Cet ensemble de données comprend des mesures de la productivité et de la résilience des herbiers marins recueillies sur le terrain le long de la côte atlantique de la Nouvelle-Écosse, au Canada. Les sites étudiés couvraient un large spectre de températures et de conditions de luminosité. Des échantillons ont été prélevés chaque mois, de mai 2018 à juillet 2019. Les plantes et la densité de l’herbier ont été échantillonnées à 10 stations d’échantillonnage réparties de façon aléatoire dans chaque herbier, à peu près à la même profondeur. Les stations se trouvaient à environ 10 m les unes des autres et à au moins 2 m de la jonction entre l’herbier et toute zone dénudée de végétation. Des quadrats ont été utilisés pour mesurer la densité des pousses végétatives et reproductives, et des carottiers manuels ont permis d’échantillonner la biomasse aérienne et souterraine de l’herbier. Trois plantes provenant de chaque station d’échantillonnage ont également été prélevées et traitées en laboratoire pour déterminer la longueur et la largeur de la feuille 3, le nombre de feuilles par pousse, la largeur du rhizome et la concentration en glucides hydrosolubles du rhizome. Cet ensemble de données comprend également des séries chronologiques d’enregistrements de la température au fond de l’eau à chaque site, mesurée à intervalles de 15 minutes à l’aide d’enregistreurs de données HOBO TidbiT v2.Citer ces données comme: Wong, Melisa C., and Michael Dowd. 2023. “The Role of Short-Term Temperature Variability and Light in Shaping the Phenology and Characteristics of Seagrass Beds.” Ecosphere 14(11): e4698. https://doi.org/10.1002/ecs2.4698

Cet ensemble de données contient l'abondance (par m²) et la biomasse (mg sec par m²) de macrofaune (≥ 500µm) dans les herbiers marins de zostère et les sédiments mous nus adjacents, collectés sur les sites dans l'Atlantique de la Nouvelle-Écosse de 2009 à 2013.Citer ces données comme suit : Wong, M. C. « Data of: Benthic invertebrates in seagrass and bare soft sediments in Atlantic Nova Scotia ». Date de publication : mai 2020. Division des sciences des écosystèmes côtiers, Pêches et Océans Canada, Dartmouth (Nouvelle-Écosse). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/05d5f46a-7f19-11ea-8a4e-1860247f53e3Ouvrages: Wong, M. C., & Dowd, M. (2021). Functional trait complementarity and dominance both determine benthic secondary production in temperate seagrass beds. Ecosphere. 12(11), e03794. https://doi.org/10.1002/ecs2.3794Wong, M. C. (2018). Secondary Production of Macrobenthic Communities in Seagrass (Zostera marina, Eelgrass) Beds and Bare Soft Sediments Across Differing Environmental Conditions in Atlantic Canada. Estuaries and Coasts, 41, 536–548. https://doi.org/10.1007/s12237-017-0286-2

Les écosystèmes côtiers végétalisés sont reconnus pour leur rôle dans le cycle et le stockage du carbone dans les océans du monde (c.-à-d. le carbone bleu); cependant, la forte incertitude entourant les taux de séquestration du carbone est en partie attribuable à l’absence d’études où l’on estime les exportations de carbone vers les grands fonds. Nous avons modélisé les exportations depuis les herbiers de varech et de zostère littoraux, montrant une variabilité par ordre de grandeur sur des échelles spatiales (de 3 kilomètres à des centaines de kilomètres), des espèces de varech et de zostère, des saisons et des formes de carbone, tout en soulignant l’importance d’une utilisation prudente des taux d’exportation généralisés dans la comptabilisation du carbone bleu. Nos résultats montrent également une exportation rapide (entre 20 et 30 jours) et importante de particules de carbone organique dissous à flottabilité neutre vers le rebord du plateau (jusqu’à 44 % en 90 jours), ce qui contraste avec les particules de carbone organique qui descendent et qui sont restées en grande partie à moins de 100 mètres de profondeur dans le littoral. Ces résultats améliorent les estimations de la séquestration du carbone par les écosystèmes de carbone bleu et révèlent des tendances d’exportation contrastantes par rapport aux autres régions du monde.Citer ces données comme: Kira A. Krumhansl et al., Pathways of blue carbon export from kelp and seagrass beds along the Atlantic coast of Nova Scotia.Sci. Adv.11,eadw1952(2025).DOI: 10.1126/sciadv.adw1952

Cet ensemble de données comprend des mesures des caractéristiques de la zostère marine relatives à la structure, à la morphologie et à la physiologie des herbiers dans des sites le long de la côte atlantique de la Nouvelle-Écosse, au Canada. Les sites étudiés couvraient un large spectre de températures et de conditions de luminosité. L’échantillonnage a eu lieu en juillet et en août, en 2017, en 2021 et en 2022. Les plantes et la densité des herbiers ont été échantillonnées à 10 stations d’échantillonnage réparties de façon aléatoire dans chaque herbier, à peu près à la même profondeur. Les stations se trouvaient à environ 10 m les unes des autres et à au moins 2 m de la jonction entre un herbier et toute zone dénudée de végétation. On a utilisé des quadrats pour mesurer la densité des pousses végétatives et reproductives. Trois plantes provenant de chaque station d’échantillonnage ont été prélevées et traitées en laboratoire pour déterminer la longueur et la largeur de la feuille 3, le nombre de feuilles par pousse, la largeur du rhizome, la concentration en glucides hydrosolubles du rhizome et la teneur totale des feuilles en chlorophylle. Des mesures de température et de luminosité qui résument les conditions relatives à la température et à la lumière durant l’été sont comprises dans les données.Citer ces données comme: Wong, M.C., Dowd, M. Données sur les caractéristiques de la zostère marine (Zostera marina) de la côte atlantique de la Nouvelle-Écosse. Publié en Février 2025. Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É).Pour de plus amples renseignements, veuillez consulter: Wong, M.C., Dowd, M. Eelgrass (Zostera marina) Trait Variation Across Varying Temperature-Light Regimes. Estuaries and Coasts 48, 13 (2025). https://doi.org/10.1007/s12237-024-01439-3

La reproduction sexuée est essentielle à la résilience des herbiers marins touchés par la dégradation de l'habitat ou les changements environnementaux, car des banques de semences robustes permettent à de nouvelles pousses de s'établir chaque année. Les stratégies de reproduction des herbiers marins s'étendent sur un continuum allant de strictement annuel à vivace, en fonction des conditions environnementales locales. Nous avons examiné la dynamique de reproduction des herbiers de Zostera marina sur six sites de la côte atlantique du Canada afin de caractériser la manière dont les stratégies du cycle de vie sont façonnées par le milieu environnant. Les sites ont été classés comme protégés contre les vagues et exposés aux vagues, où les sites protégés étaient chauds, peu profonds, avec peu de mouvement d'eau et des sédiments boueux, et les sites exposés étaient peu profonds ou profonds, avec de l'eau plus froide et des sédiments sableux. Alors que des stratégies de cycle biologique mixtes étaient évidentes à tous les sites, les herbiers de zostères protégés présentaient à la fois l'effort de reproduction sexuelle le plus élevé et le plus faible par rapport aux herbiers exposés. Ces herbiers subissaient régulièrement des contraintes thermiques, avec une plage de température plus élevée et des épisodes de fortes températures d’eau prolongés par rapport aux herbiers exposés. Le développement des pousses reproductrices était similaire dans tous les sites avec des degrés-jours de croissance comparables au début et à la fin de l'anthèse, mais la première date de floraison était plus précoce dans les sites protégés plus chauds par rapport aux sites exposés. Avec différentes densités de pousses reproductrices entre les sites, la production de graines, la rétention des graines et le recrutement des semis ont également fortement varié. Un seul site, situé dans une lagune chaude, peu profonde et protégée, contenait une population à cycle biologique mixte avec un effort de reproduction élevé (33,7 %), une banque de graines solide et un établissement de semis élevé. Cependant, une population principalement pérenne avec le plus faible effort de reproduction (0,5%) a été identifiée sur le site le plus chaud, ce qui suggère que les conditions ici ne pouvaient pas soutenir une reproduction sexuée élevée. La robustesse des banques de graines était fortement liée à la densité des pousses reproductrices, bien que le rôle de la rétention des graines, de la germination et de la survie des semis nécessite une étude plus approfondie. Notre étude donne un aperçu d'un aspect clé de la résilience des herbiers marins et suggère que les évaluations de la résilience devraient inclure la densité des pousses reproductrices pour éclairer la gestion et la protection des herbiers.Citer ces données comme suit : Vercaemer B. et Wong M. Écologie reproductive de Zostera marina L. (zostère marine) dans diverses conditions environnementales. Date de publication Mai 2022. Division de la science des écosystèmes côtiers, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/56cfea6f-aeca-47ed-94ab-c519d9e63c91

Le déclin mondial des populations d’herbiers marins a suscité de nouveaux appels à leur conservation en tant qu’importants fournisseurs d’habitats biogéniques et d’alimentation, de stabilisation des rives et de stockage du carbone. La zostère (Zostera marina) occupe la plus grande aire de répartition géographique parmi les espèces d’herbiers marins, et couvre un vaste éventail, proportionnellement, de conditions environnementales. Au Canada, les zostères sont considérées comme un seul phylogroupe malgré leur présence dans trois océans et dans une gamme de températures océaniques et de gradients de salinité. Les recherches antérieures se sont concentrées sur l’application d’un nombre relativement restreint de marqueurs pour révéler la structure des populations de zostères, tandis qu’une approche génomique complète est justifiée pour étudier la structure cryptique parmi les populations habitant différents bassins océaniques et conditions environnementales localisées. Nous avons utilisé une approche groupée pour un nouveau séquençage du génome entier afin de caractériser la structure de la population, le flux génétique et les associations environnementales de 23 populations de zostères allant du nord-est des États-Unis à l’Atlantique, aux régions subarctiques et au Pacifique canadien. Nous avons identifié plus de 500 000 SNP qui, lorsqu’ils ont été cartographiés à l’aide d’un ensemble de génomes chromosomiques, ont révélé six grands clades de zostères dans la zone d’étude, où la différence FST par paire variait de 0 chez les populations voisines à 0,54 chez celles des côtes du Pacifique et de l’Atlantique. La diversité génétique était la plus élevée dans le Pacifique et la plus faible dans le subarctique, ce qui correspond à la colonisation des océans Arctique et Atlantique à partir du Pacifique il y a moins de 300 000 ans. À l’aide d’analyses de la redondance et de deux scénarios de projection des changements climatiques, nous avons constaté, grâce aux prévisions de la compensation génomique, que les populations subarctiques sont plus vulnérables que d’autres aux changements climatiques. Dans le cadre de la planification de la conservation au Canada, on devrait veiller à ce que les populations représentatives de chaque clade identifié soient incluses dans un réseau national, afin que la diversité génétique latente soit protégée et que le flux génétique soit maintenu. Les populations du Nord, en particulier, peuvent avoir besoin de mesures d’atténuation supplémentaires étant donné leur plus grande vulnérabilité potentielle à un climat en évolution rapide.Citer ces données comme: Jeffery, Nicholas et al. (2024). Données de: Variation de la vulnérabilité génomique aux changements climatiques dans les populations de zostères marines (Zostera marina) des milieux tempérés. [Ensemble de données]. https://doi.org/10.5061/dryad.xpnvx0kp2

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

Pêches et Océans Canada (MPO) réalise annuellement un relevé scientifique multidisciplinaire avec un chalut de fond dans l’estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent pendant l’été depuis 1984. Au fil des années, ce relevé a été effectué à bord de quatre navires: le NM Lady Hammond (1984-1990), le NGCC Alfred Needler (1990-2005), le NGCC Teleost (2004-2021) et le NGCC Cabot (2022-en cours). Il est important de noter que les objectifs, les méthodes employées et l'identification des espèces lors de ces relevés se sont améliorés au fil du temps en fonction des demandes et des mandats du MPO. Les données ne sont donc pas directement comparables entre ces relevés. Les spécificités des missions réalisées à bord du NGCC Alfred Needler sont décrites ci-dessous.Objectifs:1. Évaluer l'abondance et la condition des populations de poissons de fond et de la crevettenordique2. Évaluer les conditions environnementales3. Réaliser un inventaire de la biodiversité de la mégafaune benthique et démersale4. Monitorer l'écosystème pélagique5. Récolter des échantillons pour divers projets de rechercheDescription du relevéLe relevé couvre les divisions 4R, 4S, 3Pn et la partie septentrionale de la division 4T de l’Organisation des Pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO). Ce relevé suit un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié et l'engin de pêche utilisé sur le NGCC Alfred Needler est un chalut à crevette URI (81'/114'). La durée de chalutage pour un trait standard de pêche est de 25 minutes, calculée à partir du contact du chalut avec le fond. La vitesse de chalutage est fixée à 3 nœuds.DonnéesÀ chacun des traits de pêche, la capture est triée et pesée par taxon et les individus sont dénombrés et des données biologiques sont récoltées sur un sous-échantillon. Pour les poissons, les crabes et les encornets, la taille et le poids sont colligés par individu. De plus, pour certaines espèces, le sexe, la maturité des gonades et les poids de certains organes (estomac, foie, gonades) sont aussi évalués. Les rayons mous de la nageoire anale sont dénombrés pour les sébastes et des otolithes sont récoltés chez plusieurs espèces dont la plie grise, le flétan du Groenland, la morue et le flétan atlantique. Un échantillon d’environ 2 kg de crevettes est trié et pesé par espèce et par stade de maturité pour la crevette nordique. Les crevettes sont mesurées individuellement. Les autres invertébrés sont pesés et dénombrés par taxon (pas de mesure individuelle) et photographiés.Les données biologiques sont divisées en 5 fichiers : Un fichier « Métadonnées » contenant les informations des traits, un fichier « Captures » contenant les prises par trait pour les taxons de poisson, un fichier « Carbio » contenant les caractéristiques biologiques et morphométriques par individus, un fichier « Fréquences Longueur » pour les fréquences de longueur des poissons et un fichier « Crevettes » regroupant les informations relatives au captures de crevette. Il est important de noter qu'il s'agit des données brutes. Seuls les traits considéré réussis sont conservés. Dans chacun des traits toutes les espèces sont conservées sauf quelques exceptions. Veuillez contacter l'équipe de la gestion de données pour de plus amples informations (gddaiss-dmsaisb@dfo-mpo.gc.ca).

Pêches et Océans Canada (MPO) réalise annuellement un relevé scientifique multidisciplinaire avec un chalut de fond dans l’estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent pendant l’été depuis 1984. Au fil des années ce relevé a été effectué à bord de quatre navires: le NM Lady Hammond (1984-1990), le NGCC Alfred Needler (1990-2005), le NGCC Teleost (2004-2022) et le NGCC Cabot (2022-présent). Il est important de noter que les objectifs, les méthodes employées et l'identification des espèces lors de ces relevés se sont améliorés au fil du temps en fonction des demandes et des mandats du MPO. Les données ne sont donc pas directement comparables entre ces relevés. Des analyses comparatives ont cependant été réalisées entre les navires, et des facteurs de conversion sont disponibles sur demande pour un certain nombre d'espèces. Les spécificités des missions réalisées à bord du NGCC Teleost sont décrites ci-dessous.Objectifs:1. Évaluer l'abondance et la condition des populations de poissons de fond et de la crevettenordique2. Évaluer les conditions environnementales3. Réaliser un inventaire de la biodiversité de la mégafaune benthique et démersale4. Évaluer l’abondance du phytoplancton et du mésozooplancton5. Monitorer l'écosystème pélagique6. Inventorier les mammifères marins7. Inventorier les oiseaux marins8. Récolter des échantillons pour divers projets de rechercheDescription du relevéLe relevé couvre l'estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent, soit les divisions 4R, 4S et la partie septentrionale de la division 4T de l’Organisation des Pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO). Depuis 2008, la couverture de la division 4T a été accrue dans la partie amont de l’estuaire maritime afin d’échantillonner les profondeurs comprises entre 37 et 183 m. Ce relevé suit un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié et la superficie de la zone d’étude est de 118 587 km². L’engin de pêche utilisé sur le NGCC Teleost est un chalut à crevettes (4 faces) Campelen 1800 muni d’un faux-bourrelet (« bicycle ») de type Rockhopper. La rallonge et le cul du chalut sont munis d’une doublure de nylon sans nœud dont l’ouverture de maille est de 12,7 mm. La durée de chalutage pour un trait standard de pêche est de 15 minutes, calculée à partir du contact du chalut avec le fond. La vitesse de chalutage est fixée à 3 nœuds.DonnéesÀ chacun des traits de pêche, la capture est triée et pesée par taxon et les individus sont dénombrés puis des données biologiques sont récoltées sur un sous-échantillon. Pour les poissons, les crabes et les encornets, la taille et le poids sont colligés par individu. De plus, pour certaines espèces, le sexe, la maturité des gonades et les poids de certains organes (estomac, foie, gonades) sont aussi évalués. Les rayons mous de la nageoire anale sont dénombrés pour les sébastes et des otolithes sont récoltés chez plusieurs espèces dont la morue, le flétan atlantique, le flétan du Groenland et la plie grise. Un échantillon d’environ 2 kg de crevettes est trié et pesé par espèce et par stade de maturité pour la crevette nordique. Les crevettes sont mesurées individuellement. Les autres invertébrés sont pesés et dénombrés par taxon (pas de mesure individuelle) et photographiés.Les données biologiques sont divisées en 4 fichiers : Un fichier « Métadonnées » contenant les informations des traits, un fichier « Captures » contenant les prises par trait pour les taxons de poisson, un fichier « Carbio » contenant les caractéristiques biologiques et morphométriques par individus et un fichier « crevettes » regroupant les informations relatives au captures de crevette. Il est important de noter qu'il s'agit des données brutes. Seuls les traits considéré réussis sont conservés. Dans chacun des traits toutes les espèces sont conservées sauf quelques exceptions. Veuillez contacter l'équipe de la gestion de données pour de plus amples informations (gddaiss-dmsaisb@dfo-mpo.gc.ca).

OBJECTIF :Le relevé de recherche constitue une source d'information indépendante des pêches pour tous les organismes marins vivants qui sont capturés par le chalut de fond utilisé pour prélever des échantillons dans le sud du golfe du Saint-Laurent.DESCRIPTION :Informations sur les traits, les prises, la fréquence des longueurs et la biologie des poissons capturés lors des relevés annuels au chalut effectués par les navires de recherche en septembre dans le sud du golfe du Saint-Laurent (division 4T de l'OPANO). Indices d'abondance et modèles de distribution spatiale des poissons de fond commerciaux et non commerciaux.Les données de capture qui apparaissent dans ce jeux de données NE DOIVENT PAS ÊTRE UTILISÉES POUR DES ANALYSES ÉCOLOGIQUES IMPLIQUANT DES TAUX DE CAPTURE. Des facteurs importants tels que les navires, les engins de pêche et les périodes diurnes doivent être pris en compte pour utiliser ces données dans les analyses. Veuillez contacter les personnes en charge des données si vous souhaitez utiliser ces données pour tout type d'analyse écologique impliquant les taux de capture. PARAMÈTRES COLLECTÉS :Estimations de l'abondance (écologique); distribution (écologique); nombre d'espèces (écologique); engins (de pêche); informations sur le navire (pêche); point (spatial)NOTES SUR LE CONTRÔLE DE QUALITÉ :Les noms scientifiques répertoriés dans la liste des espèces étudiées ont été associés à des normes reconnues - les taxons marins ont été associés au Registre mondial des espèces marines (WoRMS) à l'aide de leur outil de correspondance de taxons en ligne. Tous les emplacements d'échantillonnage ont été représentés sur une carte pour effectuer une vérification visuelle confirmant que les coordonnées de latitude et de longitude se trouvaient dans la zone d'échantillonnage décrite.En 2003, à cause d’un incendie à bord du Alfred Needler, le Wilfred Templeman a été utilisé pour le relevé. Cependant, aucune expérience de pêche comparative n'a été menée entre le Alfred Needler et le Wilfred Templeman. Nous ne pouvons donc pas intégrer les indices dérivés pour 2003 au reste de la série chronologique du relevé.MÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :Méthode d'échantillonnage: Consulter le rapport "Protocols for research vessel cruises within the Gulf Region (dermersal fish) (1970-1980)", lien fourni dans la liste de références.LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.