ces espèces rares.Les données sur la pêche commerciale ont été consultées au moyen d’un script R du MPO détaillé à https://github.com/pbs-assess/gfdata. L’effort local de pêche commerciale a été calculé à partir de ces données.Les couches de substrat ont été obtenues à partir d’un modèle de substrat (Gregr et al., 2021).Les couches océanographiques (température au fond, oxygène dissous, vitesses de marée et de circulation, production primaire) ont été obtenues à partir d’une simulation rétrospective du modèle de la marge continentale de la Colombie-Britannique (Peña et al., 2019).Incertitudes :Il est possible que les espèces qui ne sont pas bien échantillonnées par les relevés au chalut ne soient pas estimées avec exactitude par notre modèle. Le modèle ne comprenait pas d’effets aléatoires spatiotemporels, ce qui sous-estime probablement la variabilité spatiotemporelle dans la région. Il importe également de souligner l’incertitude des covariables et du modèle. Les estimations des points chauds donnent une mesure de l’incertitude/la certitude du modèle.

Couche regroupant l’information connue des aires de reproduction, d'alimentation et de concentration de l'esturgeon noir dans le fleuve et l'estuaire du Saint-Laurent selon une revue de littérature de documents réalisés entre 1993 et 2003.Information additionnelleLes aires de reproduction, d'alimentation et de concentration de l'esturgeon noir ont été produites à partir d'une revue de littérature des documents suivants: Communication personnelle par Hatin. D. 2003.Gagnon, M., Y. Ménard et J.-F. La Rue. 1993. Caractérisation et évaluation des habitats du poisson dans la zone de transition saline du Saint-Laurent. Rapp. tech. can. sci. halieut. aquat. 1920: viii + 104 p.Hatin. D., F. Caron et R. Fortin. 1999. Rapport d'opération : Déplacement et caractérisation du stock reproducteur d'esturgeon noir (Acipenser oxyrinchus) dans l'estuaire du fleuve Saint-Laurent. Faune et Parcs Québec, Direction de la faune et des habitats. 91 p.Hatin, D. et F. Caron. 2002. Déplacement et caractéristiques des esturgeons noirs (Acipencer oxyrinchus) adultes dans l'estuaire du fleuve Saint-Laurent en 1998 et 1999. Société de la Faune et des Parcs du Québec, Direction de la recherche sur la faune. 151 p.Naturam Environnement. 1995. Les possibilités de fraie de l'esturgeon noir dans l'estuaire de la rivière Manicouagan. Rapport présenté au Comité ZIP et à la Corporation d'amélioration et de protection de l'environnement (CAPE). Dossier 95-869. 75 p. Therrien, J. 1998. Rapport sur la situation de l'esturgeon noir (Acipenser oxyrinchus) au Québec. Ministère de l'Environnement et de la Faune, Direction de la faune et des habitats, Service de la faune aquatique. 45 p. Société de la Faune et des Parcs du Québec. 2000. Atlas des habitats critiques connus ou d'intérêt particulier pour les poissons du fleuve Saint-Laurent entre le port de Montréal et l'Île aux Coudres. Direction du développement de la faune.Trencia, G. Communication personnelle.