Un relevé de recherche sur les pétoncles (principalement le pétoncle géant Placopecten magellanicus, mais aussi le pétoncle d’Islande Chlamys islandica) effectué à l'aide d'une drague a été réalisé par le MPO (Pêches et Océans Canada) tous les 1 ou 2 ans depuis 1992 aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20). L'objectif principal de ce relevé de recherche était d'évaluer les stocks de pétoncle géant. Un autre objectif était de documenter les taxons dans la capture associée à l'habitat de pétoncle selon un plan d'échantillonnage aléatoire fixe. Les occurrences par espèce (ou taxon) sont présentées par station. La validité taxonomique et géographique des données a été vérifiée et le registre mondial des espèces marines a servi d'autorité taxonomique pour nommer tous les taxons enregistrés lors du relevé. Les invertébrés épibenthiques (principalement des mollusques, échinodermes et crustacés) ainsi que des poissons démersaux ont été identifiés à partir des captures de la drague. Les données courantes à partir de 2021 sont présentées dans la publication suivante : https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/6529a4b0-f863-4568-ac71-1fa26cf68679L'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs de 10 à 38 m, généralement autour de 25 à 35 m. Un tir aléatoire des stations d’échantillonnage est réalisé à partir d’une grille de station fixe. L'échantillonnage est fait le long de transects à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d'étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle Digby doublée (maille de 20 mm) sur approximativement 500 m le long du fond marin. Les quatre paniers de la drague sont examinés pour tous les pétoncles. Ensuite, un panier (le premier du côté tribord) est trié et examiné pour les espèces associées. La plupart des spécimens sont comptés par taxon. La présence ou l’abondance relative des organismes trop petits et nombreux, ou coloniaux, est notée. Des cas particuliers sont parfois conservés pour l'analyse taxonomique, par exemple, les ascidies (pour surveiller les espèces envahissantes) et les éponges (pour documenter de nouvelles espèces).

Les polygones de biobandage de la zone côtière sont une représentation spatiale des différents types de biotes (flore et faune) et de leur distribution, ou de leur absence, présents dans l'unité côtière.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

Découvertes historiques de Adelges abietis

On a délimité les polygones indiquant des concentrations de pennatules, de petites et grandes gorgones, et d’éponges sur la côte est du Canada par le biais de l’analyse spatiale des données sur les prises accessoires recueillies lors des relevés effectués par navire de recherche. L’analyse a adopté une approche de l’Organisation des pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO) dans la zone de réglementation du Bonnet Flamand et le sud-est des Grands Bancs. On a eu recours à une analyse du noyau de densité pour délimiter les hautes concentrations et la zone occupée par des seuils successifs du poids des prises a été utilisée pour déterminer les concentrations. De telles analyses ont été réalisées pour chacune des cinq zones biogéographiques de l’est du Canada. Les plus grandes colonies de pennatules ont été trouvées dans le chenal laurentien à l’endroit où il rejoint le golfe du St-Laurent, alors que les grands regroupements de gorgones ont été trouvés dans l’Arctique de l’Est et le nord de la pente continentale du Labrador. De grosses éponges en boule de plusieurs espèces de Geodia se trouvaient le long des pentes continentales au nord des Grands Bancs, tandis qu’on a identifié sur le plateau néo-écossais une seule population de grosses éponges en forme de tonneau de l’espèce Vazella pourtalesi. On fournit la latitude et la longitude marquant les positions de tous les traits qui forment ces colonies et d’autres concentrations denses, ainsi que les positions de tous les traits de chalut qui ont permis de remonter à la surface du corail noir, un taxon que l’on ne retrouve pas en regroupement, qui est d’une grande longévité et vulnérable à la pression de la pêche.Ces polygones indiquent les lits d’éponges parmi la distribution plus vaste d’éponges dans la région qu’a échantillonné l’équipement Alfredo dans la zone biogéographique de l’Arctique de l’Est. Un seuil minimum de 70 kg pour les prises d’éponges a été désigné comme le poids qui séparait l’habitat des lits d’éponges de la distribution plus vaste d’éponges grâce à ces données de traits du navire de recherche et le type d’engin.

On a délimité les polygones indiquant des concentrations de pennatules, de petites et grandes gorgones, et d’éponges sur la côte est du Canada par le biais de l’analyse spatiale des données sur les prises accessoires recueillies lors des relevés effectués par navire de recherche. L’analyse a adopté une approche de l’Organisation des pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO) dans la zone de réglementation du Bonnet Flamand et le sud-est des Grands Bancs. On a eu recours à une analyse du noyau de densité pour délimiter les hautes concentrations et la zone occupée par des seuils successifs du poids des prises a été utilisée pour déterminer les concentrations. De telles analyses ont été réalisées pour chacune des cinq zones biogéographiques de l’est du Canada. Les plus grandes colonies de pennatules ont été trouvées dans le chenal laurentien à l’endroit où il rejoint le golfe du St-Laurent, alors que les grands regroupements de gorgones ont été trouvés dans l’Arctique de l’Est et le nord de la pente continentale du Labrador. De grosses éponges en boule de plusieurs espèces de Geodia se trouvaient le long des pentes continentales au nord des Grands Bancs, tandis qu’on a identifié sur le plateau néo-écossais une seule population de grosses éponges en forme de tonneau de l’espèce Vazella pourtalesi. On fournit la latitude et la longitude marquant les positions de tous les traits qui forment ces colonies et d’autres concentrations denses, ainsi que les positions de tous les traits de chalut qui ont permis de remonter à la surface du corail noir, un taxon que l’on ne retrouve pas en regroupement, qui est d’une grande longévité et vulnérable à la pression de la pêche.Ces polygones indiquent les lits d’éponges parmi la distribution plus vaste d’éponges dans la région qu’a échantillonné l’engin de chalutage Western II A dans la zone biogéographique du plateau néo-écossais. Un seuil minimum de 2 kg pour les prises d’éponges a été désigné comme le poids qui séparait l’habitat des lits d’éponges de la distribution plus vaste d’éponges grâce à ces données de traits du navire de recherche et le type d’engin.

On a délimité les polygones indiquant des concentrations de pennatules, de petites et grandes gorgones, et d’éponges sur la côte est du Canada par le biais de l’analyse spatiale des données sur les prises accessoires recueillies lors des relevés effectués par navire de recherche. L’analyse a adopté une approche de l’Organisation des pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO) dans la zone de réglementation du Bonnet Flamand et le sud-est des Grands Bancs. On a eu recours à une analyse du noyau de densité pour délimiter les hautes concentrations et la zone occupée par des seuils successifs du poids des prises a été utilisée pour déterminer les concentrations. De telles analyses ont été réalisées pour chacune des cinq zones biogéographiques de l’est du Canada. Les plus grandes colonies de pennatules ont été trouvées dans le chenal laurentien à l’endroit où il rejoint le golfe du St-Laurent, alors que les grands regroupements de gorgones ont été trouvés dans l’Arctique de l’Est et le nord de la pente continentale du Labrador. De grosses éponges en boule de plusieurs espèces de Geodia se trouvaient le long des pentes continentales au nord des Grands Bancs, tandis qu’on a identifié sur le plateau néo-écossais une seule population de grosses éponges en forme de tonneau de l’espèce Vazella pourtalesi. On fournit la latitude et la longitude marquant les positions de tous les traits qui forment ces colonies et d’autres concentrations denses, ainsi que les positions de tous les traits de chalut qui ont permis de remonter à la surface du corail noir, un taxon que l’on ne retrouve pas en regroupement, qui est d’une grande longévité et vulnérable à la pression de la pêche.Ces polygones indiquent les colonies de pennatules parmi la distribution plus vaste de pennatules dans la région qu’a échantillonné l’engin de chalutage Western II A dans la zone biogéographique du plateau néo-écossais. Un seuil minimum de 0,1 kg pour les prises de pennatules a été désigné comme le poids qui séparait l’habitat des colonies de pennatules de la distribution plus vaste de pennatules grâce à ces données de traits du navire de recherche et le type d’engin.

Des échantillons de zooplancton ont été prélevés à la station océanographique « Papa » (50° N, 145° O entre 1956 et 1980 et analysés à différents niveaux de résolution taxonomique au fil des ans. Bien que des résumés des données aient été publiés avant, les données détaillées sur les espèces n’ont pas été publiées avant 1995. Cet ensemble de données détaillé comporte le poids humide total du zooplancton par m3 pour l’ensemble de la période qui s’étend de 1956 à 1980 et les densités (nombre/m3) de cinq taxons majeurs (copépodes, chétognathes, euphausiacés, amphipodes et Aglantha) entre 1964 et 1967, ainsi que le nom, le dénombrement et la longueur des espèces de nombreux échantillons recueillis entre 1968 et 1980. Le document à l’appui ci-joint (données détaillées sur le zooplancton de la station océanographique « Papa » : 1956 à 1980) contient des renseignements sur les méthodes utilisées pour recueillir et traiter les données, ainsi que la description d’un certain nombre de points non résolus relativement peu importants au sujet des données. Il décrit également en détail le format des fichiers de données originaux, les corrections et les changements qui ont été apportés à ces fichiers au moment de produire cette version, ainsi que la façon dont les erreurs qui en découlent ont des répercussions sur ce qui a été publié dans Fulton (1983).L’objectif de ce dossier est de mettre à la disposition de la communauté scientifique les données détaillées sous forme numérique et de fournir une référence pratique pour les citer. Waddell, Brenda J., et Skip McKinnell. 1995. Station océanographique « Papa » zooplancton détaillé données:1956 - 1980. Rapp. tech. can. sci. halieut. aquat. 2056 : 21 p.

Découvertes historiques de Coleophora laricella

Découvertes historiques de Operophtera brumata