Le présent ensemble de données indique l’emplacement de toutes les colonies d’oiseaux de mer connues le long du littoral de la Colombie-Britannique. Il offre également une compilation des estimations des populations reproductrices d’oiseaux de mer dans ces colonies depuis 1980, ainsi que des estimations historiques pour certaines colonies avant 1980. Il n’inclut cependant pas d’estimations du nombre d’oiseaux juvéniles ou non reproducteurs dans les populations.La raison justifiant l’élaboration de cet inventaire est le besoin reconnu d’un produit qui pourrait faciliter la réalisation des activités suivantes : la planification des zones côtières et des aires de conservation; les interventions en cas d’urgence environnementale et la détermination des zones d’interactions potentielles entre les oiseaux de mer et les activités humaines. De plus, les données ayant servi à l’élaboration du document pourront servir de valeurs de référence pour établir une comparaison avec les estimations futures des populations d’oiseaux de mer, de manière à mesurer les incidences des changements dans la composition, l’abondance et/ou la répartition des proies, ainsi que les effets des changements climatiques et océanographiques. La base de données ne peut se substituer aux relevés effectués sur place et habituellement requis pour les évaluations environnementales.Dans ce document, nous présentons des données sur les populations des colonies d’oiseaux reproducteurs de 17 espèces d’oiseaux de mer (y compris deux espèces d’océanites, trois espèces de cormorans, une espèce de goéland, une espèce de tridactyle, huit espèces de la famille des alcidés) et une espèce d’oiseau de rivage (Huîtrier de Bachman [Haematopus bachmani]) qui nichent sur la côte de la Colombie-Britannique. Selon les estimations actuelles, plus de 5,6 millions d’oiseaux coloniaux nichent à 649 sites (Rodway et al. 2024). Cinq espèces (Starique de Cassin [Ptychoramphus aleuticus], Océanite à queue fourchue [Hydrobates pelagicus], Macareux rhinocéros [Cerorhinca monocerata], Guillemot à cou blanc [Synthliboramphus antiquus], et Océanite cul blanc [Hydrobates leucorhous]) constituent la vaste majorité de ces populations, bien que le Huîtrier de Bachman (Haematopus bachmani), le Guillemot colombin (Cepphus columba), et le Goéland à ailes grises (Larus glaucescens) nichent aussi à la majorité de ces sites. Le Guillemot marbré (Brachyramphus marmoratus), qui niche sur les branches moussues d’arbres matures et anciens dans les forêts côtières, n’est pas inclus dans cette base de données en raison de son habitude de nidification dispersée.Les estimations de population présentées dans la base de données sont le fruit de la compilation des résultats de nombreux relevés. La présence de nombreuses colonies de nidification d’oiseaux de mer en Colombie-Britannique a été établie il y a plus de 50 ans mais en raison de l’éloignement des sites, ces colonies ont rarement été visitées. La majorité des données sont issues d’inventaires exhaustifs des oiseaux de mer coloniaux qui nichent le long du littoral de la Colombie-Britannique, réalisés entre 1974 et 1977 par le British Columbia Provincial Museum (BCPM; aujourd’hui le Royal British Columbia Museum) et entre 1980 et 1989 par le Service canadien de la faune (SCF) d’Environnement et Changement climatique Canada. L’objectif des relevés du BCPM était d’explorer toute la côte de la Colombie-Britannique afin d’y repérer les sites de nidification des oiseaux de mer. Des données quantitatives fiables ont été recueillies sur les populations reproductrices de toutes les espèces d’oiseaux de mer nichant à la surface du sol, et des estimations approximatives de la taille des populations ont été réalisées pour les espèces nichant dans un terrier. L’objectif du programme de relevés du SCF était d’établir des estimations de base des populations reproductrices d’espèces nichant dans un terrier en Colombie-Britannique en utilisant des techniques d’étude normalisées afin de permettre des comparaisons et le suivi de ces populations à l’avenir. Au cours des années 1980, des relevés répétés ciblant les espèces nichant à la surface du sol ont également été menés par le SCF dans la plupart des régions de la côte de la Colombie-Britannique. Quelques colonies situées sur de petites îles éloignées n’ont pas fait l’objet de visites lors de ces relevés. Par conséquent, pour certaines colonies, les estimations de population les plus récentes proviennent du premier relevé exhaustif du littoral de la Colombie-Britannique, réalisé par le Royal British Columbia Museum au milieu des années 1970.Depuis 1989, le SCF mène des relevés ciblant certaines colonies d’alcidés, de cormorans et de goélands le long de la côte de la Colombie-Britannique, et les résultats ont été inclus dans l’ensemble de données (la saisie des données est en cours). En plus des données des relevés effectués par le Service canadien de la faune, nous avons tenté d’obtenir des données récentes auprès de toutes les autres sources, notamment Parcs Canada, le ministère des Forêts, des Terres, de l’Exploitation des ressources naturelles et du Développement rural de la Colombie-Britannique, la Ville de Vancouver, la Bamfield Marine Station et la Laskeek Bay Conservation Society. Depuis l’an 2000, durant plusieurs années, Parcs Canada et ses partenaires (Réserve de parc national des Îles-Gulf, Réserve de parc national Pacific Rim et Réserve de parc national Gwaii Haanas) ont effectué d’autres inventaires des Huîtriers de Bachman nicheurs dans certains secteurs du littoral, et les résultats ont été intégrés à l’ensemble de données (la saisie des données est en cours). Une longue série chronologique de données sur les Huîtriers de Bachman nicheurs renfermant les données recueillies par la Laskeek Bay Conservation Society dans la zone de la baie Laskeek de la côte est de l’île Moresby a été intégrée à cet ensemble de données.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

Ce projet a été mené à bien par la Section des mollusques de la Direction des sciences des Pêches et des Océans (MPO) de la région de Terre-Neuve-et-Labrador, en collaboration avec des partenaires de l’industrie. Le programme de référence environnementale côtière a appuyé la partie des travaux du projet de la baie Placentia pour une enquête continue de l’industrie et du MPO sur le piégeage après la saison du crabe des neiges, qui a été lancée en 2003 et qui a eu lieu chaque année. Cette enquête est menée par des pêcheurs de crabe des neiges accompagnés d’observateurs en mer et se déroule dans les divisions 2J3KLNOP4R de l’OPANO. Historiquement, l’enquête s’est concentrée sur les zones de pêche commerciale, mais elle a commencé à passer à une structure stratifiée en partie aléatoire en 2017. Depuis 2018, environ 50 % des postes d’enquête sont répartis au hasard tandis que 50 % restent fixes. À chaque station, six (pour les stations côtières) ou dix (pour les stations extracôtières) pièges commerciaux sont installés dans une flotte. Pour recueillir des données sur le crabe des neiges de taille non commerciale, y compris les femelles, de nombreuses flottilles comprennent également un piège à petit maillage. La couverture des pièges à petit maillage s’est élargie ces dernières années dans le but d’un piège à petites mailles pour chaque station dans les années à venir. Un échantillonnage biologique est effectué sur au moins un piège commercial et le piège à petites mailles à chaque station.Les données de cette enquête sont intégrées à l’évaluation annuelle des stocks de crabes des neiges dans la région de Terre-Neuve-et-Labrador. Ce document contient des emplacements de pièges pour la baie Placentia et des renseignements sur les types de données recueillies. Des renseignements plus détaillés se trouvent dans Pantin et coll. (2023). https://publications.gc.ca/collections/collection_2023/mpo-dfo/fs70-5/Fs70-5-2022-076-eng.pdf

Les phoques communs sont présents toute l’année autour de Terre-Neuve-et-Labrador (T. N. L.). Le premier relevé systématique des phoques communs a été réalisé le long du plateau continental de T. N. L. en juillet et août 2021 afin de compter les individus observés hors de l’eau et d’évaluer la répartition de l’espèce. Les phoques gris sont des résidents saisonniers de T.-N.-L.; ils sont principalement présents en été et en automne. Les phoques gris ont également été dénombrés, car les deux espèces peuvent partager des échoueries. Les relevés ont été effectués le long du littoral avec un hélicoptère Bell 429, et des photographies de phoques échoués ont été prises.Ces données comprennent le nombre de phoques communs, de phoques gris et de phoques d’espèce non identifiée qui ont été observés dans les échoueries pendant le relevé. Des nombres ajustés sont également fournis, qui attribuent les phoques dont l’espèce est inconnue à l’une des deux espèces en fonction du nombre de phoques communs et de phoques gris identifiés avec certitude chaque jour de relevé. La couverture du relevé (passages) est également indiquée.Veuillez citer ces données comme suit : Hamilton, C.D., Goulet, P.J., Stenson, G.B., et Lang, S.L.C. 2024. Données tirées de : Dénombrements des phoques communs (Phoca vitulina) et des phoques gris (Halichoerus grypus) d’après un relevé aérien réalisé sur la côte du plateau de Terre-Neuve et dans la baie Sandwich (Labrador) à l’été 2021. Ces données se trouvent dans :Hamilton, C.D., Goulet, P.J., Stenson, G.B., et Lang, S.L.C. 2023. Dénombrements et répartition spatiale des phoques communs (Phoca vitulina) et des phoques gris (Halichoerus grypus) d’après un relevé aérien réalisé sur la côte du plateau de Terre-Neuve et dans la baie Sandwich (Labrador) à l’été 2021. Rapport technique canadien des sciences halieutiques et aquatiques 3566 : v + 39 p. https://publications.gc.ca/site/fra/9.927831/publication.htmlMPO 20XX. Évaluation des stocks de phoque commun de l’Atlantique (Phoca vitulina vitulina) au Canada pour 2019 à 2021. Secr. can. des avis. sci. du MPO. Avis. sci. 2023/XXX.Lang, S.L.C., St-Pierre, A.P., Hamilton, C.D., Mosnier, A., Lidgard, D.C., Goulet, P., den Heyer, C.E., Bordeleau, X., Irani, A.I., et Hammill, M.O. 20XX. Évaluation de l’état de la population et prélèvement biologique potentiel (PBP) du phoque commun de l’Atlantique (Phoca vitulina vitulina) dans les eaux canadiennes. Secr. can. des avis. sci. du MPO. Doc. de rech. 2024

Résultats de l’évaluation de l’habitat du poisson: 5 des 16Niveau d'eau élevé (75.4m ASL) - Habitat Juvénile / Adulte - Espèces Associées à un Couvert de Végétation élevé (Tous les Guildes Thermiques)La convenance de l’habitat a été évaluée pour le secteur préoccupant de la baie de Quinte, à une résolution de grille de 3 m, à utilisation de l'outil d'évaluation de l'écosystème de l'habitat (OEEH), des algorithmes de température, des modèles de végétation et des données sur le niveau d'eau. Les classifications de l’habitat étaient fondées sur trois variables : la profondeur (altitude), la végétation, et le substrat; et modifié par les convenances de température. Les cartes finales d'adéquation étaient basées sur des associations documentées d'habitat et de température pour les poissons de la région. Différentes stades de vie (exigences pour le frai, habitat d’alevinage, habitat des adultes) ont été modélisés pour les années 1972 et 2011. Les valeurs pour l’habitat convenable sont échelonnées de 0 (très faiblement convenable) à 1 (fortement convenable) et converti en classes d'aptitude de très faible, faible, moyen, et élevé.. Les cartes finales pour chaque combinaison guilde‑stades de vie sont les valeurs d’aptitude maximales pour la période de 39 ans modélisée.

Le requin-pèlerin (Cetorhinus maximus) est une espèce présente dans les eaux canadiennes de l’Atlantique, qui est le plus souvent observée en train de se « prélasser » à la surface de l’eau et qui est parfois capturée comme prise accessoire dans les pêches commerciales. En septembre 2008, une étiquette satellite d’archivage détachable (PSAT Mk10) de Wildlife Computers a été appliquée sur un requin-pèlerin femelle à bord d’un navire commercial afin de recueillir des données sur la profondeur (pression), la température et le niveau de lumière ambiante (pour l’estimation de la position). L’individu avait une longueur totale (courbée) de 610 cm. L’étiquette s’est détachée à la date prévue 125 jours après le déploiement. Les données brutes transmises par la PSAT après le déploiement ont été traitées au moyen du logiciel de Wildlife Computers (GPE3) pour obtenir des fichiers sommaires, en supposant une vitesse de nage maximale de 2 m/s, de l’ensemble de données haute résolution NOAA OI SST V2 pour les données de référence sur la température de la surface de la mer (TSM), et de l’ensemble de données ETOPO1-Bedrock pour les données bathymétriques de référence. Les estimations de position selon la méthode de vraisemblance maximale sont disponibles en format .csv et .kmz, et les profils de profondeur et de température sont également présentés en format .csv. Les autres données de sortie des étiquettes ainsi que les métadonnées relatives au déploiement peuvent être obtenues sur demande en écrivant à : warren.joyce@dfo-mpo.gc.ca ou heather.bowlby@dfo-mpo.gc.ca.

Segments du littoral indiquant les sites de ponte du hareng le long de la côte de la Colombie-Britannique. Les informations relatives aux attributs incluent l'importance relative, la fréquence de génération et l'indice d'apparition. Le CRIMS est un ancien ensemble de données sur les ressources côtières de la Colombie-Britannique qui a été acquis de manière systématique et synoptique à partir de 1979 et qui a été mis à jour par intermittence au fil des ans. L'information sur les ressources a été collectée dans neuf zones d'étude par le biais d'un comité provincial des normes d'information sur les ressources évalué par des pairs, composé d'agents des pêches du MPO, des Premières nations et d'autres experts en la matière. Il n'est actuellement pas prévu de mettre à jour ces anciennes données.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

Résultats de l’évaluation de l’habitat du poisson: 8 des 16Niveau d'eau élevé (75.4m ASL) - Habitat Juvénile / Adulte - Espèces Associées à un Couvert de Végétation Bas (Guilde Froide)La convenance de l’habitat a été évaluée pour le secteur préoccupant de la baie de Quinte, à une résolution de grille de 3 m, à utilisation de l'outil d'évaluation de l'écosystème de l'habitat (OEEH), des algorithmes de température, des modèles de végétation et des données sur le niveau d'eau. Les classifications de l’habitat étaient fondées sur trois variables : la profondeur (altitude), la végétation, et le substrat; et modifié par les convenances de température. Les cartes finales d'adéquation étaient basées sur des associations documentées d'habitat et de température pour les poissons de la région. Différentes stades de vie (exigences pour le frai, habitat d’alevinage, habitat des adultes) ont été modélisés pour les années 1972 et 2011. Les valeurs pour l’habitat convenable sont échelonnées de 0 (très faiblement convenable) à 1 (fortement convenable) et converti en classes d'aptitude de très faible, faible, moyen, et élevé.. Les cartes finales pour chaque combinaison guilde‑stades de vie sont les valeurs d’aptitude maximales pour la période de 39 ans modélisée.

La rive nord de l’estuaire maritime (Haute-Côte-Nord, Québec) est un système côtier productif où de nombreuses espèces commerciales d’invertébrés benthiques sont pêchées dans la zone infralittorale (10-20 m) et circalittorale (20-50 m). Cependant, peu de données existent sur la biodiversité des espèces non commerciales et les caractéristiques environnementales de l’habitat benthique de ce milieu. Deux relevés scientifiques ont donc été réalisés en 2018 et 2019 afin de combler ce manque de connaissances en développant un cadre de prises de données de biodiversité et environnementales (colonne d’eau et fond marin) qui serviront à déterminer l’état de référence de l’écosystème benthique de cette région.Les relevés ont été réalisés en 2018 (11-14 août) et en 2019 (30 juillet-5 août) dans la région de la Haute-Côte-Nord (entre Forestville et Godbout). Les relevés suivaient un plan d’échantillonnage fixe de huit transects perpendiculaires à la bathymétrie avec des stations à intervalle de 10 m de profondeur dans une bathymétrie de 10 à 50 m pour un total d’environ 40 stations par relevé. Les spécimens ont été récoltés à l’aide d’un chalut à bâton (ou chalut à perche) d’une ouverture de 2.8 m. Les traits ont été réalisés à une vitesse visée de 2 nœuds et d’une durée visée de 7 minutes. Les positions début et fin ont été notées pour calculer la distance parcourue à chaque trait à l'aide de la bibliothèque geosphere de R. La distance moyenne des traits était d’environ 425 m. La superficie couverte à chaque trait était le produit de l’ouverture du chalut et de la distance parcourue. Les trois fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont reliés par la clé « IDactivité ». Le fichier «information_activité» comprend les informations génériques de l'activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «information_supplémentaire_activité_et_occurrence» comprend notamment la taille de l'échantillon, le protocole et l’effort d’échantillonnage. Le fichier «occurrence_taxon» comprend la taxonomie des espèces observées, identifiées à l’espèce ou au niveau taxonomique le plus bas possible. Pour obtenir l’évaluation de l’abondance et de la biomasse, communiquez avec Virginie Roy (virginie.roy@dfo-mpo.gc.ca).Pour les contrôles de qualité, tous les noms taxonomiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ « IDnomScientifique » du fichier d'occurrence. Les cas spéciaux ont été notés dans « commentairesIdentification » et certains spécimens sélectionnés ont été confirmés à l'aide de photos de terrain. Les contrôles de la qualité des données ont été effectués à l'aide des bibliothèques R obistools et worrms. Tous les emplacements d'échantillonnage ont été validés spatialement.Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.

Cet ensemble de données a été compilé dans le cadre d'un effort pluriannuel dirigé par Pêches et Océans Canada (MPO) pour appuyer la réglementation de l'aquaculture durable dans la « Coast of Bays », une région de la côte sud de Terre-Neuve. Il s'agit du deuxième d'une série visant à fournir une base de connaissances océanographiques de la Coast of Bays.Cet ensemble de données comprend les profils de température, de salinité et de concentration en oxygène dissous collectés lors de campagnes CTD, chaque campagne contient un nombre variable de profils échantillonnés dans la zone d'intérêt. Au total, 760 profils provenant de 11 campagnes, réalisés sur 276 stations, ont été collectés de juin 2009 à novembre 2013. Les données ont été traitées et contrôlées pour leur qualité à l'aide des directives du fabricant de l'instrumentation, des outils personnalisés et de contrôle visuel. Les données sont fournies dans un format texte délimité par des tabulations compatible avec la plupart des langages et outils de traitement de données (par exemple, MS Excel) ainsi qu'avec le logiciel Ocean Data View (https://odv.awi.de/) pour une visualisation rapide. Un résumé des profils CTD et des stations est également fourni sous forme de fichier CSV (valeurs séparées par des virgules).Une description complète des données et de leur utilisation dans le contexte du projet de motivation se trouve à l'adresse suivante: http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas-sccs/Publications/ResDocs-DocRech/2017/2017_077-fra .html. Les analyses de cet ensemble de données ont été présentées lors d'une réunion du Secrétariat canadien de consultation scientifique (SCCS) qui s'est tenue à St John's en mars 2015 (http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas-sccs/schedule-horraire/2015/ 03_25-26b-fra.html) et à partir duquel un avis scientifique (http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas-sccs/Publications/SAR-AS/2016/2016_039-fra.html) et un compte rendu (http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas-sccs/Publications/Pro-Cr/2017/2017_043-fra.html) ont été publiés.