Le présent ensemble de données indique l’emplacement de toutes les colonies d’oiseaux de mer connues le long du littoral de la Colombie-Britannique. Il offre également une compilation des estimations des populations reproductrices d’oiseaux de mer dans ces colonies depuis 1980, ainsi que des estimations historiques pour certaines colonies avant 1980. Il n’inclut cependant pas d’estimations du nombre d’oiseaux juvéniles ou non reproducteurs dans les populations.La raison justifiant l’élaboration de cet inventaire est le besoin reconnu d’un produit qui pourrait faciliter la réalisation des activités suivantes : la planification des zones côtières et des aires de conservation; les interventions en cas d’urgence environnementale et la détermination des zones d’interactions potentielles entre les oiseaux de mer et les activités humaines. De plus, les données ayant servi à l’élaboration du document pourront servir de valeurs de référence pour établir une comparaison avec les estimations futures des populations d’oiseaux de mer, de manière à mesurer les incidences des changements dans la composition, l’abondance et/ou la répartition des proies, ainsi que les effets des changements climatiques et océanographiques. La base de données ne peut se substituer aux relevés effectués sur place et habituellement requis pour les évaluations environnementales.Dans ce document, nous présentons des données sur les populations des colonies d’oiseaux reproducteurs de 17 espèces d’oiseaux de mer (y compris deux espèces d’océanites, trois espèces de cormorans, une espèce de goéland, une espèce de tridactyle, huit espèces de la famille des alcidés) et une espèce d’oiseau de rivage (Huîtrier de Bachman [Haematopus bachmani]) qui nichent sur la côte de la Colombie-Britannique. Selon les estimations actuelles, plus de 5,6 millions d’oiseaux coloniaux nichent à 649 sites (Rodway et al. 2024). Cinq espèces (Starique de Cassin [Ptychoramphus aleuticus], Océanite à queue fourchue [Hydrobates pelagicus], Macareux rhinocéros [Cerorhinca monocerata], Guillemot à cou blanc [Synthliboramphus antiquus], et Océanite cul blanc [Hydrobates leucorhous]) constituent la vaste majorité de ces populations, bien que le Huîtrier de Bachman (Haematopus bachmani), le Guillemot colombin (Cepphus columba), et le Goéland à ailes grises (Larus glaucescens) nichent aussi à la majorité de ces sites. Le Guillemot marbré (Brachyramphus marmoratus), qui niche sur les branches moussues d’arbres matures et anciens dans les forêts côtières, n’est pas inclus dans cette base de données en raison de son habitude de nidification dispersée.Les estimations de population présentées dans la base de données sont le fruit de la compilation des résultats de nombreux relevés. La présence de nombreuses colonies de nidification d’oiseaux de mer en Colombie-Britannique a été établie il y a plus de 50 ans mais en raison de l’éloignement des sites, ces colonies ont rarement été visitées. La majorité des données sont issues d’inventaires exhaustifs des oiseaux de mer coloniaux qui nichent le long du littoral de la Colombie-Britannique, réalisés entre 1974 et 1977 par le British Columbia Provincial Museum (BCPM; aujourd’hui le Royal British Columbia Museum) et entre 1980 et 1989 par le Service canadien de la faune (SCF) d’Environnement et Changement climatique Canada. L’objectif des relevés du BCPM était d’explorer toute la côte de la Colombie-Britannique afin d’y repérer les sites de nidification des oiseaux de mer. Des données quantitatives fiables ont été recueillies sur les populations reproductrices de toutes les espèces d’oiseaux de mer nichant à la surface du sol, et des estimations approximatives de la taille des populations ont été réalisées pour les espèces nichant dans un terrier. L’objectif du programme de relevés du SCF était d’établir des estimations de base des populations reproductrices d’espèces nichant dans un terrier en Colombie-Britannique en utilisant des techniques d’étude normalisées afin de permettre des comparaisons et le suivi de ces populations à l’avenir. Au cours des années 1980, des relevés répétés ciblant les espèces nichant à la surface du sol ont également été menés par le SCF dans la plupart des régions de la côte de la Colombie-Britannique. Quelques colonies situées sur de petites îles éloignées n’ont pas fait l’objet de visites lors de ces relevés. Par conséquent, pour certaines colonies, les estimations de population les plus récentes proviennent du premier relevé exhaustif du littoral de la Colombie-Britannique, réalisé par le Royal British Columbia Museum au milieu des années 1970.Depuis 1989, le SCF mène des relevés ciblant certaines colonies d’alcidés, de cormorans et de goélands le long de la côte de la Colombie-Britannique, et les résultats ont été inclus dans l’ensemble de données (la saisie des données est en cours). En plus des données des relevés effectués par le Service canadien de la faune, nous avons tenté d’obtenir des données récentes auprès de toutes les autres sources, notamment Parcs Canada, le ministère des Forêts, des Terres, de l’Exploitation des ressources naturelles et du Développement rural de la Colombie-Britannique, la Ville de Vancouver, la Bamfield Marine Station et la Laskeek Bay Conservation Society. Depuis l’an 2000, durant plusieurs années, Parcs Canada et ses partenaires (Réserve de parc national des Îles-Gulf, Réserve de parc national Pacific Rim et Réserve de parc national Gwaii Haanas) ont effectué d’autres inventaires des Huîtriers de Bachman nicheurs dans certains secteurs du littoral, et les résultats ont été intégrés à l’ensemble de données (la saisie des données est en cours). Une longue série chronologique de données sur les Huîtriers de Bachman nicheurs renfermant les données recueillies par la Laskeek Bay Conservation Society dans la zone de la baie Laskeek de la côte est de l’île Moresby a été intégrée à cet ensemble de données.

L'atlas donne accès à des cartes imprimables, des services de données Web et des fichiers de données téléchargeables sur les densités d'oiseaux en mer de l'est du Canada.L’information fournie sur le site des données ouvertes peut être utilisée pour identifier les endroits où les oiseaux en mer se retrouvent dans l’est du Canada. Cependant, le faible effort d’échantillonnage et la grande variabilité à certains endroits y entraînent une plus grande incertitude des résultats. Ainsi, les données et les cartes accessibles sur le site des données ouvertes devraient être consultées en toute connaissance de cause.Les données ont été recueillies sur des navires occasionnels et donc la couverture spatiale et saisonnière varie considérablement. Les densités ont été calculées en utilisant l'échantillonnage par distance afin de réaliser des ajustements liés à la détectabilité variable entre les observateurs et les conditions d'observation. Puisque souvent les oiseaux peuvent être difficile à identifier à l'espèce dépendamment des conditions observation, les densités d'oiseaux en mer sont présentées à divers niveaux taxonomiques. Vous trouverez plus de détails dans le document Atlas_SeabirdsAtSea-OiseauxMarinsEnMer.pdfEn cliquant sur "Afficher la carte", vous visualiserez un exemple pour la densité mesurée pour toutes les espèces combinées pour la période d'avril à juillet - 2006-2020. Les services de carte ESRI REST ou WMS peuvent être ajoutés à vos cartes Web ou ouverts directement dans vos applications cartographiques de bureau. Ce sont des alternatives au téléchargement et fournissent les densités pour tous les groupes taxonomiques et espèces, de même qu'un aperçu de l'effort d'inventaire.

La base de données sur le suivi des oiseaux aquatiques coloniaux de l’Atlantique (Atlantic Colonial Waterbird Monitoring database) regroupe des données géoréférencées recueillies dans le cadre du Programme de suivi des colonies d’oiseaux marins de la Région de l’Atlantique du Service canadien de la faune (SCF), ainsi que des données collectées dans le cadre de programmes du SCF sur la sauvagine et les aires protégées. Ces programmes assurent collectivement le suivi de 22 espèces d’oiseaux aquatiques coloniaux se reproduisant dans la Région de l’Atlantique qui appartiennent aux groupes suivants : procellariidés, océanites, sulidés, alcidés, eiders, hérons et cormorans. Leur objectif principal est de mettre à jour les renseignements sur la répartition, la situation et les tendances des oiseaux aquatiques qui se reproduisent dans les quatre provinces de l’Atlantique. Les relevés sont effectués de manière aérienne, maritime ou terrestre. Les relevés aériens constituent la méthode la plus rentable d’effectuer un relevé complet des populations d’espèces diurnes visibles depuis les airs, à savoir les goélands (Goélands argentés, Goélands marins, Goélands à bec cerclé, Goélands bourgmestres), les Mouettes tridactyles, les Fous de Bassan, les sternes (Sternes arctiques, Sternes pierregarins, Sternes de Dougall, Sternes caspiennes), les cormorans (Grands Cormorans, Cormorans à aigrettes), les Guillemots à miroir et les Eiders à duvet.Les relevés aériens permettent également de repérer de nouvelles colonies et d’obtenir des renseignements supplémentaires sur la façon la plus efficace d’effectuer des relevés par bateau et au sol. Les relevés par bateau et au sol, réalisés à des échelles géographiques plus fines, sont essentiels pour obtenir des renseignements complémentaires sur la composition des colonies et les facteurs de correction nécessaires pour finaliser les estimations des populations de goélands, de sternes et d’eiders obtenues à partir de relevés aériens. Ils sont également nécessaires pour effectuer le dénombrement des colonies d’oiseaux nichant dans les falaises (guillemots et fulmars), dans les crevasses (Petits pingouins et guillemots) et dans des terriers (macareux, océanites, puffins). Les données brutes sont recueillies à l’aide de diverses méthodes de relevé, notamment : 1) des estimations visuelles; 2) des dénombrements directs du nombre d’individus ou de sites apparemment occupés et/ou des dénombrements tirés de photographies, 3) des sous-échantillonnages de la colonie au moyen du dénombrement des parcelles et de l’extrapolation des densités estimées dans la zone occupée, celle-ci étant estimée à l’aide de diverses approches de systèmes d’information géographique (voir par exemple Wilhelm et al., 2015). Les données sont utilisées à des fins importantes, notamment pour orienter la planification spatiale marine, la préparation aux situations d’urgence, l’évaluation des répercussions de diverses menaces anthropiques et l’évaluation de la situation par le COSEPAC (voir par exemple COSEPAC, 2020). Elles servent également de base à de nombreuses publications évaluées par les pairs, produites en collaboration ou non, sur les tendances régionales, nationales et/ou mondiales des populations d’espèces ciblées (voir par exemple Langlois Lopez et al., 2022; Iles et al., 2025).Cet ensemble représente un sous-ensemble de données recueillies par le SCF lors de relevés menés de 1910 à 2024. Il présente, pour chaque colonie, l’année et le nombre d’oiseaux dénombrés lors du relevé le plus récent, l’année et le nombre maximal d’oiseaux dénombrés au cours des 20 dernières années (si disponible), ainsi que l’année et le nombre maximal d’oiseaux jamais dénombrés. De plus, le SCF travaille étroitement avec divers partenaires (p. ex. ministères provinciaux, autres ministères fédéraux, universités et organismes sans but lucratif) afin de compléter les données sur les oiseaux aquatiques coloniaux recueillies dans la Région de l’Atlantique. Pour obtenir des données supplémentaires issues de recensements ou de relevés, veuillez communiquer avec le SCF.COSEPAC. 2020. Évaluation et Rapport de situation du COSEPAC sur l’Océanite cul-blanc Oceanodroma leucorhoa population de l’Atlantique au Canada. Comité sur la situation des espèces en péril au Canada. Ottawa. xiii + 82 p. (https://www.canada.ca/fr/environnement-changement-climatique/services/registre-public-especes-peril.html). Iles, D.T., S.E. Gutowsky, A.M. Calvert, S.I. Wilhelm, J.-F. Rail, A. Hedd, H.L. Major, A.C. Smith et G.J. Robertson. 2025. Estimating regional trajectories and trends of seabirds from sparse and inconsistent colony counts: case studies from eastern Canada with Leach’s Storm-Petrel and Atlantic Puffin. Avian Conservation and Ecology 20(2):16. https://doi.org/10.5751/ACE-02931-200216Langlois Lopez, S., Bond, A.L., O’Hanlon, N.J., Wilson, J.M., Vitz, A., Mostello, C.S., Hamilton, F., Rail, J.-F., Welch, L., Boettcher, R., Wilhelm, S.I., Anker-Nilssen, T., Daunt, F. et Masden, E. 2022. Global population and conservation status of the Great Black-backed Gull Larus marinus. Bird Conservation International, 1–11. https://doi.org/10.1017/S0959270922000181Wilhelm, S.I., Mailhiot, J., Arany, J., Chardine, J.W., Robertson, G.J. et Ryan, P.C. 2015. Update and trends of three important seabird populations in the western North Atlantic using a geographic information system approach. Marine Ornithology 43: 211-222.

Pêches et Océans Canada (MPO) réalise annuellement un relevé scientifique multidisciplinaire avec un chalut de fond dans l’estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent pendant l’été depuis 1984. Au fil des années ce relevé a été effectué à bord de quatre navires: le NM Lady Hammond (1984-1990), le NGCC Alfred Needler (1990-2005), le NGCC Teleost (2004-2022) et le NGCC Cabot (2022-présent). Il est important de noter que les objectifs, les méthodes employées et l'identification des espèces lors de ces relevés se sont améliorés au fil du temps en fonction des demandes et des mandats du MPO. Les données ne sont donc pas directement comparables entre ces relevés. Des analyses comparatives ont cependant été réalisées entre les navires, et des facteurs de conversion sont disponibles sur demande pour un certain nombre d'espèces. Les spécificités des missions réalisées à bord du NGCC Teleost sont décrites ci-dessous.Objectifs:1. Évaluer l'abondance et la condition des populations de poissons de fond et de la crevettenordique2. Évaluer les conditions environnementales3. Réaliser un inventaire de la biodiversité de la mégafaune benthique et démersale4. Évaluer l’abondance du phytoplancton et du mésozooplancton5. Monitorer l'écosystème pélagique6. Inventorier les mammifères marins7. Inventorier les oiseaux marins8. Récolter des échantillons pour divers projets de rechercheDescription du relevéLe relevé couvre l'estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent, soit les divisions 4R, 4S et la partie septentrionale de la division 4T de l’Organisation des Pêches de l’Atlantique Nord-Ouest (OPANO). Depuis 2008, la couverture de la division 4T a été accrue dans la partie amont de l’estuaire maritime afin d’échantillonner les profondeurs comprises entre 37 et 183 m. Ce relevé suit un plan d’échantillonnage aléatoire stratifié et la superficie de la zone d’étude est de 118 587 km². L’engin de pêche utilisé sur le NGCC Teleost est un chalut à crevettes (4 faces) Campelen 1800 muni d’un faux-bourrelet (« bicycle ») de type Rockhopper. La rallonge et le cul du chalut sont munis d’une doublure de nylon sans nœud dont l’ouverture de maille est de 12,7 mm. La durée de chalutage pour un trait standard de pêche est de 15 minutes, calculée à partir du contact du chalut avec le fond. La vitesse de chalutage est fixée à 3 nœuds.DonnéesÀ chacun des traits de pêche, la capture est triée et pesée par taxon et les individus sont dénombrés puis des données biologiques sont récoltées sur un sous-échantillon. Pour les poissons, les crabes et les encornets, la taille et le poids sont colligés par individu. De plus, pour certaines espèces, le sexe, la maturité des gonades et les poids de certains organes (estomac, foie, gonades) sont aussi évalués. Les rayons mous de la nageoire anale sont dénombrés pour les sébastes et des otolithes sont récoltés chez plusieurs espèces dont la morue, le flétan atlantique, le flétan du Groenland et la plie grise. Un échantillon d’environ 2 kg de crevettes est trié et pesé par espèce et par stade de maturité pour la crevette nordique. Les crevettes sont mesurées individuellement. Les autres invertébrés sont pesés et dénombrés par taxon (pas de mesure individuelle) et photographiés.Les données biologiques sont divisées en 3 fichiers : Un fichier « Stations » contenant les informations des traits, un fichier « Captures » contenant les prises par trait pour tous les taxons et un fichier « Carbio » contenant les caractéristiques biologiques et mesures morphométriques par individus mesurés pour toutes les espèces mesurées, à l'exception des crevettes. Les colonnes source_info, no_releve, nbpc et no_station sont communs aux quatre jeux de données et permet de les relier. Afin de relier plus précisément les fichiers « Captures » et « Carbio » au niveau de l'individus (pour les poissons et certains types d'invertébrés), utilisez les colonnes source_info, no_releve, nbpc, no_station, nom_scientifique, ainsi que categorie.Des données supplémentaires sur les captures de crevettes sont disponibles, mais ne sont pas présentées ici afin de simplifier la présentation des données. Pour accéder à l’ensemble des informations, veuillez communiquer avec l’équipe de gestion des données (gddaiss-dmsaisb@dfo-mpo.gc.ca).Les dernières données publiées sont préliminaires et seront mises à jour à la fin du mois de janvier de l'année suivante.Il est important de noter qu'il s'agit des données brutes. Seuls les traits considéré réussis sont conservés. Dans chacun des traits toutes les espèces sont conservées sauf quelques exceptions. Veuillez contacter l'équipe de la gestion de données pour de plus amples informations (gddaiss-dmsaisb@dfo-mpo.gc.ca).

Les phoques communs sont présents toute l’année autour de Terre-Neuve-et-Labrador (T. N. L.). Le premier relevé systématique des phoques communs a été réalisé le long du plateau continental de T. N. L. en juillet et août 2021 afin de compter les individus observés hors de l’eau et d’évaluer la répartition de l’espèce. Les phoques gris sont des résidents saisonniers de T.-N.-L.; ils sont principalement présents en été et en automne. Les phoques gris ont également été dénombrés, car les deux espèces peuvent partager des échoueries. Les relevés ont été effectués le long du littoral avec un hélicoptère Bell 429, et des photographies de phoques échoués ont été prises.Ces données comprennent le nombre de phoques communs, de phoques gris et de phoques d’espèce non identifiée qui ont été observés dans les échoueries pendant le relevé. Des nombres ajustés sont également fournis, qui attribuent les phoques dont l’espèce est inconnue à l’une des deux espèces en fonction du nombre de phoques communs et de phoques gris identifiés avec certitude chaque jour de relevé. La couverture du relevé (passages) est également indiquée.Veuillez citer ces données comme suit : Hamilton, C.D., Goulet, P.J., Stenson, G.B., et Lang, S.L.C. 2024. Données tirées de : Dénombrements des phoques communs (Phoca vitulina) et des phoques gris (Halichoerus grypus) d’après un relevé aérien réalisé sur la côte du plateau de Terre-Neuve et dans la baie Sandwich (Labrador) à l’été 2021. Ces données se trouvent dans :Hamilton, C.D., Goulet, P.J., Stenson, G.B., et Lang, S.L.C. 2023. Dénombrements et répartition spatiale des phoques communs (Phoca vitulina) et des phoques gris (Halichoerus grypus) d’après un relevé aérien réalisé sur la côte du plateau de Terre-Neuve et dans la baie Sandwich (Labrador) à l’été 2021. Rapport technique canadien des sciences halieutiques et aquatiques 3566 : v + 39 p. https://publications.gc.ca/site/fra/9.927831/publication.htmlMPO 20XX. Évaluation des stocks de phoque commun de l’Atlantique (Phoca vitulina vitulina) au Canada pour 2019 à 2021. Secr. can. des avis. sci. du MPO. Avis. sci. 2023/XXX.Lang, S.L.C., St-Pierre, A.P., Hamilton, C.D., Mosnier, A., Lidgard, D.C., Goulet, P., den Heyer, C.E., Bordeleau, X., Irani, A.I., et Hammill, M.O. 20XX. Évaluation de l’état de la population et prélèvement biologique potentiel (PBP) du phoque commun de l’Atlantique (Phoca vitulina vitulina) dans les eaux canadiennes. Secr. can. des avis. sci. du MPO. Doc. de rech. 2024

Une pêche exploratoire a été menée dans le delta du fleuve Mackenzie entre 1989 et 1993 à la demande du Comité des chasseurs et des trappeurs d’Inuvik afin d’évaluer le potentiel de pêche commerciale dans cette zone. Les données recueillies au cours de cette pêche exploratoire ont été utilisées dans deux rapports techniques. Le corégone tschir était l’espèce cible de cette pêche (rapport technique 2180 du MPO), mais d’autres espèces telles que le grand brochet, l’inconnu et le grand corégone ont également été pêchées (rapport technique 2330 du MPO).Les données biologiques découlant de la pêche aux corégones tschir (longueur à la fourche, âge, rapport gonado-somatique et mortalité instantanée) ont été analysées pour évaluer l’impact d’une pêche exploratoire dans le delta du fleuve Mackenzie. Les données ont été recueillies à l’aide de filets maillants expérimentaux à maillage varié et de filets maillants de 139 mm (5,5 po) utilisés par les pêcheurs commerciaux. Les données indiquent que la population de corégones tschir pourrait être séparée, les grands reproducteurs matures se rassemblant dans les chenaux principaux avant le frai et les poissons plus petits, immatures ou en repos restant dans les chenaux latéraux à l’abri des courants forts. Cette analyse nous permet de conclure que la taille et la structure des populations de corégones tschir présentes dans cette zone sont stables au niveau actuel de la récolte totale (commerciale et de subsistance combinées). Il est possible d’accroître les récoltes, mais on ne sait pas dans quelle mesure.Les données biologiques du grand brochet, de l’inconnu et du grand corégone ont été analysées afin d’évaluer l’impact de la pêche sur l’abondance et la structure de la population. Les trois espèces faisant l’objet de prises accessoires soutiennent la pêche de subsistance dans le delta du fleuve Mackenzie. L’inconnu et le grand corégone migrent sur de grandes distances, traversant les frontières de la revendication territoriale, et sont probablement pêchés par divers groupes d’utilisateurs. Le grand brochet, quant à lui, a tendance à ne pas migrer, avec des populations localisées qui sont principalement pêchées par les personnes vivant dans les environs immédiats. On craint que la pression exercée par la pêche commerciale ne réduise le nombre de poissons disponibles pour les pêcheurs de subsistance. Sur la base des tendances concernant la fréquence selon la taille et l’âge, l’âge à la maturité, le sex-ratio, les taux de croissance et les taux de mortalité, nous concluons que les populations d’inconnu et de grand corégone dans le delta du fleuve Mackenzie sont restées saines et stables aux niveaux de récolte actuels, mais que les populations de grand brochet ont montré une diminution de la proportion de poissons plus âgés, ce qui pourrait indiquer une surpêche des stocks locaux. L’inconnu et le grand corégone pourraient être capables de résister à une augmentation de la pêche, mais on ne sait pas dans quelle mesure, étant donné que peu de données fiables sont disponibles sur les niveaux de la pêche de subsistance dans cette région. Il peut être risqué d’accroître les niveaux de pêche du brochet et nous proposons d’envisager une réduction des quotas actuels des prises commerciales.

La rive nord de l’estuaire maritime (Haute-Côte-Nord, Québec) est un système côtier productif où de nombreuses espèces commerciales d’invertébrés benthiques sont pêchées dans la zone infralittorale (10-20 m) et circalittorale (20-50 m). Cependant, peu de données existent sur la biodiversité des espèces non commerciales et les caractéristiques environnementales de l’habitat benthique de ce milieu. Deux relevés scientifiques ont donc été réalisés en 2018 et 2019 afin de combler ce manque de connaissances en développant un cadre de prises de données de biodiversité et environnementales (colonne d’eau et fond marin) qui serviront à déterminer l’état de référence de l’écosystème benthique de cette région.Les relevés ont été réalisés en 2018 (11-14 août) et en 2019 (30 juillet-5 août) dans la région de la Haute-Côte-Nord (entre Forestville et Godbout). Les relevés suivaient un plan d’échantillonnage fixe de huit transects perpendiculaires à la bathymétrie avec des stations à intervalle de 10 m de profondeur dans une bathymétrie de 10 à 50 m pour un total d’environ 40 stations par relevé. Les spécimens ont été récoltés à l’aide d’un chalut à bâton (ou chalut à perche) d’une ouverture de 2.8 m. Les traits ont été réalisés à une vitesse visée de 2 nœuds et d’une durée visée de 7 minutes. Les positions début et fin ont été notées pour calculer la distance parcourue à chaque trait à l'aide de la bibliothèque geosphere de R. La distance moyenne des traits était d’environ 425 m. La superficie couverte à chaque trait était le produit de l’ouverture du chalut et de la distance parcourue. Les trois fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont reliés par la clé « IDactivité ». Le fichier «information_activité» comprend les informations génériques de l'activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «information_supplémentaire_activité_et_occurrence» comprend notamment la taille de l'échantillon, le protocole et l’effort d’échantillonnage. Le fichier «occurrence_taxon» comprend la taxonomie des espèces observées, identifiées à l’espèce ou au niveau taxonomique le plus bas possible. Pour obtenir l’évaluation de l’abondance et de la biomasse, communiquez avec Virginie Roy (virginie.roy@dfo-mpo.gc.ca).Pour les contrôles de qualité, tous les noms taxonomiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ « IDnomScientifique » du fichier d'occurrence. Les cas spéciaux ont été notés dans « commentairesIdentification » et certains spécimens sélectionnés ont été confirmés à l'aide de photos de terrain. Les contrôles de la qualité des données ont été effectués à l'aide des bibliothèques R obistools et worrms. Tous les emplacements d'échantillonnage ont été validés spatialement.Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.

Cet ensemble de données a été compilé dans le cadre d'un effort pluriannuel dirigé par Pêches et Océans Canada (MPO) pour appuyer la réglementation de l'aquaculture durable dans la « Coast of Bays », une région de la côte sud de Terre-Neuve. Il s'agit du deuxième d'une série visant à fournir une base de connaissances océanographiques de la Coast of Bays.Cet ensemble de données comprend les profils de température, de salinité et de concentration en oxygène dissous collectés lors de campagnes CTD, chaque campagne contient un nombre variable de profils échantillonnés dans la zone d'intérêt. Au total, 760 profils provenant de 11 campagnes, réalisés sur 276 stations, ont été collectés de juin 2009 à novembre 2013. Les données ont été traitées et contrôlées pour leur qualité à l'aide des directives du fabricant de l'instrumentation, des outils personnalisés et de contrôle visuel. Les données sont fournies dans un format texte délimité par des tabulations compatible avec la plupart des langages et outils de traitement de données (par exemple, MS Excel) ainsi qu'avec le logiciel Ocean Data View (https://odv.awi.de/) pour une visualisation rapide. Un résumé des profils CTD et des stations est également fourni sous forme de fichier CSV (valeurs séparées par des virgules).Une description complète des données et de leur utilisation dans le contexte du projet de motivation se trouve à l'adresse suivante: http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas-sccs/Publications/ResDocs-DocRech/2017/2017_077-fra .html. Les analyses de cet ensemble de données ont été présentées lors d'une réunion du Secrétariat canadien de consultation scientifique (SCCS) qui s'est tenue à St John's en mars 2015 (http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas-sccs/schedule-horraire/2015/ 03_25-26b-fra.html) et à partir duquel un avis scientifique (http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas-sccs/Publications/SAR-AS/2016/2016_039-fra.html) et un compte rendu (http://www.dfo-mpo.gc.ca/csas-sccs/Publications/Pro-Cr/2017/2017_043-fra.html) ont été publiés.

Ecoutes marines benthiques sur les côtes et au large de la Colombie-Britannique. Les ecounits benthiques sont destinées à décrire le fond marin et les zones littorales. Sept variables ont été sélectionnées pour calculer les écounités benthiques : 1. Profondeur ; 2. Pente ; 3. Soulagement ; 4. Température ; 5. Exposition ; 6. Current et 7. Substrat Le CRIMS est un ancien ensemble de données sur les ressources côtières de la Colombie-Britannique qui a été acquis de manière systématique et synoptique à partir de 1979 et qui a été mis à jour par intermittence au fil des ans. L'information sur les ressources a été collectée dans neuf zones d'étude par le biais d'un comité provincial des normes d'information sur les ressources évalué par des pairs, composé d'agents des pêches du MPO, des Premières nations et d'autres experts en la matière. Il n'est actuellement pas prévu de mettre à jour ces anciennes données.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a