Depuis 1985, des relevés de recherche sur les pétoncles — principalement le pétoncle géant (Placopecten magellanicus) et, dans une moindre mesure, le pétoncle d’Islande (Chlamys islandica) — sont menés par Pêches et Océans Canada (MPO) annuellement ou aux deux ans aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20A). L’objectif principal de ce relevé de recherche est d’évaluer l’état des stocks de pétoncle géant.L'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs autour de 25 à 35 m. Les stations d’échantillonnage sont sélectionnées aléatoirement à partir d’une grille de station fixe prédéterminée. Ensuite, l’échantillonnage est fait le long de transects correspondant à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d’étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle de type Digby doublé (maille de 20 mm), remorquée sur une distance d’environ 500 m sur le fond marin.Cette publication comprend trois fichiers : le fichier biometriePetoncle_20, qui contient des données biométriques détaillées (espèce, taille, poids et sexe) de 1998 à 2024 ; le fichier taillePetoncle_20, qui fournit la taille des individus échantillonnés de 2009 à 2024 ; et le fichier traitPetoncle_20, qui contient les abondances et densités par trait de 2009 à 2024. Les données sur l'abondance et la densité par trait pour la période 1998-2008 sont disponibles sur demande.Ce jeu de données est mis à jour annuellement ou aux deux ans, dès que les données sont disponibles. Un nettoyage des données aberrantes a été effectué. Toutefois, certaines colonnes présentent des données manquantes — utilisez donc ces données avec prudence. Pour toute question, veuillez contacter DFO.DataManagementSAISB-GestionDonneesDAISS.MPO@dfo-mpo.gc.ca ou l'auteur.Pour certaines périodes temporelles, les espèces associées font l’objet d’une identification et d’un décompte semi-quantitatif directement sur la table de tri et les résultats sont présentés dans les publications suivantes : - https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/6529a4b0-f863-4568-ac71-1fa26cf68679- https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/71732ad5-5c70-4dbf-916d-a94e1380c53b

Un relevé de recherche sur les pétoncles (principalement le pétoncle géant Placopecten magellanicus, mais aussi le pétoncle d’Islande Chlamys islandica) effectué à l'aide d'une drague a été réalisé par le MPO (Pêches et Océans Canada) tous les 1 ou 2 ans depuis 1992 aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20). L'objectif principal de ce relevé de recherche était d'évaluer les stocks de pétoncle géant. Un autre objectif était de documenter les taxons dans la capture associée à l'habitat de pétoncle selon un plan d'échantillonnage aléatoire fixe. Les occurrences de 2021 et 2022 sont présentées ici par espèce (ou taxon) par station. À partir de 2021, les captures étaient pesées et des spécimens photographiés, avec l’information disponible sur demande. La validité taxonomique et géographique des données a été vérifiée et le registre mondial des espèces marines a servi d'autorité taxonomique pour nommer tous les taxons enregistrés lors du relevé. Les invertébrés épibenthiques (principalement des mollusques, échinodermes et crustacés) ainsi que des poissons démersaux ont été identifiés à partir des captures de la drague. Le jeu de données historiques (1992-2019) est diponible à partir du lien suivant : https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/71732ad5-5c70-4dbf-916d-a94e1380c53bL'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs autour de 25 à 35 m. Un tir aléatoire des stations d’échantillonnage est réalisé à partir d’une grille de station fixe. L'échantillonnage est fait le long de transects à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d'étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle Digby doublée (maille de 20 mm) sur approximativement 500 m le long du fond marin. Les quatre paniers de la drague sont examinés pour tous les pétoncles et aussi, débutant en 2022, pour les poissons. Un panier (le premier du côté tribord) est trié et examiné pour les espèces associées. La plupart des spécimens sont comptés par taxon. La présence ou l’abondance relative des organismes trop petits et nombreux, ou coloniaux, est notée. Des cas particuliers sont parfois conservés pour l'analyse taxonomique, par exemple, les ascidies (pour surveiller les espèces envahissantes) et les éponges (pour documenter de nouvelles espèces). La disponibilité de photos et de certains spécimens conservés permet un examen futur. Des changements sont anticipés dans les identifications, notamment pour les Bryozoaires, les Hydrozoaires et les Porifères, qui font actuellement l'objet d'efforts de recherche.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

Cet ensemble de données a été compilé dans le cadre d'un effort pluriannuel dirigé par Pêches et Océans Canada (MPO) pour appuyer la réglementation de l'aquaculture durable dans la région de la « Coast of Bays », une région de la côte sud de Terre-Neuve. Il s'agit du premier ensemble d'une série visant à fournir une base de connaissances océanographiques de la Coast of Bays.Cet ensemble de données comprend des produits SIG et des analyses résumées dans un tableau MS Excel. Les données SIG comprennent des fichiers de formes de vecteurs et des images TIFF matricielles, fournissant des informations sur les dimensions physiques de la zone d'intérêt (par exemple, la superficie, le volume, le périmètre, la longueur et la largeur des baies) et d'autres caractéristiques physiques (par exemple, le volume de marée et d'apport d'eau douce).Vous trouverez une description complète des données et de leur utilisation dans le contexte du projet a l’origine de leur création à l'adresse suivante: http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas-sccs/Publications/ResDocs-DocRech/2017/2017_076-fra .html. Les analyses de cet ensemble de données ont été présentées lors d'une réunion du Secrétariat canadien de consultation scientifique (SCCS) qui s'est tenue à St John's en mars 2015 (http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas-sccs/schedule-horraire/2015/ 03_25-26b-fra.html) et à partir duquel un avis scientifique (http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas-sccs/Publications/SAR-AS/2016/2016_039-fra.html) et un compte rendu (http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas-sccs/Publications/Pro-Cr/2017/2017_043-fra.html) ont été publiés.

OBJECTIF :Suivre les densités de saumon Atlantique juvénile.DESCRIPTION :Les indices de production d’eau douce sont calculés chaque année à partir de relevés par pêche électrique dans la rivière Miramichi du Nouveau-Brunswick. L’abondance des saumons juvéniles dans les sites, en termes de nombre de poissons par zone d’habitat échantillonnée par groupe d'âge ou de taille (densités), est obtenue à l’aide d’un échantillonnage par prélèvement successifs ou d’un échantillonnage par unité d’effort calibré en fonction des densités. L’intensité de l’échantillonnage varie d’une année à l’autre et d’une rivière à l’autre. PARAMÈTRES COLLECTÉS :Nombre d'espèces (écologique); point (spatial)LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Description:Des données spatiales sur la répartition des saumons juvéniles du Pacifique sont nécessaires pour appuyer la planification spatiale marine dans la région du Pacifique au Canada. Nous fournissons ici des estimations spatiales de la répartition des poissons juvéniles dans le détroit de Georgia pour les cinq espèces de saumon du Pacifique. Ces estimations ont été générées à l'aide d'un modèle linéaire généralisé spatio-temporel et sont fondées sur des données normalisées de relevés indépendants de la pêche provenant du relevé au chalut mi-eau du saumon juvénile en milieu d'eau du détroit de Georgia effectué de 2010 à 2020. Nous présentons les captures prévues par unité d'effort (CPUE), les variations annuelles de la CPUE et l'incertitude de prévision pour l'été (juin-juillet) et l'automne (septembre-octobre) à une résolution de 0,5 km, couvrant la majeure partie du détroit. Ces résultats montrent que les 75 m de surface de l'ensemble du détroit de Georgia constituent un habitat pour les saumons juvéniles de juin au début d'octobre, mais que les distributions à l'intérieur du détroit diffèrent selon les espèces et selon les saisons. Bien qu'il y ait une variabilité interannuelle des abondances et des distributions, notre analyse identifie les zones qui ont constamment des abondances élevées d'une année à l'autre. Les résultats de cette étude illustrent l'utilisation de l'habitat par les juvéniles dans le détroit de Georgia pour les cinq espèces de saumon du Pacifique et peuvent appuyer les initiatives continues de planification spatiale marine dans la région du Pacifique au Canada.Méthodes:Données des relevés sur les saumons juvénilesCette analyse est fondée sur des enquêtes menées entre 2010 et 2020. Les ensembles qui ont duré entre 12 et 50 minutes et à des profondeurs inférieures ou égales à 60 m (profondeur de la corde) ont été inclus. L'ensemble de données d'enquête qui en résulte se compose de 1 588 ensembles. L'analyse a porté sur les cinq espèces de saumon du Pacifique. Pour le saumon rose, seuls les relevés annuels paires ont été inclus, car ils ont un cycle vital de deux ans et sont effectivement absents du détroit les années impaires.Modèle géostatistique de l'abondance du saumon et prévisionsNous avons estimé la répartition spatiale et l'abondance de chaque espèce de saumon du Pacifique à l'aide de modèles géostatistiques adaptés au sdMTMB (Anderson et al., 2022). Pour chaque espèce, nous avons modélisé le nombre d'individus capturés dans un ensemble, à un endroit et à un moment donné à l'aide d'un modèle d'observation binomial négatif avec un lien logarithmique. Des prévisions ont été faites pour chaque saison de relevé (été et automne) au cours de chaque année de 2010 à 2020 sur une grille de 500 m sur 500 m basée sur une zone tampon de 3 km autour de la coque concave externe des coordonnées du chalut. La coque concave a été calculée à l'aide de la fonction « sf_concave_hull » du package sf en utilisant un rapport de concavité de 0,3, à l'exclusion des trous. Les prévisions ont été faites en tant que prises par unité d'effort (CPUE, pendant 60 minutes) pour les remorquages effectués dans les eaux de surface (c.-à-d. corde de tête à 0 m). Des estimations continues sont fournies à une résolution de 0,5 km dans tout le détroit de Georgia. Ces estimations comprennent 1) la moyenne des prises par unité d'effort (CPUE), 2) le coefficient de variation (CV) d'une année à l'autre de la CPUE comme mesure de la variabilité temporelle, 3) des mesures biscales combinées de la moyenne par rapport au CV des CPUE pour distinguer les zones où l'abondance est constamment élevée par rapport aux zones où elle est élevée en moyenne, mais avec une variabilité élevée d'une année à l'autre, et 4) l'erreur type moyenne dans les CPUE E comme mesure de l'incertitude.Voir Thompson et Neville pour plus de détails sur la méthode.Incertitudes:Bien que les modèles présentaient une incertitude relativement faible et que les profils spatiaux estimés reflétaient la variation spatiale et temporelle de la CPUE dans les relevés, il est important de comprendre les limites de ces prévisions modélisées. Étant donné que les saumons juvéniles sont souvent regroupés, il y a une forte variabilité dans les données de relevé concernant la CPUE. Nos prévisions modélisées représentent la moyenne géométrique des CPUE et indiquent donc une moyenne escomptée, mais elles ne reproduisent pas la forte variabilité entre les traits présente dans les données de relevé. Sur le plan spatial, nos prévisions présentent une faible incertitude dans les zones qui se trouvent au centre de la trajectoire standard du relevé. Toutefois, l’incertitude est plus élevée en marge de la zone de relevé, où il y a moins traits pour étayer ces prévisions.Sources de données:Base de données des relevés des saumons juvéniles du Programme sur les interactions des saumons en milieu marin, Section des effets des écosystèmes régionaux sur les poissons et les pêches, Division des sciences des écosystèmes, Station biologique du Pacifique.Des données sont également disponibles dans les Rapports statistiques canadiens des sciences halieutiques et aquatiques publiés.

Les missions « 4VSW », concentrées dans la moitié est du plateau néo-écossais, ont lieu principalement en mars, mais des séries de relevés réalisés en février et en avril figurent également dans les données. Ces missions recourent à un système de stratification unique visant à optimiser les estimations de l’abondance de la morue. Parmi les données recueillies figurent les prises totales en nombre et en poids par espèce. Les données sur les fréquences de longueurs sont disponibles pour la plupart des espèces, et celles sur l’âge, le sexe, la maturité et le poids le sont pour un sous-ensemble d’individus. D’autres données telles que le matériel permettant de déterminer l’âge, le matériel génétique et le contenu stomacal sont souvent recueillies, mais elles sont stockées ailleurs.Citer ces données comme suit: Clark, D., Emberley, J. Données de: Relevé Par Navire De Recherche Dans 4VSW Dans Les Maritimes. Date de publication: Janvier 2021. Division de l’écologie des population, Pêches et Océans Canada, Dartmouth (Nouvelle-Écosse). https://open.canada.ca/data/en/dataset/a851ce30-e216-4d7d-a29c-05631eef140e

Un relevé de recherche sur les pétoncles (principalement le pétoncle géant Placopecten magellanicus, mais aussi le pétoncle d’Islande Chlamys islandica) effectué à l'aide d'une drague a été réalisé par le MPO (Pêches et Océans Canada) tous les 1 ou 2 ans depuis 1992 aux Îles-de-la-Madeleine (zone de pêche 20). L'objectif principal de ce relevé de recherche était d'évaluer les stocks de pétoncle géant. Un autre objectif était de documenter les taxons dans la capture associée à l'habitat de pétoncle selon un plan d'échantillonnage aléatoire fixe. Les occurrences par espèce (ou taxon) sont présentées par station. La validité taxonomique et géographique des données a été vérifiée et le registre mondial des espèces marines a servi d'autorité taxonomique pour nommer tous les taxons enregistrés lors du relevé. Les invertébrés épibenthiques (principalement des mollusques, échinodermes et crustacés) ainsi que des poissons démersaux ont été identifiés à partir des captures de la drague. Les données courantes à partir de 2021 sont présentées dans la publication suivante : https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/6529a4b0-f863-4568-ac71-1fa26cf68679L'aire d'étude est située au sud des Îles-de-la-Madeleine et l'échantillonnage des gisements de pétoncles est effectué à des profondeurs de 10 à 38 m, généralement autour de 25 à 35 m. Un tir aléatoire des stations d’échantillonnage est réalisé à partir d’une grille de station fixe. L'échantillonnage est fait le long de transects à ces stations tirées aléatoirement dans la zone d'étude. L'échantillonnage se fait avec une drague à pétoncle Digby doublée (maille de 20 mm) sur approximativement 500 m le long du fond marin. Les quatre paniers de la drague sont examinés pour tous les pétoncles. Ensuite, un panier (le premier du côté tribord) est trié et examiné pour les espèces associées. La plupart des spécimens sont comptés par taxon. La présence ou l’abondance relative des organismes trop petits et nombreux, ou coloniaux, est notée. Des cas particuliers sont parfois conservés pour l'analyse taxonomique, par exemple, les ascidies (pour surveiller les espèces envahissantes) et les éponges (pour documenter de nouvelles espèces).

Le ministère des Pêches a réalisé un relevé sur la morue juvénile démersale (*Gadus morhua*) dans les eaux littorales (< 10 m de profondeur) en 1959. Ce relevé visait à caractériser la répartition et l’abondance de la morue juvénile et était fondé sur le programme d’échantillonnage Flodevigen de la Norvège, qui est mené de façon continue depuis 1919. Une senne de 25 m a été utilisée pour échantillonner les aires de croissance de morue juvénile sur la péninsule d’Avalon et la côte nord-est de l’île de Terre-Neuve en septembre et en octobre. Le relevé s’est poursuivi jusqu’en 1964 et est devenu connu sous le nom de relevé de Fleming, d’après son initiateur, Alistair Fleming. Le relevé a été relancé par l’Université Memorial de Terre-Neuve de 1992 à 1997. Plusieurs traits ont été effectués dans un sous-ensemble des 55 emplacements originaux du relevé de Fleming situés dans la baie St. Mary’s, la baie Trepassey, la baie de la Conception, la baie de la Trinité, la baie de Bonavista, la baie Gander, le havre Fortune, la baie Badger, la baie Halls et la baie Verte, ainsi que sur la côte sud et l’île New World.Cet ensemble de données comprend plusieurs sous-ensembles différents, dont certains couvrent les deux périodes du relevé de Fleming (1959-1964 et 1992-1997) :I. JuvCodCatch60s90s:Prises de morues juvéniles (1959-1964, 1992-1997) à partir des deux premiers traits consécutifs à chaque emplacement. Il s’agit d’un résumé basé sur les ensembles JuvCodLengths90s et FlemingSurveyData60s;II. JuvCodLength90s:Longueur de chacune des morues juvéniles capturées pour chaque emplacement (1992-1997);III. SiteEnvData60s90s:Données de stations pour les données du relevé de Fleming de 1992-1997;IV. FlemingSurveyData60s:Données du relevé de Fleming de 1959-1964 (il convient de noter qu’il existe trois types d’enregistrements portant sur : les données de stations (type 1); les données générales sur les prises d’espèces, notamment la morue juvénile, regroupées par catégorie d’âge – « 1+ », « zéros » et « total » – (type 2); et la morue juvénile (espèce 223) inscrite dans les casiers de longueur (type 3);V. FlemingBycatch60s92to96:Données sur les prises accessoires de 1959-1964 et de 1992-1996 à partir des deux premiers traits à chaque emplacement. Il s’agit d’un résumé fondé en partie sur l’ensemble FlemingSurveyData60s.

L'ensemble de données sur les géniteurs de kokanee du lac Okanagan est composé de plusieurs ensembles de données combinés. Les ensembles de données historiques pour les années 1974, 77, 78, 79 et 80 et les ensembles de données plus récents collectés de 2001 à 2016 et 2018. Les données historiques ont été dérivées d'informations collectées sur le terrain et dessinées à la main sur des photographies aériennes. Le personnel du ministère a fait le tour du lac Okanagan en bateau une fois par an et a enregistré le nombre de poissons et la localisation des géniteurs sur des photographies aériennes qui ont été numérisées en 2006 pour constituer l'ensemble de données historiques. Cet ensemble de données peut ne pas saisir le nombre de pics de fréquentation pour ces années. Les données recueillies de 2001 à 2018 ont été dérivées de dénombrements de bateaux effectués le long des rives des lacs Okanagan, Wood et Kalamalka. Un GPS a été utilisé pour enregistrer la position et le nombre de géniteurs côtiers. De multiples dénombrements ont été effectués pendant tout le cycle de ponte et ont couvert la période de pointe de ponte pour chaque année de données fournies. Les données recueillies pour Christina Lake ont débuté en 2003 et se sont terminées en 2006. Les kokanés du lac Christina fraient la nuit, fin décembre et début janvier. Les sites de frai des aires de reproduction de Kokanee sont disponibles pour le dénombrement de 2003-2004. Les dénombrements des kokanis ont été effectués de nuit pendant les saisons 2004/2005 et 2005/2006 et les reproducteurs ont été dénombrés à la fin du cycle de frai. Pour ces deux années, des données sur le frai et le dénombrement des alevins sont disponibles.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **