Cet ensemble de données est une caractérisation généralisée des milieux extracôtiers et côtiers de l'océan Pacifique canadien. Compilé à partir de diverses sources pour illustrer les habitats biogéniques, les habitats pélagiques et les types généraux de fonds tels que les zones extracôtières et côtières par strates de profondeur.

Cet ensemble de données contient des observations de la présence d’espèces à partir d’images du fond marin recueillies par le véhicule sous-marin autonome (VSA) pendant l’expédition de 2012 au mont sous-marin Cobb. Le VSA pour l’observation du fond marin exploité par la National Oceanographic and Atmospheric Administration, qui a recueilli des images photographiques de 4 transects de 436 m à 1154 m de profondeur.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

Cet ensemble de données contient des observations de la présence d’espèces à partir d’images du fond marin recueillies par le véhicule sous-marin téléguidé (VST) pendant l’expédition de 2012 au mont sous-marin Cobb. Le VST exploité par Pêches et Océans Canada était un véhicule d’ingénierie des profondeurs Phantom HD2+2 personnalisé qui recueillait des images photographiques de 12 transects de 35 m à 211 m de profondeur.

Entre 2001 et 2004, un examen descriptif et comparatif portant sur la macrofaune benthique dans 17 marques d’échappement et 10 sites de référence à l’extérieur de marques d’échappement dans la baie de Passamaquoddy (baie de Fundy) a été réalisé. Cet ensemble de données comprend les lieux d’échantillonnage ponctuel de chaque marque d’échappement au sein de la zone d’étude, l’abondance des organismes selon leur taxon mesurée pour chaque échantillon, et le transect vidéo géoréférencé de 2004 obtenu par TowCam : un véhicule de relevé de fond sous-marin muni de projecteurs, d'une caméra vidéo analogique et d'un appareil photo numérique.Pour plus d'informations sur les données: Wildish DJ, Akagi HM, McKeown DL, Pohle GW (2008) Pockmarks influence benthic communities in Passamaquoddy Bay, Bay of Fundy, Canada. Mar Ecol Prog Ser 357:51-66. https://www.int-res.com/abstracts/meps/v357/p51-66/

OBJECTIF :Les bélugas de l’est de la mer de Beaufort forment l’un des plus grands rassemblements d’été de l’espèce dans l’estuaire du Mackenzie. En 2010, on a désigné la zone de protection marine (ZPM) de Tarium Niryutait pour protéger les bélugas et leur habitat. Dans le cadre des efforts de surveillance écologique en cours dans la SPM de Tarium Niryutait, on a mis en œuvre une surveillance acoustique passive (SAP) en 2011, à titre de méthode de surveillance continue, pour combler les lacunes temporelles associées aux relevés aériens réalisés par le passé. Depuis 2014, l’effort de SAP a augmenté chaque année et on a ajouté des capteurs océanographiques aux amarrages pour : 1) mieux comprendre les conditions océanographiques dans la ZPM de Tarium Niryutait; 2) examiner les paramètres environnementaux qui régissent les déplacements des bélugas et leurs profils d’utilisation de l’habitat dans l’estuaire. Plusieurs études utilisant cet ensemble de données ont été réalisées et d’autres sont en cours. Cependant, on peut faire beaucoup plus avec les données acoustiques et environnementales. Le présent rapport vise à décrire les méthodes de déploiement et les réglages des instruments pour les amarrages afin de faciliter l’utilisation complète des données recueillies. DESCRIPTION :Chaque été, les bélugas de l’est de la mer de Beaufort forment l’un des plus grands rassemblements de l’espèce dans l’estuaire du Mackenzie. En 2010, on a désigné la zone de protection marine (ZPM) de Tarium Niryutait, située dans l’estuaire, pour protéger les bélugas et leur habitat. Dans le cadre des efforts de surveillance écologique en cours dans la ZPM de Tarium Niryutait, on a mis en œuvre une surveillance acoustique passive (SAP) en 2011, à titre de méthode de surveillance continue, pour combler les lacunes temporelles associées aux relevés aériens réalisés par le passé. Depuis 2014, l’effort de SAP a augmenté chaque année et on a ajouté des capteurs océanographiques à chaque système de SAP pour : 1) mieux comprendre les conditions océanographiques (c.-à-d. la température, la salinité, la turbidité et les conditions de vagues) dans la ZPM; 2) examiner les paramètres environnementaux qui régissent les déplacements des bélugas et leurs profils d’utilisation de l’habitat dans l’estuaire. Des amarrages ont été déployés avec différentes configurations de capteurs océanographiques dans la baie Kugmallit depuis 2015, mais ils enregistrent habituellement la température de l’eau, la salinité, la profondeur et les conditions de vagues. En 2018, le programme a été étendu à la parcelle Niaqunnaq de la ZPM (baie Shallow) et, en 2021, il a été étendu à nouveau, cette fois à la parcelle Okeevik de la ZPM. Ces observatoires ont fourni de nouvelles connaissances sur les facteurs de l’utilisation de l’habitat par le béluga dans la ZPM, en particulier à Kittigaryuit, mais plus récemment à Niaqunnaq et à Okeevik.

Un relevé de recherche sur les pétoncles (principalement le pétoncle géant Placopecten magellanicus, mais aussi le pétoncle d’Islande Chlamys islandica) effectué à l'aide d'une drague a été réalisé par le MPO (Pêches et Océans Canada) tous les 1 ou 2 ans depuis 1992 aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20). L'objectif principal de ce relevé de recherche était d'évaluer les stocks de pétoncle géant. Un autre objectif était de documenter les taxons dans la capture associée à l'habitat de pétoncle selon un plan d'échantillonnage aléatoire fixe. Les occurrences par espèce (ou taxon) sont présentées par station. La validité taxonomique et géographique des données a été vérifiée et le registre mondial des espèces marines a servi d'autorité taxonomique pour nommer tous les taxons enregistrés lors du relevé. Les invertébrés épibenthiques (principalement des mollusques, échinodermes et crustacés) ainsi que des poissons démersaux ont été identifiés à partir des captures de la drague. Les données courantes à partir de 2021 sont présentées dans la publication suivante : https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/6529a4b0-f863-4568-ac71-1fa26cf68679L'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs de 10 à 38 m, généralement autour de 25 à 35 m. Un tir aléatoire des stations d’échantillonnage est réalisé à partir d’une grille de station fixe. L'échantillonnage est fait le long de transects à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d'étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle Digby doublée (maille de 20 mm) sur approximativement 500 m le long du fond marin. Les quatre paniers de la drague sont examinés pour tous les pétoncles. Ensuite, un panier (le premier du côté tribord) est trié et examiné pour les espèces associées. La plupart des spécimens sont comptés par taxon. La présence ou l’abondance relative des organismes trop petits et nombreux, ou coloniaux, est notée. Des cas particuliers sont parfois conservés pour l'analyse taxonomique, par exemple, les ascidies (pour surveiller les espèces envahissantes) et les éponges (pour documenter de nouvelles espèces).

La couche de données (.shp) présentée est le résultat d’une méthode non supervisée de classification de l’habitat de fond marin dans la baie de Fundy (Atlantique Nord-Ouest, Canada). Cette méthode consiste à séparer les variables environnementales issues de la bathymétrie multifaisceaux (pente, indice de position bathymétrique), de la rétrodiffusion et de données océanographiques (vitesse de cisaillement des interactions vagues-courants) en unités spatiales (c.-à-d., objets d’une image), puis à répartir ces unités séparées sur les plans acoustique et océanographique en sept classes d’habitat (substrat et blocs rocheux, sédiments mixtes, sable graveleux, sable, gravier limoneux avec anémones, limon, et sédiments mixtes affouillés par les marées) au moyen de données in situ (imagerie). Les classes de paysage benthique (semblables aux classes de paysage en écologie terrestre) décrivent la géomorphologie et la biologie du fond marin, et découlent d’éléments du fond marin qui peuvent être distingués sur les plans acoustique et océanographique. Référence :Wilson, B.R., Brown, C.J., Sameoto, J.A., Lacharite, M., Redden, A. (2021). Mapping seafloor habitats in the Bay of Fundy to assess macrofaunal assemblages associated with Modiolus modiolus beds. Estuarine, Coastal and Shelf Science, 252. https://doi.org/10.1016/j.ecss.2021.107294Citer ces données comme suit:Wilson, B.R., Brown, C.J., Sameoto, J.A., Lacharite, M., Redden, A. Benthoscape de la Baie de Fundy. Publié en Mai 2023. Division de l’écologie des population, Pêches et Océans Canada, Dartmouth (Nouvelle-Écosse). https://open.canada.ca/data/en/dataset/dbabd17a-a2c7-4b3f-9bd8-a77a9c7f9c1c

Financé dans le cadre du Programme des objectifs de conservation marine, ce relevé benthique par imagerie optique documente l’occurrence et le pourcentage estimé de la couverture du tunicier colonial envahissant Didemnum vexillum dans sept transects par caméra flottante dans la zone d’importance écologique et biologique (ZIEB) de Head Harbour, West Isles et Les Passages (~113 km2), dans l’ouest de la baie de Fundy, au Nouveau-Brunswick, au Canada. On a obtenu les données sur l’occurrence au moyen d’images fixes à haute résolution (n=386) prises périodiquement tout au long de chaque transect, et de vidéos à haute définition continues et simultanées. On a divisé les vidéos en segments de 20 secondes (nous indiquons l’emplacement du début et de la fin de chaque segment dans un transect) et lorsque D. vexillum était présent dans un segment vidéo, on a classé la fréquence d’occurrence comme commune (couverture continue/bancs tout au long du segment vidéo), occasionnelle (colonies individuelles de différentes tailles observées >5 fois tout au long du segment vidéo) ou rare (petites colonies isolées observées ≤5 fois tout au long du segment vidéo). Un segment vidéo était considéré comme inutilisable et retiré de l’ensemble de données s’il y avait trop de turbidité ou si la caméra était trop éloignée du fond pour permettre une imagerie fiable du fond marin. Pour les images fixes, si l’on observait le D. vexillum dans une image, le pourcentage de couverture était catégorisé comme >50 %, 26-50 %, 6-25 %, ou ≤5 % du champ de vision de l’image. On a calculé la distance parcourue et la distance entre les images fixes (m) à l’aide d’outils ArcGIS. On a estimé le champ de vision en mesurant la longueur et la largeur d’un sous-ensemble d’images fixes et d’image vidéo dans ImageJ2, en utilisant des lasers de 10 m pour montrer l’échelle. On a normalisé le champ de vision pour chaque altitude rapportée, et on a estimé la surface échantillonnée (m2) le long d’un transect vidéo continu en multipliant le champ de vision moyen par la distance parcourue dans ce segment. On a observé le D. vexillum dans 44 % de la zone échantillonnée à des profondeurs de 34 m à 118 m, soit à des profondeurs plus grandes que celles rapportées (~80 m) dans les rapports précédents.Citer ces données comme: Teed LL, Goodwin C, Lawton P, Lacoursière-Roussel A, Dinning KM (2024) Multiple perspectives on the emergence of the invasive colonial tunicate Didemnum vexillum Kott, 2002 in the western Bay of Fundy, Atlantic Canada. BioInvasions Records 13(3): 713–738, https://doi.org/10.3391/bir.2024.13.3.12

Les marques laissées dans le fond marin par le processus d'ancrage commercial peuvent être vues en tant que caractéristiques linéaires dans les données bathymétriques multifaisceaux à haute résolution. Ces entités ont été numérisées en polylignes pour les marques individuelles et en polygones pour les zones d'affouillement des ancres pour les mouillages commerciaux de la Colombie-Britannique (C.-B.). Ils sont mis à disposition via la Plateforme géospatiale fédérale (PGF) pour être utilisés dans un Système d'information géographique (SIG). Cet ensemble de données d'entités est complet pour les mouillages commerciaux publiés en Colombie-Britannique et les données bathymétriques multifaisceaux disponibles en 2021. Il ne représente pas les entités produites depuis la collecte de chaque relevé bathymétrique multifaisceaux ni les entités colmatées depuis. Les données sont destinées à être utilisées pour la recherche scientifique afin de mieux comprendre les impacts cumulatifs sur le fond marin de l'ancrage commercial à une échelle de 1:5000 ou plus.