Les coraux d'eau froide sont communs dans les eaux au large de l'est du Canada. Malgré cela, peu de registres de séquences d’ADN de spécimens collectés dans la région sont disponibles dans GenBank, et toutes les espèces enregistrées dans la région ne disposent pas de données de séquence, quelle que soit leur origine géographique. Cela peut limiter l’utilisation de techniques comme l’ADN environnemental pour détecter et identifier les coraux. Notre objectif était de séquencer et de publier des séquences pour deux marqueurs de code-barres ADN pour les octocoraux : CO1 et MutS. Nous avons séquencé et déposé 36 séquences dans GenBank à partir de 19 spécimens représentant trois espèces de plume de mer (Octocorallia : Pennatuloidea) : Distichoptilum gracile, Pennatula aculeata et Protoptilum carpenteri. L'identification de tous les spécimens a été confirmée par B. M. Neves (MPO-TNL) avant la soumission. Des spécimens et des tissus d'ADN ont été donnés au Musée canadien de la nature, où ils sont actuellement conservés. Cette publication représente la première partie d'une série de soumissions à GenBank par notre laboratoireLes spécimens ont été collectés dans l’Atlantique nord-ouest et proviennent de profondeurs comprises entre 200 et 1924 mètres. Les spécimens ont été collectés dans le cadre de relevés au chalut multi-espèces menés par des navires de recherche ou de relevés effectués par des véhicules télécommandés (ROV ROPOS). L'ADN a été isolé et purifié à l'aide du kit QIAgen DNeasy Blood and Tissue, avec une incubation initiale d'une nuit avec la protéinase K. Deux régions de code-barres couramment utilisées pour les octocoraux ont été amplifiées à l'aide d'amorces décrites précédemment : 1) COII8068F (McFadden et al., 2004) et COIOCTR (France et Hoover, 2002) pour le gène CO1, et 2) ND42599F (France et Hoover, 2002) et mut3458R (Sánchez et al., 2003) pour le gène MutS. Les amplifications ont été réalisées en utilisant 12.5 µl de Green DreamTaq Master Mix (Thermo Fisher Scientific), 1 µl d'ADN matrice, 0.5 µl de chaque amorce sens et antisens à 10 µM, 0.5 µl d'amorce antisens à 10 µM et 10.5 µl d'eau. Le thermocyclage a été effectué comme suit : 3 minutes de dénaturation initiale à 95 °C, suivis de 40 cycles à 95 °C pendant 30 s, 30 s à une température de hybridation de 48 °C, puis 65 s à une température d'élongation de 72 °C, et un allongement final à 72 °C pendant 4 min. Les produits de PCR ont été purifiés à l'aide de l’Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter) et envoyés au Centre for Applied Genomics, Toronto, Canada pour le séquençage Sanger. Les séquences ont été visualisées et alignées à l’aide de Geneious Prime 2022.0.2. Les séquences obtenues ont été déposées dans GenBank sous les numéros d'accès OQ569768-OQ569784 et OQ420359-OQ420377.Ce projet a été financé par Pêches et Océans Canada dans le cadre d'une subvention pour le renforcement des capacités régionales (2020-2021) et du Programme des objectifs de conservation marine (MCT) (2021-2024), région de Terre-Neuve-et-Labrador.

EAE formant des biosalissures à T.-N.-L. Le Programme national de surveillance des biosalissures marines de Pêches et Océans Canada (MPO) effectue des relevés annuels sur le terrain pour surveiller l’introduction, l’établissement, la propagation, la richesse des espèces et l’abondance relative des espèces indigènes et non indigènes dans la région de Terre-Neuve-et-Labrador (T.-N.-L.) depuis 2006. Les protocoles de surveillance normalisés employés par les régions de T.-N.-L., des Maritimes, du Golfe et du Québec du MPO comprennent des plaques collectrices de biosalissures déployées de mai à octobre à des sites géoréférencés intertidaux et subtidaux peu profonds, y compris des quais publics et privés, des marinas publiques et privées et des clubs nautiques. Initialement (de 2006 à 2017), les collecteurs consistaient en trois plaques en PVC de 10 cm sur 10 cm déployées en réseau vertical et espacées d’environ 40 cm, la plaque la moins profonde étant suspendue à au moins 1 m sous la surface pour échantillonner les espèces subtidales et intertidales peu profondes (McKenzie et al. 2016a). Trois réseaux répétés ont été déployés à au moins 5 m de distance par site. Depuis 2018, les réseaux de collecteurs ont été modifiés pour améliorer la répétition statistique, y compris 10 collecteurs individuels déployés par site à 1 m de profondeur et à au moins 5 m de distance (comme ci-dessus) de mai à octobre. Depuis 2006, sept organismes envahissants formant des biosalissures ont été détectés dans les ports, les marinas et les zones côtières de Terre-Neuve-et-Labrador.Doit être cité comme suit : Programme de surveillance des espèces aquatiques envahissantes visant les biosalissures marines de la région de Terre-Neuve-et-Labrador du MPO. Publié en mars 2024. Écologie côtière et d’eau douce, Centre des pêches de l’Atlantique nord-ouest, Pêches et Océans Canada, St. John’s, Terre-Neuve-et-Labrador.Référence :TuniciersAscidie jaune (Ciona intestinalis) 2012L’ascidie jaune est une espèce envahissante solitaire à impact élevé qui a été détectée pour la première fois par le MPO en 2012 sur la péninsule de Burin, à Ship Cove et Little Bay, dans la baie Placentia. Diverses mesures d’atténuation (McKenzie et al. 2016b) ont permis de confiner ce tunicier envahissant dans une petite zone pendant six ans dans la baie Placentia. L’ascidie jaune, dont une population établie a été détectée pour la première fois dans la baie Fortune en 2019, est de plus en plus souvent signalée le long de la côte sud de Terre-Neuve. Les données fournies ici indiquent les détections de cette EAE dans les zones côtières de T.-N.-L.De 2018 à 2022, le Programme sur les données environnementales côtières de référence a fourni un soutien supplémentaire pour l’amélioration des efforts d’échantillonnage dans la baie Placentia.

EAE formant des biosalissures à T.-N.-L. Le Programme national de surveillance des biosalissures marines de Pêches et Océans Canada (MPO) effectue des relevés annuels sur le terrain pour surveiller l’introduction, l’établissement, la propagation, la richesse des espèces et l’abondance relative des espèces indigènes et non indigènes dans la région de Terre-Neuve-et-Labrador (T.-N.-L.) depuis 2006. Les protocoles de surveillance normalisés employés par les régions de T.-N.-L., des Maritimes, du Golfe et du Québec du MPO comprennent des plaques collectrices de biosalissures déployées de mai à octobre à des sites géoréférencés intertidaux et subtidaux peu profonds, y compris des quais publics et privés, des marinas publiques et privées et des clubs nautiques. Initialement (de 2006 à 2017), les collecteurs consistaient en trois plaques en PVC de 10 cm sur 10 cm déployées en réseau vertical et espacées d’environ 40 cm, la plaque la moins profonde étant suspendue à au moins 1 m sous la surface pour échantillonner les espèces subtidales et intertidales peu profondes (McKenzie et al. 2016a). Trois réseaux répétés ont été déployés à au moins 5 m de distance par site. Depuis 2018, les réseaux de collecteurs ont été modifiés pour améliorer la répétition statistique, y compris 10 collecteurs individuels déployés par site à 1 m de profondeur et à au moins 5 m de distance (comme ci-dessus) de mai à octobre. Depuis 2006, sept organismes envahissants formant des biosalissures ont été détectés dans les ports, les marinas et les zones côtières de Terre-Neuve-et-Labrador.Doit être cité comme suit : Programme de surveillance des espèces aquatiques envahissantes visant les biosalissures marines de la région de Terre-Neuve-et-Labrador du MPO. Publié en mars 2024. Écologie côtière et d’eau douce, Centre des pêches de l’Atlantique nord-ouest, Pêches et Océans Canada, St. John’s, Terre-Neuve-et-Labrador.Référence :TuniciersBotrylloïde violet (Botrylloides violaceus) 2007 Le botrylloïde violet a été détecté pour la première fois dans les eaux de T.-N.-L. en 2007 à Belleoram, dans la baie Fortune, sur des structures de quai et des navires (McKenzie et al. 2016b). Les individus de ce tunicier forment des colonies de formes irrégulières, normalement d’une seule couleur (orange, violette, jaune ou crème). On le retrouve actuellement en colonies relativement petites dans quatre ports de T.-N.-L. : la baie Placentia (1), la baie Fortune (1), la baie de la Conception (1) et la côte ouest de T.-N.-L. (2). Les données fournies ici indiquent les détections de cette EAE dans les zones côtières de T.-N.-L.De 2018 à 2022, le Programme sur les données environnementales côtières de référence a fourni un soutien supplémentaire pour l’amélioration des efforts d’échantillonnage dans la baie Placentia.

Découvertes historiques de Adelges abietis

Découvertes historiques de Operophtera brumata

Un relevé de recherche sur le homard américain (Homarus americanus) et le crabe commun (Cancer irroratus) est réalisé annuellement aux Îles-de-la-Madeleine depuis 1995 afin d’évaluer l’abondance et la structure des populations de ce secteur. Ce relevé, réalisé dans les deux premières semaines de septembre, couvre la partie sud des Îles-de-la-Madeleine, de la Baie de Plaisance à Grande-Entrée, s’étendant un peu vers l’Est entre Havre-aux-Maisons et Grande-Entrée. Le relevé dure de 8 à 15 jours selon les conditions météorologiques pour couvrir un maximum de 48 stations. À peu près la moitié des stations sont faites en double (deux traits par station). Les traits sont toujours d’une distance de 500 mètres, avec une ouverture de chalut légèrement variable (comme expliqué plus haut), avec une moyenne d’environ 10 mètres.L’engin utilisé est un chalut Nephrops. Il s'agit d'un chalut de fond à portes originellement développé pour la pêche à la langoustine en Bretagne qui a été légèrement modifié pour cibler le homard. Ce chalut est déployé à partir du NGCC Leim et les organismes récoltés sont hissés à bord et triés. La taille du céphalothorax, le sexe et le stade de carapace sont notés pour tous les homards. À cela s’ajoutent des informations sur la condition de reproduction pour certaines classes de tailles et des dissections sur 25 mâles et 25 femelles par mission. Le crabe commun est également visé par ce relevé. Il est dénombré sur toutes les stations. Sur certaines stations pré-déterminées et fixes, des données supplémentaires sont notées pour cette espèce (largeur de carapace, sexe et condition de carapace). Sur les autres stations, ces données sont notées si le temps disponible entre les traits le permet.La publication contient 4 fichiers; le fichier "Information_stations" qui définit les données concernant les stations, le fichier "Données_homard_lobster_survey" qui contient les mesures de chaque homard, le fichier "Nombre_crabe_crab_number" qui contient le dénombrement des crabes communs, le fichier "Mesure_crabe_crab_measurement" contient les caractéristiques mesurées pour chaque crabe. Chacun des fichiers peut être lié par les colonnes "date", "st", "tr". La colonne "bat" note le code du bateau, car l'engin n'est pas déployé de la même manière.* Il s'agit de données brutes et la qualité n'a pas été vérifiéeLes espèces associées font l’objet d’une identification et d’un décompte semi-quantitatif directement sur la table de tri et les résultats sont présentés dans la publication suivante : https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/99cb7034-f3d5-4da4-a5bc-e81315cfb8eb

Les pigments de phytoplancton, déterminés par chromatographie liquide à haute performance (CLHP), sont mesurés sur les croisières du MPO trois fois par année en février, en juin et en août/septembre le long de la ligne P dans le nord-est du Pacifique subarctique. L’échantillonnage des pigments de phytoplancton a commencé en 2006 aux cinq stations principales de la ligne P et a été étendu aux vingt-sept stations le long du transect en juin 2010.

On a délimité les polygones indiquant des concentrations de pennatules, de petites et grandes gorgones, et d'éponges sur la côte est du Canada par le biais de l'analyse spatiale des données sur les prises accessoires recueillies lors des relevés effectués par navire de recherche. L'analyse a adopté une approche de l'Organisation des pêches de l'Atlantique Nord-Ouest (OPANO) dans la zone de réglementation du Bonnet Flamand et le sud-est des Grands Bancs. On a eu recours à une analyse du noyau de densité pour délimiter les hautes concentrations et la zone occupée par des seuils successifs du poids des prises a été utilisée pour déterminer les concentrations. De telles analyses ont été réalisées pour chacune des cinq zones biogéographiques de l'est du Canada. Les plus grandes colonies de pennatules ont été trouvées dans le chenal laurentien à l'endroit où il rejoint le golfe du St-Laurent, alors que les grands regroupements de gorgones ont été trouvés dans l'Arctique de l'Est et le nord de la pente continentale du Labrador. De grosses éponges en boule de plusieurs espèces de Geodia se trouvaient le long des pentes continentales au nord des Grands Bancs, tandis qu'on a identifié sur le plateau néo-écossais une seule population de grosses éponges en forme de tonneau de l'espèce Vazella pourtalesi. On fournit la latitude et la longitude marquant les positions de tous les traits qui forment ces colonies et d'autres concentrations denses, ainsi que les positions de tous les traits de chalut qui ont permis de remonter à la surface du corail noir, un taxon que l'on ne retrouve pas en regroupement, qui est d’une grande longévité et vulnérable à la pression de la pêche.Ces polygones indiquent les colonies de pennatules parmi la distribution plus vaste de pennatules dans la région qu'a échantillonné l'engin de chalutage Alfredo dans la zone biogéographique de l'Arctique de l'Est. Un seuil minimum de 0,25 kg pour les prises de pennatules a été désigné comme le poids qui séparait l'habitat des colonies de pennatules de la distribution plus vaste de pennatules grâce à ces données de traits du navire de recherche et le type d'engin.

Les systèmes de classification marine fondés sur des substituts abiotiques orientent souvent la planification régionale de la conservation marine au lieu de données biologiques détaillées. Toutefois, ces systèmes peuvent mal représenter les modèles biologiques écologiquement pertinents nécessaires à une conception et à des stratégies de gestion efficaces. Nous avons utilisé une approche de modélisation au niveau de la communauté pour caractériser et délimiter des assemblages représentatifs à méso-échelle (des dizaines à des milliers de kilomètres) de poissons démersaux et d’invertébrés benthiques dans l’Atlantique Nord-Ouest. Le regroupement hiérarchique des données sur la présence des espèces provenant de quatre relevés régionaux annuels multispécifiques au chalut a révélé de trois à six regroupements (types d’assemblage prédominants) dans chaque région de relevé, généralement associés à des caractéristiques géomorphiques et océanographiques. Les analyses d’indicateurs ont permis d’identifier de 3 à 34 taxons emblématiques de chaque type d’assemblage. Les classifications selon une approche de forêt aléatoire ont prédit avec précision les répartitions d’assemblage à partir des covariables environnementales (courbe de l’opérateur récepteur > 0,95) et ont déterminé les limites thermiques (températures minimales et maximales annuelles du fond) comme des prédicteurs importants de la répartition dans chaque région. En utilisant les conditions océanographiques prévues pour l’année 2075 et un modèle de classification régionale, nous avons projeté la répartition des assemblages dans la biorégion la plus méridionale (plateau néo-écossais et baie de Fundy) dans le cadre d’un scénario climatique à fortes émissions (RCP 8.5). Des extensions de l’aire de répartition vers le nord-est sont prévues pour les assemblages associés aux eaux plus chaudes et moins profondes de l’ouest du plateau néo-écossais au cours du 21e siècle, à mesure que l’habitat thermique de l’est du plateau néo-écossais, relativement plus frais, devient plus favorable. La modélisation au niveau de la communauté fournit une approche biotique permettant de déterminer la structure écologique à grande échelle nécessaire à la conception et à la gestion de réseaux de zones de protection marine écologiquement cohérents, représentatifs et bien reliés entre eux. Combinée aux prévisions océanographiques, cette approche de modélisation fournit un outil spatial permettant d’évaluer la sensibilité et la résilience aux changements climatiques, ce qui peut améliorer la planification de la conservation, la surveillance et la gestion adaptative.Citer ces données comme: O'Brien, J.M., Stanley, R.R.E., Jeffery, N.W., Heaslip, S.W., DiBacco, C., and Wang, Z. Assemblages de poissons démersaux et d’invertébrés benthiques dans l’Atlantique Nord-Ouest.Publié en Decembre 2024. Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/14d55ea5-b17d-478c-b9ee-6a7c04439d2b

On a délimité les polygones indiquant des concentrations de pennatules, de petites et grandes gorgones, et d’éponges sur la côte est du Canada par le biais de l’analyse spatiale des données sur les prises accessoires recueillies lors des relevés effectués par navire de recherche. L’analyse a adopté une approche de l’Organisation des pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO) dans la zone de réglementation du Bonnet Flamand et le sud-est des Grands Bancs. On a eu recours à une analyse du noyau de densité pour délimiter les hautes concentrations et la zone occupée par des seuils successifs du poids des prises a été utilisée pour déterminer les concentrations. De telles analyses ont été réalisées pour chacune des cinq zones biogéographiques de l’est du Canada. Les plus grandes colonies de pennatules ont été trouvées dans le chenal laurentien à l’endroit où il rejoint le golfe du St-Laurent, alors que les grands regroupements de gorgones ont été trouvés dans l’Arctique de l’Est et le nord de la pente continentale du Labrador. De grosses éponges en boule de plusieurs espèces de Geodia se trouvaient le long des pentes continentales au nord des Grands Bancs, tandis qu’on a identifié sur le plateau néo-écossais une seule population de grosses éponges en forme de tonneau de l’espèce Vazella pourtalesi. On fournit la latitude et la longitude marquant les positions de tous les traits qui forment ces colonies et d’autres concentrations denses, ainsi que les positions de tous les traits de chalut qui ont permis de remonter à la surface du corail noir, un taxon que l’on ne retrouve pas en regroupement, qui est d’une grande longévité et vulnérable à la pression de la pêche.Ces polygones indiquent les colonies de petites gorgones parmi la distribution plus vaste de petites gorgones dans la région qu’a échantillonné l’engin de chalutage Campelen dans la zone biogéographique de l’Arctique de l’Est. Un seuil minimum de 0,05 kg pour les prises de petites gorgones a été désigné comme le poids qui séparait l’habitat des colonies de petites gorgones de la distribution plus vaste de petites gorgones grâce à ces données de traits du navire de recherche et le type d’engin.