OBJECTIF :Évaluer la répartition de l'achigan à petite bouche dans le bassin versant de la rivière Miramichi à l'aide de l'ADNeDESCRIPTION :Cet ensemble de données contient les résultats des travaux entrepris de 2019 jusqu'à 2024 pour évaluer l'étendue de la propagation de l'achigan à petite bouche dans certaines parties du bassin versant de la rivière Miramichi à l'aide d'une approche ADNe et qPCR spécifique à l'espèce.LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

Les systèmes de classification marine fondés sur des substituts abiotiques orientent souvent la planification régionale de la conservation marine au lieu de données biologiques détaillées. Toutefois, ces systèmes peuvent mal représenter les modèles biologiques écologiquement pertinents nécessaires à une conception et à des stratégies de gestion efficaces. Nous avons utilisé une approche de modélisation au niveau de la communauté pour caractériser et délimiter des assemblages représentatifs à méso-échelle (des dizaines à des milliers de kilomètres) de poissons démersaux et d’invertébrés benthiques dans l’Atlantique Nord-Ouest. Le regroupement hiérarchique des données sur la présence des espèces provenant de quatre relevés régionaux annuels multispécifiques au chalut a révélé de trois à six regroupements (types d’assemblage prédominants) dans chaque région de relevé, généralement associés à des caractéristiques géomorphiques et océanographiques. Les analyses d’indicateurs ont permis d’identifier de 3 à 34 taxons emblématiques de chaque type d’assemblage. Les classifications selon une approche de forêt aléatoire ont prédit avec précision les répartitions d’assemblage à partir des covariables environnementales (courbe de l’opérateur récepteur > 0,95) et ont déterminé les limites thermiques (températures minimales et maximales annuelles du fond) comme des prédicteurs importants de la répartition dans chaque région. En utilisant les conditions océanographiques prévues pour l’année 2075 et un modèle de classification régionale, nous avons projeté la répartition des assemblages dans la biorégion la plus méridionale (plateau néo-écossais et baie de Fundy) dans le cadre d’un scénario climatique à fortes émissions (RCP 8.5). Des extensions de l’aire de répartition vers le nord-est sont prévues pour les assemblages associés aux eaux plus chaudes et moins profondes de l’ouest du plateau néo-écossais au cours du 21e siècle, à mesure que l’habitat thermique de l’est du plateau néo-écossais, relativement plus frais, devient plus favorable. La modélisation au niveau de la communauté fournit une approche biotique permettant de déterminer la structure écologique à grande échelle nécessaire à la conception et à la gestion de réseaux de zones de protection marine écologiquement cohérents, représentatifs et bien reliés entre eux. Combinée aux prévisions océanographiques, cette approche de modélisation fournit un outil spatial permettant d’évaluer la sensibilité et la résilience aux changements climatiques, ce qui peut améliorer la planification de la conservation, la surveillance et la gestion adaptative.Citer ces données comme: O'Brien, J.M., Stanley, R.R.E., Jeffery, N.W., Heaslip, S.W., DiBacco, C., and Wang, Z. Assemblages de poissons démersaux et d’invertébrés benthiques dans l’Atlantique Nord-Ouest.Publié en Decembre 2024. Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/14d55ea5-b17d-478c-b9ee-6a7c04439d2b

On a procédé à l’échantillonnage d’assemblages de necton dans des herbiers de zostère marine (Zostera marina) et des sédiments de sol mou nu adjacent sur les côtes sud et est de la Nouvelle-Écosse. Pour ce faire, on a effectué des transects visuels lors de plongées avec tuba au moyen d’un chalut à perche benthique. Les poissons observés ont été identifiés, et leur taille a été mesurée (chalut) ou estimée in situ (plongées avec tuba). Les relevés ont été effectués en 2013 et en 2014, de la mi-juillet à août, dans de nombreux sites d’échantillonnage. On a effectué de multiples transects répétés dans chaque site.L’abondance brute tirée des observations a été transformée en abondance équivalente de jeunes de l’année (JDA), puis en densité de chaque espèce étalonnée en fonction de l’équipement d’échantillonnage et des différences jour/nuit.Citer ces données comme suit : Wong, M. C. Data of: Fish and large decapods in eelgrass (Zostera marina) beds on the Atlantic coast of Nova Scotia, Canada. Date de publication : Avril 2020. Division des sciences des écosystèmes côtiers, Pêches et Océans Canada, Dartmouth (Nouvelle-Écosse). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/dbc56f11-4a97-45e7-99f4-71966b51630c

Le projet (Télémétrie pélagique de la région de Quoddy) soutiendra l'évaluation des effets de l'aquaculture sur la distribution et l'abondance des poissons pélagiques (saumon, maquereau, hareng) et des grands prédateurs (requin, mammifères marins) dans la baie de Passamaquoddy et la baie de Fundy, une zone intense de salmoniculture. Un réseau de récepteurs acoustiques est placé chaque année (d'avril à décembre) dans divers passages, emplacements d'intérêt spécifique au projet et sur des sites de salmoniculture de la région. Les espèces pélagiques marquées seront suivies à travers le réseau pour fournir des informations sur les voies de migration, la vitesse des déplacements, les taux de survie et leurs prédateurs présumés, et déterminer l'interaction et la résidence aux sites d'aquaculture. Le réseau a été utilisé pour déterminer le passage de : saumons de pisciculture (n = 340) relâchés dans la rivière Magaguadavic en 2018, 2019 et 2021, gaspareaux sauvages (n = 30) de la rivière Sainte-Croix en 2021 et saumons atlantiques d'aquaculture relâchés en milieu naturel (n=99) en 2021. Plus récemment, le réseau de récepteurs a soutenu des projets connexes sur l'utilisation de la région par le requin blanc et la maraîche ainsi que la résidence du maquereau, du hareng et du chabot sur les sites de salmoniculture. Les récepteurs aident également d'autres chercheurs à détecter le bar rayé, le saumon de l'intérieur de la baie de Fundy, l'esturgeon et de nombreuses autres espèces. Le placement du réseau se poursuivra jusqu'en 2025 inclusivement avec l'objectif à plus long terme de déployer un réseau couvrant l'embouchure de la baie de Fundy.Citer ces données comme: Trudel, M., Wilson, B., Black, M. 2023. Assessing bay-scale impacts of aquaculture operations on the distribution and abundance of pelagic fishes and large predators. Accessible via le Ocean Tracking Network OBIS IPT en janvier 2025 (version 3.1). https://doi.org/10.14286/xfa6sr

Un dérivé du relevé des espèces benthiques du MPO pour le Programme stratégique de recherche et d’avis fondés sur l’écosystème (PSRAFE) [numéro du dossier des données ouvertes : e736c0f0-b19e-4842-903d-28bfc756d48a], ce relevé benthique financé par le Réseau canadien pour la santé des océans (CHONeII) porte sur la présence (ou l’absence) et l’abondance de deux espèces biogènes formant des habitats que l’on considère comme vulnérables aux perturbations dans un sous-ensemble de 50 transects de caméra dérivante dans la zone d’importance écologique et biologique (ZIEB) « Passage Head Harbour, archipel West Isles et Les Passages » dans la baie de Fundy, au Nouveau-Brunswick, au Canada (~113 km2). On a dérivé les données sur la présence (ou l’absence) et l’abondance de la patate de mer (Boltenia ovifera) et de modiole (Modiolus modiolus) de l’utilisation d’images fixes de 36,1 mégapixels à haute résolution d’un appareil Nikon D800 (n=2576, voir le lien vers le dossier original pour des renseignements plus détaillés sur le relevé) afin qu’on les utilise dans la modélisation de la répartition des espèces. On a estimé le champ de vision (CDV) des images à l’aide d’un poids de déclenchement de 10 cm de large pour l’échelle, et normalisé entre les images en utilisant l’estimation moyenne du CDV (0,75 x 0,5 m) dans un sous-ensemble de 200 images. On a ensuite converti les dénombrements des espèces en estimations d’abondance (nombre d’individus par mètre carré) en divisant les dénombrements par 0,375 m2. On a observé Boltenia ovifera à des densités atteignant 456 ind./m2, tandis que la densité de Modiolus modiolus a atteint un maximum de 240 ind./m2.Citer ces données comme: Mireault C.A., Lawton P., Devillers R. and Teed L. Présence (ou absence) et abondance des espèces d’écosystèmes marins vulnérables Boltenia ovifera etModiolus modiolus dans la partie inférieure de la baie de Fundy, d’après des images fixes à haute résolution. Publié en Septembre 2023. Division de la science des écosystèmes côtiers, Pêches et Océans Canada, St. Andrews, (N-B). https://open.canada.ca/data/en/dataset/152ae3f1-d2b9-43d9-a7b4-d769d9e9fc41

Couches présentant divers paramètres importants tels que l’inventaire, la présence, les observations, la distribution, l’occurrence relative ou le taux de capture, l’habitat essentiel, les aires de reproduction et d'alimentation, les frayères et les sites d’échouerie potentiels pour les différentes espèces à statut selon la Loi sur les espèces en péril (LEP). Cette loi classifie les espèces en fonction des catégories suivantes : disparue du pays, en voie de disparition, menacée ou préoccupante. En vertu de la LEP, Pêches et Océans Canada (MPO) doit élaborer des stratégies de rétablissement et des plans d’action pour les espèces aquatiques désignées en péril ou menacées de l'être. La loi s’inscrit dans la stratégie établie par le Canada pour protéger des centaines d’espèces sauvages de plantes et d’animaux, prévenir leur extinction et favoriser leur rétablissement.Les différentes espèces représentées par les couches sont les suivantes:1. Algues2. Alose savoureuse (Alosa sapidissima)3. Bar rayé (Morone saxatilis)4. Béluga (Delphinapterus leucas)5. Chevalier cuivré (Moxostoma hubbsi)6. Éperlan arc-en-ciel (Osmerus mordax)7. Éponges8. Esturgeon jaune (Acipenser fulvescens)9. Esturgeon noir (Acipenser oxyrinchus)10. Lompe, grosse poule de mer (Cyclopterus lumpus)11. Loup atlantique (Anarhichas lupus)12. Loup tacheté (Anarhichas minor)13. Loup à tête large (Anarhichas denticulatus)14. Phoque commun (Phoca vitulina)15. Phoque gris (Halichoerus grypus)16. Plumes de mer (Pennatulacea)17. Raie à queue de velours (Malacoraja senta)18. Raie épineuse (Amblyraja radiata)19. Raie tachetée (Leucoraja ocellata)20. Rorqual à bosse (Megaptera novaeangliae)21. Rorqual bleu (Balaenoptera musculus)22. Zostère (Zostera marina)

Depuis 1985, des relevés de recherche sur les pétoncles — principalement le pétoncle géant (Placopecten magellanicus) et, dans une moindre mesure, le pétoncle d’Islande (Chlamys islandica) — sont menés par Pêches et Océans Canada (MPO) annuellement ou aux deux ans aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20A). L’objectif principal de ce relevé de recherche est d’évaluer l’état des stocks de pétoncle géant.L'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs autour de 25 à 35 m. Les stations d’échantillonnage sont sélectionnées aléatoirement à partir d’une grille de station fixe prédéterminée. Ensuite, l’échantillonnage est fait le long de transects correspondant à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d’étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle de type Digby doublé (maille de 20 mm), remorquée sur une distance d’environ 500 m sur le fond marin.Cette publication comprend trois fichiers : le fichier biometriePetoncle_20, qui contient des données biométriques détaillées (espèce, taille, poids et sexe) de 1998 à 2024 ; le fichier taillePetoncle_20, qui fournit la taille des individus échantillonnés de 2009 à 2024 ; et le fichier traitPetoncle_20, qui contient les abondances et densités par trait de 2009 à 2024. Les données sur l'abondance et la densité par trait pour la période 1998-2008 sont disponibles sur demande.Ce jeu de données est mis à jour annuellement ou aux deux ans, dès que les données sont disponibles. Un nettoyage des données aberrantes a été effectué. Toutefois, certaines colonnes présentent des données manquantes — utilisez donc ces données avec prudence. Pour toute question, veuillez contacter DFO.DataManagementSAISB-GestionDonneesDAISS.MPO@dfo-mpo.gc.ca ou l'auteur.Pour certaines périodes temporelles, les espèces associées font l’objet d’une identification et d’un décompte semi-quantitatif directement sur la table de tri et les résultats sont présentés dans les publications suivantes : - https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/6529a4b0-f863-4568-ac71-1fa26cf68679- https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/71732ad5-5c70-4dbf-916d-a94e1380c53b

L’aiguillat commun (Squlaus acanthias) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique qui est observée principalement dans les pêches commerciales. De 2008 à 2009, des étiquettes satellites d’archivage détachables (PSAT) de Wildlife Computers ont été appliquées sur des aiguillats communs afin de recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). Des déploiements ont été effectués au Canada d’août à octobre à bord de navires de pêche commerciale. Des PSAT Mk10 (N = 6) de Wildlife Computers ont été utilisées, et 3 des 6 étiquettes ont émis des données. Une étiquette a été trouvée échouée sur le rivage et a été retournée. Les aiguillats communs marqués avaient une longueur à la fourche (courbée) de 80 à 96 cm; les 6 individus étaient des femelles. Le temps avant la recapture variait de 75 à 234 jours et les 43 étiquettes ayant transmis des données sont restées sur les requins pendant toute la durée prévue. Les données brutes transmises par les étiquettes après le déploiement ont été traitées au moyen du logiciel de Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers sommaires, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, de l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour les données de référence sur la température de la surface de la mer (TSM), et de l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour les données bathymétriques de référence. Les estimations de position selon la méthode de vraisemblance maximale sont disponibles en format .csv et .kmz, et les profils de profondeur et de température sont également présentés en format .csv. Les autres données de sortie des étiquettes ainsi que les métadonnées relatives aux déploiements peuvent être obtenues sur demande en écrivant à warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.

En 2018 et 2019, Pêches et Océans Canada a mené un projet visant à relocaliser l’anguille d’Amérique (Anguilla rostrata) du havre à Port Dalhousie afin d’atténuer les répercussions potentielles des travaux de construction dans l’eau avant et pendant un projet essentiel de revitalisation du havre. L’anguille d’Amérique est désignée comme espèce en péril en vertu de la Loi sur les espèces en péril de l’Ontario, et il a été confirmé qu’elle était présente dans la région lors des premiers travaux d’échantillonnage de ce projet. Bien qu’une combinaison de pièges à anguilles passifs et de pêche à l’électricité en bateau a été utilisée pour capturer les anguilles, le présent ensemble de données comprend uniquement des données de capture passive. Au total, quatre anguilles ont été capturées au moyen de pièges à anguilles, et toutes ont été relocalisées dans le port de Hamilton. Seulement deux des quatre anguilles capturées étaient assez grandes pour être marquées au moyen d’émetteurs acoustiques. Du port de Hamilton, ces deux anguilles sont finalement retournées à Port Dalhousie. Toutes les autres espèces de poissons capturées dans les casiers ont été identifiées, comptées et remises à l’eau à Port Dalhousie.