OBJECTIF :Le but de ce travail était de déterminer (1) comment la génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal de la merluche blanche (Urophycis tenuis), et (2) si la variation de la communauté microbienne fournit des informations complémentaires sur la structure de la population de cette espèce dans l'est du Canada.DESCRIPTION :L’intégration du microbiote associé à l’hôte aux approches génomiques offre un cadre prometteur pour mieux comprendre les multiples dimensions biologiques qui façonnent la structure des populations chez les poissons marins. Une compréhension claire de la structure et de la dynamique des populations biologiques est essentielle pour des décisions éclairées en matière de gestion des pêches et de conservation ; toutefois, bien que les approches génomiques aient considérablement amélioré notre capacité à délimiter les populations biologiques, elles n’offrent qu’une représentation partielle de la structure biologique, car les patrons de différenciation reflètent à la fois la divergence historique et les conditions écologiques contemporaines. Le microbiote associé à l’hôte peut influencer les processus écologiques à l’échelle des populations en apportant une variation fonctionnelle et potentiellement héréditaire qui façonne le phénotype et le fitness de l’hôte.Dans cette étude, nous avons combiné le génotypage par séquençage et le séquençage des amplicons du gène de l’ARNr 16S afin d’examiner comment la structure génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal et d’évaluer si la variation des communautés microbiennes fournit des informations complémentaires sur la structure des populations chez la merluche blanche (Urophycis tenuis) dans l’est du Canada. Les analyses génomiques ont permis d’identifier deux populations présentant un chevauchement spatial plus important que celui rapporté précédemment. La partition de la variation a révélé que la génétique de l’hôte expliquait une fraction négligeable de la variation du microbiote comparativement aux facteurs environnementaux et à la taille des poissons, ce qui suggère une influence des changements ontogénétiques dans l’utilisation de l’habitat et des ressources sur la composition du microbiote intestinal. Plusieurs taxons présentaient une abondance différentielle entre les catégories de taille des poissons, utilisées comme indicateur du régime alimentaire, notamment des taxons ayant un potentiel de dégradation de la chitine, tels que Photobacterium et Lachnospirales, lesquels étaient enrichis chez les individus de plus petite taille, connus pour consommer un régime dominé par les crustacés. Ensemble, ces résultats indiquent que la composition du microbiote intestinal chez la merluche blanche reflète principalement des processus écologiques et d’histoire de vie plutôt que la structure génétique des populations de l’hôte. PARAMÈTRES COLLECTÉS :Des paramètres environnementaux ont également été collectés à la plupart des sites d'échantillonnage, y compris la profondeur, température de l'eau, le niveau d'oxygène et la salinité.DÉTAILS DE L'ÉCHANTILLON PHYSIQUE :Des échantillons de nageoires ont été collectés pour caractériser les génotypes des poissons. Des échantillons d'intestin (rectum) ont été collectés pour étudier le microbiome intestinal des poissons.MÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE :En 2022 et 2023, les merluches blanches ont été échantillonnées lors des relevés annuels écosystémiques au chalut de fond du ministère des Pêches et des Océans Canada (MPO).LIMITATION DE L'UTILISATION :Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

Le cadre écologique national pour le Canada « Texture du sol par l'écoprovince » ensemble de données contient des tableaux qui fournissent de l'information au sein de la texture du sol par l'écoprovince cadre des basses terres. Il fournit la texture du sol codes et leurs descriptions en français et en anglais, ainsi que le pourcentage de la composante des basses terres qui l'occupe. La texture du sol indique les proportions relatives des diverses fractions d’un sol (sable, limon, argile), telles que décrites par les classes de texture. Les fractions du sol sont des particules minérales dont le diamètre est de 2,0 mm et comprennent le gravier (0,2 à 7,5 cm) et les cailloux (7,5 à 25,0 cm). Il existe une définition pour chacune des douze classes de texture, dont une pour la classe « non applicable » (qui désigne, par exemple, l’eau, la glace ou une zone urbaine).

Découvertes historiques de Coleophora serratella

Cette carte illustre la distribution de la texture des matériaux d'origine du sol dans la région agricole de l'Alberta. La texture du sol est définie par les proportions relatives des particules de sable, de limon et d'argile présentes. Les textures du sol sont identifiées par classes à l'aide du triangle de texture du sol illustré ci-dessous. Le triangle de texture du sol identifie la classe de texture d'un sol à l'intersection du pourcentage de sable (axe des x) et du pourcentage d'argile (axe des y). Le pourcentage de limon du sol est le reste, pour atteindre 100 pour cent. Cette ressource a été créée en 2002 à l'aide d'ArcGIS.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate).**

Empiètement de la forêt sur les prairies** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

Le Réseau canadien de biosurveillance aquatique (RCBA) est un programme de biosurveillance aquatique visant à évaluer la santé des écosystèmes d'eau douce au Canada. Les macroinvertébrés benthiques sont récoltés sur un site et leurs dénombrements sont utilisés comme indicateurs de la santé de ce plan d'eau. Le RCBA se base sur l'approche du réseau de réseaux qui favorise la collaboration interorganisationnelle et le partage de données afin de produire des rapports cohérents et comparables sur la qualité de l'eau douce et les conditions des écosystèmes aquatiques au Canada. Le programme est mis à jour par Environnement et Changement climatique Canada (ECCC) pour soutenir la récolte, l'évaluation, la production de rapports et la distribution d'information sur la surveillance biologique. Un ensemble de protocoles RCBA normalisés à l'échelle nationale est utilisé pour la collecte sur le terrain, les travaux de laboratoire et l'analyse des données de surveillance biologique. Un programme de formation est disponible pour la certification des participants aux protocoles normalisés. Il y a deux types de sites dans la base de données RCBA (référence et test). Les sites de référence représentent les habitats les plus proches de «l’état naturel» avant toute perturbation anthropique. Les données provenant des sites de référence servent à créer des modèles de référence que les partenaires du RCBA utilisent pour évaluer leurs sites test selon une approche connue sous le nom d'approche des conditions de référence (ACR). À l'aide des modèles d'ACR, les partenaires du RCBA jumellent leurs sites test à des groupes de sites de référence pour des habitats similaires et comparent les communautés de macroinvertébrés observées. L'importance des divergences entre les communautés de sites test et les communautés de sites de référence permet aux partenaires du RCBA d'estimer la gravité des impacts à ces endroits. Les échantillons RCBA ont été récoltés depuis 1987 et sont organisés dans la base de données par étude (projet partenaire). Chaque étude comporte des données sur les sites, les habitats et les invertébrés benthiques, et ceci dans les 11 principaux bassins hydrologiques (MDA) du Canada. Des liens vers des données complémentaires sur la qualité de l'eau sont fournis lorsqu'elles sont disponibles. Les visites peuvent être effectuées au même endroit au fil du temps, les visites récurrentes étant identifiées par un nom d'étude / un code de site identique avec des dates différentes. Toutes les données recueillies par le gouvernement fédéral sont disponibles sur Open Data, et de plus en plus de partenaires y ajoutent continuellement leurs données. Les fichiers csv sont mis à jour sur une base mensuelle. Contactez le responsable d'étude RCBA pour demander l'autorisation d'accéder aux données non libres.

L’ensemble de données intitulé « Grands groupes de pratiques agricoles des Prairies canadiennes » établit les zones des cinq grands groupes de pratiques agricoles des portions agricoles des Prairies canadiennes. Ces zones sont représentées sous forme de polygones vectoriels amalgamés (dissous) établis sur la base des polygones de la version 1.9 des PPC présentant des ressources en eau, des utilisations des terres et des pratiques agricoles communes, tels qu’apparaissant dans l’ensemble de données intitulé « Groupes de pratiques agricoles des Prairies canadiennes par polygone des PPC » de la présente série d’ensembles de données.Cet ensemble de données est fondé sur des attributs choisis tirés des Pédo-paysages du Canada (PPC) et du Recensement de l’agriculture de 1996.Les attributs typiquement utilisés sont les suivants : proportion de pâturage, proportion de jachère, diversité des cultures, taille des fermes, et niveau d’intrants (produits chimiques et engrais).

L’ensemble de données intitulé « Groupes de pratiques agricoles des Prairies canadiennes » établit les zones des 13 groupes de pratiques agricoles des portions agricoles des Prairies canadiennes. Ces zones sont représentées sous forme de polygones vectoriels amalgamés (dissous) établis sur la base des polygones de la version 1.9 des PPC présentant des ressources en sols et en eau, des utilisations des terres et des pratiques agricoles communes, tels qu’apparaissant dans l’ensemble de données intitulé « Groupes de pratiques agricoles des Prairies canadiennes par polygone PPC » de la présente série d’ensembles de données.Cet ensemble de données est fondé sur des attributs choisis tirés des Pédo-paysages du Canada (PPC) et du Recensement de l’agriculture de 1996.Les attributs typiquement utilisés sont les suivants : proportion de pâturage, proportion de jachère, diversité des cultures, taille des fermes, et niveau d’intrants (produits chimiques et engrais).

Le cadre écologique national pour le Canada « Texture du sol par l'écozone » ensemble de données contient des tableaux qui fournissent de l'information au sein de la texture du sol par l'écozone cadre des basses terres. Il fournit la texture du sol codes et leurs descriptions en français et en anglais, ainsi que le pourcentage de la composante des basses terres qui l'occupe. La texture du sol indique les proportions relatives des diverses fractions d’un sol (sable, limon, argile), telles que décrites par les classes de texture. Les fractions du sol sont des particules minérales dont le diamètre est de 2,0 mm et comprennent le gravier (0,2 à 7,5 cm) et les cailloux (7,5 à 25,0 cm). Il existe une définition pour chacune des douze classes de texture, dont une pour la classe « non applicable » (qui désigne, par exemple, l’eau, la glace ou une zone urbaine).

Le cadre écologique national pour le Canada « Texture du sol par l'écodistrict » ensemble de données contient des tableaux qui fournissent de l'information au sein de la texture du sol par l'écodistrict cadre des basses terres. Il fournit la texture du sol codes et leurs descriptions en français et en anglais, ainsi que le pourcentage de la composante des basses terres qui l'occupe. La texture du sol indique les proportions relatives des diverses fractions d’un sol (sable, limon, argile), telles que décrites par les classes de texture. Les fractions du sol sont des particules minérales dont le diamètre est de 2,0 mm et comprennent le gravier (0,2 à 7,5 cm) et les cailloux (7,5 à 25,0 cm). Il existe une définition pour chacune des douze classes de texture, dont une pour la classe « non applicable » (qui désigne, par exemple, l’eau, la glace ou une zone urbaine).