La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

Ces ensembles de données fournissent des informations relatives aux estimations de crevettes et de prises accessoires associées au chalutage à panneaux et au casier (novembre 2000) et au chalutage à perche (février 2001) dans le détroit de Simoom. Les ensembles de données ont été compilés et mis en forme par Meagan Mak.Résumé du rapport :Dans Ie cadre d'un projet d'étude des modifications physiques probables des écosystèmes marins imputables à la pêche des crevettes au chalut et au casier, on a recueilli des données sur les prises de poissons et de crevettes, les prises accessoires, ainsi que Ie poids, la proportion relative des sexes, l'emplacement des ceufs et les dommages collateraux à plusieurs espèces de Pandalides et d'Eualidés. On a aussi évalué les dommages causés en particulier à la crevette à front rayé (Pandalus hypsinotusy , soit au rostre, à la carapace, à I'abdomen et à l'éventail caudal, capturée au chalut à perche, au chalut à panneaux et au casier. Sont aussi inc1uses dans Ie présent document des données recueillies dans Ie cadre d'une étude préliminaire réalisée dans Ie chenal Northumberland en juin 2000 et d'un échantillonnage plus exhaustif effectué dans Ie détroit de Simoom en novembre 2000 et en février 2001.

Découvertes historiques de Operophtera brumata

Découvertes historiques de Pristiphora erichsonii

Découvertes historiques de Coleophora laricella

Une analyse documentaire, mettant l'accent sur la toxicologie et les études écologiques des produits des sables bitumineux (p. ex., bitume dilué), des diluants, des agents de traitement des déversements et du pétrole brut dans le nord-est du Pacifique, a été préparée dans le cadre du Programme de sécurité de classe mondiale pour les navires-citernes. Seulement 14 des 763 références analysées portaient sur le bitume dilué ou d'autres pétroles bruts, ce qui indique la nécessité d'une recherche plus poussée au sujet des effets de ces produits sur le milieu marin. La recherche sur les diluants semble indiquer que les périodes d'évaporation et de dispersion de ces composantes sont relativement courtes; par contre leurs hauts niveaux de toxicité pourraient représenter une menace pour le biote marin. Les études historiques indiquent que les anciennes formulations d'agents dispersants avaient des répercussions écologiques potentielles; il est donc nécessaire d'évaluer pleinement les nouvelles formulations pour déterminer leurs répercussions possibles. Le non-respect des normes de toxicologie est encore fréquent, ce qui nuit aux analyses de sensibilité des espèces. Selon la documentation d'Exxon Valdez, les répercussions pour un type de pétrole donné peuvent varier grandement; il est donc important de recueillir des données de base et des renseignements sur l'état du rétablissement et de déterminer les paramètres écologiques pertinents.

Programme 2 milliards d’arbres Les forêts et les arbres soutiennent la vie sur Terre. Au-delà des emplois que nos forêts gérées de manière durable fournissent, les personnes vivant au Canada comptent sur nos forêts pour une multitude d’avantages. Des écosystèmes forestiers sains supportent des milliers d’organismes vivants et fournissent de la nourriture, des abris et de l’ombre lors de journées ensoleillées. Ils purifient l’air que nous respirons et l’eau que nous buvons et ont une portée spirituelle pour beaucoup d’entre nous, particulièrement dans les cultures autochtones.Les 10 projets de plantation d'arbres suivants (faisant partie des 72 projets financés par le programme 2 milliards d'arbres en 2021) sont présentés pour souligner la diversité des projets financés à travers le Canada. Qu'il s'agisse de l'application de connaissances écologiques traditionnelles, de la restauration d'habitats, de l'augmentation de la biodiversité des arbres dans les centres urbains ou de la participation des résidents locaux dans un effort de sensibilisation à l'importance des solutions climatiques fondées sur la nature, ces projets démontrent que la plantation d'arbres apporte une foule d'avantages à tous les Canadiens, d'un océan à l'autre.

Découvertes historiques de Fenusa pumila

Découvertes historiques de Adelges abietis