La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

Considérée comme le « roi » des otaries, la Steller est la plus grosse des otaries (Eumetopias jubatus) et peut atteindre l'âge de trente ans. Au Canada, on a observé sa présence le long de la côte rocailleuse de la Colombie-Britannique. Ce mammifère costaud se déplace normalement seul ou en petit groupe mais, judicieusement, il forme de petits groupes pour se protéger pendant la saison des amours et la saison de mise bas. On en connaît peu sur le cycle océanique de l'animal; cependant, il est encourageant de savoir que, pour cette espèce, depuis que cet amoureux de la mer est protégé légalement, en 1970, la taille de la population adulte a plus que doublé.Les tendances récentes affichées par l’abondance de l’otarie de Steller (Eumetopias jubatus) en Colombie-Britannique ont été évaluées à partir d’une série de treize relevés aériens menés à l’échelle de la province pendant la saison de reproduction (du 27 juin au 6 juillet) entre 1971 et 2013.

Le requin-taupe bleu (Isurus oxyrinchus) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique qui est observée dans les pêches commerciales et récréatives. De 2011 à 2013, des étiquettes satellites d’archivage détachables (PSAT) de Wildlife Computers ont été appliquées sur des requins-taupes bleus afin de recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). Des déploiements ont été effectués au Canada à bord de navires commerciaux, généralement en été et en automne, de juillet à octobre. Deux types de modèles d’étiquettes ont été déployés : Mk10 (N = 28) et Minipat (N = 9), et 28 des 37 étiquettes ont émis des données (une femelle a été recapturée). Les requins-taupes bleus marqués avaient une longueur à la fourche (courbée) de 80 cm à 229 cm; 13 étaient des femelles, 17 étaient des mâles et 7 étaient de sexe inconnu. Le temps avant la recapture variait de 0 à 185 jours et 6 étiquettes sont demeurées attachées pendant toute la durée prévue. Les données brutes transmises par les PSAT après le déploiement ont été traitées au moyen du logiciel de Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers sommaires, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, de l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour les données de référence sur la température de la surface de la mer (TSM), et de l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour les données bathymétriques de référence. Les estimations de position selon la méthode de vraisemblance maximale sont disponibles en format .csv et .kmz, et les profils de profondeur et de température sont également présentés en format .csv. Les autres données de sortie des étiquettes ainsi que les métadonnées relatives aux déploiements peuvent être obtenues sur demande en écrivant à warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.

Découvertes historiques de Fenusa pumila

Les polygones de biobandage de la zone côtière sont une représentation spatiale des différents types de biotes (flore et faune) et de leur distribution, ou de leur absence, présents dans l'unité côtière.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

Située dans la région visée par le règlement de la revendication des Gwich’in, la rivière aux Rats est habitée par des Dolly Varden anadromes (Salvelinus malma malma) récoltés par les ayants droit gwich’in et inuvialuit. La récolte de Dolly Varden de la rivière aux Rats a lieu pendant l’été dans les aires d’alimentation le long de la côte (par les Inuvialuit) et pendant la migration en amont dans le delta du Mackenzie (par les Gwich’in et les Inuvialuit). Les stocks de Dolly Varden sont cogérés dans le cadre d’un plan de gestion intégrée des pêches (PGIP) dont les signataires sont Pêches et Océans Canada (MPO), l’Office des ressources renouvelables des Gwich’in, le Comité mixte de gestion des pêches et l’Agence Parcs Canada. Le Groupe de travail de la rivière aux Rats, l’organe de cogestion qui formule des recommandations sur les niveaux de récolte des stocks de Dolly Varden dans la région visée par le règlement de la revendication des Gwich’in, a soutenu des activités de recherche qui facilitent la mise en œuvre du PGIP, notamment des études pour surveiller les niveaux de récolte et évaluer l’état de la population. Les études de population (p. ex. estimations de l’abondance, échantillonnage biologique et génétique) et les activités de surveillance des prises côtières permettent une évaluation complète de ce stock. Les données sont utilisées pour informer les partenaires de cogestion sur le statut de Dolly Varden de la rivière aux Rats.

La maraîche (Lamna nasus) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique qui est observée dans les pêches commerciales et récréatives. De 2005 à 2021, des étiquettes satellites d’archivage détachables (PSAT) ont été appliquées sur des maraîches afin de recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). Des déploiements ont été effectués au Canada et dans les îles Féroé à bord de navires commerciaux et de plaisance, ainsi que de navires affrétés à des fins scientifiques, généralement en été et en automne, mais aussi parfois l’hiver lorsque la pêche commerciale de la maraîche était active au Canada. Divers modèles d’étiquettes ont été déployés : PAT 4 (n = 1), Mk10 (n = 41) et Minipat (n = 15), et 51 des 57 étiquettes ont émis des données. Un individu a été recapturé et l’étiquette physique a été retournée. Les maraîches marquées avaient une longueur à la fourche (courbée) de 76 à 249 cm; 42 étaient des femelles, 15 étaient des mâles. Le temps avant la recapture variait de 4 à 356 jours et 14 étiquettes sont demeurées attachées pendant toute la durée prévue. Les données brutes transmises par les étiquettes après le déploiement ont été traitées au moyen du logiciel de Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers sommaires, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, de l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour les données de référence sur la température de la surface de la mer (TSM), et de l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour les données bathymétriques de référence. Les estimations de position selon la méthode de vraisemblance maximale sont disponibles en format .csv et .kmz, et les profils de profondeur et de température sont également présentés en format .csv. Les autres données de sortie des étiquettes ainsi que les métadonnées relatives aux déploiements peuvent être obtenues sur demande en écrivant à warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.

Le naseux moucheté (Rhinichthys osculus) est inscrit en vertu de la Loi sur les espèces en péril (LEP) comme espèce en voie de disparition. Ce poisson d'eau douce, qui appartient à la famille des Cyprinidés, n'est signalé au Canada que dans la vallée Kettle, en C.-B. La désignation de l'habitat essentiel proposé reposait sur une analyse de la population minimale pour la viabilité de l'espèce et sur les densités de poisson présumées. Du 19 au 22 octobre 2015, on a effectué des relevés de pêche à la senne de nuit pour dénombrer les naseux mouchetés dans l'habitat essentiel proposé de la rivière West Kettle, l'une des trois rivières contenant des naseux mouchetés. L'abondance estimée de la population de naseux moucheté dans la zone de relevé s'est chiffrée à 8,978 (6,143 - 11,814), mais seuls 1,014 de ces poissons seraient, selon les estimations, des adultes.

La reproduction sexuée est essentielle à la résilience des herbiers marins touchés par la dégradation de l'habitat ou les changements environnementaux, car des banques de semences robustes permettent à de nouvelles pousses de s'établir chaque année. Les stratégies de reproduction des herbiers marins s'étendent sur un continuum allant de strictement annuel à vivace, en fonction des conditions environnementales locales. Nous avons examiné la dynamique de reproduction des herbiers de Zostera marina sur six sites de la côte atlantique du Canada afin de caractériser la manière dont les stratégies du cycle de vie sont façonnées par le milieu environnant. Les sites ont été classés comme protégés contre les vagues et exposés aux vagues, où les sites protégés étaient chauds, peu profonds, avec peu de mouvement d'eau et des sédiments boueux, et les sites exposés étaient peu profonds ou profonds, avec de l'eau plus froide et des sédiments sableux. Alors que des stratégies de cycle biologique mixtes étaient évidentes à tous les sites, les herbiers de zostères protégés présentaient à la fois l'effort de reproduction sexuelle le plus élevé et le plus faible par rapport aux herbiers exposés. Ces herbiers subissaient régulièrement des contraintes thermiques, avec une plage de température plus élevée et des épisodes de fortes températures d’eau prolongés par rapport aux herbiers exposés. Le développement des pousses reproductrices était similaire dans tous les sites avec des degrés-jours de croissance comparables au début et à la fin de l'anthèse, mais la première date de floraison était plus précoce dans les sites protégés plus chauds par rapport aux sites exposés. Avec différentes densités de pousses reproductrices entre les sites, la production de graines, la rétention des graines et le recrutement des semis ont également fortement varié. Un seul site, situé dans une lagune chaude, peu profonde et protégée, contenait une population à cycle biologique mixte avec un effort de reproduction élevé (33,7 %), une banque de graines solide et un établissement de semis élevé. Cependant, une population principalement pérenne avec le plus faible effort de reproduction (0,5%) a été identifiée sur le site le plus chaud, ce qui suggère que les conditions ici ne pouvaient pas soutenir une reproduction sexuée élevée. La robustesse des banques de graines était fortement liée à la densité des pousses reproductrices, bien que le rôle de la rétention des graines, de la germination et de la survie des semis nécessite une étude plus approfondie. Notre étude donne un aperçu d'un aspect clé de la résilience des herbiers marins et suggère que les évaluations de la résilience devraient inclure la densité des pousses reproductrices pour éclairer la gestion et la protection des herbiers.Citer ces données comme suit : Vercaemer B. et Wong M. Écologie reproductive de Zostera marina L. (zostère marine) dans diverses conditions environnementales. Date de publication Mai 2022. Division de la science des écosystèmes côtiers, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/56cfea6f-aeca-47ed-94ab-c519d9e63c91