La Direction des sciences du ministère des Pêches et des Océans (MPO) a conçu un protocole de relevé multispécifique en plongée pour assurer une surveillance impartiale à l'échelle de la côte des stocks d'invertébrés benthiques (comme l'exige la Loi sur les pêches mise à jour) et des renseignements connexes sur l'habitat d'une série d'espèces d'invertébrés marins benthiques (vert (Strongylocentrotus droebachiensis), violet (S. purpuratus) et oursin rouge (Mesocentrotus franciscanus), panocanard(panopea generosa), concombre géant de mer rouge (Apostichopus californicus), ormeau nordique (Haliotis kamtschatkana), Étoile de mer de tournesol (Pycnopodia helianthoides)). D'après les renseignements disponibles à l'heure actuelle, le plan de relevé proposé peut fournir des estimations de l'état des stocks d'oursins rouges et de concombre rouge géant à l'échelle de la côte, ainsi que des indices d'abondance relative pour le panocanard, l'oursin vert, l'oursin violet, l'ormeau nordique et l'étoile de mer de tournesol.Le nouveau protocole a été mis à l'essai au moyen d'une série de relevés pilotes menés sur un sous-ensemble de zones de la côte de la Colombie-Britannique chaque année en septembre de 2016 à 2021. La conception des relevés pilotes reposait sur les données et l'expérience des relevés de plongée antérieurs et a démontré la faisabilité pratique du protocole, tout en recueillant des renseignements préliminaires pour orienter les recommandations sur la conception statistique de l'enquête.L'ensemble de données consiste en une base de données relationnelle contenant des tableaux représentant chaque composante de la méthodologie de l'enquête. L'élément principal du relevé est l'emplacement du transect. Le long de chaque transect, des quadrats systématiquement espacés sont échantillonnés, et sur chaque quadrat, des observations de substrat sont enregistrées, de multiples espèces d'algues sont enregistrées et plusieurs invertébrés individuels sont mesurés ou comptés. Les tables sont reliées par numéro de transect et numéro de quadrat.

L’estimation de la densité par la méthode du noyau utilise des données spatialement explicites pour modéliser la distribution d’une variable d’intérêt. Il s’agit d’une simple fonction de lissage non paramétrique fondée sur la proximité qui repose sur quelques hypothèses quant à la structure des données observées. Elle a été utilisée en écologie pour déterminer des zones névralgiques, c’est-à-dire des zones où la biomasse ou l’abondance sont relativement élevées, et, en 2010, elle a été utilisée par Pêches et Océans Canada pour délimiter les concentrations importantes de coraux et d’éponges. La même approche a été utilisée avec succès dans la zone réglementaire de l’Organisation des pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO). Dans le présent document, nous mettons à jour les analyses précédentes avec les registres des prises représentant jusqu’à cinq années de données supplémentaires tirées des relevés au chalut dans l’Est du Canada, y compris dans le golfe du Saint-Laurent. Nous avons appliqué l’estimation de la densité par la méthode du noyau afin de créer une surface de biomasse modélisée pour chacune des éponges, des petites et grandes gorgones et des pennatules, et appliqué une méthode d’expansion aérienne pour déterminer les concentrations importantes de ces taxons. Nous avons comparé nos résultats avec ceux obtenus antérieurement, et fourni des cartes des concentrations importantes ainsi que des coordonnées de données ponctuelles pour les prises dépassant les valeurs de seuil utilisées pour construire les zones polygones importantes. Les limites des polygones peuvent être affinées à l’aide de la connaissance des captures nulles et des modèles de répartition de la présence ou de l’absence des espèces ou de la biomasse.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

Les systèmes de classification marine fondés sur des substituts abiotiques orientent souvent la planification régionale de la conservation marine au lieu de données biologiques détaillées. Toutefois, ces systèmes peuvent mal représenter les modèles biologiques écologiquement pertinents nécessaires à une conception et à des stratégies de gestion efficaces. Nous avons utilisé une approche de modélisation au niveau de la communauté pour caractériser et délimiter des assemblages représentatifs à méso-échelle (des dizaines à des milliers de kilomètres) de poissons démersaux et d’invertébrés benthiques dans l’Atlantique Nord-Ouest. Le regroupement hiérarchique des données sur la présence des espèces provenant de quatre relevés régionaux annuels multispécifiques au chalut a révélé de trois à six regroupements (types d’assemblage prédominants) dans chaque région de relevé, généralement associés à des caractéristiques géomorphiques et océanographiques. Les analyses d’indicateurs ont permis d’identifier de 3 à 34 taxons emblématiques de chaque type d’assemblage. Les classifications selon une approche de forêt aléatoire ont prédit avec précision les répartitions d’assemblage à partir des covariables environnementales (courbe de l’opérateur récepteur > 0,95) et ont déterminé les limites thermiques (températures minimales et maximales annuelles du fond) comme des prédicteurs importants de la répartition dans chaque région. En utilisant les conditions océanographiques prévues pour l’année 2075 et un modèle de classification régionale, nous avons projeté la répartition des assemblages dans la biorégion la plus méridionale (plateau néo-écossais et baie de Fundy) dans le cadre d’un scénario climatique à fortes émissions (RCP 8.5). Des extensions de l’aire de répartition vers le nord-est sont prévues pour les assemblages associés aux eaux plus chaudes et moins profondes de l’ouest du plateau néo-écossais au cours du 21e siècle, à mesure que l’habitat thermique de l’est du plateau néo-écossais, relativement plus frais, devient plus favorable. La modélisation au niveau de la communauté fournit une approche biotique permettant de déterminer la structure écologique à grande échelle nécessaire à la conception et à la gestion de réseaux de zones de protection marine écologiquement cohérents, représentatifs et bien reliés entre eux. Combinée aux prévisions océanographiques, cette approche de modélisation fournit un outil spatial permettant d’évaluer la sensibilité et la résilience aux changements climatiques, ce qui peut améliorer la planification de la conservation, la surveillance et la gestion adaptative.Citer ces données comme: O'Brien, J.M., Stanley, R.R.E., Jeffery, N.W., Heaslip, S.W., DiBacco, C., and Wang, Z. Assemblages de poissons démersaux et d’invertébrés benthiques dans l’Atlantique Nord-Ouest.Publié en Decembre 2024. Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/14d55ea5-b17d-478c-b9ee-6a7c04439d2b

Depuis 1985, des relevés de recherche sur les pétoncles — principalement le pétoncle géant (Placopecten magellanicus) et, dans une moindre mesure, le pétoncle d’Islande (Chlamys islandica) — sont menés par Pêches et Océans Canada (MPO) annuellement ou aux deux ans aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20A). L’objectif principal de ce relevé de recherche est d’évaluer l’état des stocks de pétoncle géant.L'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs autour de 25 à 35 m. Les stations d’échantillonnage sont sélectionnées aléatoirement à partir d’une grille de station fixe prédéterminée. Ensuite, l’échantillonnage est fait le long de transects correspondant à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d’étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle de type Digby doublé (maille de 20 mm), remorquée sur une distance d’environ 500 m sur le fond marin.Cette publication comprend trois fichiers : le fichier biometriePetoncle_20, qui contient des données biométriques détaillées (espèce, taille, poids et sexe) de 1998 à 2024 ; le fichier taillePetoncle_20, qui fournit la taille des individus échantillonnés de 2009 à 2024 ; et le fichier traitPetoncle_20, qui contient les abondances et densités par trait de 2009 à 2024. Les données sur l'abondance et la densité par trait pour la période 1998-2008 sont disponibles sur demande.Ce jeu de données est mis à jour annuellement ou aux deux ans, dès que les données sont disponibles. Un nettoyage des données aberrantes a été effectué. Toutefois, certaines colonnes présentent des données manquantes — utilisez donc ces données avec prudence. Pour toute question, veuillez contacter DFO.DataManagementSAISB-GestionDonneesDAISS.MPO@dfo-mpo.gc.ca ou l'auteur.Pour certaines périodes temporelles, les espèces associées font l’objet d’une identification et d’un décompte semi-quantitatif directement sur la table de tri et les résultats sont présentés dans les publications suivantes : - https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/6529a4b0-f863-4568-ac71-1fa26cf68679- https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/71732ad5-5c70-4dbf-916d-a94e1380c53b

Pêches et Océans Canada (MPO) réalise annuellement un relevé scientifique multidisciplinaire avec un chalut de fond dans l’estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent pendant l’été depuis 1984. Au fil des années, ce relevé a été effectué à bord de quatre navires: le NM Lady Hammond (1984-1990), le NGCC Alfred Needler (1990-2005), le NGCC Teleost (2004-2021) et le NGCC Cabot (2022-en cours). Il est important de noter que les objectifs, les méthodes employées et l'identification des espèces lors de ces relevés se sont améliorés au fil du temps en fonction des demandes et des mandats du MPO. Les données ne sont donc pas directement comparables entre ces relevés. Les spécificités des missions réalisées à bord du NGCC Alfred Needler sont décrites ci-dessous.Objectifs:1. Évaluer l'abondance et la condition des populations de poissons de fond et de la crevettenordique2. Évaluer les conditions environnementales3. Réaliser un inventaire de la biodiversité de la mégafaune benthique et démersale4. Monitorer l'écosystème pélagique5. Récolter des échantillons pour divers projets de rechercheDescription du relevéLe relevé couvre les divisions 4R, 4S, 3Pn et la partie septentrionale de la division 4T de l’Organisation des Pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO). Ce relevé suit un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié et l'engin de pêche utilisé sur le NGCC Alfred Needler est un chalut à crevette URI (81'/114'). La durée de chalutage pour un trait standard de pêche est de 25 minutes, calculée à partir du contact du chalut avec le fond. La vitesse de chalutage est fixée à 3 nœuds.DonnéesÀ chacun des traits de pêche, la capture est triée et pesée par taxon et les individus sont dénombrés et des données biologiques sont récoltées sur un sous-échantillon. Pour les poissons, les crabes et les encornets, la taille et le poids sont colligés par individu. De plus, pour certaines espèces, le sexe, la maturité des gonades et les poids de certains organes (estomac, foie, gonades) sont aussi évalués. Les rayons mous de la nageoire anale sont dénombrés pour les sébastes et des otolithes sont récoltés chez plusieurs espèces dont la plie grise, le flétan du Groenland, la morue et le flétan atlantique. Un échantillon d’environ 2 kg de crevettes est trié et pesé par espèce et par stade de maturité pour la crevette nordique. Les crevettes sont mesurées individuellement. Les autres invertébrés sont pesés et dénombrés par taxon (pas de mesure individuelle) et photographiés.Les données biologiques sont divisées en 5 fichiers : Un fichier « Métadonnées » contenant les informations des traits, un fichier « Captures » contenant les prises par trait pour les taxons de poisson, un fichier « Carbio » contenant les caractéristiques biologiques et morphométriques par individus, un fichier « Fréquences Longueur » pour les fréquences de longueur des poissons et un fichier « Crevettes » regroupant les informations relatives au captures de crevette. Il est important de noter qu'il s'agit des données brutes. Seuls les traits considéré réussis sont conservés. Dans chacun des traits toutes les espèces sont conservées sauf quelques exceptions. Veuillez contacter l'équipe de la gestion de données pour de plus amples informations (gddaiss-dmsaisb@dfo-mpo.gc.ca).

On a délimité les polygones indiquant des concentrations de pennatules, de petites et grandes gorgones, et d'éponges sur la côte est du Canada par le biais de l'analyse spatiale des données sur les prises accessoires recueillies lors des relevés effectués par navire de recherche. L'analyse a adopté une approche de l'Organisation des pêches de l'Atlantique Nord-Ouest (OPANO) dans la zone de réglementation du Bonnet Flamand et le sud-est des Grands Bancs. On a eu recours à une analyse du noyau de densité pour délimiter les hautes concentrations et la zone occupée par des seuils successifs du poids des prises a été utilisée pour déterminer les concentrations. De telles analyses ont été réalisées pour chacune des cinq zones biogéographiques de l'est du Canada. Les plus grandes colonies de pennatules ont été trouvées dans le chenal laurentien à l'endroit où il rejoint le golfe du St-Laurent, alors que les grands regroupements de gorgones ont été trouvés dans l'Arctique de l'Est et le nord de la pente continentale du Labrador. De grosses éponges en boule de plusieurs espèces de Geodia se trouvaient le long des pentes continentales au nord des Grands Bancs, tandis qu'on a identifié sur le plateau néo-écossais une seule population de grosses éponges en forme de tonneau de l'espèce Vazella pourtalesi. On fournit la latitude et la longitude marquant les positions de tous les traits qui forment ces colonies et d'autres concentrations denses, ainsi que les positions de tous les traits de chalut qui ont permis de remonter à la surface du corail noir, un taxon que l'on ne retrouve pas en regroupement, qui est d’une grande longévité et vulnérable à la pression de la pêche.Ces polygones indiquent les colonies de pennatules parmi la distribution plus vaste de pennatules dans la région du nord du golfe qu'a échantillonné l'engin de chalutage Campelen dans la zone biogéographique du golfe. Un seuil minimum de 7 kg pour les prises de pennatules a été désigné comme le poids qui séparait l'habitat des colonies de pennatules de la distribution plus vaste de pennatules grâce à ces données de traits du navire de recherche et le type d'engin.

Le secrétariat de l’Organisation des pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO), Pêches et Océans Canada (MPO) et le Service hydrographique du Canada (SHC) ont collaboré pour mettre à jour la représentation spatiale des sous-zones, divisions et sous-divisions de l’OPANO, telles que définies à l’annexe 1 de la Convention sur la coopération dans les pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (2020) (https://www.nafo.int/Portals/0/PDFs/key-publications/NAFOConvention.pdf). La Convention de l’OPANO n’indique pas quel système de référence doit être utilisé pour la représentation spatiale. Le système de référence utilisé au moment de l’élaboration de la Convention de l’OPANO aurait été le Système géodésique nord-américain de 1927 (NAD27). Toutefois, tous les ensembles de données ont été dérivés en utilisant le système NAD83. Les frontières internationales ont été mises à jour en fonction des coordonnées acceptées entre les États-Unis (http://www.internationalboundarycommission.org/en/maps-coordinates/coordinates.php) et le Canada ainsi qu’entre le Canada et le Groenland (https://www.treaty-accord.gc.ca/text-texte.aspx?id=105136).Cette version des divisions de l’OPANO n’est pas destinée à être utilisée à des fins juridiques et est fournie uniquement à des fins de cartographie ou d’illustration.

On a délimité les polygones indiquant des concentrations de pennatules, de petites et grandes gorgones, et d’éponges sur la côte est du Canada par le biais de l’analyse spatiale des données sur les prises accessoires recueillies lors des relevés effectués par navire de recherche. L’analyse a adopté une approche de l’Organisation des pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO) dans la zone de réglementation du Bonnet Flamand et le sud-est des Grands Bancs. On a eu recours à une analyse du noyau de densité pour délimiter les hautes concentrations et la zone occupée par des seuils successifs du poids des prises a été utilisée pour déterminer les concentrations. De telles analyses ont été réalisées pour chacune des cinq zones biogéographiques de l’est du Canada. Les plus grandes colonies de pennatules ont été trouvées dans le chenal laurentien à l’endroit où il rejoint le golfe du St-Laurent, alors que les grands regroupements de gorgones ont été trouvés dans l’Arctique de l’Est et le nord de la pente continentale du Labrador. De grosses éponges en boule de plusieurs espèces de Geodia se trouvaient le long des pentes continentales au nord des Grands Bancs, tandis qu’on a identifié sur le plateau néo-écossais une seule population de grosses éponges en forme de tonneau de l’espèce Vazella pourtalesi. On fournit la latitude et la longitude marquant les positions de tous les traits qui forment ces colonies et d’autres concentrations denses, ainsi que les positions de tous les traits de chalut qui ont permis de remonter à la surface du corail noir, un taxon que l’on ne retrouve pas en regroupement, qui est d’une grande longévité et vulnérable à la pression de la pêche.Ces polygones indiquent les colonies de petites gorgones parmi la distribution plus vaste de petites gorgones dans la région qu’a échantillonné l’engin de chalutage Campelen dans la zone biogéographique de l’Arctique de l’Est. Un seuil minimum de 0,05 kg pour les prises de petites gorgones a été désigné comme le poids qui séparait l’habitat des colonies de petites gorgones de la distribution plus vaste de petites gorgones grâce à ces données de traits du navire de recherche et le type d’engin.

Pêches et Océans Canada (MPO) réalise annuellement un relevé scientifique multidisciplinaire avec un chalut de fond dans l’estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent pendant l’été depuis 1984. Au fil des années ce relevé a été effectué à bord de quatre navires: le NM Lady Hammond (1984-1990), le NGCC Alfred Needler (1990-2005), le NGCC Teleost (2004-2022) et le NGCC Cabot (2022-présent). Il est important de noter que les objectifs, les méthodes employées et l'identification des espèces lors de ces relevés se sont améliorés au fil du temps en fonction des demandes et des mandats du MPO. Les données ne sont donc pas directement comparables entre ces relevés. Des analyses comparatives ont cependant été réalisées entre les navires, et des facteurs de conversion sont disponibles sur demande pour un certain nombre d'espèces. Les spécificités des missions réalisées à bord du NGCC Teleost sont décrites ci-dessous.Objectifs:1. Évaluer l'abondance et la condition des populations de poissons de fond et de la crevettenordique2. Évaluer les conditions environnementales3. Réaliser un inventaire de la biodiversité de la mégafaune benthique et démersale4. Évaluer l’abondance du phytoplancton et du mésozooplancton5. Monitorer l'écosystème pélagique6. Inventorier les mammifères marins7. Inventorier les oiseaux marins8. Récolter des échantillons pour divers projets de rechercheDescription du relevéLe relevé couvre l'estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent, soit les divisions 4R, 4S et la partie septentrionale de la division 4T de l’Organisation des Pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO). Depuis 2008, la couverture de la division 4T a été accrue dans la partie amont de l’estuaire maritime afin d’échantillonner les profondeurs comprises entre 37 et 183 m. Ce relevé suit un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié et la superficie de la zone d’étude est de 118 587 km². L’engin de pêche utilisé sur le NGCC Teleost est un chalut à crevettes (4 faces) Campelen 1800 muni d’un faux-bourrelet (« bicycle ») de type Rockhopper. La rallonge et le cul du chalut sont munis d’une doublure de nylon sans nœud dont l’ouverture de maille est de 12,7 mm. La durée de chalutage pour un trait standard de pêche est de 15 minutes, calculée à partir du contact du chalut avec le fond. La vitesse de chalutage est fixée à 3 nœuds.DonnéesÀ chacun des traits de pêche, la capture est triée et pesée par taxon et les individus sont dénombrés puis des données biologiques sont récoltées sur un sous-échantillon. Pour les poissons, les crabes et les encornets, la taille et le poids sont colligés par individu. De plus, pour certaines espèces, le sexe, la maturité des gonades et les poids de certains organes (estomac, foie, gonades) sont aussi évalués. Les rayons mous de la nageoire anale sont dénombrés pour les sébastes et des otolithes sont récoltés chez plusieurs espèces dont la morue, le flétan atlantique, le flétan du Groenland et la plie grise. Un échantillon d’environ 2 kg de crevettes est trié et pesé par espèce et par stade de maturité pour la crevette nordique. Les crevettes sont mesurées individuellement. Les autres invertébrés sont pesés et dénombrés par taxon (pas de mesure individuelle) et photographiés.Les données biologiques sont divisées en 4 fichiers : Un fichier « Métadonnées » contenant les informations des traits, un fichier « Captures » contenant les prises par trait pour les taxons de poisson, un fichier « Carbio » contenant les caractéristiques biologiques et morphométriques par individus et un fichier « crevettes » regroupant les informations relatives au captures de crevette. Il est important de noter qu'il s'agit des données brutes. Seuls les traits considéré réussis sont conservés. Dans chacun des traits toutes les espèces sont conservées sauf quelques exceptions. Veuillez contacter l'équipe de la gestion de données pour de plus amples informations (gddaiss-dmsaisb@dfo-mpo.gc.ca).